Rédaction Médicale et Scientifique

Un nouveau formulaire pour les reviewers de PLOS ONE (nouveau logo) : jugez la méthode, pas l'originalité ou l'intérêt de l'article

La revue PLOS ONE a 400 000 reviewers dans sa base de données et une politique particulière : accepter
tout ce qui semble méthodologiquement correct, que le travail et les résultats soient intéressants ou pas pour la stratégie de la revue. PLOS ONE prend tout, du moment que les auteurs payent les droits (1 350 US $). A noter que PLoS s'écrit maintenant PLOS....

PLOS ONE vient de publier le formulaire que doivent remplir les reviewers. En pratique, quelques questions :

Technical soundness of the work

Rigor of the analysis

Adherence to data sharing standards

Clarity of the English language usage

Adherence to PLOS ONE standards for research ethics and dual publication

 Un éditorial sur un blog de PLOS explique cette stratégie car PLOS ONE doit publier 15 000 articles par an !  C'est beaucoup, et comment garantir la qualité ? Le reviewer de PLOS ONE ne doit pas dire si le travail est innovant ou représente une avancée dans le domaine étudié...  Le formulaire se veut simple.

Mais former des reviewers n'a jamais montré son efficacité...

Excellentes lettres types pour rédacteurs de revues biomédicales qui doivent informer sur de mauvaises pratiques

Vous trouverez sur le site du Council of Science Editors, en accès libre, 17 lettres types pour des rédacteurs de revues s'ils doivent écrire à des auteurs pour diverses mauvaises pratiques. Il y a aussi 6 lettres types pour des institutions. Ces lettres sont en anglais, mais elles sont utiles car les mauvaises pratiques existent en France, et parfois des comités de rédaction veulent agir (la plupart du temps les comités tendent à protéger leurs pairs, comme le font les institutions). Ces lettres ont été préparées avec les dirigeants de COPE (Committee on publication ethics).

Exemple d'une lettre lorsque des auteurs sont en conflit entre eux :

Les déclarations de liens d’intérêts des rédacteurs devraient être améliorées (quand elles existent !)

Des Québécois ont analysé les déclarations de liens d’intérêts par les rédacteurs, ainsi que les politiques des revues prestigieuses. Ils ont analysé les sites internet de 10 revues : NEJM, Lancet, JAMA, Annals of Internal Medicine, BMJ, PLoS Medicine, Annual Review of Medicine, Archives of Internal Medicine, CMAJ, Journal of Internal Medicine. Publication dans JME mise en ligne en mai 2012, et attendant une mise au sommaire.

Les résultats sont pas fantastiques : 4 revues sur 10 avaient une politique clairement exprimée incluant les liens d’intérêts des rédacteurs ; ces documents sont difficiles à localiser sur les sites ; les liens d’intérêts des rédacteurs sont faciles à trouver pour 2 revues sur les 10 (BMJ et PLoS). De nombreuses recommandations existent (COPE, ICMJE, WAME,..) sur les déclarations des rédacteurs. Cet article a un commentaire interessant de Harvey Markovitch, l'un des fondateurs de COPE. Les liens des rédacteurs influencent les rédactions et politiques des revues. Un des auteurs de cet article, Bryn Williams-Jones, a un blog sur les liens d'intérêts. Encourageons ces initiatives.

Les rédacteurs des revues biomédicales sont mauvais et c’est irrémédiable : un constat publié dans J Clin Epidemiology

Le rédacteur du J Clin Epidemiol doit être bon car il a accepté un article qui dit du mal des rédacteurs…  Les auteurs ont voulu reprendre un travail qui avait été publié en 1998 dans le JAMA et ont expérimenté ce que j’ai déjà connu : ils ont contacté les auteurs de l’article du JAMA pour avoir des détails sur la méthodologie, etc…  et réponse classique : par d’archives, nous n’avons rien gardé et ne pouvons pas vous répondre !!! Ils n’avaient plus la liste des revues analysées dans l’article de 1998, ni les critères d’inclusion de ces revues, etc.. Depuis 1998, aucune étude de ce genre n’aurait été publiée.

