Rédaction Médicale et Scientifique

Une littérature de recherche totalement corrigée et connectée : un rêve pas si lointain

 Ce titre peut paraître bizarre, mais c’est un mouvement important initié par des rédacteurs de revues prestigieuses. L’éditorial de PLOS Medicine, en avril 2013, explique cela : il introduit 2 articles dans le même numéro :

• Un article sur les mauvaises pratiques scientifiques dans les pays industrialisés avec des exemples (USA, Canada, UK, Denmark) : ils insistent sur le développement de recommandations, et le Singapore Statement est un minimum que n'ont pas la plupart des pays....
• Un article sur les mauvaises pratiques dans les pays en voie de développement avec des exemples (Afrique du Sud, Inde, Chine, Guatemala, Nigéria, et autres..).

Le constat est dans l’introduction de l’édito que j’ai traduite en français : 

A qui appartient le savoir ? Belle analyse dans Le Monde daté du 2 mars 2013 (supplément science&techno)

Dans le supplément science&techno du Monde week-end daté du 2 mars 2013, une très belle vulgarisation pour le grand public d'une question controversée. Ce titre "A qui appartient le savoir ?" était celui d'un article du 19 mai 2012 qui évoquait le mouvement de boycot des mathématiciens envers Elsevier. Ce même titre, le 2 mars, est en pleine page avec un sous-titre "Appels au boycottage des grands éditeurs scientifiques, création de reuves en libre accès : face à ce qu'ils considèrent comme une appropriation indue de leurs travaux, des chercheurs se mobilisent pour renverser le modèle traditionnel de diffusion des connaissances". Ce dossier nous laisse en libre accès un beau schéma qui pourra vous servir dans vos exposés (vignette ci-jointe, sous réserve d'autorisation en attente). Allez le consulter !

Le dossier, sur 2 pleines pages, est signé Sandrine Cabut et David Larousserie : bravo car expliquer simplement au grand public, je ne sais pas faire aussi bien ! Des données précises sont citées, et tout l'enjeu de ces bagarres entre chercheurs et éditeurs est exposé, avec des observateurs : bibliothèques, institutions, financeurs. L'Open Access va gagner, mais sera-t-il gold ou green ou un mélange ? L'interview de Yves Gingras, Montréal, nous questionne : "Une période de transition où tout est possible". D'accord...

Je reste prudent car je ne vois pas encore l'issue. Si, au prix de l'Open Accces, certains cherchent la disparition des éditeurs, je ne suis pas sûr que ce soit un progrès. Si les Universités sont attirées par la voie verte, il y a des risques que nous avons exposés...  NEJM a publié 4 articles sur OA cette semaine, et je les analyse dans quelques jours (19 mars)

L'éditorial anonyme (signé The Lancet) est toujours engagé ! Il faut réformer la recherche médicale car 85 % des 160 milliards de $ seraient gaspillés chaque année.. prudence

Rares sont les revues qui publient des éditoriaux anonymes, mais chaque semaine The Lancet a un éditorial très engagé. Le 2 février 2013, le thème était "What is the purpose of medical research?" En avril 2012, nous avons repris des articles scientifiques proposant de refondre totalement la recherche car les pratiques ne sont pas correctes, et le New York Times avait même titré 'La science est pourrie'. Que nous dit The Lancet ?

• Retour sur la publication contestée des travaux sur H5N1 (dual-use research) que l'on ne devrait pas publier car les terroristes peuvent prendre des idées ;
• Un rédacteur se pose chaque jour des questions :"what does this research mean, and what does it add? And sometimes, why was this research done at all? ", en pensant que peut-être 85 % des 160 milliards de dollars dédiés annuellement à la recherche conduisent à duplication, et gaspillages ;
• La recherche fait avancer la science, etc...  mais la réalité est différente : le recherche est un business, une économie, et les financeurs ne se posent pas assez de questions ;
• The Lancet annonce une série d'articles sur ces thèmes, et termine "It is time to stop and reflect on how we got to this point and how we can restructure and reframe the way research is done and rewarded."

