Rédaction Médicale et Scientifique

La maison d'édition du futur : "I want publishers to publish my workflows"

Nous avons souvent évoqué l'article du futur, et constaté que des journaux comme Cell ou ceux du groupe BioMEd Central avaient des propositions, mais que feront les maisons d'éditions ? C'est le rédacteur en chef de PLoS Computational Biology qui fait des propositions dans un éditorial de mai 2010. Il est bien placé pour cela bien que son journal me paraisse trop spécialisé pour moi.

Ses réflexions sont basées sur des thèses développées sous la terminologie de 4ème paradigme...dans un livre d'accès gratuit (ou acheté sur Amazon) dont le titre est "The Fourth paradigm: Data-Intensive Scientific Discovery". Quel est son raisonnement ? La technologie permet déjà un accès aux données brutes des recherches, données qui ont été peu préservées dans le passé.

Certaines données partent des laboratoires avec les étudiants qui terminent leur thèse, d'autres sont archivées sur un court terme, etc..  Donc les maisons d'éditions devraient archiver toutes les données brutes des recherches... I want publishers to publish my workflows. Son éditorial est intéressant, abordant les questions de confidentialié, de peer review, d'archives dans des bases publiques ou chez des maisons d'éditions, .....   Allez voir Orwik ou Mendeley qui proposent ces services.....

Bourne PE (2010) What Do I Want from the Publisher of the Future? PLoS Comput Biol 6(5): e1000787.

La publication biomédicale à l'âge d'internet et bientôt du web 2.0

Lors du congrès de European Medical Writers Association en mai 2010 à Lisbonne, la conférence inaugurale a été confiée au rédacteur de BioMed Central, Iain Hrynaszkiewicz et ses diapos sont riches de réflexions. Les journaux devraient évoluer vite et les interactions du lecteur/internaute avec la littérature seront nombreuses. Comme d'autres spécialistes, il prédit l'intégration de logiciels avec des résultats originaux permettant aux lecteurs d'interagir pour analyser les données (on dit parfois les torturer). Les 'metrics' vont beaucoup évoluer et mettre à mal notre vieux facteurs d'impact qui est déjà très concurrencé.

Les maisons d'éditions purement électroniques, sans avoir eu l'expérience de l'impression de nos bons journaux papiers, sont nombreuses et j'ai été surpris par la liste qu'il a citée et que je vous propose en commençant par ceux que nous connaissons déjà très bien : BioMed Central, PLoS, Hindawi publishing corporation, Co-action, Dove Medical Press, Atlantis Press, Bentham open, ACS authorchoice, EXiS open choice, Libertas Academia, Scientific Journals International, et il en manque probablement.......Il y a aussi les hybrides, en général des maisons d'éditions qui proposent aux auteurs de payer pour être en open acces, comme Springer open choice, Blackwell publishing online open, Oxford open, Sage open,.....  Mais attention, parmi cette liste, il y a des petites organisations et de très mauvais journaux......

Conférence européenne sur les publications : merci Mme Aymé

Nous avons évoqué la 3ème conférence européenne sur les publications dans un billet intitulé "la wikification de la science". Ce congrès s'est tenu fin mai en Hollande, et je ne peux que remercier infiniment Mme Ségolène Aymé pour avoir accepté de nous transmettre un compte rendu excellent que je reproduis ci-dessous. MERCI MERCI :