Ceci ne les a pas empêchés de faire une enquête auprès de 183 rédacteurs de revues ayant des taux de citations élevés : 95 (52 %) ont répondu, et déclaré que 30 % de leur temps de travail était dédié à la revue, et 76 % avaient eu une formation formelle pour être rédacteur, 89 % une formation informelle. La plupart étaient confrontés régulièrement à des questions d’éthique. Le questionnaire était court pour évaluer leurs savoirs, mais les résultats ont été désastreux : leur performances étaient mauvaises sur leurs savoirs en terme de critères de parternité d’auteurs (30 % ont répondu correctement), de liens d’intérêts (15 % de bonnes réponses), sur le peer review (16 %) et la plagiat (17 %). Les tableaux de cet article apportent les arguments pour soutenir ces résultats….   J’espère que les rédacteurs de nos revues françaises répondraient mieux que les américains…  

Wong VSS, Callaham ML. Medical journal editors lacked familiarity with scientific publication issues despite training and regular exposure. J Clin Epidemiol 2012;65:247-252.

La controverse est utile pour les revues de langue française, mais elle est trop rare : bravo aux Archives de pédiatrie

 Les Archives de Pédiatrie ont accepté de publier une lettre à la rédaction de ma part et qui a heurté le rédacteur en chef : bravo aux Archives d'avoir accepté mon texte. Le rédacteur en chef a répondu avec ses arguments réfutant certaines de mes positions : il a raison de s'exprimer car le débat permet ensuite au lecteur critique de se faire son opinion.

Mon propos était celui d'un éditorial, mais cettre revue l'a classé en 'lettre à la rédaction' : "autour d'un article il y a 4 acteurs qui s'intéressent très peu au lecteur...  polémique en effet ; l'auteur ne pense qu'à publier ; le reviewer a un pouvoir occulte et ses intérêts ne sont pas déclarés ; le propriétaire de la revue a des objectifs de défense d'une société savante, et/ou de profitabilité ; le rédacteur a un pouvoir qu'il veut conserver. Les revues découvrent de mauvaises pratiques car les Institutions ne forment pas bien les scientifiques."

La réponse de J Sarles, rédacteur en chef a été publiée dans le numéro de novembre 2012 des Archives de pédiatrie, et il a défendu les revues françaises : "elles sont gérées par des bénévoles, qui font au mieux pour défendre leur revue..  bonne argumentation, courtoise et sans langue de bois de J Sarles". Allez lire les 2 textes qui auraient mérités d'être des éditoriaux dans le même numéro de la revue.

La meilleure ressource pour rédacteurs de revues : accès libre de 80 pages de checklists, etc...

Les annexes d'un excellent ouvrage sur le peer review sont maintenant en accès libre ! Il s'agit de "Peer
review and manuscript management in scientific journals: guidelines for good practice" de Irene Hames, bien connue dans le milieu des rédacteurs. Ce livre de 2007 que j'aime régulièrement feuilleter est destiné aux rédacteurs de revues biomédicales. Il explicite en détail le management des articles au sein d'une revue et le fonctionnement du peer review. Irene Hames est reconnue ; elle vient de rejoindre le board de COPE. Nous n'avons pas ce type de livre en langue française.

Les titres des chapitres sont explicites : 1) Introduction, 2) The peer-review process: how to get going, 3) Manuscript submission and initial checks on completeness and suitability, 4) The full review process, 5) The decision-making process for reviewed manuscripts, 6) Moving to online submission and review, 7) The obligations and responsabilities of the people involved in peer-review, 8) Misconduct in scientific research and publishing - Waht it is and how to deal with it.

Les annexes devenues d'accès libre sont une compilation des éléments utiles pour les rédacteurs avec toutes sortes de check lists et autres lettres types pour répondre aux auteurs, etc.... Les 4 annexes font 80 pages ! avec 4 parties : The golden rules and the peer-review good practice checklist; examples of checklists, forms, guidance for reviewers and editorial letters (55 pages !); useful websites; alternative models of peer review.

