Rédaction Médicale et Scientifique

Effets délétères des articles rétractés : ils sont cités sans imaginer la fraude...

Un article du JAMA vient d'être retiré de la littérature... Cela commence à faire un peu trop. nous avons évoqué le cas d'Anil Potti, dont des articles ont été retirés de la littérature...   Neuf articles d'Anil Potti ont été rétirés de la littérature, tous dans des très grands journaux (dont NEJM, JAMA...).  Cette fois-ci, la raison de retirer l'article de Acharaya et al : "l'hypothèse de départ de ce travail était un article dans Nature Medicine, écrit par Anil Potti qui était 'fraudé'. Anil Potti est aussi co-auteur de l'article du JAMA...

Un délateur anonyme sur youtube.. encore de "l'imagipulate"

Selon Science de janvier 2012, un délateur japonais a mis une vidéo de 6 minutes sur youtube pour dénoncer des bricolages divers et manipulations d'images dans des articles scientifiques. Vous pourrez voir cette vidéo qui liste 60 exemples d'images manipulées provenant de 24 articles de PNAS, Nature, etc....

Science a réussi à identifier l'auteur de cette vidéo, et l'a interviewé. Les 24 articles proviennent d'un même groupe de chercheurs (Kato), Université de Tokyo, et certains de ces articles ont été rétractés de la littérature. La liste des publications de cette vidéo est accessible.. avec les détails des illustrations. L'article numéro 18 aurait 19 manipulations : est-ce le record du monde ?

L'Université a admis que des investigations étaient en cours.. Les journaux devraient obtenir des illustrations originales, et mieux les vérifier...  Le 20 janvier, j'ai publié un billet sur ce même thème.

Normile D. Whistleblower uses youtube to assert claims of scientific misconduct. ScienceInsider, 25 janvier 2012.

13 % des chercheurs anglais altèrent les résultats....

Le BMJ du 21 janvier donne quelques informations sur une enquête dont nous n'avons pas encore toutes les données. Le BMJ a envoyé une enquête à 9036 chercheurs ayant soumis un article ou des reviewers, et plus de 2700 ont répondu.

13 % ont admis connaître des collègues ayant ajusté de manière non appropriée, exclu, altéré ou fabriqué des données. 6 % connaissaient des cas insuffisamment investigués dans leur institution.  Ces résultats ont été discuté lors d'un meeting du 16 janvier 2012, organisé par le BMJ et COPE : les institutions devraient être tenues comme responsables, et les délateurs mieux protégés. Des discussions évoquant de jeunes scientifiques menacés pour leur carrière s'ils publiaient certaines données, etc...   Classique...  

Inventez les emails des reviewers pour votre manuscrit

Dans les cas de malveillance décrits régulièrement par COPE, l'un m'a montré l'ingéniosité des auteurs. En bref, un auteur a suggéré des relecteurs existants, mais donné une adresse email inventée...  L'auteur a reçu les demandes de relecture destinées aux reviewers, et il a répondu en quelques heures....  C'est ce qui a attiré l'attention du rédacteur.

Ce rédacteur a eu des soupçons. Il a contacté les reviewers qui ont dit qu'ils n'avaient pas reçu ce manuscrit pour relecture. Ils ont confirmé que ces adresses email n'étaient pas les bonnes.... Le cas est encore en investigation...  Le site de COPE a un podcast : une discussion entre Liz Wager, présidente de COPE, et le rédacteur du journal.

L'auteur n'a pas répondu au rédacteur..  L'institution va être informée..   Cet auteur ne publiera plus dans ce journal, mais son nom n'est pas communiqué... Un autre conseil pour les rédactions : se méfier des adresses email non institutionnelles (gmail, yahoo, hotmail...).

Imagipulate or perish : manipuler les images dans les articles !

