Rédaction Médicale et Scientifique

Le futur des journaux biomédicaux : je suis sûr de me tromper

J'ai eu la chance de rencontrer une équipe de réanimateur de l'hopital St Antoine, Paris, le 25 janvier pour évoquer les journaux électroniques. Je les remercie car j'ai dû clarifier mes idées avant de les rencontrer. Nous avons pu échanger, à partir des diapositives que j'avais préparées..... mais attention sans commentaires, certaines diapos peuvent vous tromper (le fichier est lourd donc haut débit pour consulter). J'ai évoqué les points d'un article d'octobre 2009 (numéro spécial Internet médical) qui est en accès libre grâce à Elsevier-Masson.

Je ne suis pas convaincu que les journaux biomédicaux soient faits pour les lecteurs... qu'en pensez-vous ? La dictature du facteur d'impact basé sur la notoritété des journaux va changer car des indicateurs par articles sont disponibles.... Tout va vite avec le web 2.0, et beaucoup d'informations scientifiques sont discutées sur les réseaux sociaux. L'article du futur contiendra des logiciels, des vidéos, toutes les données originales du travail ; il sera connecté à googlemaps et permettra de compiler des résultats d'autres auteurs. De nombreuses fonctionnalités expliquent que le papier a vécu !

Un fait est inquiétant : la qualité des informations publiées n'est pas mieux contrôlée qu'avant, et les articles seront de mauvaise qualité comme nous l'a appris H Sox, ancien rédacteur des Annals of Internal Medicine : La recherche excellente est une exception rare !

En bref, personne ne voit bien où l'on va mais les guerres économiques vont changer notre environnement, et je sais ce que je veux ;"Je veux un journal gratuit, portable, accessible à tout moment sans efforts, de navigation simple et rapide, avec des vidéos, des moteurs de recherche perfomants, connecté aux bases de données, voire aux dossiers de mes malades".

Maisonneuve H, Schnitter C. Quel avenir pour les journaux électroniques biomédicaux ? Presse Médicale 2009;38(10):1418-1424.

La nouvelle vie électronique d'un genre désuet : le cas clinique

Bravo au Journal of Medical Case Reports qui fête ses 3 ans en publiant son 1000 ème cas clinique. Si des journaux se demandaient occasionnellement s'il fallait encore publier des cas cliniques, si c'était un 'genre désuet', les journaux électroniques ont permis de ne publier que des cas.

Outre ce journal qui a été créé par BioMed Central qui appartient maintenant à Springer Verlag, l'internet a permis de créer des sites (sont-ils des journaux?) dédiés aux cas cliniques. Medscape contient plusieurs milliers de case reports ; Medcases est un site avec des cas interactifs de qualité, soit pour des étudiants, soit pour de la formation continue avec une durée de validité limitée pour rester dans le domaine de la formation ; Medcases qui a 11 ans a été acquis par Indigene, une grosse société internationale de Medical Education. Où s'arrêtent les journaux, ou commencent les sites de formation ?

Il est étonnant de voir que le journal Cases Journal, dont le rédacteur en chef Richard Smith a été pendant plus de 15 ans rédacteur du BMJ, cesse de considérer les cas et demande de tout adresser dorénavant à Journal of Medical Case Reports. Ces 2 journaux appartiennent à BoMed Cntral. Le rédacteur en chef est un Australien, avec 5 rédacteurs adjoints, et environ 150 rédacteurs associés : parmi eux un seul français (Michael Darmon de la réanimation de St Louis, BRAVO).

Des recommandations pour publier les données originales : seront-elles suivies ?

Fin janvier 2010, le BMJ et Trials ont simultanément publié un article en accès libre pour proposer des recommandations sur la publication des données originales des articles. Les recommandations semblent raisonnables, mais de nombreux commentaires ont circulé, notamment dans les listes de discussion de WAME (World Association of Medical Editors). Cette demande est liée à la possibilité de stocker sans réserve des données avec les journaux électroniques. Belle réflexion que vous découvrirez dans ces articles avec des "pros & cons" qui s'expriment. Cela a été introduit dans les instructions pour les auteurs du BMJ.

