Rédaction Médicale et Scientifique

EndNote, Zotero ou Mendeley : Elsevier vient d'acheter l'un des 3 systèmes pour gérer vos références

Pour gérer nos références, il existe un grand nombre de logiciels. En 2010, nous avions présenté une comparaison des ces logiciels. En 2013, trois semblent dominer le marché, mais je n'en suis pas sûr. L'historique est EndNote (ThomsonReuteurs) d'accès payant, et qui a su s'adapter à l'apparition des nouvelles technologies, et du web. Deux autres, plus récents, sont Zotero et Mendeley.

Zotero est gratuit (Américian) et nécessitait le naviagateur Mozilla. Maintenant, il est utilisable sous Mac, Windows et Linux (je n'ai as testé). Il semble très populaire en France.

Mendeley (Londres), est un système gratuit de management des références, mais moins connu en France. Il semble avoir un grand développement dans des pays anglo-saxons : Mendeley vient d'être acheté par Elsevier (Amsterdam). Que signifie cet achat ? Il est commenté sur le blog de Mendeley, et chez Elsevier. Commentaires divers sur le blog....    Des synergies seront à trouver avec ScienceDirect et Scopus. Comment un petit poucet gratuit va survivre dans une multinationale ? Je voudrais avoir quelques commentaires de la filiale Elsevier Masson : vont-ils faire de la promotion Mendeley en France ?

Mendeley et Elsevier sont européens, alors que les autres sont américains. Zotero et Mendeley sont gratuits, mais pour des fonctions de stockage de données sur le 'cloud', il faut payer.

PS du 23 avril : Merci Mme De Lachapelle pour votre proposition de tutorial Zotéro qui est excellent (voir commentaire)

Comment sélectionner nos lectures ? Sur titre, résumé ou sur les deux à la fois ?

Article original publié en mars 2013 par des américains de Washington et Baltimore lors du screening d'articles pour faire des revues systématiques dans le domaine du cancer du sein. Deux médecins ont été les 'investigateurs". La revue : "Clinical EPidemiology" chez Dove Press, en accès libre. Ils ont comparé 2 méthodes de screening, à partir d'un corpus de 2965 citations :

• la stratégie de sélection sur le titre seul : rejet de 2558 citations, revue de 279 titres et abstracts, puis sélection de 176 articles ;
• la stratégie de sélection sur le titre et la lecture du résumé : rejet de 2782 citations, et sélection de 183 articles ;
• la revue systématique a inclu 13 articles, tous sélectionnés dans les 2 stratégies.

Il y a d'autres données montrant qu'il s'agit d'un travail de qualité. La conclusion est que le screening sur titres semble plus efficient que sur titres et articles. Est-ce que ces données observées dans le domaine du cancer du sein sont transposables à d'autres domaines pour faire des revues systématiques ? je pense que "OUI". Est-ce que ces données sont transposables à ma pratique de lecteur pour sélectionner des articles pour me former ? Il faut que ma question préalable soit très précise...  

La question suivante : quand lire tous ces articles ?

Mateen FJ, et al. Titles versus titles and abstracts for initial screening of articles for systematic reviews. Clinical Epidemiology 2013:5:89-95.

 

Les registres de données sources se développent.. par exemple DRYAD... excellent départ

Les rédactions des revues biomédicales désirent depuis longtemps avoir accès aux données sources des publications..  mais ces revues n'ont pas l'objectif d'être des archives. Ce problème est complexe car il y a des questions de confidentialité, d'accès, de formats électroniques, etc...    et surtout le fait que les auteurs n'aiment pas communiquer leurs données sources....  Des auteurs ayant signé qu'ils communiqueraient leurs données... ne l'ont pas fait...   Des registres de données sources se développent, et par exemple Dryad, organisation non-profitable à laquelle des revues ou maisons d'éditions participent. Les statuts, la gouvernance sont accessibles sur un wiki. Au 30 novembre 2012, soit 4 mois après l'ouverture, Dryad contenait les données de 175 articles, soit 2362 'data packages' et 6398 documents. Un blog et une newsletter ont été développés.

