Rédaction Médicale et Scientifique

Conférence sur l'Open Access en France : merveilleux, mais pas encore en médecine...

A mon grand regret, je n'ai pas pu assister à la journée sur "Open Access Gold" organisée le 19 janvier 2012 sur les publications en physique. Le partage d'expérience avec d'autres disciplines est instructif..  ce que j'avais apprécié quand j'étais président de EASE, car dans le board, il y avait des physiciens, géographes, glaciologues et autres science de la terre avec les représentants des sciences de la vie. Les pratiques de publications varient beaucoup entre les disciplines scientifiques. Félicitons les organisateurs qui ont consacré une journée en France sur ce thème (Société Française de Physique, EDP Sciences, CNRS et CEA).

Full et pseudo "open access" des revues : copyright ou copyleft ?

Cet éditorial de PLoS Biology en novembre 2011 attaque le pseudo "Open Access" (OA). Les journaux du groupe PLoS, et d'autre maisons d'éditions pratiquent le "Full OA". Le début de l'article est une ode aux auteurs qui acceptent de payer pour être publiés : il faut les féliciter. Une revue en "full OA" veut dire pour les articles : 1) le contenu est facilement acessible sur internet, 2) c'est gratuit, 3) le contenu peut être réutilisé sans condition sauf de citer la source. Les points 1 et 2 et 3 doivent être remplis pour être en plein accès ouvert. Mais que veut dire "pseudo OA" ?

Après le PSG, les journaux biomédicaux électroniques

Nous avons vu hier que de nouveaux journaux électroniques basés sur le modèle PLoS ONE se développaient rapidement. La politique de ces journaux : "Nous publions tout du moment que les méthodes sont bonnes et que les conclusions sont basées sur les données (et si les auteurs payent plus de 1000 $)". Hier, j'ai cité les concurrents de PLoS ONE : allez voir Springer Plus qui ouvre ce mois ci. La fondation Qatar développe des journaux biomédicaux.., et surtout QScience ! L'éditorial de lancement annonce de grands noms, dont un prix Nobel... C'est bien fait, de qualité, peer reveiwed, avec de grands noms semble-t-il parmi les comités de rédaction. Ils demandent de 995 à 1995 $ pour les articles acceptés selon les journaux..    Est-ce que le rédacteur en chef a un contrat comme les vedettes du PSG ?

PLoS ONE publie 70 articles par jour : l'écosystème OA !

C'est un éditorial d'autocongratulation qui a été publié dans PLoS Biology de décembre 2011 pour fêter les 5 ans de PLoS ONE et surtout l'écosystème Open Access (OA). PLoS ONE est qualifié de "megajournal" avec 14 500 articles publiés en 2011.. soit 1 article sur 60 indexés dans PubMed... Mais je reste dubitatif devant cette inondation :  Comment distinguer les bons des mauvais articles ? Comment croire qu'un taux d'acceptation de 70 % est un critère de qualité ?

L'UNESCO s'engage pour l'Open Access : impressionnant !

L'UNESCO a lancé en novembre 2011 un site dédié à l'Open Access (OA) : Global Open Access Portal. Il s'agit de mieux diffuser l'information scientfique avec une orientation vers les pays en voie de développement. Ce portail est impressionnant car vous avez accès à une centaine de pays, en fait tous les états membres. Vous avez accès à toutes les informations concernant les développements de l'OA dans les disciplines scientifiques. Testez la France et vous serez surpris de la qualité des informations. Est-ce dû au fait que le siège de l'UNESCO soit à Paris ? Je ne pense pas.

Après Springer, Wolters Kluwers se met à l'OPEN ACCESS... et les autres ?

 En décembre 2011 Wolters Kluwer a acheté un éditeur indien (Bombay) fondé en 1977 : Medknow. C'est l'achat de 155 revues biomédicales en open access, et d'une archive ouverte de 70 000 articles. Wolters Kluwer est présent en France dans le juridique, et en santé (revues infirmières, groupe Doin,..). Wolters Kluwer a un portefeuille de 300 revues destinées aux praticiens, publiées sous les marques Lippincott & Williams & Wilkins. Wolters Kluwer a aussi un des sites leaders aux USA, et dans d'autres pays : Up To Date... fantastique. Les grandes maisons d'éditions doivent être présentes sur le créneau des nouveaux journaux électroniques...   Nous avons vu l'achat de BioMedCentral par Springer en 2008, puis la création de journaux "Springer Open". Springer a aussi acheté des journaux à Hindawi. 