Les réserves tiennent à la confidentialité qui ne peut jamais être assurée (des chercheurs américains ont identifié les personnes ayant loué des vidéos à partir d'un listing anonymisé de 500 000 noms), et aussi à la suspicion de fraude que fait naître cette demande.... avec des commentaires pour dire que plutôt que les listings des données, il faudrait les copies des cahiers de paillasse des labos, et des dossiers cliniques des malades.....   Attendons de voir si la controverse continue...

Les auteurs étant rédacteurs de Trials, le peer review process a été simple et rapide (allez voir 'pre-publication history'). Mais ils expliquent que ce texte a été reviewé lors des meetings de préparation.

Hrynaszkiewicz I et al. Preparing raw clinical data for publication: guidance for journal editors, authors and peer reviewers. BMJ 2010;340:c181 and Trials 2010, 11:9doi:10.1186/1745-6215-11-9

PLoS Medicine : des résumés en excellent français ! BRAVO

Le numéro de janvier 2010 de PloS Medicine contient beaucoup d'informations. Par intérêt personnel, j'ai consulté un article sur les lobbies des industries du tabac sur les institutions. Rien de nouveau depuis que le BMJ avait montré l'influence sur l'OMS. Dans cet article, c'est l'influence des Industries du tabac sur l'Union Européenne.

J'ai surtout découvert que cet article avait des résumés en Allemand, Espagnol, Portuguais, Italien et Français. Découvrez le résumé français ci-joint ! Notez au passage que l'Institut national du cancer fait partie des sponsors : encore bravo.

Smith KE et al. "Working the system" British American Tobacco's Influence on the European Union Treaty and Its Implications for Policy: An Analysis of Internal Tobacco Industry Documents. PLoS Med PLoS Med 7(1): e1000202. doi:10.1371/journal.pmed.1000202

Les auteurs de PLoS sont très satisfaits ! Impressionnant pour les compétiteurs de PLoS

Fin décembre 2009, la rédaction de PLoS, basée en Californie et en Angleterre a communiqué les résultats d'une enquête de satisfactions des auteurs de 2008. Vous pouvez visualiser les 17 diapos avec un commentaire de 13 minutes. Le titre du duaporama : PLoS research author 2009 Summary of results and conclusions. Qu'en ai-je retenu ?

PLoS a 7 journaux, et ils ont envoyé 2 enquêtes par journal (auteurs publiés et auteurs rejetés). Les auteurs publiés ont mieux répondu que les auteurs rejetés. Ils ont connu PLoS le plus souvent par un collègue ou en lisant un article. Avez-vous soumis votre article à un autre journal avant PLoS ? Pour PLoS Medicine, les articles avaient été soumis à Lancet, NEJM, JAMA.   Pour PLoS Biology, les articles avaient été soumis à Science, Nature, Cell. La satisfaction des auteurs est excellente, tant pour le processus éditorial que pour la publication...... inquiétant pour les compétiteurs car ces auteurs reviennent vers PLoS. 90 % des auteurs publiés et 70 % des auteurs rejetés reviendront vers PLoS.

Les auteurs de PLoS Computational Biology sont plus jeunes que les auteurs des autres journaux. Cette discipline est plus technologique et les nouvelles générations sont plus douées pour cela !!! Allez voir le Bayesian surfing par exemple et good luck.

Medscape en 2009 : H1N1 et le reste ?

