Rédaction Médicale et Scientifique

Je maintiens : rien ne prouve que manger bio réduit le cancer... évitons les conflits militants et comprenons la méthode scientifique

Mon billet du 30 octobre 2018 était probablement militant en reprenant un billet de blog québécois sur cette bonne publiée dans JAMA Internal Medicine et intitulée "Association of Frequency of Organic Food Consumption With Cancer Risk Findings From the NutriNet-Santé Prospective Cohort Study". Qu'en penser avec un peu de recul ?

Le Bulletin du Cancer a publié en janvier 2019 un éditorial, signé Jacques Robert, intitulé "Alimentation « biologique » et risque de cancer : une étude de grande qualité et des réactions inappropriées". Cet éditorial est raisonnable et mérite lecture. Il est aussi militant, bien que reconnaissant qu'association n'est pas causalité. Il critique à juste raison certains de mes propos, notamment ceux reprenant le blog québécois. Je suppose que les relecteurs qui ont accepté cet éditorial du Bulletin du Cancer ne sont pas membres de l'Académie Nationale de Médecine...  en effet :

Le 4 avril 2019, l'Académie nationale de médecine a publié un communiqué de presse "Rôle de l’alimentation « bio » sur le cancer, l’Académie nationale de médecine alerte sur l’interprétation trop rapide des résultats épidémiologiques". L'Académie appelle à la prudence ceux qui interprètent un peu vite la publication du JAMA Int Med "Ainsi même si cette étude met en évidence un « signal » entre alimentation « bio » et la moindre survenue d’un cancer, l’Académie nationale de médecine considère qu’à ce jour, au vu de cette seule étude, le lien de causalité entre alimentation « bio » et cancer ne peut être affirmé et invite à la prudence dans l’interprétation trop rapide de ces résultats." L'Académie propose de lire un rapport de 2011 "Situation et perspectives de développement de l'épidémiologie en France en 2011.". Je l'ai parcouru : il est simple, et je suggère aux journalistes de le lire.

L'éditorial du JAMA Med Inter accompagnant l'article était raisonnable : "Si ce risque est incertain, il existe une évidence qu'améliorer d'autres facteurs, comme le poids, l'activité physique et la diète peuvent diminuer le risque de cancer." Avant de focaliser sur le bio, en matière de santé publique, il y a d'autres recommandations utiles (tabac, alcool, sel, sédentarité,..). D'ailleurs pour le vin bio, je préconise en général de préciser qu'il contient de l'alcool qui a quelques risques...  parfois oubliés.

Je maintiens que le titre du Monde du 22 octobre 2018 ("L'alimentation bio réduit significativement les risques de cancer") était trompeur et destiné à effrayer la population. Des journalistes dits scientifiques sont militants, je les respecte. D'autres journalistes savent lire les articles originaux, et ils sont rares. Par contre, quand Le Monde fait la promotion de l'exercice physique, j'applaudis.

Ce débat est complexe : il existe beaucoup d'hypothèses. Il faut diminuer les perturbateurs endocriniens, les pesticides dans l'environnement, mais faire croire que ces produits donnent le cancer pour alerter les populations est irresponsable. Faire croire que le bio protège du cancer est trompeur. Faire croire que tout était mieux avant n'est pas raisonnable non plus.

Il ne faut pas confondre 'danger' (CIRC) et 'risque' (agences sanitaires), et c'est important aussi : la synthèse du rapport du 13 mai 2019 de l'OPECTS (Office parlementaire d'évaluation des choix techniques et scientifiques) est bien faite. S Huet a bien analysé ce rapport sur son blog. Le titre de ce rapport : Évaluation des risques sanitaires et environnementaux par les agences : trouver le chemin de la confiance. Je vous suggère de la lire tranquillement. Il y a un encart sur le glyphosate dont je reprend un extrait : le CIRC se concentre sur la question du danger causé par le glyphosate (indépendamment du degré d’exposition), alors que l’EFSA analyse les risques encourus pour la santé humaine ou l’environnement (combinant danger et exposition). Les doses à partir desquelles des études identifient des effets cancérogènes chez l’animal (au-delà de l’absorption de 1 000 mg/kg de poids corporel) sont très élevées et donc improbables à atteindre, avec une dose journalière admissible (DJA) fixée à 0,5 mg/kg de poids corporel, correspondant à une dose sans effet observé (NOAEL) de 50 mg/kg à laquelle s’applique un facteur de sécurité de 100. Les agences ont donc jusqu’à présent écarté le risque cancérigène en cas d’exposition au glyphosate, dans les conditions normales d’utilisation de cette substance.

SANRA : un outil simple pour évaluer les revues narratives de la littérature

La première mise en évidence de la piètre qualité des revues de la littérature a été l'article de C Mulrow publié par les Annals of Internal Medicine : The medical review article : state of the science. Cet article de 1987 est toujours d'actualité et mérite d'être lu. Elle montrait que les méthodes pour faire une revue de la littérature n'étaient pas scientifiques. Actuellement, Cynthia Mulrow est rédacteur en cher adjoint des Annals.

Il existe un outil AMSTAR2 pour évaluer la qualité des revues systématiques de la littérature, mais nous n'avions pas de méthode pour évaluer les revues dites narratives. La grille SANSA (Scale for the Assessment of Narrative Review Articles) a été développée par des chercheurs allemands, testée et publiée fin mars 2019.

La grille a 6 items à noter 0, 1 ou 2, et il faut faire le total. Une explication est fournie pour les cotations. Les 6 items sont :

1. Justification de l'importance de l'article pour le lectorat
2. Énoncé d'objectifs concrets ou spécifiques ou formulation de questions
3. Description de la recherche documentaire
4. Référencement
5. Raisonnement scientifique
6. Présentation appropriée des données

Même avec une grille simple, je suspecte que de nombreuses revues de la littérature sont médiocres : ce sont trop souvent des opinions, des 'position papers' pour lesquels les auteurs font croire qu'ils ont analysé la littérature, alors qu'ils ont choisi les articles dont les résultats les arrangent. La bonne méthode est de sélectionner des articles de qualité. Nous avons besoin d'articles d'opinions, sans faire croire que ce sont des données objectives de la littérature...

Pratiques éditoriales de 38 revues d'addictologie : pas encore suffisantes pour assurer l'intégrité de la recherche

Cette étude simple est intéressante et montre que les procédures des revues de spécialités sont laxistes. Il s'agit d'un article publié dans Addiction (mars 2019) et intitulé "Use of Publication Procedures to Improve Research Integrity by Addiction Journals", avec un seul auteur (épidémiologie, statistiques, au Texas) et publié par Addiction, la meilleure revue du domaine de l'addictologie.

Les instructions aux auteurs de 38 revues ont été analysées et la présence ou non de 6 informations a été recherchée :

1. Déclaration des conflits d'intérêts : 37 / 38 les demandent ;
2. Politique de partages de données (data sharing) : 28 /38 ;
3. Enregistrement des protocoles des essais cliniques randomisés (par exemple dans le registre www;clinicaltrials.gov) : 16 / 38 ;
4. Recommandations d'utiliser les lignes directrices du réseau EQUATOR (CONSORT, STROBE, STARD, PRISMA, CHEERS,...) : 13 / 38 ;
5. Enregistrement des protocoles de toutes études : 4 / 38 ;
6. Acceptation du modèle 'registered reports' avec enregistrement dans Center for Open Science (concerne surtout les revues de psychologie,  neurosciences) : 3 / 38.

En moyenne, la présence des 6 informations (0 à 5, car aucun n'a eu 6) était 2,66. Il y a toujours une marge entre ce qui est écrit dans les instructions aux auteurs et la pratique. Les revues ont des exigences, mais ne les suivent pas toujours, compte tenu qu'accepter un article est une décision basée sur de nombreux critères, dont la convenance sociale ! Nous avons vu que les revues prestigieuses (JAMA, NEJM) ne vérifiaient pas l'exactitude des déclarations d'intérêts (affaire J Baselga).

Toutes ces exigences contribuent ) l'intégrité de la recherche, et certaines sont baffouées ! En bref : si les revues s'intéressaient à l'intégrité de la recherche, elles recevraient moins d'articles et pourraient couler ! That's life.

Molecular Autism : des instructions aux auteurs rigoureuses (taille de l'échantillon, de l'effet, et reproductibilité)

La revue Molecular Autism (facteur d'impact 5,87) vient de mettre à jour ses instructions aux auteurs en février 2019, avec un éditorial : Rigor in Science and Science Reporting: updated guidelines for submissions to Molecular Autism. Ceci a été motivé car un de leurs articles a engendré des controverses dans la presse, et tout est détaillé dans l'éditorial. Ils ont ajouté 6 points :

1. Limitations : cette section est obligatoire pour considérer un article par la rédaction ; elle sera lu avec attention ;
2. Sample size : tout dépend du type d’étude, mais la taille de l’échantillon devra être appropriée ; par exemple pour les tests sanguins et urinaires, les échantillons devront être d’au moins 200, ceci étant appliqué pour les études princeps et pour les études de réplicabilité ;
3. P values : le seuil de 0,05 n’est plus la graal donnant accès à la publication ; mais un seuil de 0,005 n’est pas exigé ; les études négatives sont bienvenues :
4. Replication samples : une réplication de tous résultats majeurs devrait apparaître dans les publications ;
5. Effect size : il faut discuter la taille de l’effet pour toutes les études ; cela était déjà exigé pour les études en génétique ; et en plus ‘Each original empirical study with existing data should report, for its key hypothesis tests, a sensitivity power analysis’ ;
6. Press release : arrêtez de dire n’importe quoi à la presse !

La question est de savoir si, dans la compétition des revues, il sera possible d’appliquer ces propositions. Tout ceci est simple et devrait déjà être le minimum requis par toutes les revues…

PS : Aims and Scope -- Molecular Autism is a peer-reviewed, open access journal that publishes high-quality basic, translational and clinical research that has relevance to the etiology, pathobiology, or treatment of autism and related neurodevelopmental conditions. Research that includes integration across levels is encouraged. Molecular Autism publishes empirical studies, reviews, and brief communications.

10 règles simples pour éviter les conflits entre collègues

La plupart des interactions et communications entre collègues sont cordiales et se passent très bien. Dans quelques cas existent des conflits qui peuvent pourrir tout un laboratoire / département /service...  Il s'agit de vues différentes, d'interprétations divergentes, voire d'un mauvais jour. Des conflits peuvent durer des années !

Dans la série "10 simple rules" de PLOS computational biology (18 janvier 2019), cet article court propose 10 règles : 

1. Toujours traiter les gens avec égalité et respect ;
2. Considérer sérieusement et respecter les vues des autres ;
3. Si vous n'êtes pas d'accord avec quelqu'un, dites le et expliquer pourquoi ;
4. Assurez-vous d'être sur la même longueur d'onde ;
5. Pause avant d'appuyer sur "Envoyer" ;
6. Excusez-vous quand vous faites quelque chose de mal ;
7. S'engager dans un dialogue honnête et non conflictuel ;
8. Sachez à qui vous adresser si vous avez besoin de conseils impartiaux ;
9. Sachez quand cela vaut la peine de se battre pour votre point de vue ;
10. Si le problème n'est pas résolu, prenez vos distances.

Vous n’écrivez pas un article scientifique pour des lecteurs : écrivez pour les reviewers et le rédacteur en chef

Dans le livre sur la publication pour les revues de psychologie analysé le 14 février 2019, le chapitre « Writing for your referees », par RS Sternberg, est bien fait. Il reprend un message que je répète toujours lors des formations : pour qui écrivez-vous ? La plupart des chercheurs répondent pour des collègues, pour d’autres chercheurs qui connaissent mal le sujet, etc… Ceci les pousse à écrire des pages d’explications, de vulgarisation dont les relecteurs (referees) ne veulent pas. La bonne réponse est bien sûr ‘J’écris pour le referee/relecteur/reviewer’… Je vous suggère de ne penser qu’aux relecteurs et au rédacteur en chef qui prendront la décision d’accepter ou de refuser votre article. Ils sont spécialiste du sujet et les bases, les définitions, les banalités (c’est un problème de santé publique, c’est difficile à diagnostiquer, c’est un fardeau pour le système de santé, etc..) les énervent, d’autant plus que c’est hors sujet (bien que vrai).

Ce chapitre de ce livre a de très bons conseils, bien sûr au-delà de la considération du seul relecteur :

1. Relisez, relisez.. les fautes d’orthographe énervent…
2. Demandez à un collègue de lire comme s’il était relecteur de votre article pour une revue
3. Précisez clairement la question et organisez votre article autour de cette question
4. Citez les relecteurs potentiels (s’ils méritent citation)
5. Soyez très clair sur la contribution nouvelle et valorisable de votre article, sans vous tromper
6. Précisez comment votre travail s’articule avec ceux des autres chercheurs
7. Vérifiez vos données, analyses et interprétations
8. Assurez-vous sur le fait que vos conclusions dérivent de vos données
9. Expliquez les choses clairement sans détails excessifs
10. Anticipez les objections potentielles à l’interprétation de vos données
11. Soyez clairs sur les limitations de votre travail
12. Ecrivez pour les relecteurs potentiels, et les lecteurs (les vrais auteurs choisissent la revue ciblée avant de commencer la rédaction)

Un autre truc à éviter à la fin de vos articles : « Further research is needed »..   C’est tellement évident, et cela s’applique à toute recherche, que cela ennuie le lecteur…

La soumission des articles par des tiers n'est pas acceptée par certaines revues

La soumission d'un article à une revue est un process qui prend du temps quand l'auteur ne connaît pas bien le système. De nombreuses informations sont demandées (adresses email, conflits d'intérêts, ORCID, etc..), le formattage des images nécessite de respecter un poids maximum, la transformation en pdf de votre document word doit être faite correctement, et encore d'autres demandes diverses (suggérer des relecteurs, s'opposer à des relecteurs,..°.

Beaucoup de revues acceptent que la soumission soit faite par un tiers qui n'est pas auteur : c'est en général le rédacteur médical de l'article, une personne dédiées de l'établissement, ou une société de communication, ..  J'ai déjà soumis pour des auteurs, et cela facilite tout : soumission, retours des avis de lecture à prendre en compte, relecture des épreuves, etc...