Open Access : green ou gold ?

Nous avons souvent évoqué ces 2 modèles pour les publications en accès libre. Vous voulez avoir accès gratuitement aux données de la science et l'électronique peut faciliter cela... Mais qui paye ? Pour l'open access, soit vous êtes dans des archives ouvertes, voie dite "green", avec dépôt des articles, soit les auteurs payent un droit, et c'est le modèle "gold" de certains journaux. Vous en saurez plus sur le site du labo de physique de l'Université de Grenoble.

NECOBELAC : la France encore en retard...

NECOBELAC, financé par la Communauté européenne, est destiné à promouvoir les métiers de la communication scientifique écrite dans les pays d'Amérique du Sud. Il s'agit d'enseigner la rédaction, et la connaissance des journaux. NECOBELAC, centré "santé publique", a l'objectif de favoriser l'open access.Paola de Castro (Istituto Superiore di Sanità, Roma) et Reme Melero (Consejo Superior de Investigaciones Científicas, Barcelona) sont parmi les leaders de Necobelac. Elles sont des membres actives de EASE.

OAW démarre ce jour

Chaque année, l'OAW, pour Open Access Week, est l'occasion de grouper de nombreuses manifestations en faveur de l'accès ouvert des publications. Du 24 au 30 octobre 2011, c'est la 5ème année de cet évènement très électronique. De nombreuses vidéos sur leur site. Plus de 5000 journaux sont OA probablement...  (pas qu'en Médecine !). Manifestations dans de nombreux pays, et bien sûr tous les objets de type tee-shirt à acheter...  Organisé par SPARC (Scholarly  Publishing and Academic Resources Coalition).

Vous trouverez aussi une explication de l'Open Access...  pour bien comprendre green et gold AO, etc... une centaine d'évènements listés sur le site...dont la semaine en Afrique....  Rien en France, mais vous pouvez créer une manifestation et la lister sur le site OAW.

PLoS ONE moins performant qu'au lancement... ou les difficultés de l'OA ?

Un des arguments en faveur de l'Open Access est de dire que les délais de publication sont plus rapides que ceux des journaux classiques. Sur le blog "Scholarly Kitchen", le 7 octobre 2011, Kent Anderson a examiné les délais de publication de PLoS ONE entre 2006, année de lancement et 2011. Il suggère qu'avec la croissance, le volume d'articles ayant augmenté, les avantages de l'OA sont moins importants.... Il faut trouver des reviewers compétents, gérer le volume des articles, etc...  et les avantages de la rapidité de publication disparaissent.....  Voici le constat :

Sample data comparing speed between 2006 and 2011 suggest that PLoS ONE is slowing down significantly. Taking 10 articles published at the end of September 2011 and their times between submission and acceptance, acceptance to publication, and then overall (submission to publication), then comparing these to 10 articles published at the end of 2006, the data indicate a significant slowdown in every aspect of PLoS ONE’s process:

Rapport annuel PLoS 2010 : une affaire qui marche

Le rapport annuel de PLoS pour 2010 vient d'être publié : 2010 a été la première année avec des bénéfices, après 7 ans d'existence.. Mais quels bénéfices : 2,839 millions de dollars, à comparer à la perte de 0,508 million de 2009 dont nous avions commenté le rapport. Le chiffre d'affaire a augmenté de 60 % par rapport à 2009, et il est de 15 millions de dollars.

