Rédaction Médicale et Scientifique

Effets délétères des articles rétractés : ils sont cités sans imaginer la fraude...

Un article du JAMA vient d'être retiré de la littérature... Cela commence à faire un peu trop. nous avons évoqué le cas d'Anil Potti, dont des articles ont été retirés de la littérature...   Neuf articles d'Anil Potti ont été rétirés de la littérature, tous dans des très grands journaux (dont NEJM, JAMA...).  Cette fois-ci, la raison de retirer l'article de Acharaya et al : "l'hypothèse de départ de ce travail était un article dans Nature Medicine, écrit par Anil Potti qui était 'fraudé'. Anil Potti est aussi co-auteur de l'article du JAMA...

Imagipulate or perish : manipuler les images dans les articles !

Les nouvelles technologies ont permis d'améliorer la qualité des images dans les journaux. Nous savons que dans les magazines, les mannequins n'ont plus de cellulite. Dans les journaux biomédicaux, c'est pareil. Il est intéressant de lire l'histoire de la rétractation d'un article du Journal of Immunology car des images ont été bricolées... Cet article de 2010 a été rétracté en 2011 à la demande du rédacteur (par qui a-t-il été informé ?).

 Les auteurs ont expliqué qu'il y avait eu des erreurs de figures, et que ce n'était pas intentionnel, mais que l'article devait être retiré de la littérature.... Ce sport est très pratiqué en biologie, en chirurgie plastique (disparition des cicatrices post-op par exemple), et autres disciplines.... attention la manipulation d'images (en radiologie par exemple) peut aussi aider au diagnostic dans certains cas... mais ne pas confondre avec les publications....

Avec 400 rétractations d'articles, 2011 bat des records

 En cette fin d'année, plusieurs journaux et blogs ont fait le listing des malveillances scientifiques de l'année 2011. Ivan Oransky suit les rétractations sur son blog et il en a listé plus de 400 (dans PubMed, il y en a moins de 300 par an). Quelques fraudes ont été importantes : Joachim Boldt (89 rétractations) à Heidelberg (Allemangne), Diederick Stapel, un psyclologue Hollandais (30 rétractations pour l'instant), et la rétractation d'un article de Science de 2009 proposant un lien entre le syndrome de fatigue chronique et un retrovirus murin. Cet article, cité plus de 200 fois, a été très controversé, et Judy Mikovits, qui n'a pas accepté de transmettre les données originales, attend son procès. The Scientist publie la liste des 10 scandales 2011... Live Science publie sa liste aussi... Je ne suis pas convaincu qu'il y ait plus de fraudes, mais je pense qu'il y a plus de transparence et que l'on demande aux scientifiques d'ouvrir leurs données.... Pour Ivan Oransky, son record de commentaires a été battu à propos d'un éditorial de Surgery News . Le rédacteur en chef, Lazar Greenfield, a été démis de ses fonctions de rédacteur. L'éditorial expliquait que pour la St Valentin, il valait mieux offrir du sperme que des chocolats....  Vous pouvez lire l'histoire sur le blog Retraction Watch.....

Les rétractations seraient plus nombreuses quand le facteur d'impact est élevé

Les articles sur les "rétractations" augmentent ! Des rédacteurs  de journaux de l'American Society for Microbiology (ASM) ont publié une mini-revue générale (appelée éditorial !) avec 100 références sur "Retracted science and the retraction index". Ils commencent par cette citation attribuée à Confucius "A man who has committed a mistake, and doesn't correct it, is committing another mistake". Cala m'a fait penser à la publication DPC & Pratiques dont un article a cité une référence inventée, et la rédaction ne veut pas s'en excuser auprès des lecteurs ! Que retenir :

Science rétracte un article de Stapel sans précision

Nous avons évoqué le 2 novembre cette fraude européenne dans le domaine des sciences sociales, avec Diederick Stapel. La notice de rétractation de Science, du 2 décembre 2011 n'est accessible qu'en accès payant, ce qui est anormal. Elle est signée par Stapel et Lindenberg, le co-auteur. La rétractation dit que des allégations de fraude ont été émises par l'Université de Groningen (Hollande), mais que Lindenberg n'est pas concerné par la fraude. Cette rétractation est courte et ne donne aucun détail sur la fraude. L'article concerné : “Coping with chaos: How disordered contexts promote stereotyping and discrimination” reported the effects of the physical environment on human stereotyping and discriminatory behavior.

