Rédaction Médicale et Scientifique

Le savoir plagier et/ou le paraphrasage : copier sans se faire prendre ?

Personnellement, je n'aime pas le "paraphrasage", même si cette technique est enseignée par certains.....

Vendredi 27 janvier, j'ai publié un billet sur le plagiat...  et un commentaire du blog du Monde a attiré mon attention sur le paraphrasage.. C'est une technique parfois enseignée pour éviter le plagiat. Le blog de B Gastel, AuthorAid, donne des conseils aux étudiants des pays en voie de développement notamment sur le paraphrasage. Ce blog propose d'aller consulter un excellent document de ORI (Office of Research Integrity). Ce guide pour la rédaction éthique a 62 pages sur le plagiat, l'auto-plagiat...etc..  Il y a 27 recommandations reprises en pages 41 et suivantes : elles sont bien faites..

Le NIH demande à Science et Nature de ne pas publier des données sensibles

C'est la première fois qu'une demande de censure scientifique est dans le domaine public, avec le New York Times en décembre 2011. Nous avons évoqué la politique de certains journaux pour éviter de publier des données dites "sensibles". Ce sont par exemple des données susceptibles d'être utilisées avec malveillance. Il s'agit des DURC ou Dual Use Research of Concern, (voir JAMA en septembre 2011).

Dans le cas évoqué dans le NYT, il s'agit du virus H5N1 qui a été transformé par des scientifiques. Il serait très virulent avec des risques s'il atteignait l'homme. Des terroristes pourraient utiliser ces recherches...  Donc le "National Science Advisory Board for Biosecurity", au sein des National Institutes of Health (NIH) aux Etats Unis a demandé à Science et Nature de ne pas publier toutes les données permettant de répliquer ces manipulations. Les conclusions peuvent être publiées. Les rédacteurs prennent cette demande au sérieux... heureusement, mais les rédacteurs n'aiment pas ce genre d'intrusion dans les poilitiques éditoriales...

 

Il faut améliorer les recommandations éthiques de tous les journaux

Les recommandations éthiques de 30 journaux à facteur d’impact (FI) > 10 étaient meilleures que celles de 30 journaux à FI < 10. Félicitons des auteurs français pour ce travail publié dans le Journal of Medical Ethics  (online first en décembre 2011) ! Nous avons déjà mentionné des travaux de Ph Charlier, notamment dans le numéro de Noël 2010 du BMJ.

Un score de 5 items a été créé pour ce travail et les scores moyens étaient de 3,6 (FI > 10) et 2,8 (FI < 10). Au moins tous sont au dessus de la moyenne. Un item n’a pas été discriminant : les 60 journaux demandaient les conflits d’intérêts. Les autres items : 13 sur 60 journaux demandaient de suivre STROBE pour les études épidémiologiques ; 28 demandaient de suivre CONSORT pour les essais cliniques ; 43 demandaient de mentionner les comités d’éthiques locaux ; 44 demandaient des consentements signés des patients. Les auteurs n’expliquent pas comment ont été choisis les journaux… ce qui manque pour la validité de cet article… Certains journaux n’étaient peut-être pas concernés par certains items. Le résultat principal n’est pas étonnant mais attire l’attention sur les recommandations éthiques qui sont souvent insuffisantes ou négligées ? Ce travail n’a pas évalué la pratique des journaux dans les articles car il existe des variations : certains journaux ne respectent pas leurs recommandations aux auteurs, d’autres vont au-delà des exigences de leurs recommandations.

Merci à Ph Charlier pour m'avoir transmis l'article.

Charlier Ph et al. Ethics requirements and impact factor. J Med Ethics 2011 doi : 10.1136/medethics-2011-100174

 

Où sont les données sources des recherches ?

Il faut mettre à disposition du public les données sources des recherches...  C'est une urgence ! P Gotzsche, du centre Cochrane nordique (Copenhague) à écrit une revue générale excellente, avec 141 références. Sa revue, parue fin novembre 2011 dans Trials, est centrée sur les essais des firmes pharmaceutiques. Le problème est général : toutes les données des recherches devraient être publiques. L'annexe I liste tous les organismes qui depuis 2002 ont souhaité la mise à disposition des données. Les rédacteurs de journaux, en particulier des journaux électronqiues en ouvert, sont très actifs, comme ils l'avaient été pour la création de www.clinicaltrials.gov.

Peu d'auteurs acceptent de transmettre les données de leurs publications ?