"The mission of Dryad is to promote the availability of data underlying findings in the scientific literature for research and educational reuse. The vision of Dryad is a scholarly communication system in which learned societies, publishers, institutions of research and education, funding bodies and other stakeholders collaboratively sustain and promote the preservation and reuse of data underlying the scholarly literature."

STROBE-ME : des recos pour les biomarqueurs

La production de recommandations pour présenter des résultats d'études dans les articles soumis aux journaux biomédicaux est une industrie utile... mais il faut beaucoup de patience avant d'en mesurer l'impact.  En octobre 2011, 7 journaux nous ont proposé simultanément STROBE-ME : Journal of Epidemiology & Community Health, PLoS Medicine, European Journal of Epidemiology, European Journal of Clinical Investigation, Preventive Medicine, the Journal of Clinical Epidemiology and Mutagenesis.

Articles écrits avec l'industrie : des règles explicites

Liz Wager, présidente de COPE, a publié une mise à jour sur les recommandations pour les articles écrits avec l'industrie, et sur les problématiques de l'industrie et des rédacteurs de journaux biomédicaux. Il est dans la ligne de GPP2 que nous avons présenté. Ce rapport, supporté par Adis (Wolters Kluwer) et The Publication Plan, contient une magnifique figure qui reprend toutes les recommandations dans ce domaine depuis 1999. Rappelons que les premières recos de ICMJE datent de 1978.

Quel logiciel de gestion de références choisir ?

Je suis souvent questionné sur le choix d'un logiciel pour gérer les références. De nombreux logiciels ont été développé depuis quelques années et sont en compétition avec le logiciel historique EndNote. Certains proposent Zotero, voire Mendeley.. dont nous avons signalé une comparaison dans un bel article d'octobre 2010.  Ces systèmes sont gratuits avec des archivage sur le web... L'avenir car vous pourrez accéder à vos références de n'importe quel poste de travail...

Mais la meilleure comparaison semble être celle proposée sur Wikipedia : cette note de wikipedia est très impressionnante car tout y est... Mais quel logiciel choisir ? Votre expérience ?

End Note est menacé par Zotero et Mendeley

Le web 2.0 a apporté de nombreux progrès dans le management des articles, leur archivage et la citation des références dans les articles en cours de rédaction. Depuis 25 ans, End Note a conquis nombreux d'entre vous. Mais des concurrents agressifs sont arrivés depuis quelques années en utlisant les possibilités offertes par le web, les archivages, etc...  Cet article du 8 octobre 2010, de Martin Fenner, Hannovre, Allemagne, est excellent pour ceux qui veulent choisir un logiciel de management de références car il compare les fonctionnalités des logiciels suivants : Connotea, Endnote, Refworks, Zotero, Mendeley, CityULike, Jabref, Papers, Citavi.

Mais avant d'archiver des articles, il faut savoir les identifier et les sélectionner : difficile car interroger PubMed peut se faire de 10 façons différentes !!!!  J'aimerai avoir les commentaires d'un professionnel de ces logiciels.....  merci Ph Eveillard pour avoir complété par le commentaire ci dessous...

Fenner M. Reference management meets web 2.0. Cellular Therapy and Transplantation, Vol. 2, No. 6, 2010

75 essais randomisés et 11 revues systématiques publiés chaque jour : comment se tenir à jour ?

Merci à Iain Chalmers pour cette mise au point sur la problématique non résolue d'avoir des accès à des mises à jour actualisées sur les données de la science. Dans cet article de septembre 2010 de PLoS Medicine, les auteurs nous annoncent la constitution d'une nouvelle collaboration KEEP Up. Leur idée : To meet the needs of patients, clinicians, and policymakers, unnecessary trials need to be reduced, and systematic reviews need to be prioritised. Attendons de voir ce que cette collaboration va nous apporter...