Le bon, la brute et le truand : le blog des rétractations

Ivan Oransky, médecin et journaliste chez Reuters Health, New York, anime plusieurs blogs dont l'un sur les rétractations d'articles. Cest la meilleure source pour suivre les rétractations, mais surtout les fraudes. Il a été invité à plusieurs conférences. Lors de sa dernière présentation du 15 novembre, il a résumé les rétractations dans un power point intitulé "The good, the bad and the ugly: what retractions tell us about scientific transparency". Il utilise surtout des exemples avec des copies d'écran. Cette présentation est intéressante car c'est un bon résumé du sujet.

A Potti avait créé une société pour bénéficier des retombées de ses publications et fraudes....

Anil Potti, un chercheur de Duke University, Caroline du Nord, USA, a eu plusieurs articles retirés de la littérature après la mise en évidence de malversations. Nous avons évoqué son cas en mars 2011, et 6 articles rétractés avaient été publiés dans NEJM, Nature Medicine, Lancet Oncology, Journal of Clinical Oncology, Blood, PLoS ONE. On attend des décisions pour d'autres articles dont le JAMA.... car 40 articles sont examinés.  C'étaient des articles sur des essais cliniques frauduleux... des malades auraient eu des chimiothérapies dangereuses non justifiées.

L'histoire sera longue cas des procès ont été engagés par des patients. A Potti et l'Université Duke avaient des intérêts dans une société de diagnostic destinée à être profitable après ces travaux... et l'Université est accusée d'avoir retardé les investigations....

Nous nous rappelons que A Wakefield, avec ROR et autisme, avait aussi créé une société de diagnostic.. etc....

Dyer C. Cancer patients were enrolled in "fraudulent" research, US lawsuit alleges. BMJ 2011;343:d5986.

30 (voire150) articles sur des données inventées ! La Hollande après l'Allemagne

Nous avons vu apparaître en Europe quelques scandales avec notamment les 88 ou 89 articles rétractés de Joachim Boldt en Allemagne. Est-ce que l'Europe va avoir autant de scandales qu'en Amérique du Nord ? Je n'espère pas...  Ivan Oransky sur retraction watch a repris une information hollandaise : un professeur de sciences sociales, Diederik Stapel, de l'université de Tilburg, a inventé ou modifé des données dans au moins 30 articles.

44 % des rétractations d'articles le sont pour malveillance

Attention, rétractation d'un article ne veut pas dire fraude...  Pas de raccourci ! Lisez cette courte mise au point de Nature News du 5 octobre 2011 avec un bon état des lieux. Ce petit schéma sur les causes de rétractation est clair :

Des discussions intéressantes dans cet article, et surtout le fait que les rétractations sont une discussion entre rédacteurs de revues et auteurs. Le plus souvent, les auteurs n'acceptent pas de signer les rétractations... Les rédacteurs de journaux ont rarement les preuves formelles...  Et en fait dans ces affrontements rédacteurs / auteurs, il y a un absent : l'institution. Ce devraient être les employeurs, les institutions qui auditent et se portent guarant de l'intégrité des travaux de leurs chercheurs..... 

L'article commence par rappeler que chaque semaine 27 000 articles sont mis dans la base de Thomson (celle du facteur d'impact), et qu'environ 200 auront une note de type "erratum" et 5 ou 6 seront retirés de la littérature...    ces chiffres (qui me semblent sous-estimés) sont en augmentation régulière....

 Van Noorden R. The trouble with retractions. Nature 2011;478:26-28.

Des doutes existent : Science publie un "Expression of Concern"

Nous n'avons jamais évoqué "Expression of concern" bien décrite dans les recommandations en général, et la décision de Science, fin mai 2011 est un bon exemple. Vous pouvez lire sur le site de Science :

"In the issue of 23 October 2009, Science published a study by Lombardi et al. purporting to show that a retrovirus called XMRV (xenotropic murine leukemia virus-related virus) was present in the blood of 67% of patients with chronic fatigue syndrome (CFS) compared with 3.7% of healthy controls. A number of studies published elsewhere have failed to replicate these findings. In conjunction with two new Reports that strongly support the growing view that the association between XMRV and CFS likely reflects contamination of laboratories and research reagents with the virus, Science is publishing an Editorial Expression of Concern about the Lombardi et al. Report."

Pour en arriver à cette décision, de très nombreux faits vont contre cette publication, et 10 études ont eu des données contraire. Il existe des preuves en faveur d'une contamination expliquant les observations. Les rédacteurs de Science ont demandé aux auteurs de retirer leur article de la littérature pour ces raisons et bien d'autres...  MAIS LES AUTEURS  ONT REFUSE.... donc il existe cette possibilité pour Science...  Tout est raconté en détail dans une news de 1,5 pages du BMJ du 11 juin 2011...