Des revues ont tendance à ne plus accepter cette pratique. Il faut reconnaître qu'il y a eu des abus de la part d'officines chinoises soumettant rapidement à plusieurs revues en même temps, bricolant le peer-review... La note copiée ci-dessus provient d'une revue (BMC Family Practice) du groupe Springer Nature qui a été affecté par ces mauvaises pratiques. Cette note apparaît sur la plupart (toutes ?) des 'submission guidellines' des revues de BMC.

60 Académies européennes en faveur du libre accès en attirant l'attention sur les dangers : enfin des positions raisonnables et non militantes

ALLEA (the European Federation of Academies of Sciences and Humanities, was founded in 1994 and currently brings together almost 60 Academies in more than 40 countries from the Council of Europe region) a publié en décembre 2018 une réponse au plan S. C'est une déclaration de 8 pages, bien faite en insistant sur un Open Access raisonnable et accompagné... ce qui n'est pas le cas du plan S. Des chercheurs ont considéré que le Plan S était une violation de la liberté académique. Voici les recommandations à la fin de ce document :

• La Coalition S devrait engager un dialogue constructif avec des organismes représentatifs des milieux universitaires et de la recherche, tant au niveau européen que mondial.
• Une attention particulière devrait être accordée aux préoccupations des chercheurs en début de carrière qui seront les plus touchés.
• La mise en œuvre du Plan S devrait s'inscrire dans le contexte plus large de la transition vers la science ouverte et le libre accès FAIR. L'approbation des données FAIR et du libre accès au niveau national devraient être encouragées.
• Des programmes de recherche devraient être lancés pour mettre au point de nouvelles méthodes et de nouveaux outils permettant de mettre au point des indicateurs numériques facilement compréhensibles pour mieux évaluer les résultats individuels de la recherche. Cela éliminerait en grande partie la tendance actuelle à utiliser la réputation de la revue ou de l'éditeur comme substitut de la qualité et à faire adopter les principes de DORA qui sont beaucoup plus simples. Cela améliorerait aussi considérablement la fiabilité de la communication scientifique et académique.
• Une analyse économique détaillée de l'édition académique devrait être entreprise pour quantifier les vrais coûts et assurer l'utilisation la plus efficace possible des ressources financières et humaines.

Il est vrai que des militants, opposés au modèle ancien des publication payantes des sociétés savantes, mélangent tout avec les désir de détruire un système existant... Le transformer serait plus raisonnable, car détruire des métiers supposent en créer d'autres ailleurs.... Le libre accès, OUI, mais dans le respect des acteurs existants, sans chasse aux sorcières.

Les principes FAIR sont ici.

Un truc drôle qui traduit l'inertie des systèmes : la plupart de nos institutions françaises ont signé DORA, mais dans les faits, le dieu facteur d'impact règne sans limites.... Je rappelle la première recommandation de DORA :

1. Ne pas utiliser les indicateurs basés sur les revues, tels que les facteurs d’impact, comme succédané d’appréciation de la qualité des articles de recherche individuels, pour évaluer les contributions d’un scientifique en particulier ou pour prendre des décisions en matière de recrutement, de promotion ou de financement.

Actualisation des recommandations du groupe de Vancouver en décembre 2018 : version française en ligne

Comme chaque année, le groupe de Vancouver actualise les "Recommandations pour la conduite, la présentation, la rédaction et la publication des travaux de recherche soumis à des revues médicales". La nouvelle version est en ligne sur le site de l'ICMJE, ainsi que la traduction française que j'actualise avec le groupe de Vancouver. Il y a des petits détails qui ont été ajoutés (voir le pdf annoté). Les principaux changements sont (je cite les pages de la version française que vous pouvez télécharger ici et sur le site ICMJE) :

• les revues doivent avoir une politique explicite sur le management des articles soumis par des experts intervenant dans le processus éditorial (page 4 : Rédacteurs et comités de rédaction)
• un paragraphe nouveau sur les indicateurs (page 6) ; le voici : Le facteur d'impact des revues est largement utilisé à mauvais escient comme approximation de la recherche et de la qualité des revues comme et comme mesure de l'importance des projets de recherche ou des mérites des chercheurs individuels, y compris leur aptitude au recrutement, à la promotion, à la titularisation, aux récompenses et au financement de la recherche. L'ICMJE recommande que les revues réduisent l'accent mis sur le facteur d'impact en tant que mesure unique, mais qu'elles fournissent plutôt une gamme pertinente d’indicateurs d'articles et de revues pertinente pour leurs lecteurs et auteurs.
• l'omission volontaire de déclarer des liens d'intérêt est considéré comme 'misconduct', c'est à dire une fraude. L'ICMJE suit un mouvement général dans ce domaine, en ajoutant cette raison à "fabrication, falsification, plagiat".
• un paragraphe sur les preprints a été ajouté (page 10), le voici : Les auteurs qui choisissent de déposer leurs travaux sur une plateforme de preprints devraient en choisir une qui identifie clairement les preprints comme n'ayant pas fait l'objet d'un examen par les pairs et qui comprend une déclaration des conflits d'intérêts. C’est la responsabilité de l’auteur d’informer la revue si le travail a déjà été déposé sur une plateforme de preprints. De plus, c’est la responsabilité de l’auteur (et pas des rédacteurs des revues) de s’assurer que les preprints mentionnent les versions successives aux lecteurs, ainsi que la version finale publiée.
• pour les spécialistes des enregistrements des essais cliniques de dispositifs médicaux, des précisions ajoutées sur la lockbox de la FDA (je ne connaissais pas ces pratiques).

Les oies dorées de la HAS ne connaissent pas les bonnes pratiques de publication : disparition des recos 'Dyslipidémies' ! Les Archives des Maladies du Coeur devraient rétracter leur article

Assez inhabituel de la part de la HAS, mais BRAVO : les recommandations sur les dyslipidémies ont été abrogées selon un communiqué de presse du 22 novembre 2018. Cette décision a été poussée par un recours devant le Conseil d’État de l’association Formindep. Des conflits d'intérêts n'ont pas été gérés correctement. La HAS n'a semble-t-il pas pris la peine de répondre au Formindep qui a saisi le Conseil d'Etat. J'ai cherché les recommandations, et j'ai lu sur le site HAS "La recommandation « Principales dyslipidémies : stratégies de prise en charge » intégrant l’évaluation et la prise en charge du risque cardio-vasculaire a été abrogée par décision du Collège de la HAS le 21 novembre 2018. Pour en savoir plus, lire le communiqué de presse. Date de validation février 2017". C'est bien, car abroger (ou rétracter) est une démarche d'intégrité, que certaines instances n'aiment pas faire...   mais la HAS ne respecte pas les bonnes pratiques, à savoir laisser en ligne les documents abrogés afin de les consulter...

C'est consternant ! Nous avons déjà regretté le non professionnalisme de la HAS en matière d'analyse de la littérature, lors de la triste manipulation dans le domaine de la maladie de Lyme : les oies dorées préfèrent les croyances aux connaissances ! Non seulement, la HAS ne sait pas faire des recommandations avec des méthodes explicites d'analyse de la littérature, mais elle ne connait pas les bases des bonnes pratiques...  en matière de communication / publications.

Ce rapport "Dyslipidémies" a disparu du site HAS sans prévenir. Cacher des données qui peuvent avoir une utilité pour comprendre les phénomènes est surprenant, alors que la communauté demande une science ouverte, et un minimum d'intégrité et d'éthique. Dans les Archives des Maladies du Coeur et des Vaisseaux, il y a un article publié en octobre 2017 (numéro 261, pages 3 à 8) sur ces recommandations (cité 4 fois) pour présenter ces recommandations !!! L'auteur, B Vergès, n'a pas de lien d'intérêts (oui, en fin d'article !) ? Il n'a pas d'intérêts dans la revue, mais dans la base Transparence Santé, je vous assure qu'il y a un paquet d'euros !!!!  Des précisions sur Caducee.net. Il en a de partout, du lourd comme chez les cancérologues : que fait la rédaction de la revue ??? Si la revue savait faire, elle devrait rétracter cet article !!!! Le rédacteur en chef s'appelle JJ Monsuez. Dans le même numéro, un éditorial sur ces recos, encore par un auteur sans lien d'intérêts (à vérifier). Ces recos sont citées par d'autres articles..

En 2011, la HAS avait fait la même erreur avec des recos diabète... enlevées du site...    donc la HAS n'apprend pas de ses erreurs, bien que la HAS reconnaisse que l'apprentissage par l'erreur soit une méthode de formation ! ETONNANT ! NON

La HAS a pris la bonne décision en abrogeant ces recommandations "Principales dyslipidémies : stratégies de prise en charge". Bonne décision BRAVO, mais gestion désastreuse ! Quand une revue, une institution, la collaboration Cochrane, et tous ceux qui respectent l'intégrité prennent une décision d'abrogation, le document abrogé reste disponible en ligne. En général, il y a une mention claire sur la rétractation ou abrogation : mettre en rouge sur chaque page le mot Retracted est la bonne pratique.

Les faits sont bien décrits sur le site du Formindep avec le titre "Mauvaises pratiques des recommandations de la HAS". Le Collège de la Médecine générale, la Revue Prescrire, et le Formindep ont remarqué que les recommandations concernant la prise en charge des principales dyslipidémies étaient mauvaises, et que des conflits d'intérêts avaient pu influencer ces recommandations. Voici un extrait du site du Formindep : "La HAS a fait le choix d’endosser les recommandations produites par des sociétés savantes le plus souvent financées par les firmes pharmaceutiques concernées, rédigées par des médecins leaders d’opinion qu’elles rémunèrent, et parfois élaborées sans même méthodologie décrite ni gradation des niveaux de preuves. La qualité scientifique des recommandations qui en résulte n’est pas assurée. Nombre de recommandations reposent en grande partie sur le seul avis d’experts; ce faible niveau de preuves est d’autant plus préoccupant lorsqu’il se cumule avec une absence de transparence et d’indépendance.". Je connais les méthodes d'analyse de la littérature et de préparation de recommandations : en bref, les dérives sont majeures, et la HAS devrait sous-traiter ses revues systématiques à la Collaboration Cochrane qui travaille mieux.

La qualité des documents de la HAS laisse rêveur !

J'ai une pensée pour les personnels intègres de la HAS et qui souffrent en silence car cette situation n'est pas acceptable. La HAS a pendant un certain temps fait la promotion des bonnes pratiques sur le net en collaboration avec la fondation Health On the Net.

Le communiqué de presse HAS règle un compte avec le ministère "Elle [note : la HAS] souhaiterait disposer des données en temps réel sur la base transparence-santé pour que l’analyse des liens au moment de la constitution des groupes de travail soit la plus précise possible." Ont-ils l'URL du site Transparence Santé ?

Merci au collègue qui a eu la gentillesse de me montrer ce cas.

Des règles simples pour écrire un article ‘multi-auteurs’… ou comment assainir des situations souvent conflictuelles

Chaque fois que je discute avec des chercheurs, la question du travail en équipe et surtout de la collaboration pour écrire est un sujet chaud; voire très chaud. La pratique la plus fréquente et celle du premier auteur qui envoie un manuscrit (sans l’ordre des auteurs) à ses co-auteurs, avec une demande vague : qu’en pensez-vous ? Les ennuis commencent et la sociologie de l’équipe est fantastique..  car la guerre atomique est déclenchée sur l’ordre des auteurs.

Dans sa série ‘Ten simple rules’, la revue PLOS Computational Biology a publié en novembre 2018 un article proposant 10 règles. La communication est plus complexe et les consensus plus difficiles à obtenir quand le nombre d’auteurs augmente. Il n’existe pas une règle qui puisse correspondre à tous. Voici les 10 règles que je ne commente pas :

1. Former votre équipe de rédaction avec précaution
2. Si vous prenez les initiatives, exercez votre leadership
3. Créer un plan de management des données : un DMP pour Data Management Plan
4. Décider ensemble sur des règles pour la paternité du travail, donc pour les auteurs
5. Décider d’une stratégie pour la rédaction, avec le diagramme de décision ci-joint
6. Choisir les outils électroniques pour répondre à vos besoins
7. Etablir des dates à respecter et s’y tenir
8. Etre transparent pendant tout le process
9. Une culture d’égalité, de diversité et d’inclusion
10. Considérer les implications éthiques concernant les contributeurs

Frassel MA, et al. Ten simple rules for collaboratively writing a multi-authored paper. PLOS Computational Biology 2018

La recherche dite 'hélicoptère' ne peut pas durer.. mais comment faire ?

• C'est un rapport américain, des National Academies of Sciences, Engineering, Medicine, qui m'a fait découvrir cette problématique. Pour moi, la recherche 'hélicoptère' se limitait à ces médecins allant en Afrique prendre des données pour les publier dans de bonnes revues sans les noms des travailleurs de terrain, etc...  Eh bien, c'est plus large d'après ce rapport de 335 pages, dont je n'ai lu que 40 pages... Il s'agit d'une réflexion américaine, et il existe des réflexions internationales assez proches, comme la Research Data Alliance par exemple. La journée nationale française RDA se tiendra le 5 novembre 2018 au Ministère de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation.

Le rapport américain, intitulé "Returning Individual Research Results to Participants: Guidance for a New Research Paradigm " définit le périmètre de leurs réflexions, car la recherche hélicoptère concerne essentiellement les recherches humaines (biomédicale, psychologique, comportementale. Le rapport a été limité aux bio-spécimens humains, à savoir des échantillons collectés à partir du corps humain (urine, sang, tissus, cellules,..), en éliminant la radiologie, les études comportementales, etc.. mais la génétique et l'environnement sont très concernés, ainsi que les essais cliniques. Le concept du rapport, ce sont les résultats de la recherche sur l'individu, et 3 types de retours sont discutés : les résultats anticipés pour tous les participants, les réponses à une demande individuelle, et l'offre de résultats à un individu (pas obligatoirement demandeur).