Les rédacteurs de journaux ont eu des initiatives qui ont influencé nos systèmes et organisations... par exemple, les registres d'essais comme www.clinicaltrials.gov ont été créés grâce aux exigences des rédacteurs de revues qui demandaient l'accès aux protocoles,...   Les rédacteurs en veulent plus, et les technologies le permettent : l'accès aux données sources des publications est indispensable. L'article du futur contiendra les données sources. Idéalement les données de plusieurs articles pourront être fusionnées...  La technologie existe mais les résistances sont majeures.

Faut-il modifier les articles pouvant aider les terroristes ?

Peu de journaux font attention aux articles contenant des informations pouvant intéresser des terroristes. Il s'agit des DUR pour "Dual Use Research", concept pour décrire des recherches qui peuvent être utilisées délibérement pour une menace biologique de santé publique ou pour une atteinte à la sécurité nationale. Une déclaration a été publiée en 2003, suite aux évènements de septembre 2001, par Nature, Science et PNAS. Mais les recommandations proposées n'ont jamais été formalisées.

Un éditorial du JAMA d'août 2011 contient des exemples de DUR comme "augmenter la virulence du virus de la variole et rendre les vaccins inéfficaces.."

Que proposent les rédacteurs de journaux ?

• que les auteurs communiquent leurs données en maximisant les bénéfices publiés et minimisant les risques de mauvaise utilisation ;
• que les rédacteurs soient vigilants pour identifier les DUR, alerter les auteurs, voire propsoer des modifications éditoriales,...

Les DURC (Dual Use Research of Concern) sont rares : trois cas du journal "Biosecurity and bioterrorism" ont été identifiées entre 2002 et 2008 ; sur 78 000 soumissions à Nature entre 2005 et 2008, 28 articles ont été considérés comme DUR, et zéro comme DURC. Une enquête sur 155 journaux a montré que 5,8 % avaient eu des manuscrits dits "DUR" en 5 ans..

Nightingale SL. Scientific publication and global security. JAMA 2011;306:545-546.

Médiateur du Lancet : boulot peinard mais pas payé

Depuis une dizaine d'année, The Lancet a un médiateur. Tout auteur, reviewer, lecteur, rédacteur peut l'interpeller s'il juge qu''il n'a pas été traité de manière appropriée. Ce sont surtout des auteurs qui se plaignent de retard dans les process de décisions, de malveillance...  Charles Warlow, Edinburgh, vient de publier son rapport 2009/2010. Il liste les 9 cas qu'il a eu à évaluer...  rien de fantastique..  8 cas Lancet et 1 cas Lancet Neurology..

Il cite les suggestions qu'il a faites au Lancet et à Elsevier : publier tous les courriers sous forme électronique ; relier toutes les critiques aux articles ; bien préciser que la publication n'est pas assurée quand The Lancet commande des lettres ; garder à vie tous les commentaires des reviewers ; en cas de doute sur les consentements de patients, ou les comités d'éthique, interroger les institutions des auteurs ; ne pas laisser passer dans les abstracts des conclusions abusives ; et enfin , jamais de compromis sur une devise du Lancet "What we will not do is to become profoundly conservative in our decision making about ideas".

Il n'est pas payé, ses transports non remboursés, mais le café est offert...

Ombudsman's ninth report. The Lancet 2011;378:548.

Les 10 règles pour une réputation scientifique

  

Dans le numéro de juin 2001 de PLoS Computational Biology, le rédacteur en chef, PE Bourne, et la rédactrice en chef de PLoS Medicine, publient un éditorial de bon sens, mais que l'on peut méditer.. Quelles sont pour eux les 10 règles pour construire et maintenir un réputation scientifique ?

 

1. Penser avant d'agir
2. Considérer la critique
3. Considérer les gens
4. Vérifier méticuleusement tout ce que vous plubliez et considérer les publications sérieusement
5. Toujours déclarer ses liens d'intérêts
6. Partager avec votre communauté
7. Ne pas s'engager pour des tâches que l'on ne pourra pas faire
8. Ecrire de bonnes analyses des articles et projets de recherche
9. Ne cautionner que des personnes qui le méritent
10. Ne jamais plagier

NO COMMENT

Bourne PE, Barbour V. Ten simple rules for building and maintaining a scientific reputation. PLoS Computational Biology 2011;7(6):e1002108

 

Les rétractations sont trop souvent 'opaques'

C'est un coup de gueule de notre ami Georges contre tous ces journaux qui font mal leur travail : trop de rétractations sont peu explicites et pas claires ! Associé à Ivan Oransky, médecin journalsite chez Reuteurs, pour ce coup de gueule, Georges Lundberg, après avoir été rédacteur en chef du JAMA pendant 17 ans, est toujours un scientifique reconnu en étant rédacteur en chef de journaux électroniques du groupe WebMD, et de MedPage Today.