Intéressant de survoler ce rapport, car outre le bilan financier, il y a les faits marquants de 2010 : pour chacun des 7 journaux du groupe, sont cités les articles majeurs ; Harold Warmus, le fondateur, a quitté le poste de chairman car il est directeur du National Cancer Institute ; création en 2012 de PLoS Currents, de PLoS Hubs Diversity (suivi de Hub Clinical Trials), des blogs du groupe ; décision de ne plus accepter d'articles supportés par l'industrie du tabac ; déménagement des bureaux de San Francisco et de ceux de Cambridge (UK) ; et surtout des chiffres qui donnent le vertige : 6 800 articles publiés par PLoS ONE, avec des taux d'acceptation trop haut à mon avis...... mais les auteurs aiment payer... 

DOAJ en français : merci Couperin

Nous avons parfois évoqué le DOAJ ou Directory of Open Access Journals, un projet d'origine suédoise qui a eu des sponsors fidèles. L'objectif est de lister tous les journaux scientifiques en open access. Par libre accès, on entend les revues qui donnent aux utilisateurs le droit de "lire, télécharger, copier, distribuer, imprimer, rechercher ou lier le texte intégral des articles". Vous saurez tout sur l'OA en consultant ce site....

Depuis le début de l'été, grâce à Couperin, une interface en français permet de consulter cette base. Que contient-elle en août 2011 ? Il s'agit donc de 6919 revues dans toutes disciplines scientifiques. Les journaux dans la rubrique 'Health Sciences" sont : Dentistry 77 ; Medicine (general) 460 ; Nursing 38 ; Public health 173.  Sous la rubrique, "revues françaises", il y a 132 journaux mais beaucoup sont en langue anglaise, et aucun dans les sciences de la santé.....

Open Access Africa 2011 en octobre au Ghana

Pour la 2 ème année consécutive, BioMed Central organise une conférence en Afrique sur Open Access. Ce sera en octobre 2011 au Ghana. La conférence de 2010 au Kenya avait été très intéressante, car des personnels de BMC avaient présenté leurs stratégies.

Pas de droits d'inscription : allez-y...

Cette conférence est organisée pendant la Semaine de l'Open Access.

BMJ Open utilise le peer review ouvert

Nous avons annoncé l'arrivée de BMJ Open sur le modèle d'autres journaux en Open Access (OA), avec un modèle d'affaires qui consiste à faire payer les auteurs. BMJ Open a démarré. Nous verrons à l'usage si les articles rejetés par le BMJ sont orientés vers BMJ Open... cela me semble une stratégie prévisible.

Comme d'autres, ils utilisent le peer review ouvert, c'est à dire que les avis des reviewers, et les commentaires des auteurs sont disponibles avec l'article. Les auteurs ont connaissance des noms des reviewers. Par exemple, l'article intitulé "Tai chi for the treatment of osteoarthritis: a systematic review and meta-analysis " a été soumis les 15 décembre 2010, deux reviewers (Chris Maher et Kevin Chen) ont donné leur avis, les auteurs ont soumis une 2ème version les 31 janvier 2011, puis les mêmes reviewers ont demandé d'autres modifications. Donc version 3 le 14 février 2011, puis encore quelques modifications pour une version 4 le 24 mars 2011, et publication onlinz le 28 mars. Pour exemple, je vous ai téléchargé tous les échanges entre reviewers et auteurs pour cet article (20 pages). Le lecteur peut juger de la qualité des expertises et du travail de modifications des auteurs.

Kang JW et al. T'ai chi for the treatment of osteoarthritis: a systematic review and meta-analysis. BMJ Open 2011

L'avis de 54 000 chercheurs sur l'Open access

Nous évoquons souvent l'open access qui est un nouveau business model pour les journaux biomédicaux. SOAP pour Survey of Open Access Publishing... les premiers résultats d'une grande enquête ont été publiés en janvier 2011. ICes résultats sont bien sûr déposé dans des archives ourvertes.

A partir de fichiers de 1.5 millions de chercheurs, et avec un questionnaire électronique de 23 questions, ils ont eu 53 890 réponses en août 2010. 38 558 chercheurs avaient publié au moins un article dans un journal peer-reviewed dans les 5 dernières années. L'enquête a été poursuivie et les résutlats complets viendront plus tard. Le résumé diffusé a plein d'infos.