La recherche doit sortir d'un concept paternaliste considérant que les participants ne peuvent pas comprendre et distinguer les résultats généraux de la recherche (savoir généralisable à une population), et les résultats des recherches individuelles dans le cadre d'une recherche clinique par exemple. La publicité de résultats incertains, nécessitant des validations, ou de mauvaise qualité engendrent des risques car les participants peuvent prendre des décisions de vie sur ces données qui peuvent être mal interprétées. En plus les coûts pour diffuser ces données doivent être considérés. Le comité a bien considéré les avantages et risques de diffuser ou ne pas diffuser les résultats individuels de la recherche. Tout ceci, dans un contexte légal déjà bien encadré. Le rapport a des diagrammes de flux intéressants, et 12 recommandations détaillées, dont je ne reprends que les titres, au risque d'être trompeur, et bien sûr incomplet :

1. Déterminer les conditions dans lesquelles les résultats de chaque recherche seront communiqués aux participants
2. Élaborer un système de gestion de la qualité pour les laboratoires de recherche qui analysent les biospécimens humains
3. Assurer la haute qualité des résultats de recherche individuels qui sont retournés aux participants
4. Assurer des ressources et une infrastructure adéquates pour produire des résultats de recherche de haute qualité
5. Intégrer les besoins, les préférences et les valeurs des participants dans le processus d'évaluation de la prise de décision concernant le retour des résultats de recherche individuels
6. Inclure des plans pour le retour des résultats de recherche individuels dans les protocoles de recherche
7. Assurer la planification du retour des résultats de recherche individuels dans les demandes de financement
8. Élaborer des politiques et des procédures à l'appui de l'examen des plans concernant le retour des résultats de recherche individuels
9. Garantir la transparence en ce qui concerne le retour des résultats de la recherche dans le processus de consentement
10. Favoriser la compréhension des résultats de recherche individuels par les participants à la recherche
11. Élargir la base de données empiriques pertinentes pour le retour des résultats de recherche individuels
12. Réviser et harmoniser les règlements à l'appui du retour des résultats de recherche individuels

Preprints : des recommandations en discussion chez COPE. Bonne idée, mais est-ce que les revues scientifiques françaises acceptent les preprints ?

Je n'ai pas la réponse à cette question et vos avis seraient utiles. J'ai déjà vu un article en français ayant eu un preprint en français....  mais la rédaction ne semble pas au courant....   Je pense que les comités de rédaction de nos revues françaises doivent se poser la question et définir une politique affichée dans les recommandations aux auteurs.

• La plupart des revues prestigieuses adaptent leurs instructions, par exemple, le groupe PLOS : "PLOS encourages authors to post preprints as a way to accelerate the dissemination of research." De plus, PLOS a un accord avec BioRxiv, et, comme d'autres registres de preprints, lit les articles avant mise en ligne puis peer-review : "PLOS ONE screens preprint submissions for bioRxiv suitability upon submission and before the manuscript enters the peer review process." Avant mise en ligne, le preprint est vérifié : c'est un manuscrit de recherche avec données originales, le texte n'est pas offensant, sexiste, raciste... , plagiat vérifié, propriété des images vérifiées, thème sur des la santé publique refusés (crainte que des lobbies utilisent les preprints pour des messages.. par exemple anti-vaccins)....  Que font les revues françaises ? Encouragent-elles les preprints ? 

 

• Pour réfléchir à cette problématique, COPE (Committee On Publication Ethics) a proposé en mars 2018 une réflexion sur les preprints (version 1 car ce document va évoluer). Pour COPE, A preprint is a scholarly manuscript posted by the author(s) in an openly accessible platform, usually before or in parallel with the peer review process.

Le document de COPE répond aux questions principales :

• Why use preprints?...  rapidité, prendre date, rendre public,....
• Challenges. difficile, mais pas de risque d'être copié et publié, questions de copyright non solutionnées...
• Ethical questions for journal editors : Est-ce que les preprints sont une publication ? Est-ce que les preprints établissent l'antériorité ? Que se passe-t-il lorsque le preprint est ensuite publié dans une revue ? Est-ce que les preprints peuvent être disposés sur plusieurs plateformes ? Quelles sont les différentes licenses pour leur utilisations ?
• Le document de COPE apporte des propositions, qui sont en court de discussion.....   avant de proposer une politique pour les revues....   Ensuite des recommandations pour les revues, pour les éditeurs, pour les plateformes de preprints, pour les auteurs ; puis quelques limites et des exemples de serveurs de preprints dans la plupart des disciplines. 

Certains pays européens sont sous-performants dans la recherche sur le cancer par rapport à leur PIB et doivent faire davantage pour faire face au fardeau croissant du cancer.

Une équipe de chercheurs britanniques (Londres) a effectué une analyse bibliométrique des documents de recherche européens sur le cancer dans le Web of Science de 2002 à 2013 dans le but de quantifier l'activité de recherche. C'est un article de septembre 2018 dans European Journal of Cancer. Parmi eux figuraient les 28 États membres de l'Union européenne (UE), ainsi que l'Islande, la Norvège et la Suisse (UE31). Les données sur la charge de morbidité ont été obtenues de l'Organisation mondiale de la santé. Les articles ont été analysés par domaines anatomiques et de recherche sur le cancer. Les sources de soutien financier (2009-2013) ont été recherchées. Les données sur le produit intérieur brut (PIB) des pays ont été utilisées pour contextualiser les résultats.

Il y a des limites à une telle recherche bibliométrique qui inclut seulement les données publiées, sans évaluer la qualité des articles de recherche, ni le montant du financement par article de recherche. Les principales observations étaient les suivantes :

• Les articles de recherche sur le cancer de l'UE31 correspondaient bien au PIB national (r2 = 0,94).
• Certains sièges de cancer (poumon, œsophage et pancréas) n'ont pas fait l'objet de recherches suffisantes par rapport au fardeau croissant de la maladie et au mauvais pronostic.
• Le système nerveux central et les cancers du sang ont été plus généreusement soutenus que leur fardeau ne le justifiait.
• Le dépistage représente 8 % des articles sur le cancer du sein, 1,7 % des articles sur le cancer du poumon, 0,59 % des articles sur l'œsophage et 0,33 % des articles de recherche sur le pancréas.
• Une analyse des domaines de recherche a révélé une rareté de la recherche sur la radiothérapie (5 %), les soins palliatifs (1,2 %) et la qualité de vie (0,5 %).
• Le portefeuille de recherche européen doit inclure davantage d'activités en chirurgie et en radiothérapie, étant donné leur rôle important dans la guérison et la lutte contre le cancer.
• Deux domaines de recherche fondamentale, à savoir la génétique et l'épidémiologie, semblent bénéficier d'un soutien substantiel. Cet accent peut refléter le degré de publicité accordé à ces domaines dans les reportages des médias.
• Il est particulièrement nécessaire d'encourager le financement caritatif et philanthropique en Europe de l'Est, où le soutien à la recherche sur le cancer provient presque entièrement du gouvernement central.

Référence                               

Begum M, Lewison G, Lawler M, Sullivan R. Mapping the European cancer research landscape: An evidence base for national and Pan-European research and funding. European Journal of Cancer 2018;100:75-84.

PRISMA Scoping review est utile car ces synthèses de littérature se développent

Ce sont les Annals qui le 4 septembre 2018 ont publié les lignes directrices PRISMA adaptées pour les Scoping Review. 

En mars 2016, nous avons présenté un article qui souhaitait que des recommandations pour écrire des scoping review soient préparées, c'est fait avec PRISMA-ScR. Mais avant d'écrire, il faut des recommandations pour faire ces scoping reviews, ou études de portée selon nos collègues canadiens. Il existe le manuel de JBI (Joanna Briggs Institute) en Australie. Ce manuel de 2015 (actualisé en 2017) est complet, et intéressant. Les recommandations PRISMA ScR font référence au travail de JBI.

L'article des Annals commence par préciser ce que sont les Scoping reviews : Scoping reviews can be conducted to meet various objectives. They may examine the extent (that is, size), range (variety), and nature (characteristics) of the evidence on a topic or question; determine the value of undertaking a systematic review; summarize findings from a body of knowledge that is heterogeneous in methods or discipline; or identify gaps in the literature to aid the planning and commissioning of future research.

L'article est bien fait, comme la plupart de ceux qui proposent des lignes directrices : il y a la méthode de travail pour préparer le travail (3 tours Delphi), puis la grille PRISMA ScR, et ensuite des exemples nombreux pour répondre aux 27 items de PRISMA ScR.

INQUIRE pour diminuer le gaspillage de la recherche : des suggestions pour les universitaires et les institutions

Depuis janvier 2014, nous avons évoqué plusieurs fois les initiatives REWARD, surtout poussés par des articles du Lancet. Il s'agit de décrire puis de lutter contre le gaspillage de la recherche. Plusieurs articles ont fait le point sur les propositions. 

Dans PLOS Medicine, en juin 2018, un article intitulé "Academic response to improving value and reducing waste: A comprehensive framework for INcreasing QUality In patient-oriented academic clinical REsearch (INQUIRE)" présente un énorme travail collaboratif pour guider les institutions qui allouent et évaluent les recherches.

INQUIRE (INcreasing QUality In patient-oriented academic clinical REsearch) est un document avec des recommandations pour les universitaires et les institutions. Ils s'agit de propositions pour l'élaboration d'initiatives d'amélioration de la qualité et l'établissement de programmes de recherche pour accroître l'efficacité et la qualité de la recherche axée sur le patient à toutes les étapes d'une étude, c.-à-d. de la conceptualisation de la question de recherche à la communication des résultats de l'étude et à l'application des connaissances.

Une méthode Delphi bien faite avec plusieurs tours (tout est dans les suppléments !) a décrit un cadre qui porte sur cinq étapes d'une étude (concept, planification et faisabilité, conduite, analyse et interprétation, rapports et transfert des connaissances) et qui comprend les dimensions suivantes : (i) protection de la sécurité et des droits des patients, (ii) pertinence/centrée sur le patient et implication, (iii) minimisation des biais (validité interne), (iv) précision, (v) transparence/accès aux données, et (vi) généralisabilité (validité externe) des résultats de l'étude.

Le grand tableau (table 3) liste des suggestions et il est très bien fait et il fait 3 pages avec des questions pertinentes. INQUIRE a été utilisé en Suisse, et cette expérience est décrite dans l'article.

68 compétences utiles pour pratiquer l'Evidence-Based-Practice ! Certains n'ont pas compris !

Bon article paru dans JAMA Network Open le 22 juin 2018 avec le titre "Core Competencies in Evidence-Based Practice for Health ProfessionalsConsensus Statement Based on a Systematic Review and Delphi Survey". Déjà 16 000 téléchargements en moins d'un mois ! Evidence-best-pratice (EBP) est préférable à Evidence-Based-medicine. Il s'agit d'un énorme travail et les méthodes ont été bien décrites (image à droite). Les auteurs sont canadiens, anglais, australiens, américains, africains du sud,... tous engagés dans des centres d'évaluation des stratégies de santé. L'objectif était de proposer des compétences pour les professionnels qui évaluent la littérature et proposent des stratégies fondées sur des preuves. Ce métier semble en perdition en France, quand la HAS ne sait plus évaluer correctement la littérature, comme ce fût le cas avec la maladie de Lyme... Il nous faudra du temps pour revenir de ces périodes actuelles, où les croyances sont devenues la norme, plutôt que les connaissances...

Ce sont 68 'EBP core competencies' qui ont été sélectionnées à partir de nombreuses propositions. L'article a 35 bonnes références. Un tableau les liste en les classant ainsi : Introductory d'abord et ensuite les 5 étapes de l'EBP : Ask, Acquire, Appraise and interpret, Apply, Evaluate. En lisant la liste des 68 compétences, vous verrez qu'il s'agit avant tout de connaître les méthodologies de recherche, de ne pas confondre série de cas et essai randomisé. Certaines compétences résonnent quand nous voyons la gabegie concernant le dossier français de la maladie de Lyme, par exemple :

• Pour chaque type de question, comprendre quelles modalités d'expérimentations pourront répondre à la question
• Reconnaître que l'association ne signifie pas causalité, et savoir l'expliquer
• Comprendre l'intérêt d'identifier les conflits d'intérêts et les sources de financement
• Savoir différencier revues systématique, méta-analyse, revue non systématique
• Faire la différences entre des recommandations fondées sur des preuves ou sur des opinions d'experts

Il y a 68 compétences qui méritent toutes d'être lues, comprises et mises en pratique...

Merci à Anne Depaigne-Loth

La communauté scientifique française est très en retard pour l'évaluation des chercheurs... encore basée sur le plus mauvais indicateur, le dieu JIF

C'est incroyable, car nous avons encore besoin de rapports pour exposer ce qui était déjà exprimé dans les années 1970s....   Incroyable, car dans la communauté biomédicale, le dieu JIF (Journal Impact Factor) règne, et le pire c'est SIGAPS pour allouer de l'argent en fonction de la notoriété des revues et surtout pas de la qualité des articles et recherches...  SIGAPS est un bon outil bibliométrique...  c'est son usage qui est biaisé .....  C'est le mutisme dans les CNU : j'ai rien entendu, rien vu, rien dit sur le dieu JIF....   et je suis triste quand un facteur d'impact baisse, content quand il monte. Ce sont de très grands naîfs, ceux qui vénèrent JIF. Lisez un rapport de l'EAU (juin 2018) pour ouvrir les yeux de vos collègues. 

Arrêtons d'attribuer des ressources et nommer des chercheurs en fonction de la notoriété des revues, critère de substitution qui n'évalue pas la qualité des recherches. J'ai fait une copie d'écran d'un rapport de juin 2018 (40 ans après la mise en évidence des biais du JIF) :

www.goodreports.org : un nouveau site pour aider les auteurs d'articles biomédicaux à remplir une ligne directrice

C'est un travail dérivé du site EQUATOR qui contient toutes les lignes directrices pour écrire des articles. Ce site d'accès gratuit s'appelle GoodReports et c'est une bonne idée. Il s'agit d'aider les auteurs pour choisir la bonne ligne directrice et ensuite de la remplir en ligne. Il ne reste plus qu'à télécharger le pdf à joindre à la soumission de votre article. Ce site est simple et utile. De plus en plus souvent, les revues apprécient de recevoir la checklist des lignes directrices avec l'article.