La liste des articles les plus lus en 2009 sur Medscape m'a surpris. Outre le sujet hors concours qui est la grippe H1N1 qui gagne tous les palmarès, les médecins américains semblent lire plus souvent des thématiques sur l'organisation de leur travail et de leur profession. Ce ne sont pas des thèmes biomédicaux qui émergent ! La méthode d'obtention de ces données n'est pas explicite ; ATTENTION, ne pas en tirer de conclusion. D'autant plus que mesurer en janvier les articles les plus lus en 2009 aboutit à éliminer les articles de la fin d'année.....   Un article de décembre ne peut pas être dasn un top 10 de ce genre. DANGER. Voici cette liste de Medscape :

1. H1N1 Influenza A (Swine Flu) Alert Center
2. Solving the "Unsustainable" Physician-Pay Problem: Perspectives From the ACP, ACS, and ACC
3. How Healthcare Reform Could Affect Physicians
4. Doctors' Recession-Buster Guide: Ten Effective Ways to Lower Your Overhead
5. PDAs and Smartphones: Clinical Tools for Physicians
6. Best Ways to Deal With Noncompliant Patients
7. Best Ways to Deal With No-Shows
8. Electronic Medical Record Survey Results: Medscape Exclusive Readers' Choice
9. No, Don't Buy an EMR Now! Yes, Buy an EMR Now!
10. Periodontal Disease and the Risk for Cardiovascular Disease

Peckam C. The Year's top 10 featured articles in Medscape.

Des éditoriaux sont publiés trop vite par les journaux électroniques

Un débat a animé en décembre 2009 les listes de discussion de WAME (World Association of Medical Editors) car des journaux électroniques mettent en ligne les articles dès qu'ils sont prêts. C'est la politique des 'ahead of print' adoptée par de nombreux journaux. Ensuite ces articles, d'abord mis en ligne, sont imprimés dans un des numéros du journal. Il se trouve que des éditoriaux commentant des articles originaux ont été publiés bien avant que l'article original ne soit publié dans son format électronique également.

L'opinion générale des rédacteurs ayant participé à ce débat est de suggérer de toujours publier l'éditorial et l'article commenté en même temps. Souhaitons que les rédacteurs de journaux suivent cette proposition !

Pico mis en route pour tous les articles originaux du BMJ

L'éditorial de F Godlee du numéro du 2 janvier 2010 confirme ce qui avait été annoncé : tous les articles originaux du BMJ ne sont que sous format électronique, d'accès libre et sans limitation de longueur. Par contre dans le journal imprimé, une page est dédiée à chaque article selon le format dit Pico. Je vous joins les formats Pico des 5 articles originaux du BMJ du 2 janvier.

Nous avons présenté l'évolution de ELPS vers Pico dans un billet du 17 août 2009. Pico veut dire "Population, Intervention or exposure, Comparison, Outcomes".

Godlee F. A few changes for 2010. BMJ 2010;339:b5632.

Le VPS pour Mayo Clinic Proceedings

Comme chaque année le 1 janvier, le rédacteur en chef, W Lanier, de Mayo Clinic Proceedings explique la politique de ce journal respecté, peut-être pas assez connu hors des USA. Compte tenu de l'environnement économique difficile, du virage vers l'électronique concommittant de l'open access, ce journal a des difficultés financières et comme en 2009 va faire appel à la générosité des lecteurs. C'est le VPS, et aucun autre journal ne semble le faire : Voluntary Paid Subscription program. Si 25 % des lecteurs du journal électronique gratuit font une donation, le journal pourra survivre avec son modèle économique. S'ils n'y arrivent pas, ils suivront le chemin de la plupart des journaux électroniques, comme CMAJ, BMJ et feront payer l'accès à certaines parties du site internet. Cet édito reprend les arguments évoqués sur ce blog pour les Annals, le CMAJ.

Mis à part le VPS, très intéressant éditorial qui nous explique la politique de ce journal qui publie des articles de qualité, comme en témoigne non seulement son facteur d'impact de 4,81 mais surtout sa demi-vie de citations des articles qui est très haute : 7,9 ans ! W Lanier annonce les archives électroniques, les podcasts, les compléments électronqiues et toutes les focntionnalités de la plupart des journaux électroniques : ceci est pour 2010, BRAVO.

Nous devons nous intéresser aux expériences de la Mayo Clinic comme proposé par A Flahaut sur son blog.

Lanier W. The physiognomy of Mayo Clinic Proceedings - 2010. Mayo Clinic Proceedings 2010;85:15-17.