"Le congrès s'est ouvert par une présentation de Barend Mons (Leiden) qui a plaidé pour une transformation des publications scientifiques en documents lisibles par les ordinateurs. Tous les concepts générés pourraient être représentés par des nanopublications sur chaque assertion cardinale.
Sijbolt Noorda de l'association européenne des universités a plaidé pour l'open access et présenté le système en développement de publication d'ouvrages avec impression à la demande. La réduction des coût est ainsi radicale.
John Houghton a présenté l'impact économique des différents modèles de publication. Le meilleur ratio coût/bénéfice est bien-sur pour la publication électronique en libre accès.
Carrie Calder de BioMedCentral a présenté l'expérience de BMC qui a maintenant 208 journaux. Actuellement les coûts de publications sont supportés à 80 % par les chercheurs qui utilisent leur crédits de recherche pour ça.
Fiona Godlee de BMJ a présenté des données sur les biais de publication des résultats d'essais cliniques qu'elle a mis en regard de la contribution de l'Industrie pharmaceutique au modèle économique des journaux scientifiques. Ainsi un auteur sur cinq signataire d'un papier dans un journal à haut facteur d'impact est un auteur fantôme qui n'a pas participé à la rédaction de l'article mais a prêté son nom pour assoir la crédibilité de l'article. Le clou a été enfoncé par Ben Goldacre, journaliste au Guardian, qui a démontré la fraction impressionante des essais cliniques terminés et jamais publiés. Il s'apprête à publier leur liste pour forcer les promoteurs à dire pourquoi.
Philip Purnell de Thomson Reuters a démonté toutes les facettes du facteur d'impact et montré que ce n'était pas la panacée pour juger de la qualité d'un article ou d'un chercheur. Ce n'était qu'un indicateur parmi d'autres. Une vue partagée par Herk Moed d'Elsevier qui a pmontré toutes les stratégies des journaux pour augmenter artificiellement leur facteur d'impact.
Ségolène Aymé a cloturé la conférence en présentant Orphanet comme un modèle de publication scientifiques en open access assurant le transfert rapide des découvertes scientifiques vers les professionnels de santé, par la production de support adaptés à leurs besoins."

Des diapositives de ce congrès peuvent être téléchargées.

Hallelujah du BMJ qui sera sur iPad cet été

Fiona Godlee signe un éditorial "The iPad cometh' le 26 mai 2010 pour nous dire du bien de iPad, et qu'elle na jamais été payée par Apple. Je l'ai vu dans un magasin.....convaincant, et très ergonomique...BRAVO, mais patience avant de se précipiter. Si des journaux généraux (New York TImes, Time Magazine, Wall Street Journal) sont déjà sur iPad, le BMJ attend jusquà l'été pour développer son application avec des équipes de la BBC. Fiona attend vos commentaires sur ce thème.

Quels autres journaux biomédicaux vont suivre cette décision du BMJ ? Je ne sais pas encore, mais la plupart sont venus sur les réseaux sociaux type Facebook twitter, etc........

Fiona était de bonne humeur en voyant l'iPad, mais quelques jours plus tard elle était agressive contre la non-transparence de l'OMS sur la grippe....

Godlee F. The iPad cometh. BMJ 2010;340:c2835.

Comment préparer vos données originales pour une publication ?

Avec l'open access, des rédacteurs favorisent la publication des données originales. Il sera demandé de plus en plus souvent aux auteurs de fournir ces données, en général sous forme de tableur type excel. Les prototypes de journaux du futur devraient ensuite permettre des comparaisons plus faciles entre articles par cet accès aux données originales, voire facilter des revues systématiques. Nous avons évoqué l'article du futur sur ce blog, notamment avec google maps...

Donc place aux recommandations pour préparer ces données : c'est une première proposition publiée dans Trials en 2010 qui insiste essentiellement sur les questions de confidentialité des données quand il s'agit des patients. Cet article contient un tableau avec une liste de 18 items pouvant potentiellement identifier des patients ; il faut donc supprimer ces items. Cette proposition de recommandations devra évoluer pour s'adapter aux progrès des technologies. Ces recommandations destinées aux études quantitatives devront être adaptées aux études qualitatives.

Hrynaszkiewicz et al. Preparing raw clinical data for publication: guidance for journal editors, authors, and peer reviewers. Trials 2010;11:9.

Impressionnant : le 10 000 ème article en 3,5 ans pour PLoS ONE !

C'est un succès de l'électronique qui pourrait faire penser que le modèle open access est viable, quand on imagine que 10 000 auteurs ou leurs institutions on payé pour être publiés. Les droits de PLoS ONE sont de dollars 1350 US en 2010. PLoS ONE a été lancé en décembre 2006 et le 10 000 ème article publié le 2 avril 2010, soit environ 3000 articles par an.....plus de 200 par mois.....

Comment peuvent rester dans la course des journaux prestigieux comme NEJM, JAMA qui publient environ 200 articles originaux par an. D'autant plus que le National Institute of Health américain est à l'origine des 7 journaux de PLoS, et que les autres publient aussi des articles.....

