Rédaction Médicale et Scientifique

Publier est insuffisant : il faut partager les données....

Nous avons déjà évoqué le partage des données des recherches, notamment grâce aux évolutions technologiques qui permettent de tout mettre en ligne (voire tout en accès libre) à des coûts supportables. Le Lancet de juin 2010 nous résume une conférence tenue à Washington, National Academy of Science, avec une citation :

“Data management is the most neglected area of the public health research process.”

Actuellement, les communications, promotions et récompenses en recherche sont basées sur les publications, mais elles devraient être basées sur le partage des données..... Cet éditorial s'adresse aux données en santé publique, mais pourquoi limiter à ce domaine ? En santé publique, il existe une rivalité entre les 'data-producers' des pays en voie de développement et les 'data-users' des pays développés.

 

Vous imaginez tous les biais, les différences entre publications et données de la paillasse ou du patient, les travaux jamais publiés, etc..... Avoir accès et partager les données 'brutes' serait un changement de paradigme qui affecterait toute la science.....et qui devrait nous surprendre. On y viendra car les technologies existent...Mais quand ???

 

The Lancet. Sharing public health data: necessary and now. Lancet 2010;375:1940. 

La publication biomédicale à l'âge d'internet et bientôt du web 2.0

Lors du congrès de European Medical Writers Association en mai 2010 à Lisbonne, la conférence inaugurale a été confiée au rédacteur de BioMed Central, Iain Hrynaszkiewicz et ses diapos sont riches de réflexions. Les journaux devraient évoluer vite et les interactions du lecteur/internaute avec la littérature seront nombreuses. Comme d'autres spécialistes, il prédit l'intégration de logiciels avec des résultats originaux permettant aux lecteurs d'interagir pour analyser les données (on dit parfois les torturer). Les 'metrics' vont beaucoup évoluer et mettre à mal notre vieux facteurs d'impact qui est déjà très concurrencé.

Les maisons d'éditions purement électroniques, sans avoir eu l'expérience de l'impression de nos bons journaux papiers, sont nombreuses et j'ai été surpris par la liste qu'il a citée et que je vous propose en commençant par ceux que nous connaissons déjà très bien : BioMed Central, PLoS, Hindawi publishing corporation, Co-action, Dove Medical Press, Atlantis Press, Bentham open, ACS authorchoice, EXiS open choice, Libertas Academia, Scientific Journals International, et il en manque probablement.......Il y a aussi les hybrides, en général des maisons d'éditions qui proposent aux auteurs de payer pour être en open acces, comme Springer open choice, Blackwell publishing online open, Oxford open, Sage open,.....  Mais attention, parmi cette liste, il y a des petites organisations et de très mauvais journaux......

Conférence européenne sur les publications : merci Mme Aymé

Nous avons évoqué la 3ème conférence européenne sur les publications dans un billet intitulé "la wikification de la science". Ce congrès s'est tenu fin mai en Hollande, et je ne peux que remercier infiniment Mme Ségolène Aymé pour avoir accepté de nous transmettre un compte rendu excellent que je reproduis ci-dessous. MERCI MERCI :