 

GoodReports a été développé par EQUATOR et Penelope. Cet outil, Penelope, semble assez bien fait et utile. Vous téléchargez le word de votre manuscrit et le nom de la revue ciblée. Les exemples sont convaincants, mais je ne l'utilise pas. La description sur leur site est : S'assurer instantanément que les manuscrits répondent aux exigences du journal. Penelope est un outil en ligne qui vérifie automatiquement les manuscrits académiques écrits en Microsoft Word. En quelques secondes, il évalue la structure, les déclarations, les statistiques, le référencement et d'autres erreurs courantes. Les auteurs peuvent consulter les commentaires en ligne et télécharger une version commentée de leur fichier.

Lyme : les 'oies dorées' de la HAS, aux ordres du politique, préfèrent les croyances plutôt que l'expertise scientifique !

J’ai été étonné de voir le nombre d’articles de presse et de réseaux sociaux évoquant un rapport de la Haute Autorité de santé (HAS) sur la maladie de Lyme (Quotidien du Médecin, JIM, et la communiqué AFIS qui précise que 12 organisations n’ont pas voulu signer le rapport, etc… à lire...). Quand les « experts » se battent dans un marigot, c’est qu’aucune règle du jeu n’a été proposée. Cela semble être le cas pour la HAS car l’analyse de la littérature est devenue un exercice intellectuel privilégiant des courants de pensée et ignorant la méthodologie de recherche scientifique et le concept de preuve scientifique. A l’époque des fake news, certains combats sont-ils perdus d’avance ? Regardez le billet d’hier sur les ‘Mute news’ à propos de l’affaire honteuse de GE Séralini.

Je précise que j’ai un lien d’intérêt ancien de 18 ans, ayant participé aux missions de l’ANDEM et de l’ANAES, avant l'années 2000, et avant la création de la HAS. Je connais les méthodes d'analyse de la littérature !

L’argumentaire Lyme de la HAS ne peut qu’amener à des conflits. Normalement, avant de faire des RPC (recommandations de pratique clinique), il faut faire une revue systématique de la littérature. Cette revue de systématique établit les bases incontestables de la science. Ensuite les avis d’experts sont sollicités (encore faut-il définir correctement l’expert, plutôt que de qualifier expert toute personne qui se revendique expert). En lisant le rapport Lyme HAS, un argumentaire de 398 pages, il y a de bonnes choses et du pipi de chat, et le lecteur ne sait pas faire la différence.

Dans cet argumentaire, page 307, il y a la méthode de travail et tout semble sérieux. La référence c’est le guide méthodologique de la HAS (mars 2016) qui en page 10 dit : La rédaction de l’argumentaire scientifique est précédée d’une phase de recherche documentaire et d’analyse critique de la littérature. L’annexe 2 présente les modalités de recherche documentaire. Pour plus de détails sur l’analyse et la synthèse de la littérature, se reporter au guide méthodologique spécifique (15). L’annexe 3 présente les niveaux de preuve et les gradations correspondantes.  Le guide  méthodologique RPC renvoie au guide sur l’analyse de la littérature qui explique que pour chaque article lu, il faut remplir une grille pour en évaluer la qualité… ces grilles éliminent plus de 90 % des articles sélectionnés. De manière intéressante, la notion de niveau de preuve bien formalisée par la HAS semble avoir été totalement ignorée ! Bizarre…  alors que ceux qui ont lu la littérature sont probablement de bons cliniciens, mais avec une formation légère à la méthodologie de sélection des articles, et des méthodes pour faire une revue systématique. Connaissent-ils le rapport sur les niveaux de preuve ? Oui, certainement. L'appliquent-ils ? Je ne sais pas. Page 7 de l'argumentaire : L’absence de gradation ne signifie pas que les recommandations ne sont pas pertinentes et utiles (relire 3 fois cette belle phrase). La HAS a très bien décrit comment formaliser les avis d'experts dans un guide, mais n'utilise probablement pas sa méthode ! Méthode excellente mais mise en oeuvre difficile.

Pour l'argumentaire Lyme, la recherche documentaire est très bien décrite, et bien faite. Mais la revue systématique n'est pas claire. Voilà l’état d’une revue systématique classique selon des méthodes rigoureuses :

• Sur 195 revues systématiques, le taux moyen de sélection des articles était de 3 % ; je résume : le taux de rendement moyen des études incluses était de 2,94 % (ET 6,49 ; extrêmes de 0 à 64,71 %) ; il s'agissait du rapport entre les études incluses dans la revue et les études identifiées, en éliminant les doublons, et calculé à partir du diagramme de flux PRISMA ; les extrêmes du nombre d'articles inclus étaient 0 à 291 articles.

• J’ai consulté le rapport d'avril 2018 du NICE (agence anglaise d’évaluation), rapport qui ne couvre pas exactement le même champ que le rapport HAS. Le titre est Lyme disease: diagnosis and management [B] Evidence review for diagnostic accuracy of signs and symptoms. Vous observez (image à droite) que de 16 167 références, l’analyse de la littérature a inclus 16 articles. Il aurait été souhaitable de voir des diagrammes de ce type dans l’argumentaire HAS...

• Pour l’argumentaire HAS en page 315, il y a : L’analyse a été réalisée selon le guide d'analyse de la littérature et gradation des recommandations de l’ANAES. Un niveau de preuve a été attribué aux études en fonction de leur qualité méthodologique. Résultats HAS :    Nombre références identifiées : 1483 ; Nombres de références analysées : 876 ; Nombre de références retenues : 600...   soit un taux d'inclusion de 600 / 1483 =  40 % (j'aurais pu faire 600 / 876). Il est évident que là commencent les erreurs... pas possible d'avoir 600 articles de qualité, quand il existe des données montrant que largement plus de 50 % des articles sont embellis, et que 50 % ne sont pas reproductibles. Mais allez faire comprendre cela à des oies dorées.

Il serait souhaitable, pour chacun des 600 articles inclus dans l’argumentaire, que l’on dispose de la grille de lecture (puisque ces grilles ont été remplies conformément à la méthode adoptée). J’ai regardé quelques références, et certaines sont des petites séries de cas. Ce sont des observations intéressantes apportant des hypothèses, mais en aucun cas une quelconque preuve scientifique. Dans l’histoire de la médecine, des dérives en utilisant des cas cliniques en lieu et place de preuve scientifique ont été observées. Dans les années 90s, aux USA, le cas des prothèses mammaires en silicone est un bon exemple. Des tribunaux ont accordé des millions de dollars à des plaignantes et avocats sur la base de cas cliniques faisant l’hypothèse que ces prothèses pouvaient causer des maladies auto-immunes. En 1994, Dow Corning a provisionné 4,25 milliards de dollars avant de déposer le bilan et disparaître. Plus tard, quand de bonnes méthodes ont montré l’innocuité de ces implants, ils ont été réintroduits sur le marché. Toute l’histoire est dans un excellent livre Science on Trial de Marcia Angell : faites le lire car dans quelques années, le rapport Lyme aura fait des dégâts... La pseudo validation par la HAS de cas sans preuves sera du pain béni pour les avocats...

J’ai évoqué le pipi de chat, tiens par exemple l’annexe 7 en page 323, dont la HAS se dédouane tout la en publiant ! Vous avez un listing de traitements : est-ce que pour chaque molécule, des essais randomisés comparatifs de bonne qualité dans la maladie de Lyme ont été évalués par la HAS ? Qui a analysé ces données et avec quelles méthodes ? Est-ce que la HAS a vérifié les autorisations de mise sur le marché de ces molécules avant de presque cautionner leur indication dans ces maladies ????

Tout ceci est grave, car il s’agit de mettre à mal les méthodologies scientifiques pour privilégier des croyances. La conférence de presse HAS a été faite par quatre oies dorées qui n’ont pas de bases méthodologiques, ou qui se mettent au service de l’administration et pas de la science (quand ces oies connaissent un peu la méthodologie). Je dis oies dorées, bien que j’espère que la revue Challenges, le 28 octobre 2010, se soit trompée dans son article intitulé « Les rémunérations des présidents d'autorités administratives indépendantes« . Il existe des personnels de qualité à la HAS, et je leur recommande de ne rien dire.... car le pouvoir politique est fort...   et par exemple Trump a poussé à la fermeture du site des recommandations américaines.

Des trucs drôles : la gestion des conflits d'intérêts OMERTA et circulez ; la FFMVT, dont les instances font que des membres du conseil d'administration sont également dans le conseil scientifique ! Bizarre comme fonctionnement pour une société dite savante.....  

Trump a tué la NGC, National Guideline Clearinghouse. Le site US des recommandations en santé ferme le 16 juillet

Dans le domaine de la santé, nous avons l'habitude de rechercher des recommandations, et l'AHRQ (Agency for Healthcare Research and Quality) est l'agence d'évaluation américaine. En France, la HAS a des activités similaires à l'AHRQ, bien que les agences ne soient pas comparables.

La AHRQ a publié de très nombreuses recommandations qui sont accessibles sur le site NGC. C'est STAT (I Oransky et A Marcus de RetractionWatch) qui, le 13 juin 2018, nous détaille l'histoire avec un billet intitulé "Trump administration is shutting down practice-guidelines clearinghouse for doctors". Les coupes budgétaires sont sévères aux USA : le budget de la NGC a été de 1,2 million USD en 2017, comparé à 2,1 millions en 2016. Pour l'AHRQ, la coupe budgétaire est majeure : "Despite a modest bump in its 2018 funding, the AHRQ’s $334 million annual budget is $120 million below its 2010 level, adjusted for inflation."

Dépéchez-vous si vous avez besoin de recommandations sur ce site car la page de garde est :

Partage des données de la recherche : les revues prestigieuses sont de plus en plus rigoureuses

Dans Science, fin avril 2018, une déclaration commune a été signée par 5 rédacteurs connus représentant des groupes de revues : Science Family Journals, groupe Nature, group PLOS, PNAS, Plant biology, et revues de Cell Press. Ce sont les revues les plus prestigieuses qui commentent une règle proposée par l'EPA (Environmental Protection Agency) aux USA : "The rule will ensure that the regulatory science underlying Agency actions is fully transparent, and that underlying scientific information is publicly available in a manner sufficient for independent validation".

Ces revues ont déjà adopté les recommandations TOP (Transparency and Openess Promotion), depuis 2015. Elles veulent aller plus loin : "Nous sommes en faveur du maintien de la rigueur de la recherche publiée dans nos revues et d'une transparence accrue en ce qui concerne les données probantes sur lesquelles se fondent les conclusions. Dans le cadre de ces objectifs, nous exigeons que toutes les données utilisées dans l'analyse soient mises à la disposition de tout chercheur aux fins de reproduction ou d'extension de l'analyse".

Vous saurez tout sur TOP à partir du site de OSF (Open Science Framework) : voir image ci-dessus. Il existe de grandes variations selon les disciplines. Bien sûr, pour des données humaines, elles doivent être anonymisées. La problématique est aussi celle du lieu de l'archivage : soit le labo d'origine, soit des registres dédiés. Les recommandations de PLOS listent au moins 100 registres pour déposer des données, car le groupe PLOS a déjà publié plus de 35 000 articles accompagnés des données sources !

Mettre des articles publiés dans revues peu prestigieuses dans un CV a des effets délétères

Nous avons fait un billet sur les dangers, dans un CV, d'ajouter des articles publiés dans des revues prédatrices. Un article publié dans Journal of Economic Psychology (avril 2018) par des auteurs américains apporte d'autres arguments pour les CV : son titre est Lower-Rated Publications Do Lower Academics’ Judgments of Publication Lists: Evidence from a Survey Experiment of Economists

Voici les highlights des données de cet article qui est probablement généralisable à d'autres disciplines :

• Nous avons fait une enquête de terrain sur le jugement des économistes concernant les listes de publications.
• Nous avons demandé à des économistes de 44 universités d'évaluer différents curriculum vitae hypothétiques.
• Un CV court est préféré à un CV long qui contient toutes les publications du CV court.
• Ajouter des publications provenant de revues de rang inférieur a une incidence négative sur les jugements.
• Il y a des preuves solides d'un effet défavorable au sein de notre profession.

Les auteurs ont eu 378 réponses (taux de réponse 16 %) d'économistes de 44 universités dans le monde : 14 UK, 12 USA, 2 Canada, 5 Europe continentale, 1 Hong Kong, 3 Singapour, 6 Australie, 1 New Zealand. Ils ont évalué des CV factices alloués de manière aléatoire sur un outil internet. Les CV contenaient des références à des articles de haut ou bas facteur d'impact.

Il est clair que les articles de revues prestigieuses sont bien évalués, et qu'ajouter des articles moins prestigieux peut avoir un effet délétère. Il vaut mieux un CV court avec des articles dans de bonnes revues. L'article est long mais intéressant. Il y a  la liste des revues de la discipline mises dans les CV, classées en top 5 et non-top 5. Il y a des données, avec 9 tableaux.

Est-ce généralisable ? OUI, je crois. car il y a beaucoup de réponses bien qu'elles provenienent surtout du monde anglo-saxon développé.

Qu'en pensent les membres de CNU qui nous lisent ?????

10 règles simples pour structurer vos articles :

Dans l'excellente série de PLOS Computational Biology, des américains ont proposé 10 règles dans un article intitulé "Ten simple rules for structuring papers". Attention, il s'agit du formatage d'articles scientifiques en général, et tout ne colle pas avec le format IMRaD de la biomédecine.

Les principes généraux :

1. Concentrez votre article sur une contribution centrale, que vous communiquez dans le titre. Avec cette phrase "Vos efforts de communication sont couronnés de succès si les lecteurs peuvent encore décrire la principale contribution de votre article à leurs collègues un an après l'avoir lu."
2. Écrivez pour des êtres humains en chair et en os qui ne connaissent pas votre travail. Avec cette phrase : "Parce que vous êtes le plus grand expert mondial dans ce que vous savez faire, vous êtes aussi la personne la moins qualifiée au monde pour juger votre rédaction du point de vue du lecteur naïf.
3. S'en tenir au schéma contexte-contenu-conclusion (C-C-C). Un article, ce sont trois idées : le contexte, vos données, et la conclusion....  Tous ceux qui dévient de ce chemin se perdent...
4. Optimisez votre flux logique en évitant les zigzags et en utilisant le parallélisme. L'histoire du parallélisme suppose qu'entre les parties de votre article, vous utilisez les mêmes mots, les mêmes concepts s'ils doivent être réutilisés... Surtout évitez les synonymes, etc...