Quand l'open access devient payant pour les auteurs !

Le modèle économique des journaux purement électroniques dits 'open access' n'est pas encore stabilisé. Beaucoup de ces journaux demandent aux auteurs un payement de 1000 à 5000 € lors de la soumission, ou à l'acceptation. Je n'avais pas encore vu le modèle rapporté dans le Lancet du 20 mars. Le commentaire est pudique car il ne cite pas le journal concerné.

Un auteur ayant un article accepté, s'est vu secondairement demander 1595 US dollars pour publier rapidement son article.... en cas de non payement l'article serait publié dans 1 à 5 ans, ou alors l'auteur peut décider de soumettre son article à un autre journal, etc.. Je suppose que cette lettre dans le Lancet va faire cesser ces pratiques.... tout doit être clair dès le début sur les droits à payer par les auteurs.

Nawrot et al. Online journals: paying or delaying? The Lancet 2010;375:984.

OASPA : la société savante des 4844 journaux open access ?

Si, comme moi, vous êtes devenus des lecteurs réguliers de journaux uniquement électroniques biomédicaux, vous avez pris l'habitude de consulter PLoS (7 journaux) et BioMedCentral (207 journaux en mars 2010). Ce sont de loin, en biomédical, les meilleurs, avec beaucoup de fonctionalités. Mais de nombreuses maisons d'éditions, en général toutes nouvelles existent.... Comment en juger la qualité ? Certaines maisons d'éditions sont purement Indiennes comme Medknow avec 104 journaux en mars 2010, d'autres anglo-saxonnes avec une rédaction en Nouvelle Zélande (Dove Press). OpenJournals Publishing veut devenir le leader en Afrique ! Bentham open a été accusé de mauvaises pratiques et n'est pas membre de OASPA.    CONNAISSEZ-VOUS d'autres maisons d'éditions de journaux électroniques biomédicaux ?

Ces maisons d'éditions purement électroniques se regroupent au sein de OASPA  "Open Access Scholarly Publishers Association" qui a été créée en 2008 et aura son deuxième congrès en août 2010. Le directory des journaux 'open access' contient 4844 journaux en mars 2010.

De nouveaux journaux 'open access' chaque jour ??? Quel business !

Comme certains d'entre vous m'en ont fait part, les sollicitations pour être membre de comité de rédaction de journaux biomédicaux sont très nombreuses.... et j'en reçois tous les mois.

Dans le domaine de la formation continue, je viens d'être contacté encore deux fois ce mois de mars, notamment pas un éditeur que je ne connaissais pas, Dove Press  J'ai refusé car la plupart de ces boards sont fantômes : il faut attirer des leaders, avoir leur nom sur une liste et ensuite attirer des articles.... sans bien préciser les accords financiers du rédacteur en chef et de la maison d'édition.

Pour BioMedCentral qui m'a contacté, j'ai posé quelques questions, et je vous conseille d'avoir une situation claire avant d'accepter les sollicitations :

" What is the task of the editorial board? Do we have to attend webinars, to propose editorial guidance, to suggest reviews, to act as reviewers, etc..... Who are the chief editors?  Did you prepare a job description for the board? Who will choose referees? Does board members will be solicited to submit papers? What are the financial agreements between the publisher and the editors? "

L'article du futur : des liens avec google maps, google earth !

Nous avons déjà évoqué les journaux du futur et les voeux des lecteurs : "Je veux un journal gratuit, portable, accessible à tout moment sans efforts, de navigation simple et rapide, avec des vidéos, des moteurs de recherche perfomants, connecté aux bases de données, voire aux dossiers de mes malades".

Vous connaissez de nombreuses fonctionnalités (e-toc, vidéos, ahead of print, liens des références, etc..) et des 'metrics' nouveaux, des résumés dans de nombreuses langues, mais les développements en cours iront beaucoup plus loin, en particulier sur des exemples d'articles de PLoS que j'ai pu voir :

• liens à google map et/ou google earth quand vous présentez une carte de géographie pour mieux décrire les lieux de votre travail ;
• données originales exhaustives de toutes les illustrations ;
• possibilités de reprendre les tableurs de type excel des articles d'autres auteurs pour compiler des données originales ;
• nuages de mots-clés de l'article pour voir quels sont les mots les plus employés dans l'article et y accéder directement. 