Les nouvelles technologies ont permis d'améliorer la qualité des images dans les journaux. Nous savons que dans les magazines, les mannequins n'ont plus de cellulite. Dans les journaux biomédicaux, c'est pareil. Il est intéressant de lire l'histoire de la rétractation d'un article du Journal of Immunology car des images ont été bricolées... Cet article de 2010 a été rétracté en 2011 à la demande du rédacteur (par qui a-t-il été informé ?).

 Les auteurs ont expliqué qu'il y avait eu des erreurs de figures, et que ce n'était pas intentionnel, mais que l'article devait être retiré de la littérature.... Ce sport est très pratiqué en biologie, en chirurgie plastique (disparition des cicatrices post-op par exemple), et autres disciplines.... attention la manipulation d'images (en radiologie par exemple) peut aussi aider au diagnostic dans certains cas... mais ne pas confondre avec les publications....

Fabrication, falsification, pratiques douteuses : les 3 niveaux des fraudes dans les articles

Merci à Philippe Eveillard qui m'a signalé ce blog d'une documentaliste américaine, et qui contient une illustration du phénomène fraude. Le 23 décembre 2011, en quelques pages du billet Friday foolery # 46, toutes les images illustrent les bases de la fraude. 1/3 des scientifiques admettent avoir utilisé des méthodes de recherches douteuses, 1 sur 50 admet d'avoir modifié ou inventé des données, et il y a bien 3 catégories : fabrication, falsification (distorsion, massage de données...), et pratiques douteuses de recherche

Depuis les descriptions en 2003 dans les Annals of Internal Medicine sur le cas Poehlman, il ya aussi 3 niveaux de réaction pour les journaux : correction, expression de réserves et rétractation. Ce billet illustré a été préparé suite à la fraude massive de Stapel en Hollande, avec la description faite dans le New Yok Times début novembre 2011. Les références de ce billet sont bien choisies.

Science rétracte un article de Stapel sans précision

Nous avons évoqué le 2 novembre cette fraude européenne dans le domaine des sciences sociales, avec Diederick Stapel. La notice de rétractation de Science, du 2 décembre 2011 n'est accessible qu'en accès payant, ce qui est anormal. Elle est signée par Stapel et Lindenberg, le co-auteur. La rétractation dit que des allégations de fraude ont été émises par l'Université de Groningen (Hollande), mais que Lindenberg n'est pas concerné par la fraude. Cette rétractation est courte et ne donne aucun détail sur la fraude. L'article concerné : “Coping with chaos: How disordered contexts promote stereotyping and discrimination” reported the effects of the physical environment on human stereotyping and discriminatory behavior.

A Potti avait créé une société pour bénéficier des retombées de ses publications et fraudes....

Anil Potti, un chercheur de Duke University, Caroline du Nord, USA, a eu plusieurs articles retirés de la littérature après la mise en évidence de malversations. Nous avons évoqué son cas en mars 2011, et 6 articles rétractés avaient été publiés dans NEJM, Nature Medicine, Lancet Oncology, Journal of Clinical Oncology, Blood, PLoS ONE. On attend des décisions pour d'autres articles dont le JAMA.... car 40 articles sont examinés.  C'étaient des articles sur des essais cliniques frauduleux... des malades auraient eu des chimiothérapies dangereuses non justifiées.

L'histoire sera longue cas des procès ont été engagés par des patients. A Potti et l'Université Duke avaient des intérêts dans une société de diagnostic destinée à être profitable après ces travaux... et l'Université est accusée d'avoir retardé les investigations....

Nous nous rappelons que A Wakefield, avec ROR et autisme, avait aussi créé une société de diagnostic.. etc....

Dyer C. Cancer patients were enrolled in "fraudulent" research, US lawsuit alleges. BMJ 2011;343:d5986.

La fraude dans les publications n'est pas limitée aux sciences de la vie

Le Monde du 19 novembre revient sur le cas de D Stapel, hollandais, qui a inventé des données. Une demi-page pour informer le grand public, après une courte mention dans le magazine du Monde M la semaine précédente. Sur ce blog, nous évoquons surtout des articles rétractés dans les sciences de la vie. Diederik Stapel est un chercheur en psychologie sociale qui a publié de nombreux articles. Nous avons présenté Diederik Stapel début novembre, et attendons des informations sur sa personnalité.