Les composants d'un article :

1. Raconter une histoire complète dans le résumé. Ce sera parfois la seule partie de votre article qui sera lue, donc mettez tout en gardant à l'esprit C-C-C
2. Expliquez pourquoi l'article est important dans l'introduction. Vous terminez l'introduction par la question de recherche, mais auparavant : "L'introduction souligne l'écart qui existe dans les connaissances ou les méthodes actuelles et pourquoi cet écart est important. Cela se fait habituellement par une série de paragraphes de plus en plus spécifiques qui aboutissent à une exposition claire de ce qui manque dans la littérature, suivie d'un paragraphe résumant ce que le document fait pour combler cette lacune."
3. Fournir les résultats sous la forme d'une séquence d'énoncés, appuyés par des chiffres, qui se relient logiquement pour soutenir la contribution centrale.
4. Discuter de la façon dont l'écart (voir intro) a été comblé, des limites de l'interprétation et de la pertinence par rapport au domaine. J'ai l'habitude de dire : 'n'oubliez pas de dire que votre travail est bon et que vous avez des forces !'

Procédure :

1. Attribuer du temps là où c'est important : titre, résumé, figures et description générale.
2. Obtenez de la rétroaction pour réduire, réutiliser et recycler l'histoire. Il vous faut des commentaires, du feedback de vos collègues... Important,... et ils doivent comprendre l'article !

Cet article a de mauvaises références, mal choisies, et mal citées (vieilles éditions des livres par exemple !). Une illustration reprend les 10 règles en donnant des exemples pour identifier des dérives :

 

10 types de revues systématiques : comment choisir ?

La qualité des revues systématiques est variable. La méthodologie de la collaboration Cochrane, basée sur les essais randomisés, est la meilleure. Il y a les revues systématiques Cochrane et les autres de qualité moyenne voire mauvaise !

Cet article de BMC Medical Research Methodology, début 2018, mérite attention car il donne de bons conseils. L'objectif est de bien définir 10 types de revues systématiques, avec de bonnes références. D'autres types de revues ne sont pas considérés (scoping review ou étude de portée, umbrella reviews,...). Voici les 10 types proposés :

1. Effectiveness reviews
2. Experiential (Qualitative) reviews
3. Costs/Economic Evaluation reviews
4. Prevalence and/or Incidence reviews
5. Diagnostic Test Accuracy reviews
6. Etiology and/or Risk reviews
7. Expert opinion/policy reviews
8. Psychometric reviews
9. Prognostic reviews
10. Methodological systematic reviews

Un tableau donne des exemples de questions à préparer pour faire une bonne revue systématique selon le type. De la méthode, de la méthode d'abord. Il y a ensuite la liste des étapes de la revue systématique, et je les ai traduits :

1. Objectifs clairement formulés et questions à aborder
2. Critères d'inclusion et d'exclusion, stipulés a priori (dans un protocole), qui déterminent l'admissibilité des études
3. Une recherche exhaustive pour identifier toutes les études pertinentes, publiées et non publiées.
4. Un processus de criblage et de sélection des études
5. L'évaluation de la qualité des études/articles inclus (risque de biais) et l'évaluation de la validité de leurs résultats, données et conclusions.
6. Analyse des données extraites des recherches incluses
7. Présentation et synthèse des résultats et des données résultats extraites
8. Interpréter les résultats, ce qui permettrait d'établir la certitude des résultats, ainsi que les répercussions sur la pratique et la recherche.
9. Établissement de rapports transparents sur la méthodologie et les méthodes utilisées pour effectuer la revue

Le modèle 'registered reports' adopté par des revues de finance et l'ouverture des données des revues de science politique

Il est intéressant de noter que des disciplines, devant la crise de reproductibilité, remettent en cause leurs méthodes de publication. La reproductibilité (ou plutôt la non-reproductibilité) a été très étudiée dans certains domaines, comme les sciences cognitives/neurosciences/psychologie, puis la biologie. Des disciplines comme la finance comprennent qu'un protocole est un préalable à toute expérimentation, ou que la réplication des données est nécessaire avant de publier.

Un billet de février 2018 sur Inside Higher ED, avec le titre 'Publication by design', nous apprend que le Journal for Accounting Research (facteur d'impact de 3,0, et un chèque de 500 § pour toute soumission d'article....) va tester le modèle Registered Reports, et que AJPS (American Journal of Political Science avec un facteur d'impact de 5,044) a une politique de réplication et vérification des données !

Registered Reports est un vaccin contre les biais : une acceptation provisoire est décidée par un peer-review basé sur l'introduction et les méthodes de l'article... plus tard, l'article est soumis avec les résultats et la discussion et, sauf problèmes, est accepté quels que soient les résultats. JAR a signé un éditorial (accès payant, bravo pour l'ouverture) en remerciant  Si dans le domaine biomédical, enregistrer un protocole est presque compris, il n'en est rien dans d'autres disciplines qui sont soumises encore plus au P-hacking, aux données omises, et autres manipulations pour embellir les données.

Le Journal of Accounting Research oppose le TEP (Traditional Editorial Process) au REP (Registration-based Editorial Process) et ils l'ont testé pour les communications soumises à un congrès : sur 71 propositions (protocoles), huit ont reçu la certitude que les résultats seront publiés dans la revue... Un confort pour les auteurs qui n'ont plus besoin d'embellir les résultats pour plaire. Tout ceci est détaillé dans un bon manuscrit accepté (57 pages word !) intitulé "No System is Perfect: Understanding how Registration-Based Editorial Processes Affect Reproducibility and Investment in Research Quality". Une autre revue suit le mouvement, The review of Financial Studies (facteur d'impact de 3,689, et un APC de 2 275 € pour avoir son article en accès libre). Cette revue prévoit un numéro spécial sur la finance dans le domaine de la climatologie pour 2019 selon le modèle Registered Reports !

L'AJPS a une politique intéressante intitulée "AJPS Replication and Verification Policy". En bref, lors de la soumission, les auteurs doivent fournir la preuve que leur travail peut être répliqué ! Exigeant, mais utile. Les données de réplication doivent être déposées sur des registres dédiés et accessibles (liens dans les articles). Un document de 10 pages explique comment préparer les données de réplication !

Tout ceci est intéressant et montre l'ouverture progressive de tous les domaines de la science. J'ai une pratique minime de ces revues lors de mon MBA et j'ai aussi analysé des cas de plagiats dans ces domaines ! C'est intéressant de regarder comment sont écrits ces articles; Dans ce domaine, les comités de rédaction vont vers l'ouverture et la réplication, mais ils partent en retard.

SONG pour Standardized Outcomes in Nephrology : excellente initiative qui rejoint celles d'autres disciplines

Le mouvement est lent, trop lent.. et nous avons déjà évoqué la nécessité de disposer de critères standard pour toutes les recherches. Il est tellement difficile de comparer, compiler des résultats de recherche clinique quand les critères de jugement sont différents, voire quand ils sont identiques mais mesurés à des temps différents. La néphrologie s'y met avec SONG dont la version 1.0 a été publiée fin 2017.

Il s'agit d'une large initiative, supportée par des structures australiennes surtout, puis canadiennes...   Le SONG Handbook a été publié le 1 juin 2017. Il a 42 pages et plein d'exemples. C'est un très gros travail. SONG se décline en SONG-HD pour l'hémodialyse, SONG-KIDS pour les enfants et adolescents, SONG-TX pour la transplantation de rein, SONG-PD pour la dialyse péritonéale, SONG-PKD pour la maladie polykystique du rein, et SONG-CKD pour les maladies chroniques du rein. Beaucoup de collaborateurs, et de rares experts français dans les groupes. La Société Francophone de Transplantation supporte SONG, mais le mot-clé SONG dans le moteur de recherche du site de cette société mène nulle part ! 

Développement cohérent avec COSTAR, PRISMA et autres lignes directrices...  mais SONG n'est pas encore bien mentionnée dans les instructions aux auteurs des revues de la discipline. Les publications sur SONG sont nombreuses. C'est en rhumatologie que OMERACT a permis depuis 20 ans de développer une méthodologie pour ces objectifs. 

Méthode en page 7 du SONG Handbook : The methodology for establishing core outcome domains involves:

1. systematic review to identify outcomes that have been reported in trials;
2. focus groups with nominal group technique involving patients and caregivers to identify, rank, and describe reasons for their choices;
3. stakeholder interviews to elicit perspectives on core outcomes;
4. international online Delphi survey to distil and generate a prioritised list of core outcome domains based on consensus;
5. consensus workshop/s with stakeholders to review the core outcome domains and discuss implementation strategies. The development of core outcome measures follows a similar approach, and may involve validation studies.

Recommandations ICMJE : revues prédatrices et partages de données ajoutés dans la version de décembre 2017

Le comité international des rédacteurs de revues médicales a, comme chaque année, actualisé ses recommandations. La version française va être postée sur le site de ICMJE dans quelques jours. Vous la trouverez ici. Quelles sont les changements par rapport à décembre 2016 ?

1. La reprise des déclarations sur le partage des données. Maintenant, les auteurs doivent collaborer, ouvrir les données, etc... Cette partie est très importante, en reprenant une déclaration faite en 2016 puis 2017. Il faut lire les pages 14 et surtout 20 de ces recommandations pour voir un grand tableau avec des exemples pour le partage des données.
2. Une mention sur les dangers des revues prédatrices avec surtout l'information des auteurs : les auteurs doivent faire attention de ne pas se faire piéger.
3. Des petites précisions ça et la sans changements majeurs sur le fond.

De bonnes recommandations pour le contenu des plans d'analyse statistique dans les essais cliniques

C'est un point faible qui pourrait être amélioré par des recommandations proposées par des statisticiens et publiées dans le JAMA le 19 décembre 2017 (accès libre), avec un éditorial d'explication (avec paywall). Le titre "Guidelines for the content of statistical analysis plans in clinical trials" pour combler un vide en proposant d'avoir des plans d'analyse favorisant la transparence et le reproductibilité des essais. Les méthodes de travail pour élaborer ces recommandations sont très bien expliquées dans l'article, et elles témoignent de la recherche d'un consensus entre de nombreux experts : enquêtes, groupes de travail, méthode Delphi, tests et meetings en s'assurant de la participation de toutes les parties prenantes. Il n'existait pas de recommandations pour ces plans d'analyses et le résultat est plutôt réconfortant, l'objectif étant de diminuer les bidouillages lors de l'analyse des données des essais. Il y a eu 89 items au début du travail, et le document final est une liste de 55 items :

Il y a 6 sections dans la liste :

• Title and Trial Registration (11 items/subitems);
• Introduction (2 items);
• Study Methods (9 items/subitems);
• Statistical Principles (8 items/subitems);
• Trial Population (8 items/subitems);
• and Analysis (17 items/subitems).

 Il existe un document d'explication, avec des exemples. C'est un remarquable travail. Enregistrement des essais, protocoles et plans d'analyses permettent de rapporter correctement les résultats des essais cliniques.

Souhaitons que ces initiatives ne se limitent pas aux essais cliniques... tous les types de recherche devraient avoir des plans d'analyse préparés avant de conduire les expériences.......

La Revue Prescrire a raison : les guides de la Haute autorité de santé ont une très très grande marge d'amélioration....

Dans son numéro de janvier 2018 (page 71), La Revue Prescrire donne des informations sur son activité d'évaluation des guides élaborés par la Haute autorité de santé. Leur évaluation est plutôt bien faite, et ils ont des données objectives pour confirmer ce qui semble assez évident quand on discute avec ceux qui savent utiliser et évaluer la littérature (ils sont pas très nombreux).

Je reprends un paragraphe "Entre avril 2017 et octobre 2017, nous avons passé au crible 110 documents : 73 guides de pratique clinique, 13 fiches de pratique clinique, 9 recommandations en santé publique, 5 rapports d'évaluation des technologies de santé et 10 guides ALD.....   Au total, 7 guides ont été évalués "Intéressant" (la liste des 7 est en note), 21 "Acceptable", 58 "Inutile", et pour 24 d'entre eux Prescrire n'était "Pas d'accord". 

Autrement dit, 80 sur 110 documents sont à jeter...  quel gaspillage. C'est regrettable, et je suis plutôt d'accord avec les évaluateurs de Prescrire, mais pessimiste sur la possibilité de faire évaluer cette administration. Les dérapages sont causés par la précipitation des demandeurs qui ne comprennent pas qu'évaluer prend du temps et demande de la rigueur. Vitesse et précipitation sont sources de mauvaise qualité....   Je préfère ne pas m'étendre, mais j'ai lu des documents de la HAS très mal écrits, sans distinguer faits et opinions, sans savoir évaluer la littérature... un métier qui s'apprend.

Je suggère aux évaluateurs de reprendre la main et dire aux commanditaires : pour faire du bon boulot, il faut plus de temps, moins de fausses urgences, et moins de volume. La HAS aurait pu faire 50 excellents documents plutôt que 110 en allouant les bonnes ressources à chaque mission. Ces documents font partie du gaspillage des ressources.

Le dernier paragraphe de l'article de Prescrire est clair : "Des défauts récurrents déjà repérés en 2009 et 2014. Ce bilan de dix années d'analyse de guides de la HAS montre que cette institution publique ne s'est pas réellement dotée de moyens solides pour produire des outils fiables, élaborés en toute indépendance, pour aider les professionnels de santé à mieux soigner. Les défauts récurrents dans l'élaboration des recommandations de la HAS sapent sa crédibilité. Son qualificatif de 'haute autorité' n'est toujours pas justifié."

La plupart des membres du collège de la HAS sont de bons professionnels, capables de faire le même constat que Prescrire, mais ils préfèrent ne rien changer.