L'imposture Séralini sur les OGM : une revue qui augmente sa notoriété avec un article qui devrait être cité

On m’a souvent demandé pourquoi je n’avais pas évoqué l’histoire troublante des OGM et de GE Séralini… En fait, je ne suis pas capable d’évaluer les articles parus dans « Food and Chemical Toxicology », avec un facteur d'impact de 2,999. Mais j’ai une opinion :

Il est anormal que l’on ne sache rien du process de peer review pour un article reçu le 11 avril 2012 et accepté le 2 août 2012 : a-t-il été relu correctement ? Quels ont été les relecteurs et pourquoi ont-ils favorisé la publication ? Avaient-ils des liens d’intérêts ? Ce modèle de l’anonymat ne sert pas la science….   Je prône pour un peer review ouvert comme le font des nombreuses revues (BMJ et BMJ Open, les revues du groupe BMC, les revues de PLOS, et peut-être d’autres….. soit une minorité de revues). Actuellement, le modèle de peer review dit double blind prédomine.. triste..

Le rédacteur en chef a vu l’intérêt de sa revue avec ce 'hot paper', et pas l’intérêt de la science : il a probablement choisi des reviewers complaisants ; peut-on le blamer car il est dans un système où la survie des revues est liée à la notoriété, au facteur d’impact : cet article a fait parler de sa revue dans les médias (gagné !), de nombreux chercheurs devraient citer cet article pour dire qu’il est mauvais (cela a commencé), ce qui devrait logiquement augmenter le facteur d’imapct (gagné !)… encore plus triste..

Que penser du fond ? Je fais confiance à une revue « Science & pseudo-sciences ».  Le site de l'AFIS (Association Française pour l'Informarion Scientifique) contient de nombreuses données sur les OGM, et notamment les positions d'agences et académies. Il est rare que 6 Cacadémies publient un avis commun aussi négatif… Le numéro 303 de janvier 2013 de la revue Science & pseudo-sciences contient un bon article de Michel de Pracontal 'Le paradoxe Séralini"

Pauvre science bafouée…  quel exemple pour les jeunes chercheurs…..  Profitez-en pour vous abonnez à Science & pseudo-sciences, vous ne serez pas déçu....   MERCI POUR LES COMMENTAIRES CI-DESSOUS

Distorsion de la science : trop de données non publiées... La solution : "all trials registered, all trials reported"

Nous avons une vision biaisée de la science : "Des données (provenant d'essais dits positifs ?) sont publiées plusieurs fois tandis que des données (d'essais dits négatifs ?) ne sont jamais publiées", et j'oublie les mauvaises pratiques, les embellissements divers...  Les patients sont trompés. Bien que de nombreux registres existent pour déposer protocoles, résultats d'essais, revues systématiques, la situation n'est pas satisfaisante.

Comment accueillir une initiative de janvier 2013 ? Alltrials est un mouvement surtout britannique pour appeler à la publication de tous les protocoles, de tous les essais. Explications claires dans un document de 8 pages. J'ai été impressionné par la lettre envoyée à l'Agence européenne du médicament (restera-t-telle sans réponse ?). Publication concommittante dans BMJ (bon éditorial de Fiona Godlee), le support de PLOS Medicine, etc...     EXCELLENTE INITIATIVE qui concerne essais académiques et industriels, mais cela veut dire que les autres registres existants ne suffisent pas ? Clinicaltrials, OMS et autres seraient en échec ? à suivre...  allez signer la pétition...

L'agressivité gratuite contre les éditeurs discutée sur Rue89 : nombreux commentaires, sans connaître le fond de la question

Une tribune "Publications académiques : le règne de l'absurde" a été mise en ligne le 3 janvier 2013 sur le site de Rue89. Les auteurs sont des chercheurs, mais leurs affiliations et spécialités ne sont pas explicites '(cherrcheurs à l'Univesité de Copenhague, Centre for the Study of Equality and Multiculturalism). Cette tribune a attiré des nombreux commentaires, souvent de personnes connaissant peu le milieu de l'édition...   seule une internaute (kobayashi68) a justement défendu les maisons d'éditions, mais difficle quand les attaques sont partisanes. Les 52 commentaires entre anonymes ne font pas avancer le débat. La mention de Rue89 "262 people recommended this" n'a aucun sens.