C'est une bonne stratégie de Blackwell et ALPSP car avoir les annexes donne envie d'acheter le livre qui est d'actualité.

Manager les fraudes : ce n'est pas le rôle des revues biomédicales

En septembre 2012, La Presse Médicale publie un numéro thématique "De l'erreur à la fraude dans les publications biomédicales" avec 10 articles (disponibles en prépublication), dont le septième article est intitulé "Le management des erreurs et fraudes scientifiques par les revues biomédicales : elles ne peuvent pas se substituer aux institutions". Voici les points essentiels de cet article :

• L’intégrité en recherche n’est pas négociable, mais nous observons régulièrement des mauvaises pratiques dont les revues sont victimes ou coupables. Les revues n’ont pas l’objectif d’assurer l’intégrité de la science : c’est le rôle des institutions.
• Les revues découvrent des mauvaises pratiques soit lors de l’évaluation des articles quand un rédacteur ou un relecteur sont alertés par quelques signaux, soit après la publication quand un lecteur, un lanceur d’alerte informent la revue.
• Les pratiques déviantes de certains rédacteurs, de relecteurs sont peu connues, et peu médiatisées.

JAMA : déclarez tous vos liens d'intérêts, ayez accès aux données sources des publications

Dans un éditorial du 11 juillet 2012, H Bauchner, rédacteur en chef du JAMA, revient sur les politiques majeures du JAMA. Elles seront probablement appliquées par les 9 autres JAMA de spécialités. Tout est bien expliqué, et j'ai retenu quelques points :

• Liens d'intérêts : plusieurs fois des corrections ont dû être faites suites à des remarques des lecteurs ; cela vient du fait que les déclaration de liens d'intérêts sont dans divers supports et ne sont pas toujours les mêmes pour un auteur...   CONSEIL : déclarez au maximum et utilisez les grilles ICMJE ;
• Enregistrement des essais : très important, mais le JAMA sera parfois souple... mais pour les enregistrements tardifs, des explications devront être ajoutées dans les articles ;

NEJM : le Pourri Match de la médecine ?

Dans le billet du 12 juillet, j'ai repris les données connues sur les resosurces de tirés à part des revues biomédicales. Les reuves américaines (NEJM, JAMA et Annals) n'ont pas accepté de transmettre leurs ressources liées aux tirés à part.... alors que les anglaises (Lancet et BMJ) ont accepté. Cet article du BMJ sur les revenus des revues a été commenté, et notamment par Richard Smith (photo), ancien rédacteur en chef du BMJ. Sur le blog du BMJ, Richard Smith accuse les revues de faire des profits importants, sans payer les rédacteurs..   Il se permet de deviner les revenus du NEJM : chiffre d'affaires annuel de 100 millions de $, avec un profit de 20 millions de $...    Il accepte de se tromper si les vrais chiffres sont publiés.... Avec 100 millions de $, les rédacteurs sont bien payés, la Massachussets Medical Society vit bien, etc..   mais existe-t-il des compromissions avec l'industrie pharmaceutique ? Est-ce que le NEJM est le bras armé de l'industrie ? Cette position de R Smith rejoint les opinions du Pr Sculier, Institut Bordet, Bruxelles, qui coordonne un enseignement sur la médecine factuelle.

Smith R. Medical journals: a gaggle of golden geese.  BMJ group Blogs 3 July 2012

Merci à Pierre Trudelle

6083 manuscrits majeurs reçus en 2011 par le JAMA : 9 % acceptés

Les revues communiquent périodiquement des indicateurs à leurs lecteurs… et en général quand ils sont satisfaisants. En remerciant ses 3635 relecteurs de 2011, le JAMA a publié un tableau comparant des indicateurs sur les 7 dernières années…  et les résultats sont bons. Que retenir ? 35 à 40 % des manuscrits sont envoyés à des relecteurs externes… donc la décision (de rejet surtout) est prise par les rédacteurs pour plus de 60 % des manuscrits, et cela avec une médiane de 6 jours (les auteurs qui soumettent dans les heures ouvrables de Chicago peuvent recevoir un refus en moins d’une heure !) ; le taux d’acceptation est stable, autour de 9 % ; le délai entre la réception et la publication est de 80 jours (médiane). Des chiffres impressionnants : 310 000 revues sous forme papier sont envoyées chaque semaine ; 18 000 écoutes chaque semaine de l’interview du rédacteur en chef ; 1000 personnes font les quizz de FMC chaque semaine ; 19 millions d’écoutes chaque semaine des news releases…   ce ne sont pas que des professionnels de santé, mais le public, les investisseurs, les malades, etc…. voici le tableau de ces données :