EQUATOR évolue bien : lignes directrices et un EQUATOR dédié à l'oncologie

EQUATOR est une excellent réseau avec un site très utile pour écrire des articles. Ce site est très méconnu parmi les participants aux formation à la rédaction. Le site compile 389 lignes directrices pour vous aider à écrire des articles. Sur la page de garde du site, il y a 11 lignes directrices mises en valeur car ce sont celles qui sont les plus utilisées. EQUATOR a une partie des lignes directrices traduites en espagnol et en portugais.

Le site EQUATOR a un sous-site dédié à l'oncologie supporté par Cancer Research UK. Tout le site EQUATOR est supporté par des institutinos britanniques. Outre les lignes directrices, ce site compile de très nombreuses informations spécifiques à l'oncologie. Un bulletin périodique devrait apporter les news en oncologie, et seul le bulletin de septembre 2017 est en ligne (janvier 2018). Il y a une compilation d'articles sur la qualité méthodologique des essais randomisés en oncologie. Les références à l'excellente série des Annals of Oncology sont utiles : Statistical Controversies in Clinical Research. Et beaucoup d'autres références, vidéos pour les chercheurs en oncologie.

Il est regrettable qu'il n'y ait pas de lignes directrices en français sur ce site. Sur certains des sites, comme CARE pour les CAse Reports, il existe des versions françaises. Dix des principales lignes directrices ont été traduites en français en 2014, et publiées dans Kinésithérapie La Revue... C'est très très utile, mais pas de liens avec le site EQUATOR...  Etonnant, NON !

Une nouvelle ligne directrice pour décrire l'implication des patients et du public dans les recherches... des patients sont rédacteurs de revues scientifiques

Il s'agit d'une ligne directrice qui a été ajoutée sur le site du réseau EQUATOR : GRIPP2 pour "Guidance for Reporting Involvement of Patients and the Public". Le BMJ est la revue en avance sur cette thématique peu diffusée. Le BMJ a publié en août 2017 un long article avec la mise à jour de cette ligne directrice (il existait une ancienne version). L'article, d'accès libre, décrit surtout les méthodes de travail pour mettre à jour cette ligne directrice de 2011, et publie la nouvelle grille sous un format long et court. De nombreuses personnes ont été impliquées dans ce travail, y compris des représentants de patients, et du public. Méthode Delphi avec 3 tours, et des entretiens. Le titre de cet article : "GRIPP2 reporting checklists: tools to improve reporting of patient and public involvement in research".

Le Royaume-Uni semble en avance sur l'intégration du public et de patients dans la mise en oeuvre et le déroulement de recherches scientifiques. Le BMJ a publié des articles sur le partenariat avec des patients, et a commencé de faire reviewer des articles par des patients, avec l'idée que cela devienne très fréquent. Au sein de la rédaction du BMJ, Tessa Richards a le titre de senior editor/patient partnership, et Rosamund Snow est patient editor. Voici par exemple, ci-dessous, une copie écran d'un éditorial du BMJ co-signé avec un 'patient editor' (septembre 2016) :

 

Il était logique de publier GRIPP2 dans le BMJ. La grille GRIPP2 a 39 items regroupés en 8 sections correspondant au plan d'un article de recherche. Elle est bien sûr focalisée sur le PPI (Public and Patient Involvement).

Nous avons présenté en décembre 2014 la création par BMC d'une revue dont le titre est Research Engagement and Involvement. Cette revue en est à sa 3ème année et a publié quelques articles chaque mois, avec des patients reviewers... D'autres projets avec l'engagement des patients existent aux USA et UK. Lors du Peer Reveiw Congress, Chicago 2017, il y avait des posters du BMJ sur l'engagement des patients.

JAMA publie sa politique de corrections des articles avec un éditorial "To err is human, to correct is divine"

Un éditorial du 5 septembre 2017 dans le JAMA est bienvenu avec un titre amusant : Correcting the medical literature: "To err is human, to correct is divine". Ce titre fait référence à un ouvrage américain de l'année 2000 (National Academies Press) qui a marqué la développement de la qualité en santé (To err is human. Building a safer health system). De nombreux professionnels ont lu ce livre (je l'ai encore chez moi !). En bref, il expliquait que les interventions des professionnels de santé (dont l'administration de produits de santé) étaient très risquées pour les malades !!!

Cet éditorial comprend un tableau avec toutes les définitions et stratégies suivies par les 12 revues du JAMA Network (et oui, déjà 12 revues...). Ce tableau définit :

• Minor error,
• Substantive error,
• Pervasive error,
• Scientific or research misconduct,
• Pervasive errors that should not be corrected or replaced.

Les stratégies du JAMA network sont définies pour chaque erreur :

• Article corrected online,
• Correction notice published,
• Letter and correction,
• Retraction and replacement,
• Retraction,
• Expression of concern.

Du grand professionalisme dont pourraient s'inspirer nos revues françaises (mais nos auteurs ne font pas d'erreurs...).

Mieux décrire les interventions dans les revues systématiques.. 8 recommandations majeures

Bravo au groupe de travail réuni en juin 2016, dont les recommandations ont été publiées dans le BMJ (20 juillet 2017) en accès ouvert, dans la rubrique Research Methods and Reporting. Il s'agit de recommandations pour améliorer les revues systématiques. Nous avons vu tous les biais des revues systématiques, dont l'épidémie est inutile, trompeuse, voire dangereuse ! Diffusons ces recommandations aux équipes qui font des revues systématiques (je dis bien 'équipes' car je suis triste quand je vois des thèses de médecine sur une revue systématique faite par un seul étudiant... c'est la que l'on comprend que des thèses sont mauvaises).

Le groupe d'expert a été bien choisi, en terme d'expertise, de nationalité et de participations aux réseaux Cochrane, et à la rédaction de lignes directrices, dont la plupart sont sur EQUATOR. Félicitons Ph Ravaud, Paris, d'avoir représenté la France. Le premier auteur, TC Hoffmann, était aussi à l'initiative de TIDieR, publié en 2014 dans le BMJ. TIDieR est une liste d'items pour décrire les interventions dans un article de recherche...  j'ai traduit en français cette liste d'items.

Voici la reproduction de la box 1 qui résume les 8 recommandations pour les revues systématiques : 

Planning the review

1 Consider intervention details during question formulation: Use TIDieR to identify any important details of the intervention that will determine the questions that the review will ask, including how broad or narrow the review should be and what the main comparison will be.

2 Describe intervention considerations in the review protocol: Describe the intervention and its relevant components (if multicomponent) and characteristics in the protocol. Relevant protocol sections might include: the review question, background, search terms, eligibility criteria, data items, and quantitative synthesis plans.

Conducting the review

Est-ce qu’un rédacteur médical peut soumettre un article par délégation de l'auteur correspondant ? OUI, pour moi

Le numéro de Juin 2017 de Medical Writing, revue de EMWA, est sur les Medical Devices. De nombreux articles sur ce thème, ainsi que d'autres articles des rubriques régulières.

Bonne réflexion de Philip Leventhal sur une question qui se pose parfois : Can a medical writer submit a manuscript on behalf of a corresponding author?. Il m’est arrivé de soumettre des articles alors que je n’étais pas l’auteur.. les revues acceptent.

Pourquoi cette situation : les auteurs n’ont pas le temps, ne savent pas bien faire les soumissions en ligne ; et si les auteurs ont demandé à un rédacteur médical d’écrire un manuscrit, pourquoi ne pourrait-il pas aussi soumettre le manuscrit au nom des auteurs ?

Comment cela se passe : soit parfois l’auteur correspondant donne ses codes (de la revue, voire son adresse email) au rédacteur médical qui soumet en faisant croire que c’est l’auteur correspondant…  c'est une pratique commune, mais ce n'est pas formidable ; soit des systèmes de soumissions acceptent que l’auteur correspondant ne soit pas listé parmi les auteurs, mais seulement remercié (tous les auteurs ont des copies des emails). Cette seconde option est meilleure.

Que disent les recommandations ? Elles ne sont pas très explicites : l’ICMJE qui n'évoque pas cette pratique, ce qui suppose que l'ICMJE n’autorise pas cette pratique ; par contre les recommandations dits GPP3 sont claires et listent la délégation pour la soumission parmi les tâches d'un rédacteur professionnel.

Quels sont les conseils de Phil ?

1. Persuader l’auteur correspondant de soumettre lui-même ; c’est la meilleure situation ;
2. Ajouter le rédacteur médical parmi les auteurs et il devient l’auteur correspondant ; le rédacteur médical ne satisfait pas souvent les 4 critères de paternité des articles ;
3. Permettre clairement aux rédacteurs médicaux de soumettre par délégation, et faire évoluer les recommandations ICMJE pour les mettre en accord avec les GPP3.

Les rédactions des revues n’ont pas toujours une position exprimée sur ces pratiques.

Le partage des données des essais cliniques va devenir obligatoire selon l'ICMJE

 

 

 

 

C'est un sujet débattu, mais la déclaration de l'ICMJE (International Committee of Medical Journal Editors) vient conclure 18 mois de consultations. Que dit cet éditorial publié conjointement par les plus grandes revues (JAMA, BMJ, Lancet, NEJM, Annals Intern Med, et d'autres) ?

• les manuscrits soumis à des revues suivant l'ICMJE devront contenir une déclaration sur le partage des données sources à partir du 1 juillet 2018 ;
• les essais qui incluront des patients à partir du 1 janvier 2019 devront contenir un plan de partage des données lors de l'enregistrement du protocole.

L'éditorial explique en détail et avec un tableau détaillé les exigences et possibilités pour le partage des données sources : si les données anonymisées seront disponibles, quelles données seront partagées, quels autres documents sont accessibles, combien de temps durera la disponibilité des données, avec qui seront partagées les données, et pour quels objectifs. Les exemples de cet éditorial sont précis et méritent lecture. Les revues peuvent refuser des manuscrits dont les données sources ne seraient pas accessibles.

Le chemin sera long, car ce n'est pas si simple !!!!

Bonnes pratiques pour les rédacteurs médicaux professionnels et les auteurs des articles : une formule de remerciement

Le texte est court et simple : trois sociétés professionnelles ont signé une déclaration commune sur le rôle des rédacteurs médicaux professionnels ainsi que sur les responsabilités des auteurs. Ces 3 sociétés sont American Medical Writers Association, European Medical Writers Association et International Society for Medical Publication Professionals. Au total 6000 membres pour ces 3 sociétés.

AMWA–EMWA–ISMPP Joint Position Statement on the Role of Professional Medical Writers

Vous pouvez télécharger cette déclaration sur plusieurs sites, dont celui de la revue Medical Wrting (EMWA). Il s'agit de reconnaître le travail de ces rédacteurs médicaux et d'assurer que leur travail est de qualité et intègre. Il s'agit aussi d'alerter les auteurs des articles sur leur responsabilité. Il faut admettre que des manuscrits écrits par des rédacteurs professionnels respectent souvent mieux toutes les recommandations existantes... bien que beaucoup ne soient pas d'accord avec ma position ! Des vidéos sur YouTube expliquent ces recommandations.

Les rédacteurs doivent respecter les recommandations de ICMJE (Vancouver), les règles pour la paternité des articles, les recos dites GPP3, les lignes directrices du réseau EQUATOR, et toutes les règles d'éthique pour la rédaction.

Les auteurs qui collaborent avec les rédacteurs professionnels doivent s'assurer qu'ils ont accès à toutes les données, apporter les réflexions intellectuelles utiles avant d'écrire et eu cours de la rédaction, s'assurer que le manuscrit a reçu l'accord de tous les auteurs, confirmer que le choix de la revue est approprié, remercier le rédacteur professionnel, lister tous les contributeurs.

Pour remercier, une formule est suggérée : “The authors thank [name and qualifications] of [company, city, country] for providing medical writing support/ editorial support [specify and/or expand as appropriate], which was funded by [sponsor, city, country] in accordance with Good Publication Practice (GPP3) guidelines (http://www.ismpp.org/gpp3).”

Lien d'intérêt : Je suis responsable d'une rubrique régulière dans Medical Writing

RePAIR: Responsibilities of Publishers, Agencies, Institutions, and Researchers in Protecting the Integrity of the Research Record

Des recommandations ont été préparées par un groupe de 22 experts en juillet 2016, et le texte est soumis à discussion, notamment sur le site de COPE, et par d'autres réseaux sociaux. La conférence s'est tenue à Fort Collins, dans le Colorado (USA) et avait pour titre : "Keeping the Pool Clean: Prevention and Management of Misconduct Related Retractions". Il y avait 3 sponsors : Colorado State University, Office of Research Integrity et CSU Ethics Colloquium (CSU pour Colorado State University). Le texte est signé par 19 américains et 3 européens.

Ce texte est intéressant car il considère toutes les parties prenantes de l'intégrité de la recherche (j'ai copié en italiques quelques suggestions) :

• Les chercheurs : 10 points pour assurer l'intégrité des chercheurs, y compris l'archivage des données et la communication des données sources sur demande (dans le respect de la confidentialité) ; Provide primary data and documentation on request.
• Les institutions : 9 points avec surtout la nécessité d'avoir un référent intégrité, et de prendre toutes disposition pour protéger les acteurs dans le cas des investigations ; les institutions devraient transmettre aux revues leurs conclusions...  Identify publications that warrant retraction or correction and provide timely notification and details to journals.
• Les maisons d'éditions : 8 points avec la suggestion de bien examiner les manuscrits pour détecter les manipulations, de suivre les recommandations de COPE, de communiquer avec les institutions, de bien gérer les corrections, expressions de réserves et rétractations... Publish clear policy and process guidelines regarding research and publication misconduct.
• Les agences : 5 points en expliquant que les agences doivent clairement publier les contacts pour adresser des alertes, doivent investiguer ou faire investiguer les suspicions de méconduites, et informer le public.... Assess appropriate penalties (including appropriate recommendations for correcting the research record) for those found guilty of research misconduct.