"Le congrès s'est ouvert par une présentation de Barend Mons (Leiden) qui a plaidé pour une transformation des publications scientifiques en documents lisibles par les ordinateurs. Tous les concepts générés pourraient être représentés par des nanopublications sur chaque assertion cardinale.
Sijbolt Noorda de l'association européenne des universités a plaidé pour l'open access et présenté le système en développement de publication d'ouvrages avec impression à la demande. La réduction des coût est ainsi radicale.
John Houghton a présenté l'impact économique des différents modèles de publication. Le meilleur ratio coût/bénéfice est bien-sur pour la publication électronique en libre accès.
Carrie Calder de BioMedCentral a présenté l'expérience de BMC qui a maintenant 208 journaux. Actuellement les coûts de publications sont supportés à 80 % par les chercheurs qui utilisent leur crédits de recherche pour ça.
Fiona Godlee de BMJ a présenté des données sur les biais de publication des résultats d'essais cliniques qu'elle a mis en regard de la contribution de l'Industrie pharmaceutique au modèle économique des journaux scientifiques. Ainsi un auteur sur cinq signataire d'un papier dans un journal à haut facteur d'impact est un auteur fantôme qui n'a pas participé à la rédaction de l'article mais a prêté son nom pour assoir la crédibilité de l'article. Le clou a été enfoncé par Ben Goldacre, journaliste au Guardian, qui a démontré la fraction impressionante des essais cliniques terminés et jamais publiés. Il s'apprête à publier leur liste pour forcer les promoteurs à dire pourquoi.
Philip Purnell de Thomson Reuters a démonté toutes les facettes du facteur d'impact et montré que ce n'était pas la panacée pour juger de la qualité d'un article ou d'un chercheur. Ce n'était qu'un indicateur parmi d'autres. Une vue partagée par Herk Moed d'Elsevier qui a pmontré toutes les stratégies des journaux pour augmenter artificiellement leur facteur d'impact.
Ségolène Aymé a cloturé la conférence en présentant Orphanet comme un modèle de publication scientifiques en open access assurant le transfert rapide des découvertes scientifiques vers les professionnels de santé, par la production de support adaptés à leurs besoins."

Des diapositives de ce congrès peuvent être téléchargées.

WriteSim TCExam : apprendre la rédaction scientifique avec un système open source

Je n'ai jamais été convaincu que les systèmes électroniques divers, CD Rom ou sites internet permettaient d'apprendre les bases de la rédaction scientifique. Je n'ai jamais vu de système utilisé par de nombreux experts, et l'apprentissage de la rédaction est pour moi basé sur des exercices. Mais j'imagine que l'avenir me donnera tort, essentiellement depuis la lecture d'un article décrivant une expérience d'apprentissage avec un système appelé TCExam.

L'article de BioMed Central Medical Education en mai 2010 par des équipes de Duke University et de Singapore m'interpelle. Sur un petit échantillon (15 étudiants), ils ont montré que leur système était utile et motivant.....attendons avant de s'enthousiasmer.

Mais je suis allé voir avec les codes qui sont en fin d'article et je m'interroge car ce système semble mieux que d'autres plus anciens que j'ai vu. Il s'agit d'un système open source développé dans de nombreux domaines, et pas seulement le 'scientific writing'. Ils n'ont pas d'interface en français et cherchent des correspondants. Les auteurs m'ont envoyé de nombreux documents explicatifs.....que je dois lire, mais je n'aurais pas la disponibilité de suivre des développements en français......à bon entendeur......je peux passer le contact, tout en restant prudent : il en faudra plus pour me convaincre, mais j'espère avoir tort.

Shah J et al. WriteSim TCExam - An open source text simulation environment for training novice researchers in scientific writing. BMC Medical Education 2010, 10:39 doi:10.1186/1472-6920-10-39

Wikification de la science........

En mai 2010, à l'Université de Leidein, Hollande, se tiendra la 3ème conférence européenne sur les publications scientifiques en biomédecine et médecine. Le programme a 3 thèmes :

• L'open access et au delà : intéressant avec une communication intitulée "Wikification' de la science !!!
• Impact de la science : des discussions autour de la "scientométrie" ou mesure des productions scientifiques, au niveau des institutions et des individus.... Est-ce que les mesures d'impact sont objectives, robustes voire éthiques.....
• La médecine translationnelle : est-ce que le savoir est correctement transféré jusqu'au lit du malade, etc... avec une guest star française : Ségolène Aymé que je félicite et envie pour la communication qu'elle a prévu à ce congrès. Rappelons que S Aymé est la rédactrice en chef (avec 2 autres collègues) d'un journal  excellent et de notoriété internationale : Orphanet Journal of Rare Diseases.

Nous attendons un résumé de cette conférence : MERCI Ségolène !