La position de rédacteur en chef devrait être limitée dans le temps

Des discussions sur les réseaux sociaux reviennent régulièrement sur la question de la durée des mandats des rédacteurs en chef. Que ce soient les discussions de Society for Scholarly Publishing, de International Society of Managing and Technical Editors, il semble que des mandats de 3 à 5 ans, renouvelables une fois, soient les plus répandus. Il s'agit des contrats de rédacteurs mi-temps, en général d'origine académique et de revues de sociétés savantes.Tous les cas de figure existent... et malheureusement le mandat à vie est encore pratiqué...  

Est-ce raisonnable d'être rédacteur en chef plus de 10 ans ? Nous avons des opinions diverses et tout est cas particulier. Je reste convaincu que le mandat limité avec un terme connu dès la prise de fonction est une garantie pour l'avenir. Le rédacteur peut 'choisir' et former son successeur. Combien de sociétés savantes laissent en place des rédacteurs en chef dont ils ne savent plus se spéarer sans conflits (en général, le contrat de départ n'était pas clair...  et souvent un contrat écrit n'existe pas...). Il existe même des cas où être rédacteur en chef est une activité de retraité depuis plus de 5 ans.....

J'ai été rédacteur en chef 6 ans de European Science Editing 2000-2006 (2 mandats de 3 ans, et j'avais fixé les règles), et depuis le journal fonctionne avec des rédacteurs ayant un mandat de 3 ans renouvelable.. cela semble convenir. Je connais des "rédacteurs à vie" qui donnent satisfaction, mais la revue se renouvelle peu.

Un biais "anti-industrie" dans les grands journaux

C'est un article de Nature Biotehcnology du 10 avril 2012 qui propose cette hypothèse. Après 4 refus, Nature Biotechnology publie cet article de Thomas Stossel qui se bat depuis quelques années pour défendre les bonnes relations entre industrie et experts. Il n’a pas la possibilité d’être aussi entendu et accepté que ceux qui défendent les opinions contraires. Je dis bien 'opinions', car cet article de Stossel a analysé 108 articles de JAMA, NEJM, Lancet et Lancet Neurology, revues qui ont des facteurs d’impact supérieurs à 20. Que montre cette annalyse ? La plupart des articles sur les liens d’intérêts sont des articles d’opinions, et les preuves manquent. Un supplément pdf donne quelques exemples troublants... Cet article est difficile à lire, mais il semble correctement fait. L'analyse faite par T Sullivan sur son blog est claire, et il traite ces journaux de coupables.

CMAJ : l'édito du nouveau rédacteur en chef....

Je ne suis pas séduit en mars 2012 par le premier éditorial de John Fletcher, nouveau rédacteur en chef
du Canadian Medical Association Journal. Cet éditorial n'annonce pas une politique nouvelle pour cette revue qui a un facteur d'impact de 9. Il reprend les rôles d'une revue tels que définis par R Smith dans son livre "The trouble with medical journals" (ce livre est excellent) : “informing, reforming, disseminating science, educating, providing a forum for a community to debate the issues of the day, entertaining and making money"

Le message de John Fletcher, anglais qui dirige une revue canadienne, est : What I plan for the journal is that it should focus on being relevant to practising doctors while maintaining a sound research base. I plan to make good use of electronic and print media, and to work with Canadian Medical Association colleagues to ensure sound finances. Pas très novateur !

Le CMAJ qui a eu 100 ans, des difficultés financières, reste une excellente revue.