Alberts B. Editorial expression of concern. Science 2011  DOI: 10.1126/science.1208542            Limb M. Science asks researchers to withdraw paper on chronic fatique syndrome and infectious retrovirus. BMJ 2011;342:d3505

Des morts qui publient : bravo

Paix à l'âme de ceux qui sont morts, mais émerveillons nous car certains cintinuent à publier. Voici 2 exemples :

• dans la revue Exercer de mai-juin 2011, en page 68, la première auteure est décédée en septembre 2009, mais elle déclare n'avoir aucun conflit d'intérêts... Compte tenu qu'il n'y a pas la date de soumission, ni la date d'acceptation des articles, des informations manquent : a-t-elle soumis l'article ou est-ce un fantôme à sa place ? est-ce que la revue peut donner accès à sa déclaration signée de liens d'intérêts ? Exercer est une revue qui progresse, mais a encore une marge d'amélioration. Le sigle utilisé après cette auteure " † " ne correspond pas aux pratiques proposées par le groupe de Vancouver.... Je ne suis pas d'accord pour que des auteurs décédés publient encore... Je respecte le travail des morts ; l'article devrait préciser exactement quelle a été leur contribution, et les remercier sans en faire des auteurs...
• The Journal of Biochemical Chemistry, le 17 juin 2011, a retiré de la littérature 4 articles (de 2004, 2006 et 2008) dont le premier auteur est mort le 7 mai 2011, sans le dire explicitement; la rétractation jointe est succinte pour chaque article "This article has been retracted by the Publisher"....  Il semble qu'il y ait des fraudes, mais que les co-auteurs n'étaient pas dans la confidence... enquête démarrée au Mount Sinai Hospital et à suivre...

Ceci me rappelle l'histoire d'un neurochirurgien qui s'est suicidé sans laisser la solution à ses publications. Julio Cruz a publié 3 essais randomisés, contrôlés, sur la prescription de mannitol dans les traumatismes crâniens mais il a disparu et personne n'a pu démontrer qu'il avait des malades..... Allez lire cette histoire bizarre dans le BMJ...

Décédé et al. Elaboration et validation d'un référentiel de prescription et de décision en cas de pic monoclonal. Exercer 2011;97:68-74.

 Roberts I et al. Doubts about head injury studies. BMJ 2007;334:392-394.

HAS, et experts : on vous écoute....

Nous avons mentionné en mai 2011 les recommandations du Committee On Publication Ethics dans le domaine des rétractations : les documents abrogés doivent rester disponibles sur les sites internet...   Rappelons nous le temps des livres : il n'était pas possible de déchirer les pages sur les étagères des bibliothèques... L'électronique nous a apporté une accessibilité excellente, etc... et des règles sont à construire. Le code HON ne nous aide pas car il ne se prononce pas sur la censure des recos.

Bien sûr, le COPE propose des recommandations pour les publications, mais le volume de publication des agences ne peut pas les dédouaner de respecter une règle éthique de bon sens, au prétexte que rien n'existe en France.. 

 
Cette fois ci le 24 juin 2011, le BMJ nous livre une page de news sur l'abrogation des recos pas la HAS... et leur seule source d'information est un médecin peu connu de Roubaix : quel est l'avis de la HAS ? Quels sont les avis des experts qui ont travaillé plusieurs années ? Ces avis n'apparaissent pas dans le BMJ. L'article a été écrit de New York avec plein d'approximations... en faisant croire que le Conseil d'Etat avait abrogé les recos Alzheimer aussi !

Il manquait 4 déclarations publiques d'intérêts en 2003... et vous jettez tout au bain !!  OK, je suis d'accord, il faut abroger... pas de problèmes, mais d'ici à censurer...  Il parait que la HAS peut nous procurer les recommandations manquantes.. Je les ai demandées et je les attends, car aller les chercher sur le site de Formindep n'est pas acceptable. Les journaux qui ont publié ces recos doivent alerter leurs lecteurs.. attendons.... et aussi mentionner la rétractation dans PubMed....  attendons....

Aidons la HAS qui ne mérite pas cette opprobe, car la plupart des personnels et experts sont des gens de qualité qui ne demandent qu'à bien faire. La censure, la prohibition ne sont pas ce qu'attendent les professionnels.

Lenzer J. French guidelines are withdrawn after courts finds potential bias among authors. BMJ 2011;342:d4007

Erreurs/fraudes dans les articles : quels risques pour les malades ?