Ensuite, il y a 11 points concernant des barrières à surmonter avec des suggestions pour harmoniser concernant : 1 -- Privacy laws (confidentiality of investigations) can hinder sharing of information when manuscript should be corrected/retracted; 2 -- Threats of legal action; 3 -- Inadequate regulatory oversight in some countries; 4 -- Inadequate research integrity oversight in some institutions; 5 -- Ineffective information sharing among journals as well as between journals and institutions; 6 -- Poor awareness regarding reporting options; 7 -- Inadequate whistleblower protections; 8 -- Transparency and conflicts of interest; 9 -- Researcher unawareness of responsible conduct of research and/or good research practices; 10 -- Unhealthy institutional climate; 11 -- Time limitations.

Texte simple mais important car bien fait. Il faudra une version française.

Manifeste pour une science reproductible : une déclaration bienvenue

Un article du 10 janvier 2017 dans la rubrique perspective de Nature human behaviour "A manifesto for reproducible science" a été co-signé par des experts, dont B Nosek qui dirige le Center for Open Science à Charlottesville, USA. Il s'agit du premier numéro de cette nouvelle revue à comité de lecture du groupe SpringerNature.

Les auteurs proposent des mesures, tout en reconnaissant qu'il sera long et difficile pour les mettre en oeuvre. Les menaces sont dans la figure ci-contre empruntée à l'article. De nombreuses mesures deviennent urgentes, et la proposition des recommandations TOP (Transparency and Openess Promotion) devrait être mieux connue.

Le premier auteur de ce manifeste, MR Munafo de Bristol UK, travaille avec le COS de Charlottesville USA. Il a cosigné fin 2016 un autre article intitulé "Current Incentives for Scientists Lead to Underpowered Studies with Erroneous Conclusions", publié dans PLOS Biology. En bref, les chercheurs qui veulent réussir vite doivent obtenir des résultats innovants et faire des études avec un petit échantillon et une faible puissance statistique : l'important est de publier, pas de chercher ! Tout ceci dérive des structures d'évaluation qu'il faudrait réformer !!  Article complexe....

Munafo MR, et al A manifesto for reproducible science. Nature human beahaviour 2017;1:0021

Intégrité de la recherche : faut-il s'inquiéter ? Oui, d'après une note anglaise provenant de Houses of Parliament

Cette note de janvier 2017 (numéro 544) a été publiée par The Parliamentary Office of Science and Technology, Westminster, London, et son titre est simple "Integrity in Research". Elle est courte (4 pages sans compter la page de références), et bien documentée. Elle reprend de nombreuses notions développées sur ce blog, mais a le mérite d'alerter nos communautés scientifiques : quand les politiques s'en mêlent, ça sent le roussi ! Je vous ai traduit l'overview :

• Nous devons nous inquiéter sur la façon de maintenir l'intégrité dans la recherche, en raison des craintes que la culture «publier ou périr» puisse conduire à des pratiques de recherche médiocres ou discutables.
• Si l'intégrité de la recherche est compromise, elle peut mettre la santé publique en danger, gaspiller des ressources, miner la confiance du public dans la science et nuire à la réputation de la science. Des cas de mauvaise conduite délibérée sont très rares.
• Divers mécanismes existent pour promouvoir les bonnes pratiques dans la recherche, en particulier : des lignes directrices institutionnelles ; un concordat sectoriel ; des organismes de réglementation de certaines disciplines ; l'évaluation par les pairs ; et une variété d'actions juridiques.
• Il existe des opinions divergentes sur la question de savoir si ces mécanismes sont suffisants ou si une autre forme de surveillance, comme la réglementation, pourrait être préférable.

Le concordat est un texte (2012) de toutes les universités du Royaume-Uni. Les conséquences des méconduites sont : diminution de la confiance du public ; mauvaise allocation des ressources ; mauvaise réputation des institutions ; et des risques pour la santé.

Pour améliorer l'intégrité, il y a diverses stratégies :

• ouverture et transparence : open access ; accès aux données sources ; checklists des revues ; publier tous les essais cliniques ;
• surveillance, formation et partage des bonnes pratiques ;
• reconsidérer les incitations pour les chercheurs : compléter le REF (Research Excellence Framework) .. allez voir ce document des anglais ; inciter à corriger la littérature ; revoir les financements, en évitant le court terme ; reproduire les recherches publiées ; diminuer la publication de résultats positifs, en incitant à publier les résultats négatifs ;
• faut-il un organisme de régulation anglais comme aux USA et au Danemark ? Pas de réponse !

Merci à Florence Egloff

Point de vue dans le JAMA sur les biais des recrutements académiques : des biais de recrutements existent-ils hors USA ?

Le nouveau rédacteur du JAMA a introduit depuis 2/3 ans une rubrique viewpoint qui permet de publier en général au moins 4 articles de type éditorial par numéro. Ce sont des prises de position très américaines, mais assez engagées. Dans le numéro du 27 décembre 2016, j'ai lu avec intérêt le viewpoint intitulé "Reducing bias in academic search committees" en imaginant que pour une fois la transférabilité à des systèmes non américains était possible. En un peu plus d'une page tout est explicite :

• Voici le début : Faculty members are often called on to serve and participate on search committees for deans, department chairs, leaders of centers of excellence, and senior-level positions in medical schools, academic hospitals, and health systems. These search committees are generally charged not only to find qualified candidates but also to consider diversity and inclusion in the process.
• Ensuite des considérations sur les changements démographiques aux USA... comparant les ethnies dans le pays et dans les facultés de médecine, hôpitaux, et système de santé.....  Il faut une représentation plus diversifiée au top niveau !!
• Ensuite 5 suggestions bien décrites : 1) Pretraining (quand on devient membre d'un comité, il faut une formation spécifique et comprendre les rôles du comité) ; 2) Outcome framework training (décrire le profil attendu avant de chercher l'individu) ; 3) Table placement and seating design (éviter les vieux copains puissants dans ces comités !) ; 4) Scribe usage (faire faire un vrai compte rendu des réunions par un naîf impartial !) ; 5) Quantity of minority and underrepresented candidates.
• Il n'y a pas de données pour penser que ceci marchera mieux pour réduire les biais, mais pourquoi ne pas essayer !

A lire tranquillement car tout ceci fait considérer différemment notre système de publication : un jour la qualité et d'autres facteurs pourraient remplacer le seul volume de publications mesuré par le facteur d'impact.

Je ne sais pas si ces propositions pourraient être utiles en France ! Avez-vous une idée ?

Mise à jour 2016 des recommandations de Vancouver, et la version française est en ligne !

En décembre 2016, le Comité International des Rédacteurs Médicaux de Revues ou ICMJE (dit groupe de Vancouver) a apporté quelques modifications aux "Recommandations pour la conduite, la présentation, la rédaction et la publication des travaux de recherche soumis à des revues médicales." J'ai révisé la version française qui est maintenant sur le site ICMJE (aller à Translations), et l'accès direct est ici.

L'ICMJE a introduit le mot preprint (que j'ai traduit par preprint !) en disant que les articles peuvent être considérés par les revues, même si un preprint a été déposé (il faut le dire en soumettant un article). l'ICMJE a jouté que c'était de la responsabilité des auteurs de vérifier que les revues auxquelles ils soumettent un article n'étaient pas des revues prédatrices. Il y a quelques corrections mineures, et deux paragraphes totalement nouveaux :

• Des erreurs omniprésentes peuvent résulter d'un problème de codage ou d'une erreur de calcul et peuvent entraîner d'importantes inexactitudes dans un article. Si ces erreurs ne changent pas la direction ou la signification des résultats, des interprétations et des conclusions de l'article, une correction doit être publiée en respectant les normes minimales mentionnées ci-dessus.  Des erreurs assez graves pour invalider les résultats et les conclusions d'un article peuvent nécessiter une rétractation. Cependant, la rétractation avec republication (également appelée « remplacement ») peut être envisagée dans les cas où une erreur honnête (par exemple une classification erronée ou une erreur de calcul) entraîne un changement majeur dans la direction ou la signification des résultats, des interprétations et des conclusions. Si l'erreur est jugée non intentionnelle, que la science sous-jacente semble valable, et si la version modifiée de l'article survit à une nouvelle évaluation et à un contrôle éditorial, la rétractation avec republication de l'article modifié, avec une explication, permet une correction complète de la littérature scientifique. Dans de tels cas, il est utile de bien montrer l'étendue des changements apportés dans un document supplémentaire ou dans une annexe, pour une transparence totale.
• S’assurer de l’utilisation correcte des termes sexe (lors de la présentation des facteurs biologiques) et genre (identité, facteurs psychosociaux ou culturels), et, sauf si c’est inapproprié, rapporter le sexe et/ou genre des participants à l’étude, le sexe des animaux ou cellules, et décrire les méthodes utilisées pour déterminer le sexe et le genre.

Merci à Darren Taichman

Pratiquer une recherche intègre et responsable : bonne mise à jour du guide du comité d'éthique du CNRS

C'est une bonne initiative du COMETS, le comité d'éthique du CNRS : ils ont remis à jour leur brochure avec l'approbation de la CPU (Conférence des Présidents d'Université). Vous verrez les informations concernant l'actualisation de la version 2014 ! Fallait-il actualiser si vite ? OUI, car le guide est amélioré. Nous avions présenté fin 2013 la première version de ce guide. Vous pouvez télécharger la version française et une version anglaise de la mise à jour du 28 novembre 2016. SUPER.

Cette version de 38 pages (42 en 2014) est plus qu'une actualisation, car c'est une refonte avec intégration de la charte de déontologie des métiers de la recherche signée par plusieurs organismes début 2015 (copiée en annexe page 33). Notons qu parmi les signataires, il y a l'APHP ! Les signataires de cette charte sont : APHP, CIRAD, CNRS, Conférence des présidents d’universités (CPU,), INRA, INRIA INSERM, Institut Curie, Institut Pasteur, IRD. J'espère que les autres hôpitaux adhèrent à cette charte, mais ils ne sont pas signataires ! Bizarre ? Tout est intègre dans nos hôpitaux, et pas besoin de charte ???? Le plan est bien fait :

1. Connaître les principes directeurs du droit de la recherche publique
2. Responsabilité dans le travail collectif (avec des recos pour les directeurs de thèse !!)
3. Assurer la fiabilité du travail de recherche
4. Publication scientifique. Communication. Ce chapitre propose les règle pour les auteurs en renvoyant aux Recommandations pour la signature des articles scientifiques dans le domaine des sciences de la vie et de la santé de février 2011. Ces recos de AVIESAN ne sont pas à jour. Elles citent 3 critères pour être auteur, alors qu'il y en a 4 dans ICMJE depuis 2013. Ce chapitre sur la publication est bien fait, malgré de mineures remarques.
5. Les droits de la propriété intellectuelle
6. Evaluation et expertise. Il y a une mention de DORA : bravo 
7. Prévenir la fraude scientifique
8. La responsabilité du chercheur dans la société.

Je regrette beaucoup que la recherche clinique soit oubliée. La signature de la charte par l'APHP aurait dû inciter les auteurs de ce guide à évoquer en détail les bonnes pratiques cliniques, les bonnes pratiques de laboratoire et les bonnes pratiques de fabrication. Ces textes détaillés de BPC, BPL, et BPF, adaptés à la recherche clinique, devraient être mentionnés dans ce guide...  dommage. 

La plupart des posters que je vois n'ont pas de message dans le titre, sont surchargés,... et je passe mon chemin...

Régulièrement je fais des formations sur comment présenter un poster. Quand je lis des posters dans des congrès, je prends des photos pour mes formations. La semaine dernière j'étais dans une excellente réunion, et quelques posters étaient exposés : sur 9 posters, aucun n'avait un résultat dans le titre, et un seul avait une adresse email si j'avais voulu contacter l'auteur.... L'un était illisible... D'autres étaient bien. Des progrès à faire.

Il y a beaucoup d'articles et de conseils sur les sites de congrès pour faire un bon poster. Dans la série Ten simple rules (PLOS Computational Biology) que j'ai évoquée lundi 5 décembre, avec plus de cent articles, parmi les articles les plus consultés, en numéro 3, c'est Ten Simple Rules for Making a Good Oral Presentation (PE Bourne, avril 2007), et en numéro 1, c'est Ten Simple Rules for a Good Poster Presentation (TC Erren, PE Bourne, mai 2007).

Voici les 10 règles pour faire un bon poster :

1. Définissez votre objectif......  What do you want the person passing by your poster to do? Engage in a discussion about the content? Learn enough to go off and want to try something for themselves? Want to collaborate? All the above, or none of the above but something else?
2. Savoir vendre son travail en 10 secondes ;
3. Le titre est important.....   The title is your equivalent of a newspaper headline—short, sharp, and compelling. La prochaine fois, regardez devant quels posters vous vous arrêterez... et vous verrez qu'un résultat dans un titre vous attire....
4. L'acceptation d'un poster ne signifie rien...   Sachez que refuser des posters, c'est prendre le risque que des congressistes ne viennent pas (et ne payent pas les 300 à 700 € attendus !) ;
5. La plupart des règles pour écrire un bon article s'appliquent aussi aux posters ;
6. Les bons posters ont des caractéristiques uniques, parfois peu pertinentes pour des articles..... Posters need to be viewed from a distance, but can take advantage of your presence. Posters can be used as a distribution medium for copies of associated papers, supplementary information, and other handouts. Posters allow you to be more speculative.
7. La présentation et le format sont critiques : pensez à enlever des informations, et ayez des espaces vides...
8. Le contenu est important, mais il doit être concis...    que des puces plutôt que des paragraphes de 10 à 15 lignes illisibles ; des illustrations ;
9. Les posters doivent refléter votre personnalité ;
10. L'impact d'un poster arrive pendant et après les sessions de posters.

Les posters sont souvent archivés sur les sites de congrès, ou sur des sites du type de F1000Research.

D'urgence, il faudrait améliorer la description des effets indésirables dans les publications d'essais cliniques... mais qui va le faire ?

La publication des effets indésirables a toujours laissé à désirer ! Les articles sont focalisés sur l'efficacité des interventions dans les essais, et moins sur les effets indésirables. Pas besoin de vous donner des exemples, des comparaisons entre clinicaltrials.gov et articles l'ont montré.. Il y a quelques semaines, j'ai vu des chirurgiens comparant des complications de chirurgie entre des données de vie réelle (entre 5 à 7 % de complications) et les publications d'essais (moins de 0,5 %). Ces données devraient être publiées... 