30 (voire150) articles sur des données inventées ! La Hollande après l'Allemagne

Nous avons vu apparaître en Europe quelques scandales avec notamment les 88 ou 89 articles rétractés de Joachim Boldt en Allemagne. Est-ce que l'Europe va avoir autant de scandales qu'en Amérique du Nord ? Je n'espère pas...  Ivan Oransky sur retraction watch a repris une information hollandaise : un professeur de sciences sociales, Diederik Stapel, de l'université de Tilburg, a inventé ou modifé des données dans au moins 30 articles.

Les journaux ont des difficultés pour investiguer les cas suspects de fraude

C'est Liz Wager, présidente de COPE (Committee On Publication Ethics) qui publie, le 20 octobre 2011, dans le BMJ, les limites pour investiguer les fraudes. En fait Liz a analysé 155 cas de malveillance discutés par COPE entre janvier 2007 et janvier 2011. Liz regrette que les intitutions ne collaborent pas suffisamment avec les journaux pour enquêter lorsque des données sont suspectes.

44 % des rétractations d'articles le sont pour malveillance

Attention, rétractation d'un article ne veut pas dire fraude...  Pas de raccourci ! Lisez cette courte mise au point de Nature News du 5 octobre 2011 avec un bon état des lieux. Ce petit schéma sur les causes de rétractation est clair :

Des discussions intéressantes dans cet article, et surtout le fait que les rétractations sont une discussion entre rédacteurs de revues et auteurs. Le plus souvent, les auteurs n'acceptent pas de signer les rétractations... Les rédacteurs de journaux ont rarement les preuves formelles...  Et en fait dans ces affrontements rédacteurs / auteurs, il y a un absent : l'institution. Ce devraient être les employeurs, les institutions qui auditent et se portent guarant de l'intégrité des travaux de leurs chercheurs..... 

L'article commence par rappeler que chaque semaine 27 000 articles sont mis dans la base de Thomson (celle du facteur d'impact), et qu'environ 200 auront une note de type "erratum" et 5 ou 6 seront retirés de la littérature...    ces chiffres (qui me semblent sous-estimés) sont en augmentation régulière....

 Van Noorden R. The trouble with retractions. Nature 2011;478:26-28.

L'arroseur arrosé ? La mesure de 1000 cranes par Morton : fraude ou pas ?

PLoS Biology a publié en juin 2011, un article signé par 6 anthropologistes américains qui ont réanalysés des données controversées, et je ne sais plus où est la vérité... C'est pas simple !

 SG Morton, un biologiste et antropologiste, a mesuré des cranes avant 1850 et proposé des théories de l'évolution que je ne maitrise pas..  Mais en 1978 puis 1981, un antropologiste américain, SJ Gould a expliqué que tous les travaux de Morton étaient de la fraude....  avec des arguments "unconcious manipulation of data may be a scientific norm", et "scientists are human being rooted in cultural contexts, not automatons directed toward external truth"...   en bref, tous les scientifiques connaissent la réponse, et il n'y plus qu'à faire les expériences...   une théorie qui m'a toujours interrogé.....

Patatras....  JE Lewis et al on tout réanalysé et qui est le faudeur ? SJ Gould....  bagarres autours de données...  et dans 20 ans, que dira-t-on ? Donc si les travaux de Gould étaient faux, faut-il abroger son article princeps de 1978 dans Science ?  Des lecteurs doivent avoir leur opinion...

Lewis JE et al. The Mismeasure of science: Stephen Jay Gould versus Samuel George Morton on skulls and bias. PLoS Biology, 2011;9(6): e1001071.