Tout ceci n'est plus de la fiction.

Commandes de tirés à part des journaux électroniques : facile

Une nouvelle fonctionnalité est apparue sur les sites des 7 journaux PLoS : plutôt que de photocopier les articles pour les utiliser, il est possible de commander des tirés à part de qualité, à un prix très compétitif. En cliquant sur l'icone EzReprint à droite des articles, vous avez accès à ces fonctionnalités. Est-ce que les lecteurs et les industriels vont commander plus souvent des tirés à part ?

Les tirés à part ont toujours été une source de revenus des journaux biomédicaux.

Le futur des journaux biomédicaux : je suis sûr de me tromper

J'ai eu la chance de rencontrer une équipe de réanimateur de l'hopital St Antoine, Paris, le 25 janvier pour évoquer les journaux électroniques. Je les remercie car j'ai dû clarifier mes idées avant de les rencontrer. Nous avons pu échanger, à partir des diapositives que j'avais préparées..... mais attention sans commentaires, certaines diapos peuvent vous tromper (le fichier est lourd donc haut débit pour consulter). J'ai évoqué les points d'un article d'octobre 2009 (numéro spécial Internet médical) qui est en accès libre grâce à Elsevier-Masson.

Je ne suis pas convaincu que les journaux biomédicaux soient faits pour les lecteurs... qu'en pensez-vous ? La dictature du facteur d'impact basé sur la notoritété des journaux va changer car des indicateurs par articles sont disponibles.... Tout va vite avec le web 2.0, et beaucoup d'informations scientifiques sont discutées sur les réseaux sociaux. L'article du futur contiendra des logiciels, des vidéos, toutes les données originales du travail ; il sera connecté à googlemaps et permettra de compiler des résultats d'autres auteurs. De nombreuses fonctionnalités expliquent que le papier a vécu !

Un fait est inquiétant : la qualité des informations publiées n'est pas mieux contrôlée qu'avant, et les articles seront de mauvaise qualité comme nous l'a appris H Sox, ancien rédacteur des Annals of Internal Medicine : La recherche excellente est une exception rare !

En bref, personne ne voit bien où l'on va mais les guerres économiques vont changer notre environnement, et je sais ce que je veux ;"Je veux un journal gratuit, portable, accessible à tout moment sans efforts, de navigation simple et rapide, avec des vidéos, des moteurs de recherche perfomants, connecté aux bases de données, voire aux dossiers de mes malades".

Maisonneuve H, Schnitter C. Quel avenir pour les journaux électroniques biomédicaux ? Presse Médicale 2009;38(10):1418-1424.

La nouvelle vie électronique d'un genre désuet : le cas clinique

Bravo au Journal of Medical Case Reports qui fête ses 3 ans en publiant son 1000 ème cas clinique. Si des journaux se demandaient occasionnellement s'il fallait encore publier des cas cliniques, si c'était un 'genre désuet', les journaux électroniques ont permis de ne publier que des cas.

Outre ce journal qui a été créé par BioMed Central qui appartient maintenant à Springer Verlag, l'internet a permis de créer des sites (sont-ils des journaux?) dédiés aux cas cliniques. Medscape contient plusieurs milliers de case reports ; Medcases est un site avec des cas interactifs de qualité, soit pour des étudiants, soit pour de la formation continue avec une durée de validité limitée pour rester dans le domaine de la formation ; Medcases qui a 11 ans a été acquis par Indigene, une grosse société internationale de Medical Education. Où s'arrêtent les journaux, ou commencent les sites de formation ?

Il est étonnant de voir que le journal Cases Journal, dont le rédacteur en chef Richard Smith a été pendant plus de 15 ans rédacteur du BMJ, cesse de considérer les cas et demande de tout adresser dorénavant à Journal of Medical Case Reports. Ces 2 journaux appartiennent à BoMed Cntral. Le rédacteur en chef est un Australien, avec 5 rédacteurs adjoints, et environ 150 rédacteurs associés : parmi eux un seul français (Michael Darmon de la réanimation de St Louis, BRAVO).

Des recommandations pour publier les données originales : seront-elles suivies ?