Dans une courte vidéo, il exprime sa colère car trop de rétractations d'articles fraudés sont peu explicites, faisant croire à des erreurs, avec des excuses des auteurs. Ivan Oransky est devenu le spécialiste des rétractations qu'il analyse systématiquement en questionnant auteurs et rédacteurs..... et toutes les semaines, il découvre que ces rétractations sont mal faites. Il publie tout cela sur son blog "Retraction Watch".

Il serait heureux de voir que la HAS suit les recommandations de COPE en matière de rétractation.....

Transparence des données

Proposer que les données brutes soient disponibles, et que l'on puisse avoir une traçabilité totale de toutes les étapes de la recherche, est un mouvement initié il y a plus de 10 ans par deux anglais célèbres : Sir Iain Chalmers et Doug Altman. Le blog de BMC fait le point sur "Threaded publicatons", et répète "We want science to be more efficient, to improve patient care, and to produce better outcomes for people and communities".

Le fond de ce mouvement est d'avoir accès aux données des essais cliniques et autres recherches....Cette pyramide part du moins transparent au plus transparent, du haut en bas... Tout ceci pour diminuer les biais de publication, pour avoir accès aux données négatives peu publiées, pour être plus éthique...... C'est un enjeu majeur... car avec les bricolages permanents dans les articles, on ne sait plus où sont les progrès de la science....

COPE, la référence en éthique des publications

Avec un nouveau Website fin avril 2011, une newsletter régulière qui commence sa 3ème année (4 numéros par an), the Committee on Publication Ethics est devenu le forum éthique des publications. COPE a commencé avec très peu de moyens en 1997. Le succès est impressionnant : 6000 membres, la référence pour les recommandations et conseils en éthique, une présidente très engagée, notre amie Liz Wager, et un soutien financier de grandes maisons d'éditions...  Un website plein de ressources.... à mettre dans ses favoris...

 

Les rétractations pourraient être plus explicites...

Bel article du Journal of Medical Ethics sur les causes de rétractations d'articles dans Medline, fait par notre amie Liz Wager, toujours active en étant chairwoman de COPE. Elle a analysé les rétractations et montré que certaines n'étaient pas très claires.... les exemples cités dans son article sont troublants.

Quelles sont les données observées à partir de 312 rétractations sélectionnées entre 1988 et 2008 :  augmentation régulière des rétractations dans Medline, avec bientôt 300 par an ! Les rétractations sont signées par les auteurs (63 %), les rédacteurs (21 %), les journaux (6 %), les maisons d'éditions (2 %), ou les institutions (1 %). Les causes sont des erreurs ou des résultats non répliqués (40 %), des malveillances/fraudes (28 %), des doubles publications (17 %), et sans raison claire (5 %) ; les 28 % de malveillance correspondent à ce qui a déjà été observé (et comprend les 16 % de plagiats), et le 5 % sans raison claire n'est pas admissible....

La discussion de l'article est informative, conforte les données connues sur les rétractations. Liz suggère que les journaux suivent des recommandations identiques en matière de rétractation... et celles de COPE devront être actualisées au vu de ces nouvelles données.

Wager E, Williams P. Why and how do journals retract articles? An analysis of Medline retractions 1988-2008. Journal of Medical Ethics 2011, online on April 12, doi 10.1136/jme.2010.040964

Singapore statement on research integrity : journaux en première ligne !

Je ne connaissais pas la Conférence Mondiale sur l'Intégrité de la Recherche qui s'est tenue en juillet 2010 à Singapour, avant d'avoir lu le diaporama de Mme Patricia Volland de l'INRA (Tours). La première conférence était en 2007 à Lisbonne. il y a beaucoup d'orateurs connus et renommés...  et environ 500 participants.

Ces experts ont publié une déclaration sur l'intégrité de la recherche, et l'on peut constater que sur les 14 principes proposés, 5 concernent directement les journaux (numéros 5 à 9) et d'autres sont proches des journaux (numéros 3, 4 et 10). Donc les journaux biomédicaux sont un média à surveiller ...