Corrections, rétractations et 'expressions de réserves'

  Les recommandations de ICMJE, ou convention de Vancouver (consultables en français sur www.icmje.org grâce à la HAS), ont un paragraphe expliquant comment manager les erreurs et les fraudes. Ce paragraphe est long et je l'ai reproduit en entier en fin de ce billet. Je le cite à propos de la référence inventée dans le numéro 56 de la publication DPC & Pratiques. Ces recommandations ne font que reprendre les recommandations habituelles quand on fait une erreur : ne pas faire l'autruche, avouer et dire quelles mesures seront prises pour éviter une nouvelle erreur.

Ayant cité une référence inexistante par erreur, et compte tenu des recommandations de Vancouver pour les publications, la rédaction de DPC & Pratiques devrait publier des excuses (dans le numéro 58) ainsi :

1. Une note signée des auteurs de l'article : Dans l'article "Analyse des processus de DPC - Etat des lieux réalisé dans le cadre des Assises du médicament", nous avons par erreur cité une analyse de l'OCDE qui n'existe pas. nous nous en excusons et remercions les lecteurs qui nous en ont fait la remarque.  Signé "Les auteurs" (HAS ou Collège ou Dr Machin)
2. Un erratum du coordinateur de DPC & Pratiques du type : Dans le numéro 56 de DPC & Pratiques, nous avons oublié de mentionner la paternité de l'article "Analyse des processus de DPC - Etat des lieux réalisé dans le cadre des Assises du médicament" et nous nous en excusons auprès de HON code et de nos lecteurs que nous remercions pour leur sagacité. Les auteurs étaient : HAS ou Collège ou Dr Machin. Une référence inexistante a été citée dans le même article ; le comité de rédaction a mis en place une relecture de tous les articles avant publication ; pour chaque article, cette relecture sera confiée à deux reviewers externes à la HAS.

Après publication de ces courtes notes, nous féliciterons la rédaction de la publication. Ces erreurs nous arrivent à tous et il vaut mieux en rire et ne pas accuser.  Nous avons vu les erreurs du BMJ, du journal Le Monde et ces journaux les reconnaissent.....    Je fais des erreurs...  et j'essaye de les corriger au plus vite.

Inventez des références pour justifier le verbiage

Le 20 juillet 2011, j'ai de façon humoristique imaginé qu'un document de la HAS était reviewé par des pairs...  et publié des avis de lecture factices....  mais certains d'entre vous m'ont alerté...  De quoi s'agit-il ? Un article sur les processus du DPC, dans le numéro 56 de la publication "DPC & Pratiques" :

• non seulement l'article n'était pas signé, contrairement aux autres articles du numéro 56 (le code HON a un premier principe d'autorité qui est celui d'identifier la qualification des rédacteurs sur les sites internet) ;
• mais aussi dans cet article, il est fait référence à une analyse de l'OCDE qui n'a probablement jamais existé...   Dommage, car c'est sur cette référence inexistante que tout l'article est basé....  

Merci à ceux qui m'ont transmis des documents, merci à l'OCDE, au service documentation de la HAS, et à tous ceux qui ont cherché...   J'ai communiqué ces informations au coordinateur de la publication qui ne sait pas non plus qui a écrit cet article... donc,il ne peut pas m'assurer que la référence était inventée. Cela nous arrive à tous... pas grave...   Il vaut mieux en rire, pardonner et remercier car c'est une opportunité pour apprendre les bonnes pratiques en rédaction : "justifier les faits exposés".

Nous verrons jeudi prochain, 1er septembre, comment les recommandations de la convention dite de Vancouver proposent de gérer les erreurs. C'est simple.

C'est la 2ème fois que j'observe quelque chose de rare : la citation d'une référence qui n'a jamais existé. Ceci m'a donné l'occasion de relire un excellent livre de Michel de Pracontal..... déjà ancien mais toujours actuel.

En suivant Michel de Pracontal, et pour rire, proposons pour le numéro 57 de DPC & Pratiques : "La cellulite fond devant le citron" par Rika Zaraï.