Travail très original publié online first (17 mai 2011) dans le Journal of Medical  Ethics : bravo à Monsieur Steen qui a déjà publié 3 fois en 2011 dans JME sur les rétractations d'articles. Il a utilisé le même corpus d'articles : les 788 articles retirés dans PubMed entre 2000 et 2010, en éliminant ensuite les articles des sciences fondamentales n'incluant pas de sujets humains. En novembre 2010, dans la base ISI Web of Knowledge Thomson Reuters, ils ont recherché les articles ayant cités les 180 articles rétractés. Finalement, ils ont analysé l'impact de 180 articles rétractés, et qui ont été cités 5503 fois (secondary papers)... Article passionnant dont j'ai copié le tableau 1 :

Discussion parfois verbeuse, mais intéressante sur les risques induits par l'étude COOPERATE publiée en 2003, rétractée par le Lancet en 2009, et citée 581 fois. Gardons bien à l'esprit que les 180 rétractations étaient la résultante d'erreurs (110) ou de fraude (70).

Steen RG. Retractions in the medical literature: how many patients are put at risk by flawed research? JME 2011; published online May 17; doi: 10.1136/jme.2011.043133

PNAS peut se tromper : 2 rétractations en juin 2011

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (PNAS) a publié en juin 2011, deux rétractations avec des explications claires.. Un article d'octobre 2010, dont voici l'explication de l'erreur,  et un article de janvier 2009 cité 34 fois. C'est un bon exemple. Ce sont des réplications d'expériences qui n'ont pas pu observer les mêmes données et qui ont amené les auteurs à la conclusion que des erreurs avaient été faites... 

La pression de publier, la compétition mènent à des erreurs, et c'est normal.. L'avouer explicitement est très bien... Il est supposé que beaucoup d'auteurs ne peuvent pas répliquer leurs travaux, mais la communauté scientifique n'est pas souvent informée...

Pas d'accord avec Journal of Neurosciences sur le contenu des rétractations

Ivan Oransky, auteur du blog sur les rétractations, n'est pas d'accord avec les journaux qui ne veulent pas expliquer les raisons des rétractations d'articles. Il a publié plusieurs billets à propos de rétractations dans le Journal of Neurociences. Une rétractation peut être publiée pour erreur ou fraude et les lecteurs doivent connaître les raisons précises. Il faut avec Ivan Oransky demander la clarté et éviter cette suggestion de contacter les auteurs pour avoir des explications... Le rédacteur de The Journal of Neurosciences a ses arguments :

It is the policy of The Journal of Neuroscience to retract an article at the authors’ request at any time without requiring explanation.  Our primary motivation is to minimize the barriers to retraction.  We believe that authors are generally reluctant to retract articles, and we do not want to impose any requirements that could discourage authors from removing flawed articles from the literature.

We do not publish descriptions of problems in a retracted article.  Because retraction removes an article from the literature, eliminating it as a citable authority, describing which parts are or are not valid would be academic.  There is no part of the retracted article that can be considered a valid, peer-reviewed observation.  Scientists who have done research based on retracted observations would be better served by contacting the authors directly for complete details than relying on a brief published description of the most salient issues.  By not identifying specific problems we also avoid the contentious and difficult practice of assigning blame for errors to particular laboratories or authors, which can also discourage retractions.

Des rétractations hors des sciences de la vie

Certains pensent que les rétractations sont un phénomène surtout répandu dans des disciplines et en particulier la "biomedicine". Effectivement, d'autres journaux de sciences sociales et de science de la terre semblent avoir moins de pratique et de recommandations pour les rétractations.

Par exemple, Geology vient de retirer de la littérature un article et l'accès à la note expliquant les raisons de la rétractation est payant ! Payer pour connaître les raisons d'une rétractation : est-ce pour erreur ou pour fraude ? Dans le cas cité, un article sur l'Himalaya de mai 2010 dont l'image principale avait été publiée en 1998 dans Terra Nova, et provient de Norvège.....et cette image avait été mise ne couverture de Terra Nova en 1998.

Le responsable du travail est mort peu après la publication de l'article, et de nombreuses explications ont été proposées par les co-auteurs... Allez lire toute l'histoire rapportée par Ivan Oransky.

 

Les rétractations concernent peu les industries et les rédacteurs professionnels médicaux

En juin 2011, dans Current Medical Research and Opinions, une nouvelle analyse des rétractations publiées dans Medline a été conduite à partir de 463 rétractations entre 1966 et février 2008. Les auteurs sont australiens, et gèrent une société de rédacteurs professionnels de 13 employés.