Un groupe d'experts venant de l'industrie avec des rédacteurs de revues prestigieuses ont proposé des recommandations pour améliorer cette situation. Les auteurs viennent de Takeda, Johnson & Johnson, GSK, Janssen, JAMA, AstraZeneca, BMS, Intern J Clinical Practice, Am J Hospice & Palliative Med, CMAJ, Gastrointestinal Cancer Research, Ann Intern Med. Ils ont fait 28 interview d'une heure d'experts d'industrie (18), de rédacteurs de revues (6), d'investigateurs (4). Les recommandations ont été publiées dans le BMJ (3 octobre 2016) avec le titre "Recommendations to improve adverse events reporting in clinical trial publications: a joint pharmaceutical industry/journal editor perspective". Beaucoup d'exemples dans l'article qui est bien fait. Tout est cohérent avec l'extension de CONSORT en 2014 pour les risques (Better Reporting of Harms in Randomized Trials). Les 5 recommandations sont :

1. Identify and communicate the most clinically relevant drug adverse event data as part of a comprehensive safety profile

2. Report timing, frequency, duration, and other potentially relevant descriptors when clinically appropriate

3. Use statistical analysis for clinically relevant adverse events (where appropriate)

4. Avoid use of overly general text descriptions for adverse events, including in abstracts

5. Discuss adverse events findings in the broader context of available evidence and maintain consistency of data across different public reports

Parfois, je me demande : Mais qui va lire ces articles ? Mais qui va suivre ces recommandations ? Avez-vous une opinion ?

GREET : des lignes directrices pour écrire les interventions en éducation, très beau travail

Le domaine de la recherche en éducation est souvent décevant. Les études qualitatives sont souvent peu reproductibles, pour diverses raisons dont la mauvaise méthodologie. Un groupe d’experts en médecine factuelle vient de publier non seulement les 17 items de GREET (Guideline for Reporting Evidence-based practice Educational interventions and Teaching), mais aussi toutes les méthodes pour arriver à GREET. La description est détaillée, avec des méthodes Delphi notamment, et un tableau précisant les accords des 31 experts pour chacun des 17 items : intéressant. La publication dans BMC Medical Education de septembre 2016 a pour titre : Development and validation of the guideline for reporting evidence-based practice educational interventions and teaching (GREET). Il est remarquable de constater que le protocole de réalisation de GREET avait été publié en janvier 2013 dans la même revue : bonne pratique assez rare. Le site EQUATOR a une page sur GREET.

Si vous évaluez des méthodes de formation, des activités en éducation, décrivez mieux vos interventions, et donc suivez GREET que voici, en attendant une version française.

BRIEF NAME

1. INTERVENTION: Provide a brief description of the educational intervention for all groups involved [e.g. control and comparator(s)].

WHY - this educational process

2. THEORY: Describe the educational theory (ies), concept or approach used in the intervention.
3. LEARNING OBJECTIVES: Describe the learning objectives for all groups involved in the educational intervention.
4. EBP CONTENT: List the foundation steps of EBP (ask, acquire, appraise, apply, assess) included in the educational intervention.

WHAT

5. MATERIALS: Describe the specific educational materials used in the educational intervention. Include materials provided to the learners and those used in the training of educational intervention providers
6. EDUCATIONAL STRATEGIES: Describe the teaching/learning strategies (e.g. tutorials, lectures, online modules) used in the educational intervention.
7. INCENTIVES: Describe any incentives or reimbursements provided to the learners.
8. WHO PROVIDED
9. INSTRUCTORS: For each instructor(s) involved in the educational intervention describe their professional discipline, teaching experience/expertise. Include any specific training related to the educational intervention provided for the instructor(s).

HOW

9. DELIVERY: Describe the modes of delivery (e.g. face-to-face, internet or independent study package) of the educational intervention. Include whether the intervention was provided individually or in a group and the ratio of learners to instructors.

WHERE

10. ENVIRONMENT: Describe the relevant physical learning spaces (e.g. conference, university lecture theatre, hospital ward, community) where the teaching/learning occurred.

WHEN and HOW MUCH

11. SCHEDULE: Describe the scheduling of the educational intervention including the number of sessions, their frequency, timing and duration.
12. Describe the amount of time learners spent in face to face contact with instructors and any designated time spent in self-directed learning activities.

PLANNED CHANGES

13. Did the educational intervention require specific adaptation for the learners? If yes, please describe the adaptations made for the learner(s) or group(s).
14. UNPLANNED CHANGES
15. Was the educational intervention modified during the course of the study? If yes, describe the changes (what, why, when, and how).

HOW WELL

15. ATTENDANCE: Describe the learner attendance, including how this was assessed and by whom. Describe any strategies that were used to facilitate attendance.
16. Describe any processes used to determine whether the materials (item 5) and the educational strategies (item 6) used in the educational intervention were delivered as originally planned.
17. Describe the extent to which the number of sessions, their frequency, timing and duration for the educational intervention were delivered as scheduled (item 11)

Le partage des données est encore très loin d'être la norme : peu de revues biomédicales prestigieuses le demandent

C'est un preprint de PEERJ (donc un article n'ayant pas encore été reviewé) qui a estimé les politiques des revues concernant le partage des données sources par les auteurs. Nous savons que de rares revues l'imposent, comme BMJ par exemple.

Par exemple, les instructions aux auteurs du BMJ contiennent ces phrases (et bien d'autres) :" For all research articles: we encourage authors of all research articles in The BMJ - whether reporting randomised trials or other study types - to link their articles to the raw data from their studies. For clinical trials, we require data sharing on request as a minimum - if authors of such trials are willing to go further and share the data openly, so much the better.

The BMJ has partnered with the Dryad digital repository datadryad.org to make open deposition easy and to allow direct linkage by doi from the dataset to The BMJ's article and back (for The BMJ's articles' datasets see here)"

Le titre du preprint de PEERJ est : "Reproducible and reusable research: Are journal data sharing policies meeting the mark?" Des auteurs américains ont analysé les instructions aux auteurs de 318 revues biomédicales : 11,9 % demandaient explicitement un accès aux données sources, comme condition de publication ; 9,1 % demandait cet accès mais n'en faisaient pas une condition absolue de publication ; 23,3 % étaient en faveur d'avoir les données sources, mais ne les demandaient pas.....

Est-ce que demander accès aux données sources détourne des auteurs de ces revues ? En tout cas, les revues avec meilleur facteur d'impact, plutôt en Open access sont les plus exigeantes.... Partager les données est la première phase pour faire des reproductions des recherches !

Les instructions pour déposer les données sources ne sont pas toujours suffisamment explicites. Mais donner accès aux données sources est très complexe, en termes de compatibilité, de confidentialité, de risque de s'exposer aux chercheurs parasites (qui en feraient des analyses partiales), etc...    Et je n'ose pas évoquer la politique des revues françaises ! Inexistantes dans ce domaine.

PS : les revues incluses dans cet article ont été sélectionnées parmi les meilleurs facteurs d'impact du Web of Science, dans les disciplines : Biochemistry and Molecular Biology, Biology, Cell Biology, Crystallography, Developmental Biology, Biomedical Engineering, Immunology, Medical, Informatics, Microbiology, Microscopy, Multidisciplinary Sciences, and Neurosciences.

Il faut spécifier sexe et genre, voire les deux, dans les publications de recherche clinique : nos revues sont très en retard !

Nous avons présenté SAGER (Sex And Genger Equity in Research), et je vous incite à signer la déclaration de soutien à SAGER. Dans le JAMA de fin octobre 2016, un point de vue en accès libre est intitulé "Reporting sex, gender, or both in clinical research?". Les deux signataires ont pour affiliations : 

• Office of Research on Women’s Health, National Institutes of Health, Bethesda, Maryland
• Institute of Gender and Health, Canadian Institute of Health Research, Montréal.

J'ai reproduit à gauche le tableau en exemple dans cet articles. Regardez en détail ce tableau et relisez SAGER, ainsi que cet article du JAMA.

Voici la conclusion de cet article du JAMA que j'ai traduite : "Le sexe est implicitement reconnu comme un facteur important dans la recherche clinique. Plus de travail est nécessaire pour normaliser la façon dont le sexe et le genre sont rapportés et d'élucider la façon d ont fonctionnent ces caractéristiques indépendamment et ensemble pour influencer la santé et les soins.Les recommandations suivantes pour écrire les articles de recherche peuvent améliorer la compréhension et la comparabilité entre les études, et aider à proposer une médecine vraiment personnalisée: (1) utiliser les termes de sexe pour rapporter des facteurs biologiques, les termes de genre pour l'identité du genre et les facteurs psychosociaux ou culturels; (2) présenter tous les résultats selon le sexe, le sexe, ou les deux; (3) décrire les méthodes utilisées pour obtenir l'information sur le sexe, le sexe, ou les deux; et (4) noter toutes les limites de ces méthodes".

Dans ce numéro du JAMA, il y a un article avec des exemples. Cet article est intitulé "Consideration of Sex Differences in Medicine to Improve Health Care and Patient Outcomes". Voici des exemples de cet article : Sex Differences in Medications

• Women have higher blood concentrations of propranolol, zolpidem, digoxin, and other medications, when given a standard dose.

• Adverse effects of angiotensin-converting enzyme inhibitors (cough) and statins (myalgias and diabetes risk) are more common in women than in men.

• Risks of major bleeding with tissue plasminogen activator and warfarin are higher in women than in men.

• Aspirin tends to lower risk of stroke in women and myocardial infarction in men.

Revues d'écologie : les articles les plus longs, avec le plus d'auteurs et le plus de références seraient plus cités

Le blog RetractionWatch pose une question : faut-il abolir les limitations de longueur des articles ? Nous savons que le plus souvent un article original dans une revue à comité de lecture a un format très standardisé : 3 000 à 4 000 mots (sans titre, résumé, références), limitation des illustrations, de 20 à 50 références selon la revue, et rarement un nombre maximum d'auteurs. L'électronique ayant changé la publication, les suppléments électroniques étant parfois nombreux (centaines de pages !!!), il serait concevable de ne plus limiter la longueur des articles ! Certaines spécialités, plutôt en sciences sociales, ont des articles très longs.

Sur 180 votants (au 26 octobre 2016), il y avait 55 % de votants en faveur de la limitation des articles ! Heureusement, car limiter me semble une bonne option pour la concision, et faciliter la lecture.

Cette question vient parce qu'un article a été mis en ligne sur l'annalyse de 32 revues d'écologies (dont les articles ont plutôt 6 à 8 000 mots). Voici le résumé de cet article intitulé "Citations increase with manuscript length, author number, and references cited in ecology journals", et publié en open access le 5 octobre 2016 dans Ecology and Evolution :

Most top impact factor ecology journals indicate a preference or requirement for short manuscripts; some state clearly defined word limits, whereas others indicate a preference for more concise papers. Yet evidence from a variety of academic fields indicates that within journals longer papers are both more positively reviewed by referees and more highly cited. We examine the relationship between citations received and manuscript length, number of authors, and number of references cited for papers published in 32 ecology journals between 2009 and 2012. We find that longer papers, those with more authors, and those that cite more references are cited more. Although paper length, author count, and references cited all positively covary, an increase in each independently predicts an increase in citations received, with estimated relationships positive for all the journals we examined. That all three variables covary positively with citations suggests that papers presenting more and a greater diversity of data and ideas are more impactful. We suggest that the imposition of arbitrary manuscript length limits discourages the publication of more impactful studies. We propose that journals abolish arbitrary word or page limits, avoid declining papers (or requiring shortening) on the basis of length alone (irrespective of content), and adopt the philosophy that papers should be as long as they need to be.

Si nous avons besoin de ce genre de manipulations pour augmenter les citations, c'est vraiment dommage !

"No conflict, No interest", éditorial de JAMA Oncology accompagnant 2 recherches sur les liens d'intérêts

Le 25 août 2016, JAMA Oncology a mis en ligne 3 articles sur la problématique des liens d'intérêts dans le domaine de la cancérologie. Le sujet est difficile, et demande réflexion plutôt qu'accusation systématique.

1. Un 'brief report' sur les relations avec l'industrie des auteurs des recommandations du NCCN (National Comprehensive Cancer Network) en 2014 : sur 125 auteurs des recommandations, 108 (86 %) avaient au moins un FCOI (Financial Conflicts Of Interest). Les liens d'intérêts ont été recherché à partir de la base publique 'Open payments'.  L'article donne des niveaux de rémunération en différenciant les 'general payments' (très fréquents) des 'research payments' (plus élevés). La conclusion mentionne que les FCOIs peuvent influencer ces auteurs de manière contreproductive, et qu'il serait nécessaire de mieux étudier les FCOIs.
2. Une lettre d'une recherche ayant revu 469 vidéos (458 orateurs) de présentations faites à l'ASCO (American Society of Clinical Oncology) en 2014 et 2015 pour visionner les déclarations des liens d'intérêts sur une des premières diapositives. Entre 2014 et 2015, l'ASCO a changé sa politique en demandant de signaler non seulement les conflits d'intérêts, mais aussi toutes relations financières. Le nombre d'orateurs avec au moins un lien à déclarer est passé de 51 à 70 % ; le nombre médian de liens est passé de 1 à 3 ; la durée de présentation de la diapo est passée de 6 à 5 secondes ; le nombre de mots est passé de 7 à 13. Toutes ces données étaient statistiquement significatives entre 2014 et 2015. Plus marrant en 2015 : 37,6 % des diapositives de liens d'intérêts ont été présentées si rapidement  qu'elles ne permettaient au lecteur moyen pas de comprendre !
3. Un éditorial avec le titre "No conflict, no interest" précisant que les liens entre les cancérologues et l'industrie augmentent (ou est-ce uniquement une augmentation de la transparence ?). Ces liens sont probablement nécessaires, voire inévitables, mais des recherches sont indispensables sur les FCOI. Cet éditorial est plutôt réservé, peu agressif !

Au total 9 auteurs pour ces 3 articles : aucun n'a de lien d'intérêt à déclarer (l'un a un lien familial avec un consultant d'une industrie de technologie).

En cancérologie, tout est toujours différent des autres disciplines.