Amusez-vous en lisant ces 10 leçons sur l'imposture scientifique, par exemple : "La science officielle, tu conspueras", "Des médias, avec art tu useras", "Les faits, tu manipuleras", "L'histoire, tu réécriras", "Des pièges du language, tu abuseras", etc...    Chapitres délicieux sur la personnalité des imposteurs... parmi leurs 5 sens, le plus développé est l'immodestie, avant le sens de l'imprécision,..

Une fraude : accepter d'être un auteur "invité" vous conduirait en prison ?

Le 2 août 2011, PLoS Medicine a mis en ligne une contribution passionnate sur les auteurs qui signent des articles écrits par des rédacteurs fantômes...  pratique plus fréquente pour les articles supportés par les industries. Depuis longtemps, ont été proposés des critères pour être auteurs (groupe de Vancouver), des recommandations pour expliciter clairement le rôle des rédacteurs médicaux (GPP2), et bien d'autres groupes ont essayé de réguler ces pratiques,...  mais rien de change. Donc la proposition des auteurs canadiens est de considérer que signer un article que l'on n'a pas écrit devrait être qualifié de fraude, et que des mesures légales soient prises.... Si tous les auteurs invités vont en prison, quels médecins soigneront les malades ? Voici le résumé de cet article :

• Ghostwriting of medical journal articles raises serious ethical and legal concerns, bearing on the integrity of medical research and scientific evidence used in legal disputes.
• Medical journals, academic institutions, and professional disciplinary bodies have thus far failed to enforce effective sanctions.
• The practice of ghostwriting could be deterred more effectively through the imposition of legal liability on the “guest authors” who lend their names to ghostwritten articles.
• We argue that a guest author's claim for credit of an article written by someone else constitutes legal fraud, and may give rise to claims that could be pursued in a class action based on the Racketeer Influenced and Corrupt Organizations Act (RICO).
• The same fraud could support claims of “fraud on the court” against a pharmaceutical company that has used ghostwritten articles in litigation. This claim also appropriately reflects the negative impact of ghostwriting on the legal system.

Stern S, Lemmens T (2011) Legal Remedies for Medical Ghostwriting: Imposing Fraud Liability on Guest Authors of Ghostwritten Articles. PLoS Med 8(8): e1001070. doi:10.1371/journal.pmed.1001070

Pas de volonté institutionnelle pour rechercher les fraudes... laissons faire les journaux !

Trop souvent, les journaux biomédicaux sont les premiers qui identifient les malveillances de tous types : plagiats par les logiciels systématiquement appliqués aux manuscrits, et les fraudes... dans les articles. Ce n'est pas normal car les institutions devraient être en avance sur les journaux, mais elles n'en ont ni les moyens, ni les pouvoirs dans de trop nombreux pays.

Trois articles du BMJ, dont l'éditorial, du 2 juillet 2011 (volume 343) déplorent cette situation. L'article de C Dyer fait le point sur ces fraudes en citant les cas les plus connus : Poehlman et Reuben ont été les 2 premiers scientifiques américains à aller en prison, et d'autres ont perdu leurs jobs dans des Universités. Nous avons cité J Boldt à Heidelberg dont 88 articles ont été invalidés, et Wakefield dont l'article du Lancet n'a été rétracté qu'après 10 ans et des enquêtes menées par un journaliste. Que font les institutions pour prendre la palce des rédacteurs de journaux et prévenir et condamner les fraudes ? RIEN ou presque semblent dire ces 3 articles, car l'institution anglaise UKRIO créée en 2006 (UK Research Intergrity Office) a vu son faible budget diminuer en 2010....  Et notre ami, sir Iain Chalmers, un des pionniers des groupes Cochrane, se bat pour restituer du pouvoir à UKRIO...

Quels pays ont fait quelque chose dans ce domaine ? Les USA avec ORI, et 4 pays ont une législation avec une institution indépendante : Norvège, Danemark, Croatie et Pologne. En Croatie, ces institutions sont dues à l'énergie de 2 rédacteurs qui ont mis leur carrière en jeu : Ana et Matko Marusic que nous rencontrons dans les congrès de rédacteurs.