213 des 463 rétractations mentionnaient des malveillances, et 3 citaient un rédacteur professionnel et 8 une industrie. Les facteurs associés avec ces malveillances étaient: "auteur unique, premier auteur ayant déjà une rétractation, et premier auteur affilié à un pays en voie de développement.

Nous avons besoin d'études pour mieux comprendre les rétractations.

Wolley KL et al. Lack of involvement of medical writers and the pharmaceutical industry in publications retracted for misconduct: a systematic, controlled, retrospective study Current Medical Research and Opinions June 2011, Vol. 27, No. 6 , Pages 1175-1182

Les rétractations sont trop souvent 'opaques'

C'est un coup de gueule de notre ami Georges contre tous ces journaux qui font mal leur travail : trop de rétractations sont peu explicites et pas claires ! Associé à Ivan Oransky, médecin journalsite chez Reuteurs, pour ce coup de gueule, Georges Lundberg, après avoir été rédacteur en chef du JAMA pendant 17 ans, est toujours un scientifique reconnu en étant rédacteur en chef de journaux électroniques du groupe WebMD, et de MedPage Today.

Dans une courte vidéo, il exprime sa colère car trop de rétractations d'articles fraudés sont peu explicites, faisant croire à des erreurs, avec des excuses des auteurs. Ivan Oransky est devenu le spécialiste des rétractations qu'il analyse systématiquement en questionnant auteurs et rédacteurs..... et toutes les semaines, il découvre que ces rétractations sont mal faites. Il publie tout cela sur son blog "Retraction Watch".

Il serait heureux de voir que la HAS suit les recommandations de COPE en matière de rétractation.....

Des recommandations abrogées doivent être consultables

Le Conseil d'état a demandé le 27 avril à la Haute Autorité de Santé (HAS) d'abroger une recommandation sur le diabète de type 2, et ceci a été mentionné sur le site de la HAS le 2 mai 2011. Le motif concerne l'absence de déclaration publique d'intérêts de certains membres. Le Conseil d'état n'a pas demandé de l'enlever du site internet.

Il s'agit d'une rétractation d'un document, pratique bien codifée pour les publications. La HAS devrait suivre les pratiques des journaux biomédicaux car le document original n'est plus consultable sur le site... Heureux ceux qui ont le pdf en archive car ils pourront ultérieurement travailler si besoin sur ce document. Les journaux permettent de consulter les documents retirés pour les recherches sur des archives, etc... en mentionnant très clairement qu'il s'agit d'un document retiré de la littérature..  Cela apparaît sur PubMed quand on recherche ces articles, et pour certains journaux le pdf est barré par un bandeau rouge "Retiré". Regardez par exemple l'article du Lancet de Wakefield.....

Dans les recommandations du Committee on Publication Ethics (COPE). On peut lire :

Soutenons la HAS qui fait un travail remarquable, et je ne doute pas qu'elle montrera l'exemple : cette recommandation doit rester accessible....avec la mention "Abrogée" en rouge sur toute les pages. Ces règles de publications devraient être suivies par les institutions qui ont une activité de publication.

PS : ci dessous commentaires d'un ignorant (7 mai).... allez voir...

Les rétractations pourraient être plus explicites...

Bel article du Journal of Medical Ethics sur les causes de rétractations d'articles dans Medline, fait par notre amie Liz Wager, toujours active en étant chairwoman de COPE. Elle a analysé les rétractations et montré que certaines n'étaient pas très claires.... les exemples cités dans son article sont troublants.

Quelles sont les données observées à partir de 312 rétractations sélectionnées entre 1988 et 2008 :  augmentation régulière des rétractations dans Medline, avec bientôt 300 par an ! Les rétractations sont signées par les auteurs (63 %), les rédacteurs (21 %), les journaux (6 %), les maisons d'éditions (2 %), ou les institutions (1 %). Les causes sont des erreurs ou des résultats non répliqués (40 %), des malveillances/fraudes (28 %), des doubles publications (17 %), et sans raison claire (5 %) ; les 28 % de malveillance correspondent à ce qui a déjà été observé (et comprend les 16 % de plagiats), et le 5 % sans raison claire n'est pas admissible....

La discussion de l'article est informative, conforte les données connues sur les rétractations. Liz suggère que les journaux suivent des recommandations identiques en matière de rétractation... et celles de COPE devront être actualisées au vu de ces nouvelles données.

Wager E, Williams P. Why and how do journals retract articles? An analysis of Medline retractions 1988-2008. Journal of Medical Ethics 2011, online on April 12, doi 10.1136/jme.2010.040964