Le facteur d'impact va mourrir, mais comment le remplacer

Un bel article d'opinions sur la mesure des publications dans PLoS Biology de novembre 2009. Il est clair que le facteur d'impact de ISI Thomson que nous connaissons bien n'a jamais été concu pour évaluer la qualité des articles et aider les carrières. Son fondateur, E Garfield, l'a souvent dit : le facteur d'impact évalue la notoriété des journaux sans évaluer les articles. Mais comment le remplacer, compte tenu que plusieurs indicateurs ont été proposés depuis quelques années. "it is simply not designed to capture qualities of individual papers."

Que faire ? Utiliser les commentaires qui sont postés sur les sites des journaux après les articles ? Il ne semble pas que ce soit une bonne méthode. Les technologies permettent d'accumuler de nombreuses données de téléchargement, de temps d'exposition des articles à un internaute, et aussi de tracer les téléchargements dans des systèmes de classement, type EndNote. Les données accumulées par les journaux électroniques sont encore sous-exploitées. Mais il y a beaucoup mieux avec Zotero, Citeulike, Connotea, et Mendeley. Je ne sais pas encore utiliser ces outils, mais cet article de PLoS m'a motivé pour changer mes habitudes dans ce domaine : allez-vous les mesures du futur, et dites nous qu'en penser !

Neylon C et Wu S. Article-level metrics and the evolution of scientific impact. PLoS Biol 2009;7(11): e1000242.

Open access : trop cher pour les journaux en Sciences sociales et humaines ?

Un rapport du 18 février 2009 (communiqué de presse) et publié en septembre par The National Humanities Alliance a étudié l'avenir des publications du domaine des sciences sociales et humaines. La comparaison est toujours faite entre les journaux HHS (humanities and social science) et les journaux dits STM (scientific, technical and medical) que nous connaissons mieux. Les modèles économiques sont très différents. Les journaux HHS sont souvent supportés par des aides d'universités, et de sociétés savantes. Le modèle de l'accès gratuit (open access) qui se développe rapidement dans le secteur STM, en transférant les charges financières aux auteurs ou à leurs institutions, ne semble pas encore approprié pour les journaux HHS.

Dans le domaine HHS, le coût d'une page d'un journal est en moyenne de 526 dollars US. La plupart des coûts sont supportés par les institutions. Les journaux étudiés dans ce rapport ont été : American Anthropologist, Journal of the American Academy of Religion, American Economic Review, American Historical Review, American Political Science Review, American Sociological Review, Journal of the American Statistical Association, PMLA (Modern Language Association).

The future of scholarly journals publishing among social science and humanities associations. Report on a study funded by a planning grant from the Andrew W Mellon Foundation, by Mary Waltham, Publishing consultant, Princeton, USA (Rapport gratuit).

Partager les résultats des auteurs : nous le ferons tous bientôt !

Dans un article de PLos ONE en septembre 2009, sur 10 auteurs contactés, ayant publié dans PLoS, un seul a accepté de mettre à disposition ses données ! IMPRESSIONNANT.

Les technologies ayant facilité la communication, des institutions et des journaux demandent que les auteurs mettent à disposition des lecteurs leurs données brutes. Par exemple, pour une demande de subvention de plus de 500 000 $, le NIH exige un 'data sharing plan'. Le mode de mise à disposition peut-être sur le site du journal, dans un registre d'accès libre, ou sur demande directe à l'auteur.

On sait que cette politique est très peu appliquée, en partie du fait de sa nouveauté.....mais cet article court est intéressant car les efforts pour obtenir les données de 10 auteurs ont été importants : un seul a accepté ! Les arguments de refus ont été nombreux : trop de travail, confidentialité, .....et quelques autres réflexions à découvrir dans cet article.

Savage CJ, Vickers AJ. Empirical study of data sharing by authors publishing in PLoS journals. PLoS ONE 2009; 4(9): e7078.