Bravo les Belges pour cet excellent séminaire sur la médecine factuelle

J'ai eu le plaisir d'être invité le 5 mars 2010 par le Pr JP Sculier et Michel Vanhaeverbeek pour présenter la rédaction d'articles et l'analyse de la littérature devant une centaine d'étudiants en médecine au sein du prestigieux Institut Jules Bordet (Bruxelles). Présenter ces 2 thèmes succinctement était difficile, mais j'ai beaucoup appris en compagnie des responsables de cet enseignement et des étudiants. Deux autres experts français étaient invités : Bruno Housset et Pierre Durieux.

Le séminaire était bien construit et toutes les diapositives sont disponibles gracieusement sur un site : bravo. Sans les exposés, les diapositives ne permettent pas de tout appréhender, mais j'ai particulièrement apprécié le travail du Dr Sculier qui a présenté les conflits d'intérêts... ses diapos sont très informatives. Des discussions lors des pauses avec des étudiants français suivant le cursus belge m'ont conforté sur la notion que les études sont bien faites en Belgique et que l'esprit critique est positivement développé...

Faire un séminaire de médecine factuelle devrait être obligatoire pour les futurs médecins en France, comme c'est le cas en Belgique, pour obtenir le plein remboursement des actes, auprès de l'INAMI (Institut National Assurance Maladie Invalidité).

Le futur des journaux biomédicaux : je suis sûr de me tromper

J'ai eu la chance de rencontrer une équipe de réanimateur de l'hopital St Antoine, Paris, le 25 janvier pour évoquer les journaux électroniques. Je les remercie car j'ai dû clarifier mes idées avant de les rencontrer. Nous avons pu échanger, à partir des diapositives que j'avais préparées..... mais attention sans commentaires, certaines diapos peuvent vous tromper (le fichier est lourd donc haut débit pour consulter). J'ai évoqué les points d'un article d'octobre 2009 (numéro spécial Internet médical) qui est en accès libre grâce à Elsevier-Masson.

Je ne suis pas convaincu que les journaux biomédicaux soient faits pour les lecteurs... qu'en pensez-vous ? La dictature du facteur d'impact basé sur la notoritété des journaux va changer car des indicateurs par articles sont disponibles.... Tout va vite avec le web 2.0, et beaucoup d'informations scientifiques sont discutées sur les réseaux sociaux. L'article du futur contiendra des logiciels, des vidéos, toutes les données originales du travail ; il sera connecté à googlemaps et permettra de compiler des résultats d'autres auteurs. De nombreuses fonctionnalités expliquent que le papier a vécu !

Un fait est inquiétant : la qualité des informations publiées n'est pas mieux contrôlée qu'avant, et les articles seront de mauvaise qualité comme nous l'a appris H Sox, ancien rédacteur des Annals of Internal Medicine : La recherche excellente est une exception rare !

En bref, personne ne voit bien où l'on va mais les guerres économiques vont changer notre environnement, et je sais ce que je veux ;"Je veux un journal gratuit, portable, accessible à tout moment sans efforts, de navigation simple et rapide, avec des vidéos, des moteurs de recherche perfomants, connecté aux bases de données, voire aux dossiers de mes malades".

Maisonneuve H, Schnitter C. Quel avenir pour les journaux électroniques biomédicaux ? Presse Médicale 2009;38(10):1418-1424.

Le numéro ESE de février 2010

Encore beaucoup d'informations dans le numéro de février de European Science Editing, le journal de EASE. Plusieurs articles sur des communications du congrès de Pise en septembre. A noter l'expérience du journal de l'association médicale allemande (Deutsches Arzteblatt International) qui a été finalement indexé dans Medline en 2008 après 3 tentatives infructueuses (refus en 1990, 2004 et 2006). Ils expliquent comment ils ont réussi : intéressant. L'expérience d'Elisabeth Kessler comme rédacteur à la Royal Swedish Academy of Sciences (elle a été présidente de EASE). Un résumé du forum qui a discuté la réécriture des reveiws de relecteurs non anglophones, les problèmes liés aux traductions. Enfin les dates des prochains congrès et une analyse d'articles récents.