Nous connaissons les arguments :

Bonne initiative dans Médecine : un article non-EBM pour aider à interpréter les articles de santé dans les médias grands publics

La revue Médecine a publié un article d’opinion intéressant, mais dans lequel les preuves manquent alors qu’elles existent. Cet article "non-EBM" est destiné à des médecins pour les former à la lecture critiques des informations en santé dans les journaux non-médicaux. Il est structuré avec des sous-titres informatifs : Une maladie « sous-diagnostiquée » ? Surestimation de la gravité du problème de santé publique ; Etudes en projet ou en cours ; Le mythe et l’illusion du progrès ; Le témoignage individuel ; La compassion revendiquée ; L’activisme désordonné ; La distorsion de but ; Le réductionnisme enthousiaste ; L’oubli persistant des recommandations.

Est-ce que la revue Médecine a un comité de lecture ? Oui, mais est-il trop complaisant ? Si j'avais été reviewer, j'aurais lu attentivement et apporté des arguments pour donner de la crédibilité à cet article avant de conseiller de l'accepter pour publication. Mon avis à la rédaction aurait été argumenté avec des références, et en résumé :

Essais randomisés : les conclusions des résumés et les communiqués de presse positivent les données dans plus de 40 % des cas

Cette étude va dans le même sens que les travaux de l'équipe de F Gonon, discutés hier. C'est encore une équipe française qui a fait le une de médias anglo-saxons : l'équipe de Ph Ravaud dans PLoS Medicine de septembre 2012... chapeau pour ce travail. Cette équipe a déjà publié sur les spin dans le JAMA. Spin : specific reporting strategies, intentional or unintentional, emphasizing the beneficial effect of the experimental treatment ; en bref les conclusions dans les résumés, et les communiqués de presse sont plus convaincantes que les résultats, que ce soit intentionnel ou non. Méfiez-vous des résumés que vous citez sans lire l'article !

Pas possible de résumer : analyse de 70 communiqués de presse sur 70 essais randomisés controllés, et 28 (40 %) des conclusions des abstracts contenaient des spin, et 33 (47 %) des communiqués de presse contenaient des spin ! Beau travail qui m'a permis de découvrir la base EurekAlert que je ne connaissais pas : elle vaut une courte visite.

Cet article contient un bel exemple de spin en figure 3, et un "Editors' summary" de la rédaction de PLoS dont j'ai traduit un paragraphe :

La presse grand public privilégie les études initiales publiés par les revues prestigieuses, et oublie les études ultérieures qui atténuent ou réfutent les conclusions : bravo à l'équipe bordelaise !

Encore des arguments pour soutenir la théorie qui dit que les études validées sont publiées dans des revues de spécialité. Les études publiées dans les grandes revues privilégient le scoop et ne sont pas toujours bien validées. Ce sont les excellents travaux (PLoS ONE, sept 2012) d'une équipe bordelaise (François Gonon) qui alimentent mes opinions, à partir d'un exemple appliqué à ADHD (Attention Deficit Hyperactif Disorder), ou TDAH en français. Données reprises dans des médias dont The Economist avec un titre humoristique : Journalistic deficit disorder. What newspapers don’t say matters as much as what they do.

Leur article mérite lecture, en particulier le tableau 2 qui liste 10 articles des revues prestigieuses et le devenir des résultats (confirmés, réfutés, atténués) :

• 3 articles du NEJM, dont 2 réfutés ultérieurement, un confirmé ;
• 2 articles de Science, tous 2 atténués ;
• 2 articles de Pediatrics, l'un atténué, l'autre confirmé semble-t-il ;
• 1 article du Lancet réfuté ;
• 1 article de PNAS qui sera probablement jamais confirmé ;
• 1 article de Mol Psychiatry atténué.