"In November 2009, an international meeting in Cologne formed a new collaboration called “KEEP Up,” which will aim to harmonise updating standards and aggregate updating results. This should reduce the workload and enable organisations to be alerted when there are important shifts in evidence. Initiated and coordinated by the German Institute for Quality and Efficiency in Health Care (IQWiG) and involving key systematic reviewing and guidelines organisations such as the Cochrane Collaboration, Duodecim, the Scottish Intercollegiate Guidelines Network (SIGN), and the National Institute for Health and Clinical Excellence (NICE), this effort will provide a platform for tackling practical and methodological issues involved in keeping up-to-date."

Bastian H, Glasziou P, Chalmers I (2010) Seventy-Five Trials and Eleven Systematic Reviews a Day: How Will We Ever Keep Up? PLoS Med 7(9): e1000326. doi:10.1371/journal.pmed.1000326

Gérer ses références et articles : allons sur le web bien sûr

Je ne suis pas un spécialiste des système de gestions des articles ou des références, et j'ai été convaincu en explorant Zotero, ainsi que par des commantaires d'utilisateurs. J'ai écrit un billet en mars 2010, et je remercie Antoine A pour ses commentaires. Notre collègue Antoine nous fait remarquer qu'il existe des sites que nous ignorons. Je viens d'aller les consulter brièvement sur le web...Impressionnant car c'est le début d'une nouvelle période avec tous ces logiciels et outils comme l'Ipad.....faut-il que j'abandonne mon PC pour revenir vers Mac ?

Je ne suis pas spécialiste, mais avoir survolé Zotero m'a convaincu, mais je n'ai pas alloué le temps pour m'y mettre... un jour de vacances et tout sera fait ? Peut-être qu'il faut aussi que je m'intéresse à ce que nous cite Antoine A, et à tous ces outils que j'ignore : Memopal, Bookends, Sente, et autres à découvrir.......

Donnez-moi des conseils pour mieux gérer mes articles....car Endote et autres pourraient être dépassés.

Zotero, CEBAM : de bons outils...... votre avis ?

Lors de ma visite le 5 mars 2010 à l'Institut Bordet, Bruxelles, j'ai découvert deux outils qui m'ont séduit et je voudrais savoir si vous les connaissez.

Zotero.org est un système web pour archiver et gérer vos références mais il ne se limité pas aux articles dits PubMed. Vous pouvez compiler de nombreuses sources, les archiver, et les citer selon le style du journal quand vous préparez un article. Zotero est gratuit, suppose que vous utilisiez firefox (ce que je vais faire asap). J'ai surtout discuté avec des utilisateurs qui en sont très satisfaits, dont le Pr Bruno Housset, pneumologue de Créteil.

La deuxième découverte, ce n'est pas le CEBAM, Digital Library for Health, en fait le centre Cochrane Belge, mais surtout ce que le CEBAM propose : un abonnement pas cher pour avoir de nombreuses ressources. Pour 100 €, vous pouvez vous abonner à toutes les ressources, y compris les abonnements Cochrane, BMJ, NEJM, JAMA, Annals..... SI vous n'avez pas d'accès institutionnels chez vous, ce service semble d'un rapport qualité prix exceptionnel.... réservé aux particuliers..... J'ai rempli le dossier... et en plus vous pourrez l'avoir en néerlandais, en anglais, et en français...

Croissance des publications : l'Asie (Chine,..) va dépasser l'Amérique du Nord et l'Europe

Une équipe de chercheurs cliniciens de l'Université de Hong Kong a analysé les publications de PubMed (3 décembre 2009) pour comparer les origines géographiques. L'article est écrit par le rédacteur d'une lettre gratuite. Outre que 94 % des articles de cette base soient en anglais, ils ont clairement observé une croissance rapide de l'Asie et de quelques pays. Je vous joins leur newsletter qui comprend aussi des informations connues dans le domaine des essais cliniques avec une croissance asiatique très forte !!  En bref :

• Le reste du monde (dont moitié Chine) est au niveau de l'Amérique du Nord et de l'Europe dans la base de données PubMed ;
• pour les hauts facteurs d'impact (18 en moyenne), l'Amérique du Nord représente 50 %, l'Europe 30 %, l'Asie 1 %, et le reste non déterminé ;
• La croissance des publications est forte en Chine et Iran, la plus basse en Russie ; citons Inde, Brésil, Corée du Sud, Turquie et Taiwan..;
• En Europe, le classement : Royaume Uni, Allemagne, Italie, France, etc....