Godlee F. Fighting for the NHS, and research integrity. BMJ 2011;342:d4129 doi: 10.1136/bmj.d4129

Dyer C. The fraud sqad. BMJ 2011;342:d4017 doi: 10.1136/bmj.d4017

Chalmers I, Haines A. Commentary: Skilled forensic capacity needed to investigate allegations of research misconduct. BMJ 2011;342:d3977 doi: 10.1136/bmj.d3977

Que font les rédacteurs de journaux pour rechercher les malveillances ?

Je vous ai listé quelques thèmes de l'excellent congrès 2011 du Council of Science Editors auquel je n'ai pas pu assister... mais j'ai consulté la plupart des diapos.. Passionnant probablement, et la séance qui a permis d'entendre 3 speakers sur le thème "Comment les rédacteurs de journaux peuvent détecter et gérer les malveillances" a dû être passionnante. Je retiens des idées de ces diapos :

• Utiliser des logiciels pour détecter les manipulations d'images, et les plagiats
• Demander aux auteurs de signaler d'éventuelles rétractations ou investigations passées
• Mieux prendre en compte les délateurs anonymes
• Demander plus d'engagement des institutions
• Etre plus rapide pour corriger et retirer des articles
• Rendre les raisons des rétractations plus claire
• Mieux définir les comportements que le journal considère comme des malveillances
• Informer les auteurs des actions des journaux en cas de suspicion : demander les données, alerter les institutions et les sponsors
• Avoir de meilleurs reviewers informés des malveillances
• Toujours communiquer avec tous les auteurs
• Faciliter les commentaires 'post-publication'
• Eduquer les auteurs et promouvoir les bonnes pratiques

Vous trouverez des informations très nombreuses dans les diapos que j'ai téléchargées car elles sont disponibles, ainsi que des images à reprendre...  Les 3 orateurs sont célèbres : Christine Laine, rédactrice des Annals of Internal Medicine, Liz Wager, présidente de COPE et Ivan Oransky, un journaliste médecin américain connu.

Un prix de la presse pour Brian Deer qui a révélé l'affaire MMR

Le 5 avril 2011, les prestigieux prix de la presse du Royaume Uni ont été remis à plusieurs journalistes. Parmi les lauréats des journalistes spécialiés, Brian Deer du Sunday Times a été élu. Ses compétiteurs étaient nombreux venant du Times, du Fianncial TImes, etc..   Brian Deer est le journaliste qui a permis de révéler l'affaire de fraude du vaccin MMR (ROR) dont nous avons souvent parlé : article du Lancet de 1998 par Wakefield et al avec l'hyptothèse que le ROR pouvait causer l'autisme, articlé rétracté par The Lancet en février 2010... Pendant 10 ans Deer a lutté contre les lobbies 'anti-vaccin', les parents d'enfants, les immobilismes du système avant de tout révéler dans le BMJ en janvier 2011...

Son blog contient de nombreuses informations qui n'étaient pas dans les 3 articles du BMJ... vous trouverez les liens aux émissions de TV grand public, la vidéo de la remise des prix de la presse, les titres des tabloids, et la liste des 5 personnes importantes dans cette affaire :

 

Fraude scientifique en Chine : je cherche des faits

Mon opinion est celle de nombreux d'entre nous : la fraude scientifique serait importante en Chine... mais quels sont les faits ?

Des rétractations d'articles d'auteurs chinois ont été diffusées ; un journal chinois admet que 30 % des articles soumis sont des plagiats... Et j'essaye d'avoir des infos...mais la langue chinoise m'est difficile. Je lis régulièrement un blog en anglais intitulé "China's scientific and academic integrity watch" qui rapporte de nombreuses histoires sordides, mais la plupart des liens sont en chinois...  L'auteur veut combatre la fraude scientifique et il y a des exemples...

Avez-vous des sources d'information en langue non-chinoise pour soutenir ou contredire mon opinion ?

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