Il y a quelques jours, j'ia évoqué un article de PNAS qui ne m'a pas convaincu dans le domaine des rétractations...    et oui ces revues prestigieuses cherchent plutôt le scoop, sans se soucier des validations ultérieures des résultats..   comme vu en fondamental avec "Repeat after me".

Nous avons évoqué en septembre 2011 une publication de la même équipe sur la distorsion entre faits scientfiiques et présentation par les médias (omissions, extrapolations, erreurs..). Nous avions rappelé à cet occasion la découverte de Ph Even qui avait guéri le SIDA en 1985... ces scientifiques sans connaissances méthodologiques nuisent à la science, et dire que ces muppets Even/Debré survivent encore en 2012... et que les journallistes suivent comme des moutons...

Gonon F et al. Why Most Biomedical Findings Echoed by Newspapers Turn Out to be False: The Case of Attention Deficit Hyperactivity Disorder. PLoS ONE 2012;7:e44275

Résumé traduit en français et transmis par F Gonon que je remercie :

La fraude scientifique : sujet tabou pour le grand public ?

En septembre 2012, La Presse Médicale publie un numéro thématique "De l'erreur à la fraude dans les publications biomédicales" avec 10 articles (disponibles en prépublication), dont le dixième est intitulé : "Communication de la fraude scientifique". La lecture de cet article est surprenante car la fraude scientifique est peu connue du grand public... peut-être que l'aura des scientifiques fait que l'on n'imagine pas certaines pratiques. Cette communication augmente pour les scientifiques, ne serait-ce que par la publication du premier numéro thématique français en 2012 ! Des blogs relayent ces informations pour les professionnels.

La communication sur la fraude vers le grand public est faible, en comparaison avec la publication de la science en général et des scandales sanitaires : pourquoi ? Des facteurs multiples pourraient expliquer cette situation. Est-ce que la difficulté de traiter ces sujets par les journalistes est une explication à la faible médiatisation ? Les conséquences de la fraude sur les professionnels de santé et sur le grand public sont insuffisamment étudiées.

Zeitoun JD, Rouquette S. Communication de la fraude scientifique. La Presse Médicale 2012; http://dx.doi.org/10.1016/j.lpm.2012.05.002

Lien d'intérêt : j'ai coordonné la rédaction des 10 articles de ce numéro thématique.

 

La sanction des fraudeurs en France est inexistante, les lanceurs d'alerte ne sont pas protégés

En septembre 2012, La Presse Médicale publie un numéro thématique "De l'erreur à la fraude dans les publications biomédicales" avec 10 articles (disponibles en prépublication), dont le neuvème article est intitulé "Sanctions des fraudeurs et situation des lanceurs d'alerte au regard du droit". C'est le point de vue d'un juriste, et cela est intéressant pour les professionnels de santé. Les points essentiels de cet article montrent que la France est moins sévère que ne le sont les USA dans ce domaine :

• La fraude expose ses auteurs à indemniser leurs victimes du préjudice qu’ils leurs auraient causé.
• Certaines fraudes spécifiques peuvent être pénalement sanctionnées (plagiat, diffusion de produits défectueux).
• La « fraude intellectuelle » ne fait pas l’objet d’une répression pénale systématique.

Internet et publications scientifiques

C'est le titre d'une interview publiée dans le numéro d'avril 2012 de La Recherche. Ce thème est bien exposé pour le grand public par Yves Gingras, historien et sociologue et l'observatoire canadien des sciences et des technologies. Ces thèmes sont difficiles à vulgariser tant c'est technique : facteur d'impact, ArXIv.org, Budapest Open Access.. Difficile tant les problématiques sont éloignées entre la physique qui pourrait se passer de peer-review, et les sciences biomédicales où les maisons d'éditions privées apportent une valeur ajoutée contestée.

 Je suis d'accord quand il évoque la marchandisation de l'Université, notamment avec les indicateurs comme le classement de Shanghai, quand il explique ArXiv.org (qui a 800 000 articles en accès libre, mais pas de médecine) ; je suis plus critique quand il compare PLoS ONE avec PLoS Biology...   PLoS ONE 'est devenu une cash machine, tout en étant une organisation sans but lucratif. Ses opinions en faveur du tout gratuit sans contrôles sont respectables, mais parfois idéalistes, même si cela marche en physique.