Fin janvier 2010, le BMJ et Trials ont simultanément publié un article en accès libre pour proposer des recommandations sur la publication des données originales des articles. Les recommandations semblent raisonnables, mais de nombreux commentaires ont circulé, notamment dans les listes de discussion de WAME (World Association of Medical Editors). Cette demande est liée à la possibilité de stocker sans réserve des données avec les journaux électroniques. Belle réflexion que vous découvrirez dans ces articles avec des "pros & cons" qui s'expriment. Cela a été introduit dans les instructions pour les auteurs du BMJ.

Les réserves tiennent à la confidentialité qui ne peut jamais être assurée (des chercheurs américains ont identifié les personnes ayant loué des vidéos à partir d'un listing anonymisé de 500 000 noms), et aussi à la suspicion de fraude que fait naître cette demande.... avec des commentaires pour dire que plutôt que les listings des données, il faudrait les copies des cahiers de paillasse des labos, et des dossiers cliniques des malades.....   Attendons de voir si la controverse continue...

Les auteurs étant rédacteurs de Trials, le peer review process a été simple et rapide (allez voir 'pre-publication history'). Mais ils expliquent que ce texte a été reviewé lors des meetings de préparation.

Hrynaszkiewicz I et al. Preparing raw clinical data for publication: guidance for journal editors, authors and peer reviewers. BMJ 2010;340:c181 and Trials 2010, 11:9doi:10.1186/1745-6215-11-9

PLoS Medicine : des résumés en excellent français ! BRAVO

Le numéro de janvier 2010 de PloS Medicine contient beaucoup d'informations. Par intérêt personnel, j'ai consulté un article sur les lobbies des industries du tabac sur les institutions. Rien de nouveau depuis que le BMJ avait montré l'influence sur l'OMS. Dans cet article, c'est l'influence des Industries du tabac sur l'Union Européenne.

J'ai surtout découvert que cet article avait des résumés en Allemand, Espagnol, Portuguais, Italien et Français. Découvrez le résumé français ci-joint ! Notez au passage que l'Institut national du cancer fait partie des sponsors : encore bravo.

Smith KE et al. "Working the system" British American Tobacco's Influence on the European Union Treaty and Its Implications for Policy: An Analysis of Internal Tobacco Industry Documents. PLoS Med PLoS Med 7(1): e1000202. doi:10.1371/journal.pmed.1000202

Les auteurs de PLoS sont très satisfaits ! Impressionnant pour les compétiteurs de PLoS

Fin décembre 2009, la rédaction de PLoS, basée en Californie et en Angleterre a communiqué les résultats d'une enquête de satisfactions des auteurs de 2008. Vous pouvez visualiser les 17 diapos avec un commentaire de 13 minutes. Le titre du duaporama : PLoS research author 2009 Summary of results and conclusions. Qu'en ai-je retenu ?

PLoS a 7 journaux, et ils ont envoyé 2 enquêtes par journal (auteurs publiés et auteurs rejetés). Les auteurs publiés ont mieux répondu que les auteurs rejetés. Ils ont connu PLoS le plus souvent par un collègue ou en lisant un article. Avez-vous soumis votre article à un autre journal avant PLoS ? Pour PLoS Medicine, les articles avaient été soumis à Lancet, NEJM, JAMA.   Pour PLoS Biology, les articles avaient été soumis à Science, Nature, Cell. La satisfaction des auteurs est excellente, tant pour le processus éditorial que pour la publication...... inquiétant pour les compétiteurs car ces auteurs reviennent vers PLoS. 90 % des auteurs publiés et 70 % des auteurs rejetés reviendront vers PLoS.

Les auteurs de PLoS Computational Biology sont plus jeunes que les auteurs des autres journaux. Cette discipline est plus technologique et les nouvelles générations sont plus douées pour cela !!! Allez voir le Bayesian surfing par exemple et good luck.

Medscape en 2009 : H1N1 et le reste ?