5 bougies pour PLoS Medicine : et 4 projets pour le futur

Dans un éditorial pour fêter les 5 ans d'existence, les rédacteurs de PLoS Medicine font un bilan des orientations des 6 derniers mois sur des problèmes de santé mondiaux. En plus d'articles de recherche médicale, ils ont publié des aticles sur la grippe H1N1, les changements climatiques, l'impact sanitaire des conflits mondiaux car la santé humaine est liée à l'environnement. Ils listent de nombreux thèmes abordés dans le domaine "global burden of disease" et expliquent leurs 4 engagements : 1) promouvoir la transparence en recherche médicale ; 2) améliorer la communication de la santé et de la recherche scientifique ; 3) évaluer l'impact de la recherche car le facteur d'impact est très décevant (depuis le 15 septembre, PLoS a de nouveaux critères de mesure annexé aux articles) ; 4) l'animation du blog Speaking of Medicine, et le PLoS Twitter feed.

Bravo, c'est toujours gratuit pour les lecteurs, mais pas pour les auteurs ou leurs institutions.

The PLoS Medicine Editors. Five years of access and activism. PLoS Medicine October 2009.

11 mises au point sur 'Internet médical' en accès gratuit : bravo aux auteurs

Merci à La Presse Médicale d'avoir accepté de publier en octobre 2009 un dossier spécial Internet et Santé car les articles en langue française sur ce sujet son rares. Surtout merci pour avoir mis ces articles en accès gratuit sur em-consulte.

Avec Denise Silber, j'ai pu coordonner ce numéro et 31 auteurs ont accepté de collaborer. C'est un aperçu intéressant d'expériences françaises, et de mises au point sur des questions d'actualités. Après l'éditorial (L'internet est un outil pour améliorer la santé), il y a 11 chapitres :

1. Maisonneuve H, Schnitter C. Quel avenir pour les journaux électroniques biomédicaux ?
2. Moreau JJ, Caire F, Kalamarides M, Mireau E, Dauger F, Coignac MJ, Charlin B. Campus numérique de neurochirurgie : mobiliser une discipline des sciences médicales autour d'un projet pédagogique fédérateur.
3. Maisonneuve H, Chabot O. L'Internet en formation médicale continue : aussi efficace que les formations dites présentielles.
4. Sakji S, Thirion B, Dahamna B, Darmoni SJ. Recherche des sources d'information institutionnelle de santé française : le "catalogue et index des sites médicaux francophones " CISMeF.
5. Lucas J. Diffusion des infromations médicales à l'épreuve des usages de l'Internet : quelques réflexions d'éthique et de déontologie appliquée.
6. Silber D. Médecine 2.0 : les enjeux de la médecine participative.
7. Beslay N, Jeunehomme M. Aspects juridiques du Web 2.0 dans le domaine de la santé.
8. Daniel C, Jais JP, Fadly NE, Landais P. Dossier patient informatisé à visée de recherche biomédicale.
9. Nabarette H, Romaneix F, Boyer C, Darmoni SJ, Rémy PL, Canaird E. Certification des sites dédiés à la santé en France.
10. Akrich M, Méadel C. Les échanges entre patients sur l'Internet.
11. Silber D. L'Internet et le partage de la décision médicale entre patients et professionnels de santé.

Les auteurs des chapitres seraient heureux de répondre à vos demandes si vous désirez des informations complémentaires.

Conflit d'intérêt : Je suis rédacteur en chef adjoint de La Presse Médicale

BioMed Central : Bravo pour le 200 ème journal électronique

En 15 ans, cette nouvelle maison d'édition créée à Londres sur le modèle Open Access a créé 200 journaux électroniques. Ces journaux sont gratuits, et les auteurs ou leurs institutions payent des droits à la soumission. Une brève note du 25 septembre 2009 pour fêter ce 200 ème journal revient sur quelques faits : un modèle accepté, des facteurs d'impact qui montent, voire des journaux payants devenus 'open access'  et ayant gagné en soumission et visibilité.

Que nous réserve l'avenir, puisque BioMed Central a été acheté par Springer Verlag, une maison d'édition construite sur le modèle payant (pour les lecteurs) ?