Ces informations sont destinées à un public scientifique averti, et l'avenir d'internet et des publications reste incertain : nous verrons le meilleur et le pire.

Merci à JD Zeitoun

Gingras Y. Internet et publications scientifiques. L'entretien du mois. La Recherche 2012;n°463:75-79.

New York Times : la science est pourrie ?

Rarement la grande presse évoque les petits arrangements, et leurs conséquences dans les revues biomédicales. La presse grand public évoque les grands scandales scientifiques qui sont rares, alors que plus de 200 rétractations d'articles par an, c'est énorme....et ceci traduit des pratiques déviantes. L'article du New York Times du 16 avril 2012 a eu 330 commentaires en 2 jours ! FC Fang, le rédacteur en chef de Infection & Immunity (une des revues de American Society for Microbiology ASM, avec un facteur d'impact de 4) a été interviewé, suite à 2 éditoriaux (accès gratuit) dans sa revue. The Scientist du 17 avril a repris ces infos.Les éditoriaux "Reforming science: methodological and cultural reforms" et "Reforming science: structural reforms" sont très détaillés. Ils sont signés de Fang (photo), rédacteur de IAI, et de A Casadevall, nouveau rédacteur en chef de mBio, un journal électronqiue de l'ASM.

Des industriels menacent des revues biomédicales

Ce n'est pas nouveau, mais le MARG (Mining Awareness Resource Group) a écrit à des revues dont celles du Lancet pour demander de ne pas publier des articles du gouvernement américain sur une étude. C'est une histoire connue sur le net ! Le blog Docbuzz explique les détails de cette étude DEMS (Diesel Exhaust in Miners Study) sur plus de 12 000 mineurs aux USA, et dont la conclusion est : "l’exposition aux gaz d’échappement des moteurs diesels rejetés dans l’air, multiplie par 3 le risque de mourir d’un cancer des poumons" (note : commentaire exact de D Dupagne ci dessous,.. excuses de la rédaction !)

The Lancet Oncology (avril 2012) donne des détails sur ces lettres du groupe MARG, lobby financé par des industriels. Le blog Docbuzz commente aussi cette lettre. Des articles viennent d'être publiés sur cette étude, et des rédacteurs sont motivés pour publier ces données.

Furlow B. Industry group "threatens" journals to delay publication. Lancet Oncology 2012;13:337.

Publier une page sur Wikipedia en même temps que des articles scientifiques !

 Initiative originale d’un grand journal : PLoS Computational Biology qui crée une rubrique d’articles appelée ‘Topic pages’. Ces articles auront un résumé d’une page pour Wikipédia, la ressource mondiale la plus utilisée.... Wikipédia devient une référence, et est performant dans certains domaines comme l’information sur les médicaments, sur les soins infirmiers, les désordres mentaux… mais pas encore pour la discipline « Computational biology ».  Il faut représenter cette discipline dans Wikipédia. Pour les articles qui seront dans la rubrique ‘Topic pages’, ils auront des auteurs, seront référencés, etc.. mais ils auront une page destinée à la version anglaise de Wikipédia. Il faut des thèmes peu couvert dans Wikipédia et qui intéressent la communauté scientifique et le grand public. Les instructions aux auteurs des Topic pages ont été publiées. Le premier 'Topic page' est publié dans PLoS : "Circular permutation in proteins"    C'est une revue narrative avec des liens sur wikipedia, etc....

Wodak SJ et al. Topic pages: PLoS computational biology meets Wikipedia. PLoS Computational Biology 2012;8(3): e1002446. 