Beaucoup de données dans ce long article..... mais les méthodes d'analyse ne sont pas assez explicites.

Karlberg JPE. Biomedical publication trends by geographical areas. Clinical Trial Magnifier. Déc 2009, Vol 2, n°12, 682-701.

Le site interactif de gestion des publications du département de médecine générale de Paris 7

Belle initiative qui ne demande qu'à être partagée : le département de médecine générale de Paris 7, a créé un bel outil pour ses étudiants, et enseignants. Il s'agit de mettre en ligne toutes leurs publications avec un moteur de recherche.

Ces projets sont réalisés et coordonnés par le Pr Aubert et ses collaborateurs qui les a présentés lors du congrès du CNGE de Toulouse le 27 novembre 2009. Il a aimablement accepté de nous proposer ses diapositives et serait heureux de répondre à toutes sollicitations, et d'aider les départements qui voudraient développer un site identique.

Citation amnesia : il n'y a pas de données de qualité pour quantifier ces pratiques ?

Le débat continue sur The Scientist, suite à l'éditorial de Robert Gallagher que nous avons commenté le 14 mai sur ce blog. Le 25 juin 2009, les résultats d'une brève enquête électronique auprès de lecteurs dont nous ne connaissons pas l'origine ont montré que l'oubli de citations était fréquent. Parmi 550 répondants, 85 % ont répondu que l'omission de citations était un problème sérieux, et 72 % estimaient que certains de leurs travaux ont été régulièrement oubliés. Ce problème est connu et les deux hypothèses expliquant cette 'amnésie' semblent être : recherche documentaire difficile même avec les banques de données, et omission volontaire. La discussion et les commentaires apportent d'autres arguments dont celui classique d'une omission systématique des auteurs non-US par les auteurs US. Est-ce qu'un code de bonnes pratiques serait utile ? J'ai des doutes.

Citation amnesia ? Faut-il un code de bonnes pratiques pour les références ?

De nouvelles discussions sur la citation des références ont animé le blog de The Scientist en mai 2009. R Gallagher fait une synthèses de ces disputes en citant des cas de Cell et Science. Il est fréquent que des auteurs citent de façon très inappropriée des références, ou omettent (volontairement ?) des citations car ils ne veulent pas reconnaître la paternité de certains travaux. Nous connaissons régulièrement des cas de ce type, avec omission de travaux français par des auteurs anglo-saxons. Que faire ? Sa proposition rejoint celle d'Eugene Garfield :

"We need a code of practice for citation, which journals should adopt explicitly. Gene Garfield called for this many years ago, suggesting that authors sign a pledge or oath that they have done a minimal search of the literature and that to the best of their knowledge there is no other relevant work. This is, in fact, the oath one signs when filing for a US patent."

HINARI : l'accès aux recherches pour les pays en voie de développement

Sur le site, vous trouverez : "Le programme HINARI a été mis en place par l'OMS en collaboration avec les six plus grands éditeurs du monde. Il vise à fournir un accès gratuit ou à très bas prix, aux grands périodiques couvrant les domaines de la médecine biologique et des sciences sociales aux établissements publics et à but non lucratif dans les pays en voie de développement. Près de 5,500 périodiques sont accessibles aux établissements de santé dans 108 pays et fournissent au personnel de santé publique, aux chercheurs et aux législateurs un accès à l'information dans le domaine de la santé, contribuant aussi à une meilleure situation de la santé dans le monde."

Pour profiter pleinement de ces services, il faut le consulter depuis l'un des 108 pays concernés : voyagez et vous aurez gratuitement accès aux plus grands journaux biomédicaux.