Diagrammes de COPE en français

COPE ou Committee on Publication Ethics est un organisme associatif anglais qui s'intéresse à toutes les questions éthiques des revues biomédicales. Nous évoquons leurs travaux assez souvent. Des séminaires réguliers discutent des cas, comme par exemple le cas que  nous avons rapporté concernant un auteur qui avait inventé les emails de relecteurs...

COPE a développé 17 diagrammes pour aider les rédacteurs de revues quand ils sont confrontés à des problèmes de plagiat, de fraude, de doubles publications, etc...  Et ces diagrammes ont été traduits en plusieurs langues dont le français qui vient d'être mis en ligne. J'ai assuré la tradcution avec Liz Wager, Chairman de COPE. Très utile pour les rédacteurs car nous avons vu que les revues françaises ne savaient pas toujours gérer ces cas....  Quelques coquilles seront corrigées.

 

Un journal d'éthique peut-il manquer d'éthique ?

Histoire qui nous met mal à l'aise, et dont nous aurons la solution dans quelques semaines : le fondateur et (ancien) rédacteur en chef de American Journal of Bioethics, Glenn McGee, a accepté un job chez Celltex Therapeutics, comme président des initiatives stratégiques et éthiques. Le problème est que ce journal prestigieux déménage pour aller s'installer chez Celltex, une société qui s'est illustrée par quelques histoires troubles dans le domaine de "L'industrie du tourisme des cellules souches". Par exemple, le candidat à la présidence US, Rick Perry a été traité pour des douleurs lombaires avec des cellules souches non approuvées..  Dans le passé, d'autres histoires troubles avec des investigations ont concerné ce domaine : Celltex, et Glenn McGee ont eu quelques problèmes. L'histoire est bien détaillée sur le site US de Slate... (article publié le 17 puis enlevé le 29 février) allez voir comment l'éthique est malmenée dans ce domaine.  Glenn McGee a déjà inventé des signatures de co-auteurs, a été licencié d'Universités, a protégé une société coréenne dans ce domaine des cellules souches, lors d'une investigation de cas suspects (décès)....

Le JAMA innove : 2 illustrations d'une vue opposée....

Nous avons annoncé l'arrivée de Harold Bauchner comme nouveau rédacteur en chef du JAMA Dans le premier numéro de janvier 2012, il annonce des changements : bravo. Dans l'éditorial, il annonce une nouvelle rubrique "point de vue". Le JAMA va donner la parole à des leaders / experts sur toute question de la profession, du système de soins, etc...  

Autre innovation : depuis 50 ans, la couverture du JAMA reproduit un tableau avec des commentaires dans le journal.. parfois des illustrations ont été publiées sur la couverture. Ce ne sera plus automatique, et par exemple des illustrations pourront être sur la couverture, en commencant par le numéro 1 de janvier 2012. Deux illustrations de peuvent être agrandies, téléchargées et elles illustrent la nouvelle rubrique "Viewpoint". Chicago étant le siège du JAMA et une ville d'architecture, les 2 illustrateurs ont choisi 2 vues opposées de leur quartier ! D'autres changements : un nouveau site internet en préparation, un blog à améliorer.....

Dans ce numéro, déjà 4 points de vue : le rythme pour abandonner les pratiques inefficaces est trop lent ; des suggestions pour limiter les coûts de santé aux USA ; la mise en oeuvre de "Affordable care act aux USA" ; d'autres stratégies pour réduire les coûts de santé...  Les auteurs sont prestigieux, et une liste de contributeurs est publiée. Quand une rubrique est créée, il existe en général des opportunités pour être accepté... Tentez de soumettre un article avec des idées à contre courant des opinions de vos maîtres.... Vous publierez dans le JAMA au risque de perdre votre boulot.

CMAJ a un nouveau rédacteur en chef

Ce journal méconnu, Canadian Medical Association Journal, est excellent. Nous savions depuis mars 2011 que Paul Hébert avait annoncé son départ. En Janvier 2012, un anglais, John Fletcher, est devenu le 17ème rédacteur en chef du CMAJ. Il a un passé de rédacteur, ayant collaboré 7 ans au BMJ. Ses ambitions sont exprimées : “I’m going to focus on maximizing the revenue of the journal and reducing our expenses. It is very important for the journal to be financially sound.” Nous avons vu les difficultés financières de ce journal qui vient de fêter ses 100 ans. Parmi ses objectifs, il veut aussi améliorer la présence électronique du CMAJ.