1. Integrity
2. Adherence to regulations
3. Research methods
4. Research records
5. Research findings
6. Authorship
7. Publication acknowledgement
8. Peer review
9. Conflict of interest
10. Public Communication
11. Reporting Irresponsible Research Practices
12. Responding to Irresponsible Research Practices
13. Research Environments
14. Societal Considerations

PS : merci pour le commentaire ci dessous...  je n'avais pas tout vu !

Les journaux "à jeter" ont plus de biais pharmaceutiques

Je ne sais pas comment traduire en français l'expression commune des "throw-away journals". Ce sont les journaux qui sont supportés totalement par des ressources d'origine industrielle. Peut-on dire journaux "à jeter" ?

Cette étude publiée dans le CMAJ  début 2011 a été faite en Allemagne, à partir de 11 journaux biomédicaux pour médecins généralistes : 5 de type "throw-away", 1 de financement mixte, et 5 sur abonnements sans publicité. Ils ont analysés 313 numéros de journaux de 2007. Les auteurs confirment ce qui est connu : en comparaison avec les autres journaux, les "throw-away" décrivent positivement les médicaments, ils contiennent plus d'articles sur les médicaments, et la présence d'une publicité pour un médicament s'accompagne de plus de chances de voir ce médicament cité dans le journal.....  Ceci doit exister dans de nombreux pays, et ces jounaux annoncent souvent qu'ils sont 'peer-reviewed', et ils ont un comité de rédaction de complaisance, .... 

Ethique des publications en France : bravo l'INRA

Le sujet devient moins tabou qu'il y a quelques années mais encore dans certains communautés médicales, il est difficile de l'évoquer. Mme Patricia Volland-Nail du centre de recherche de l'INRA a mis sur slideshare un excellent exposé sur le sujet. Peu connu dans le public médical, l'INRA a une renommée internationale et une bonne activité de publication, en langue française et anglaise.

Le diaporama sur l'éthique des publications est très complet, et reprend des thèmes que nous avons abordés, comme ceux relatifs aux critères pour être auteur.... ou comment survivre dans la jungle. Il reprend aussi les classifications des malversations et attire l'attention sur l'Office of Research Integrity (ORI). Cet organisme classe les malversations en Plagiat, Falsification et Fabrication. Les 'Duplicate Publications' sont en partie des plagiats, soit autorisées dans des cas bien définis dans le texte des URMs du groupe de Vancouver. Signalons d'excellentes videos de ORI sur Research Misconduct.

Un très bon diaporama que je vous conseille.

Merci à Mme Volland-Nail pour ce travail.

Déclarer des liens d'intérêts diminue la crédibilité des articles

Dans le débat sans fin sur les liens d'intérêts, je continue à penser que les bons experts ont des liens d'intérêts. Une étude de fin janvier 2011 publiée dans BMC Research Notes apporte des arguments. Les auteurs de ce travail ont heureusement rapporté leurs liens d'intérêts, travaillant pour Healthy Skepticism. Ces auteurs ont fait lire la même vignette à des médecins américains, mais dans un cas les auteurs rapportaient des liens d'intérêts, et dans l'autre cas ils n'avaient pas de liens d'intérêts. L'échantillon est petit, étude préliminaire, etc... mais quand même.... attendons d'autres recherches sur ces questions.

Guinness book pour J Boldt en anesthésie : 89 articles retirés de la littérature !

Dernière minute du 2 mars 2011 : record battu avec 89 articles retirés et une liste de ces articles précédée d'une lettre signée des rédacteurs des 16 journaux concernés...  à voir, c'est le Guinness Book....   La couverture du numéro de mars 2011 de Anesthesia & Analgesia n'appelle pas de commentaires.. Le numéro contient plusieurs articles sur l'éthique de la recherche, dont celui du rédacteur en chef qui revient sur la politique systématique de rechercher les plagiats dans tout article reçu. Le journal de International Anesthesia Research Society n'a pas aprrécié d'avoir publié tant d'articles fabriqués.... nous avons déjà évoqué ce cas...