Environ 90 % des répondeurs sont convaincus que l'OA est bénéfique pour leur domaine de recherche. Mais 8 à 10 % des articles sont publiés en OA. Ce gap est dû aux financements insuffisants, et au manque de qualité perçue de ces jornaux OA. Mais la plupart des auteurs qui publient en OA ne supportent pas personnellement ces coûts, et 50 % ont publié sans charges. Les raisons pour ne pas publier en OA étaient :

Les livres en open access ? le choix de NAP

Est-ce que le mouvement d'accès gratuit, développé pour des journaux, va atteindre plus largement les livres ? La maison d'édition américaine National Academies Press a décidé le 2 juin de mettre en accès gratuit 4000 livres...  NAP est la maison d'édition des académies nationales, et l'Institute of Medicine en fait partie.

J'ai acheté des livres chez NAP, en particulier certains de la série très "quality chasm series", dont le premier des 11 livres est célèbre "To err is human", ensuite "Crossing the quality chasm", puis "Health professions education: abridge to quality"...... Ces livres restent en format papier à la vente, mais maintenant les pdf sont téléchargeables.. Autrefois les pdf pouvaient être achetés, et la plupart des livres étaient consultables en ligne. Il était possible d'imprimer des pages gratuitement... mais une par une... et c'était long. Certains titres anciens n'ont pas de format pdf.

Rappelons que les "Presses académiques" sont très nombreuses aux USA... Leur modèle 'non-profit' avec des organisations supportant leurs activités permet ces décisions..... Nous avons analysé un rapport sur les challenges du futur des ces maisons d'éditions..

 

L'OA augmente les téléchargements mais pas les citations

Question controversée avec quelques données, mais pour la première fois un essai randomisé acceptable pour répondre à la question : est-ce que les articles des journaux en open access (OA) sont plus cités ? Publié dans The FASEB Journal en mars 2011, Ph Davis a comparé les téléchargements et citations d'articles de recherche et de revues générales dans 36 journaux appartenant à 7 maisons d'éditions hébergées par HighWirePress. Il a eu les autoristations pour jouer sur l'accessibilité immédiate des articles, et ainsi son étude a probablement été randominsée..  mais tout n'est pas correctement décrit. Cet article inclut des données déjà publiées en 2008 dans le BMJ : il est clair sur ce point, mais je n'aime pas le recyclage de données....

Son échantillon d'articles de physiologie et sciences sociales a permis de comparer 712 articles en accès libre et 2533 articles en accès payant. Son travail porte sur 3245 articles (publiés entre janvier 2007 et février 2008) dont 1619 étaient dans la publication de 2008 du BMJ.... Il a collecté les téléchargements, et recherché les citations sur 3 ans après publication dans Web of Science.

En bref : l'open access double les téléchargements, augmente les nombre de visiteurs de 30 %, mais les consultations des abstracts diminuent...  Par contre les taux de citations à 3 ans étaient identiques entre les groupes. Résultats cohérents avec l'étude du BMJ des mêmes auteurs, mais le suivi des citations étaient de un an dans la premère étude. La discussion est intéressante : l'art de la citation n'est probablement que peu influencé par l'open access, et on ne sait pas bien comment sont sélectionnées les références par les auteurs d'articles.....

The FASEB journal a un facteur d'impact dans les 7/8 : c'est un excellent journal de la Fédération des Sociétés Américaines de Biologie Expérimentale.

Davis PM. Open access, readership, citations: a randomized controlled trial of scientific journal publishing. The FASEB Journal 2011

L'accès à la recherche est un droit des étudiants

Un site "Right to research coalition" veut promouvoir l'Open Access (OA) immédiat pour toutes les recherches. Des étudiants américains militent pour l'OA. La vidéo d'accueil du site est bien faite. ! L'OAserait indispensable pour un futur médecin : Formation, Soins du patient, Innovation, Droits des patients, Equité en santé globale, Investissement public. Ce site est bien fait, sur un modèle pour entrainer les foules et motiver les individus pour promouvoir l'OA. Ils disent que 7 millions d'étudiants les suivent... 