Top 10 de la "Cuisine érudite" 2011 : les meilleurs plats des chefs !

Le blog Scholarly Kitchen commente régulièrement des faits marquants dans le domaine des maisons d'éditions et des journaux. Comme ce blog s'appelle "la cuisine érudite", Ils ont sélectionné les 10 meilleurs plats des chefs 2011, et nous en avons déjà commenté certains. Voici cette liste :

• Gouvernance et maisons d'édition associatives
• Est-ce que les rédacteurs de journaux sont un anachronisme ?
• Que nous apprend l'abolition des frontières ?
• Le coût de l'impression
• L'open access des contribuables existe (les organismes publics ont encore trop de rapports peu accessibles)
• La crise de l'accès aux données sources
• Est-ce que les maisons d'édition Open Access et traditionnelles sont dans le même business ?
• La persistance bornée du modèle des abonnements
• Est-ce que le "Patron-driven acquisition model" est le futur modèle des bibliothèques (l'achat des articles recherchés plutôt que des abonnements à des revues) ?
• Mesurer les mauvais indicateurs : est-ce que la méthode scientifique a été compromise par le carrièrisme ?
• Est-ce que le peer-review est un pile ou face ?

Les chercheurs : mauvais communicants, et mauvais écrivains

Paul Hébert est le rédacteur en chef du Canadian Medical Association Journal (CMAJ), un grand journal de médecine. Il vient de terminer 5 ans d'activités . Il a été étonné de constater l'influence des journaux biomédicaux, et il a retenu 3 leçons : 

• Les chercheurs sont excellents par leur créativité et sont scientifiquement crédibles, mais ils ne sont pas de bons communicants et de bons écrivains ;
• Les journaux médicaux ne s'adressent plus uniquement aux médecins et aux scientfiques ;
• Pour remplir ces rôles, il faudrait former les rédacteurs du futur.

 Le CMAJ a toujours eu des rédacteurs influents, et le CMAJ va mieux qu'il y a quelques années..  Il a plus de 100 ans. Les écoles de médecine devraient aider les journaux en formant à la rédaction, et en préparant aux métiers de rédacteurs de journaux. Les formations pour rédacteurs existent et sont très utiles.

Hébert PC. Even an editor needs an editor: reflexions after 5 years at CMAJ 2011;183:1951.

Apprendre le métier de rédacteur en chef

Nous avons évoqué hier la chance des journaux biomédicaux de langue française : ils ont une marge d'amélioration. Peu de rédacteurs et d'auteurs semblent vouloir apprendre les métiers pour bien faire fonctionner un journal. La qualité scientifique des travaux français mériterait des supports de qualité pour une meilleure diffusion...

Des formations pour rédacteurs existent dans le monde anglo-saxon, et Eric Caumes, Rédacteur en chef du Journal of Travel Medicine (Wiley est le publisher), est un des premiers français à avoir appris ce métier. Il a participé début novembre 2011 à Oxford à une formation de Pippa Smart. Il m'a fait part de sa satisfaction. Les évaluations de 22 des 25 participants étaient excellentes. Les 25 participants provenaient de Royaume Uni (9), USA (4), Arabie Saoudite (3), Australie (2), Soudan (2), et un pour France, Chili, Nouvelle Zélande, Hollande et Portugal. Des commentaires d'après cours ont été mis sur des blogs comme celui du BMJ. Sur la photo ci-dessus, P Smart est à l'extrême gauche et E Caumes à l'extrême droite.

Un cours pour rédacteurs est planifié par EASE à Tallin les 10 et 11 juin 2012, avec Pippa Smart. Inscrivez-vous ! Merci à Eric Caumes pour ces informations. Le bon facteur d'impact de son journal va encore augmenter.