Il faut dire que ce journal a déjà retiré de la littérature 23 articles de Joachim Boldt, un anesthésiste allemand ayant eu une carrière brillante qui vient de faire 'pschitt', et que 67 articles sont en cours d'investigation..... Domaine de l'albumine, des solutés, de hydroxyethylstarch, etc.. avec des données manquantes, des comités d'éthique non consultés, etc... Les rétractations concernent plus de 10 journaux, et en principe 90 articles pourraient être retirés. Grosse fraude, avec des inventions, et un médecin banni par son institution, risquant une amende de 100 000 €, et de la prison. Une nouvelle histoire dans cette discipline, après le cas de Scott Reuben.

Les titres de certains éditoriaux et articles de ce numéro de mars 2011 :

Le BMJ a raison : "Goodbye PubMed, hello raw data"

Trop, c'est trop d'après la rédactrice du BMJ, F Godlee dans un éditorial de début janvier 2011, à propos des données sur le Tamiflu que le groupe Cochrane n'arrive pas à avoir... et hier, nous avons évoqué la fraude de Wakefield avec MMR. Le mouvement général pour examiner les données brutes est parti... Le groupe de Vancouver a mis cela à l'ordre du jour de sa prochaine réunions..... Ils ont déjà fait un lobby il y a 15 ans pour enregistrer les essais, mais cet enregistrement est insuffisant.

Un autre éditorial de ce même numéro du BMJ demande l'accès aux données originales... compte tenu de l'état des publications limitées à une partie de l'histoire des essais.... Dans un autre article de ce même BMJ, nombreux sont les cas décrits de médicaments pour lesquels toutes les données n'ont pas été rendues publiques....

Libérons les données et militons pour que ce soit pour toutes les expérimentations, et pas uniquement pour les essais médicamenteux... avec une couverture du BMJ à faire peur mais sans relation avec la question des données...

 

Les dérapages de l'électronique : la table des matières 2011 en ligne avec de l'avance....

Le 13 octobre 2010, ce n'est ni la première fois ni la dernière fois que, comme la plupart d'entre vous, je reçois l'email ci-dessous, envoyé par bmr@journals.hindawi.com, avec la copie de l'email du 6 juillet 2010 auquel j'avais eu l'impolitesse de ne pas répondre :

"Dear Dr. Maisonneuve,

I am writing to inquire whether you have received our previous email inviting you to submit an article to the Focus Issue on Multiple Myeloma, which will be published in "Bone Marrow Research," and the deadline for submission is November 15th, 2010.

Looking forward to hearing from you.

Best Regards,
Soha Labib

Je dois vous avouer que je ne connais pas Soha Labib, ni cette maison d'édition électronique Hindawi, qui m'a déjà proposé des contributions dans d'autres spécialités. J'en suis honoré ! En général, quand je reçois une sollicitation je regarde qui m'écrit et Soha Labib n'est pas dans la liste des membres éminents du comité éditorial de ce journal ! D'ailleurs, j'ai eu la curiosité d'aller voir ce journal et je vous informe qu'ils ont publié 3 articles en 2011 (peut-être plagiés ou dupliqués)........oui nous sommes en 2010 pour encore 2 mois. Ils ont un article 'sous presse' et ne demandent que 350 € pour publier......une aubaine !

Note à posteriori pour ceux qui aiment rire : lisez le commentaire à ce billet !

 

Un auteur a discrètement changé une légende : 'Israël' est devenu 'Historical Palestine'

Drôle d'histoire que celle d'un article de février 2010 dans Agricultural Water Management, un journal avec un facteur d'impact supérieur à 2. Cet article a 5 auteurs,deux de Palestine, deux de Hollande et un d'Indonésie. Vous verrez qu'il est mentionné que cet article a été retiré de la littérature pour la raison suivante :

"This article has been retracted at the request of the Editor-in-Chief. Reason: During the second revision of the manuscript, the authors modified Figure 1 (changing the label from "Israel" to "Historical Palestine"), apparently with the goal of inserting a political statement into a scientific journal article. The authors did not inform the editors or the publisher of this change in their manuscript. As such, the authors have not lived up to the standards of trust and integrity that form the foundation of the peer-review process. The Editors-in-Chief take a very strong view on this matter and, hence, the retraction of the article from publication in Agricultural Water Management."

La réaction appropriée aurait été une correction dans un numéro du journal, mais pourquoi retirer un article car il n'y a pas de fraude ! Des commentaires très bizarres ont circulé sur des blogs....car la maison d'édition Elsevier serait un investisseur dans des intérêts Israéliens par l'intermédiaire de Reed Elsevier Ventures.....il est difficile de se faire une opinion......mais où va la science.... Faut-il retirer un article pour cette raison ?