Revues biomédicales : améliorez vos communiqués de presse

Quatre auteurs nord-américains (Veterans/Darmouth/Toronto) ont analysé 343 news de journaux grand public, qui rapportaient les données de 100 articles provenant de NEJM, JAMA, BMJ, Annals et J of National Cancer Institute. Publication en janvier 2012 dans le BMJ. Cette équipe a beaucoup travaillé sur la dissémination des informations scientifiques. On savait que les "press releases" des journaux biomédicaux variaient en qualité, omettaient des données majeures, et n'évoquaient pas les limites des études. L'influence de la qualité de ces communiqués de presse sur la qualité des news dans les journaux grand public n'était pas connue. Ils ont utilisé des outils pour évaluer la qualité de ces documents. Ils ont identifié les communiqués de presse à partir de la base www.eurekalert.org et quelles sont leurs conclusions :

En science, la presse grand public anglaise privilégie les news aux preuves

C'est une note du BMJ qui a attiré mon attention sur une investigation anglaise : The Leveson Inquiry. Cette enquête a été demandée par le premier ministre en juillet 2011 avec les objectifs : "The first part will examine the culture, practices and ethics of the media. In particular, Lord Justice Leveson will examine the relationship of the press with the public, police and politicians."

Il y a un volet scientifique, le Royaumi Uni ayant été pris dans la fraude du ROR/autisme. Les premières conclusions rapportées dans le BMJ de décembre 2011 montrent que la presse grand public devrait être plus responsable car elle privilégie les 'news' aux preuves...  Un éditorial du 8 décembre dans Nature accuse certains journalistes d'avoir des avis basées sur des opinions, et de ne pas respecter la science. Il y a des exemples : ROR/autisme, changement climatique, OGM, et aussi ceux qui prétendent que le tabagisme passif n'est pas nocif....  La citation de cet édito : "Journalism that favours attitude over accuracy is more common than scientists suspect."

La commission recommande que chaque journal ait un "editor" et un rédacteur-adjoint avec un background scientifique... Encore des progrès à faire.... il faut des recommandations éthiques pour les journalistes scientifiques... et que les corrections soient aussi visibles que les news initiales... 

Mooney H. More “responsible” science reporting is needed,Leveson inquiry hears. BMJ 2011;343:d8051

The press under pressure. Nature 2011;480:151.

 

Passeur de sciences : bravo, mais la médecine est à la traine !

J'apprécie le blog de Pierre Barthélémy, journaliste du Monde. Le billet du 24 décembre 2011 revient sur l'année écoulée avec de nombreux liens très intéressants... dont celui de l'année scientifique de la BBC, et sa note dans Le Monde Science & Techno "Les femmes rendent-elles les hommes stupides"

Cette revue 2011 de P Barthelemy accorde peu de place à la médecine, mis à part H5N1 et le sel dans les aliments pour enfants... pourquoi ? Est-ce que la médecine attire moins le grand public que d'autres domaines de la science ? Les fusées font plus rêver que les médicaments....

J'ai repris une des photos de la galerie de Boston Globe : pauvre lapin...

La fraude dans les publications n'est pas limitée aux sciences de la vie

Le Monde du 19 novembre revient sur le cas de D Stapel, hollandais, qui a inventé des données. Une demi-page pour informer le grand public, après une courte mention dans le magazine du Monde M la semaine précédente. Sur ce blog, nous évoquons surtout des articles rétractés dans les sciences de la vie. Diederik Stapel est un chercheur en psychologie sociale qui a publié de nombreux articles. Nous avons présenté Diederik Stapel début novembre, et attendons des informations sur sa personnalité.

Polémique en Australie sur le sponsoring d'articles pour le grand public

Melissa Sweet, de Sidney, nous explique dans le BMJ que le journal Australian, dans sa rubrique "Health of the Nation" du 15 octobre 2011 a publié des positions d'experts lors d'un meeting de santé publique. Le programme attaqué "Si j'étais ministre de la santé"... C'est un projet entre des journalistes et Australian Medicines Industry, l'organisation représentant l'industrie pharmaceutique. Nombreuses ont été les réactions des journalistes, des experts, de la rédaction du journal pour expliquer qu'il n'y avait aucun biais et que les prises de positions étaient indépendantes des supports financiers. Tout était transparent : la critique est acerbe, sans apporter de preuves...