Il y a des propositions pour que chaque catégorie de membres adapte l'OA, avec des explications. Par exemple,  si vous êtes un professeur, vous aurez 6 étapes : 1) Get up to date, get connected ; 2) Adopt OA yourself ; 3) Educate on campus ; 4) Advocate nationally ; 5) Advocate on campus ; 6) Get your faculty assembly, colleagues, and administrators on board.

Ils utilisent parfois des arguments biaisés, notamment sur les données de profits des maisons d'éditions, ou en disant qu'un article en OA augmente de 600 % ses citations..... Attendons quand même que le modèle économique de l'OA soit pérenne.

L'open access : trop de conflits d'intérêts car un article refusé est une perte de ressources

Les discussions entre rédacteurs de WAME ont abordé un sujet délicat et l'on a vu des oppositions extrêmes. Le rédacteur de Anesthesia & Analgesia a lancé le débat sur Open Access (OA) et conflits d'intérêts : "Il y a trop de mauvais journaux en OA, et cela est dû au fait que les auteurs payent lors de l'acceptation".

Les rédacteurs des journaux OA se défendent et disent que l'acceptation n'est pas influencée par le payement des auteurs... Un rédacteur de BMC a expliqué qu'il n'avait aucune commission sur les articles et de ce fait il n'avait aucun conflit d'intérêts..... Un rédacteur d'un journal de Hindawi a expliqué qu'il a démissionné car il n'était pas à l'aise avec les modèle d'affaires du journal......  Mais quand même, quand PLoS ONE charge environ 2000 €, et accepte 70 % des articles soumis... j'ai du mal à croire que la qualité reste leur objectif. Mais les discussions restent entre gens bien élevés, et PLoS est épargné (car le NIH est le fondateur ?)... les journaux attaqués sont ces multiples titres pour lesquels nous recevons tous des sollicitations fréquentes, comme par exemple www.webmedcentral.com ou d'autres que j'évite de citer. Je ne lis pas ces sites...

"Pour avoir un nouvel ordinateur, le rédacteur peut accepter un article de plus en OA....  Pour améliorer le business par rapport à l'année précédente, on augmente l'acceptation de 10 % ; chaque refus d'un article fait perdre de l'argent, etc..."  Ces citations seraient sans fondement, mais quand même... Nous avons vu la création de BMJ Open sur ce modèle OA payant.... et BMJ Open accepte pour l'instant 60 % des articles soumis.

Ce débat va s'amplifier dans les années à venir, mais que feront les auteurs ? A mon avis, ils continueront à payer sans limites, tant la compétition est biaisée....  La création d'une société savante de journaux OA fin 2008 devrait permettre de proposer des règles dans ce domaine, mais auront-elles un impact ?

Research4Life : HINARI, AGORA, OARE pour offrir le savoir aux PVD

Nous avons plusieurs fois évoqué HINARI (Health InterNetwork Access to Research Initiative), ce modèle lancé par l'OMS en 2001 pour assurer un accès gratuit à l'information en santé dans 105 pays en voie de développement (PVD). HINARI, grace à des accords avec 120 maisons d'édition permet de mettre en accès libre plus de 5 500 'peer-reviewed journals' du domaine de la santé. Dans nos derniers billets, nous avons évoqué la tentative de maisons d'éditions de couper les accès quand les consultations dans un pays (en occurence Bangladesh) augmentaient et pourraient générer des recettes... mais la communauté internationale s'est mobilisée en faveur des PVD.

Deux autres réseaux existent :

AGORA (Access to Global Online Research in Agriculture) qui met en accès libre plus de 1200 journaux du domaine de l'agriculture, sous l'égide de la FAO ; AORE (Online Access to Research in the Environment) qui met en accès libre plus de 2000 journaux dans le domaine de l'environnement, sous l'égide de UNEP.

Ces 3 initiatives sont regroupées dans un mouvement Research4life dont l'objectif est de contribuer à 6 des 8 objectifs du millénaire de l'ONU, et supportées par : "Over 150 publishers are contributing content to Research4Life. Other partners include Cornell University Yale University, the International Association of Scientific Technical and Medical Publishers, Microsoft, and donor agencies including the UK Department for International Development, John D. and Catherine T. MacArthur Foundation, William and Flora Hewlett Foundation, and the Rockefeller Foundation".