La liste des articles les plus lus en 2009 sur Medscape m'a surpris. Outre le sujet hors concours qui est la grippe H1N1 qui gagne tous les palmarès, les médecins américains semblent lire plus souvent des thématiques sur l'organisation de leur travail et de leur profession. Ce ne sont pas des thèmes biomédicaux qui émergent ! La méthode d'obtention de ces données n'est pas explicite ; ATTENTION, ne pas en tirer de conclusion. D'autant plus que mesurer en janvier les articles les plus lus en 2009 aboutit à éliminer les articles de la fin d'année.....   Un article de décembre ne peut pas être dasn un top 10 de ce genre. DANGER. Voici cette liste de Medscape :

1. H1N1 Influenza A (Swine Flu) Alert Center
2. Solving the "Unsustainable" Physician-Pay Problem: Perspectives From the ACP, ACS, and ACC
3. How Healthcare Reform Could Affect Physicians
4. Doctors' Recession-Buster Guide: Ten Effective Ways to Lower Your Overhead
5. PDAs and Smartphones: Clinical Tools for Physicians
6. Best Ways to Deal With Noncompliant Patients
7. Best Ways to Deal With No-Shows
8. Electronic Medical Record Survey Results: Medscape Exclusive Readers' Choice
9. No, Don't Buy an EMR Now! Yes, Buy an EMR Now!
10. Periodontal Disease and the Risk for Cardiovascular Disease

Peckam C. The Year's top 10 featured articles in Medscape.

Des éditoriaux sont publiés trop vite par les journaux électroniques

Un débat a animé en décembre 2009 les listes de discussion de WAME (World Association of Medical Editors) car des journaux électroniques mettent en ligne les articles dès qu'ils sont prêts. C'est la politique des 'ahead of print' adoptée par de nombreux journaux. Ensuite ces articles, d'abord mis en ligne, sont imprimés dans un des numéros du journal. Il se trouve que des éditoriaux commentant des articles originaux ont été publiés bien avant que l'article original ne soit publié dans son format électronique également.

L'opinion générale des rédacteurs ayant participé à ce débat est de suggérer de toujours publier l'éditorial et l'article commenté en même temps. Souhaitons que les rédacteurs de journaux suivent cette proposition !

Pico mis en route pour tous les articles originaux du BMJ

L'éditorial de F Godlee du numéro du 2 janvier 2010 confirme ce qui avait été annoncé : tous les articles originaux du BMJ ne sont que sous format électronique, d'accès libre et sans limitation de longueur. Par contre dans le journal imprimé, une page est dédiée à chaque article selon le format dit Pico. Je vous joins les formats Pico des 5 articles originaux du BMJ du 2 janvier.

Nous avons présenté l'évolution de ELPS vers Pico dans un billet du 17 août 2009. Pico veut dire "Population, Intervention or exposure, Comparison, Outcomes".

Godlee F. A few changes for 2010. BMJ 2010;339:b5632.

Le VPS pour Mayo Clinic Proceedings

Comme chaque année le 1 janvier, le rédacteur en chef, W Lanier, de Mayo Clinic Proceedings explique la politique de ce journal respecté, peut-être pas assez connu hors des USA. Compte tenu de l'environnement économique difficile, du virage vers l'électronique concommittant de l'open access, ce journal a des difficultés financières et comme en 2009 va faire appel à la générosité des lecteurs. C'est le VPS, et aucun autre journal ne semble le faire : Voluntary Paid Subscription program. Si 25 % des lecteurs du journal électronique gratuit font une donation, le journal pourra survivre avec son modèle économique. S'ils n'y arrivent pas, ils suivront le chemin de la plupart des journaux électroniques, comme CMAJ, BMJ et feront payer l'accès à certaines parties du site internet. Cet édito reprend les arguments évoqués sur ce blog pour les Annals, le CMAJ.

Mis à part le VPS, très intéressant éditorial qui nous explique la politique de ce journal qui publie des articles de qualité, comme en témoigne non seulement son facteur d'impact de 4,81 mais surtout sa demi-vie de citations des articles qui est très haute : 7,9 ans ! W Lanier annonce les archives électroniques, les podcasts, les compléments électronqiues et toutes les focntionnalités de la plupart des journaux électroniques : ceci est pour 2010, BRAVO.

Nous devons nous intéresser aux expériences de la Mayo Clinic comme proposé par A Flahaut sur son blog.

Lanier W. The physiognomy of Mayo Clinic Proceedings - 2010. Mayo Clinic Proceedings 2010;85:15-17.