Rédaction Médicale et Scientifique

Gérer ses références et articles : allons sur le web bien sûr

Je ne suis pas un spécialiste des système de gestions des articles ou des références, et j'ai été convaincu en explorant Zotero, ainsi que par des commantaires d'utilisateurs. J'ai écrit un billet en mars 2010, et je remercie Antoine A pour ses commentaires. Notre collègue Antoine nous fait remarquer qu'il existe des sites que nous ignorons. Je viens d'aller les consulter brièvement sur le web...Impressionnant car c'est le début d'une nouvelle période avec tous ces logiciels et outils comme l'Ipad.....faut-il que j'abandonne mon PC pour revenir vers Mac ?

Je ne suis pas spécialiste, mais avoir survolé Zotero m'a convaincu, mais je n'ai pas alloué le temps pour m'y mettre... un jour de vacances et tout sera fait ? Peut-être qu'il faut aussi que je m'intéresse à ce que nous cite Antoine A, et à tous ces outils que j'ignore : Memopal, Bookends, Sente, et autres à découvrir.......

Donnez-moi des conseils pour mieux gérer mes articles....car Endote et autres pourraient être dépassés.

Zotero, CEBAM : de bons outils...... votre avis ?

Lors de ma visite le 5 mars 2010 à l'Institut Bordet, Bruxelles, j'ai découvert deux outils qui m'ont séduit et je voudrais savoir si vous les connaissez.

Zotero.org est un système web pour archiver et gérer vos références mais il ne se limité pas aux articles dits PubMed. Vous pouvez compiler de nombreuses sources, les archiver, et les citer selon le style du journal quand vous préparez un article. Zotero est gratuit, suppose que vous utilisiez firefox (ce que je vais faire asap). J'ai surtout discuté avec des utilisateurs qui en sont très satisfaits, dont le Pr Bruno Housset, pneumologue de Créteil.

La deuxième découverte, ce n'est pas le CEBAM, Digital Library for Health, en fait le centre Cochrane Belge, mais surtout ce que le CEBAM propose : un abonnement pas cher pour avoir de nombreuses ressources. Pour 100 €, vous pouvez vous abonner à toutes les ressources, y compris les abonnements Cochrane, BMJ, NEJM, JAMA, Annals..... SI vous n'avez pas d'accès institutionnels chez vous, ce service semble d'un rapport qualité prix exceptionnel.... réservé aux particuliers..... J'ai rempli le dossier... et en plus vous pourrez l'avoir en néerlandais, en anglais, et en français...

Croissance des publications : l'Asie (Chine,..) va dépasser l'Amérique du Nord et l'Europe

Une équipe de chercheurs cliniciens de l'Université de Hong Kong a analysé les publications de PubMed (3 décembre 2009) pour comparer les origines géographiques. L'article est écrit par le rédacteur d'une lettre gratuite. Outre que 94 % des articles de cette base soient en anglais, ils ont clairement observé une croissance rapide de l'Asie et de quelques pays. Je vous joins leur newsletter qui comprend aussi des informations connues dans le domaine des essais cliniques avec une croissance asiatique très forte !!  En bref :

• Le reste du monde (dont moitié Chine) est au niveau de l'Amérique du Nord et de l'Europe dans la base de données PubMed ;
• pour les hauts facteurs d'impact (18 en moyenne), l'Amérique du Nord représente 50 %, l'Europe 30 %, l'Asie 1 %, et le reste non déterminé ;
• La croissance des publications est forte en Chine et Iran, la plus basse en Russie ; citons Inde, Brésil, Corée du Sud, Turquie et Taiwan..;
• En Europe, le classement : Royaume Uni, Allemagne, Italie, France, etc....

Beaucoup de données dans ce long article..... mais les méthodes d'analyse ne sont pas assez explicites.

Karlberg JPE. Biomedical publication trends by geographical areas. Clinical Trial Magnifier. Déc 2009, Vol 2, n°12, 682-701.

Le site interactif de gestion des publications du département de médecine générale de Paris 7

Belle initiative qui ne demande qu'à être partagée : le département de médecine générale de Paris 7, a créé un bel outil pour ses étudiants, et enseignants. Il s'agit de mettre en ligne toutes leurs publications avec un moteur de recherche.

Ces projets sont réalisés et coordonnés par le Pr Aubert et ses collaborateurs qui les a présentés lors du congrès du CNGE de Toulouse le 27 novembre 2009. Il a aimablement accepté de nous proposer ses diapositives et serait heureux de répondre à toutes sollicitations, et d'aider les départements qui voudraient développer un site identique.

Citation amnesia : il n'y a pas de données de qualité pour quantifier ces pratiques ?

Le débat continue sur The Scientist, suite à l'éditorial de Robert Gallagher que nous avons commenté le 14 mai sur ce blog. Le 25 juin 2009, les résultats d'une brève enquête électronique auprès de lecteurs dont nous ne connaissons pas l'origine ont montré que l'oubli de citations était fréquent. Parmi 550 répondants, 85 % ont répondu que l'omission de citations était un problème sérieux, et 72 % estimaient que certains de leurs travaux ont été régulièrement oubliés. Ce problème est connu et les deux hypothèses expliquant cette 'amnésie' semblent être : recherche documentaire difficile même avec les banques de données, et omission volontaire. La discussion et les commentaires apportent d'autres arguments dont celui classique d'une omission systématique des auteurs non-US par les auteurs US. Est-ce qu'un code de bonnes pratiques serait utile ? J'ai des doutes.

Citation amnesia ? Faut-il un code de bonnes pratiques pour les références ?

De nouvelles discussions sur la citation des références ont animé le blog de The Scientist en mai 2009. R Gallagher fait une synthèses de ces disputes en citant des cas de Cell et Science. Il est fréquent que des auteurs citent de façon très inappropriée des références, ou omettent (volontairement ?) des citations car ils ne veulent pas reconnaître la paternité de certains travaux. Nous connaissons régulièrement des cas de ce type, avec omission de travaux français par des auteurs anglo-saxons. Que faire ? Sa proposition rejoint celle d'Eugene Garfield :

"We need a code of practice for citation, which journals should adopt explicitly. Gene Garfield called for this many years ago, suggesting that authors sign a pledge or oath that they have done a minimal search of the literature and that to the best of their knowledge there is no other relevant work. This is, in fact, the oath one signs when filing for a US patent."

HINARI : l'accès aux recherches pour les pays en voie de développement

Sur le site, vous trouverez : "Le programme HINARI a été mis en place par l'OMS en collaboration avec les six plus grands éditeurs du monde. Il vise à fournir un accès gratuit ou à très bas prix, aux grands périodiques couvrant les domaines de la médecine biologique et des sciences sociales aux établissements publics et à but non lucratif dans les pays en voie de développement. Près de 5,500 périodiques sont accessibles aux établissements de santé dans 108 pays et fournissent au personnel de santé publique, aux chercheurs et aux législateurs un accès à l'information dans le domaine de la santé, contribuant aussi à une meilleure situation de la santé dans le monde."

Pour profiter pleinement de ces services, il faut le consulter depuis l'un des 108 pays concernés : voyagez et vous aurez gratuitement accès aux plus grands journaux biomédicaux.