BMJ Learning lance the Clinical Leadership Program

Nous connaissons le BMJ sans toujours réaliser que c'est l'organe de communication de la BMA (British Medical Association), mais qu'il fait partie d'un groupe ayant de nombreuses activités, comme des congrès et de la formation. En quelques années, BMJ Learning est devenu important avec de nombreux programmes. Ils annoncent le lancement d'un nouveau programme "Clinical Leadership Program" dans quelques mois. Le programme sur 2 ans est disponible, et les inscriptions commenceront bientôt. C'est une collaboration avec The Open University, et bien sûr tout est online ! Bravo.

Publier en médecine générale : les initiatives du CNGE

J'ai assisté à un atelier intéressant intitulé "Comment augmenter vos probabilités de publier vos travaux de recherche ?" lors du congrès du Collège national des généralistes enseignants à Toulouse le 27 novembre 2009. L'atelier était animé par le rédacteur en chef de la revue Exercer, le Pr D Pouchain. Les discussions ont mis en évidence une volonté de se former mieux à la recherche et aux principes des publications. Ces activités devraient être planifiée dans le temps de travail.

De nombreux travaux de recherche en médecine générale méritent publication, mais restent sous forme de thèses dont la diffusion est limitée. Il y a peu de journaux de langue française publiant des recherches en médecine générale. Ceci contraste avec l'existence de quelques journaux internationaux de médecine générale, qui eux semblent réservés aux auteurs anglo-saxons. La discussion a montré qu'une volonté existait pour mieux publier, et que les départements de médecine générale qui allouent du temps aux recherches devraient aussi allouer des temps dédiés pour la rédaction. Les aides pour rédiger sont nombreuses dans toutes les facultés. Nous avions évoqué ces questions lors d'une présentation en juillet 2009 au département de médecine générale de Paris 5.

Right your writing

The Scientist de novembre 2009 nous apporte quelques conseils pour écrire, notamment pour les étudiants en PhD. Parmi les 'writing rituals', il est conseillé de commence par la fin, d'écrire tous les jours 15 à 30 minutes, de compter le temps consacré à l'écriture, garder toujours sa thèse ouverte sur le bureau, la phrase importante au début de chaque section, envoyer des versions à des non-experts, lire à haute voix. Ensuite quelques exemples de bonne écriture, des phrases courtes, une suite logique des phrases, éviter les 'lazy verbs', une idée par phrase.

Des principes très simples, mais difficiles à mettre en oeuvre.

Grant B. Right your writing. How to sharpen your writing and make your maniuscripts more engaging. The Scientist. Octobre 2009.

Bravo EASE pour ce congrès sur l'intégrité pour communiquer la science

J'ai eu le privilège d'assister à une partie du congrès de EASE "Integrity in Science communication", qui a réuni presque 150 personnes pendant 3 jours à Pise, mi-septembre 2009. Tous les particpants ont pu échanger. J'ai bien aimé la communication de David Vaux, biochimiste australien, sur "errors in the science literature: avoidance and correction". Il a montré de nombreuses erreurs de statistiques et de figures dans des journaux prestigieux (Nature, Science). Plus grave, il a signalé ces erreurs aux rédacteurs en chef de ces journaux et il a pu nous montrer les réponses polies du type : "merci, nous ferons attention que cela ne se reproduise pas....." mais RIEN ne change.

L'avantage de EASE est que les discussions ne sont pas limliées à notre univers médical, puisque EASE regroupe les sciences de la vie et de la terre (géographie, géologie, botanique, etc...) et tous ces scientifiques ont les mêmes difficultés quand il s'agit d'intégrité en science. Allez revoir le programme sur le site de EASE, et je vais savoir quand on pourra voir les diapositives.

International congress on Peer Review and Biomedical Publication

Créé dans les années 80s par le JAMA, et ensuite en partenariat avec le BMJ Group, ce congrès est le must où se rencontrent les rédacteurs biomédicaux. J'ai pu y participer 4 fois au début, et je n'ai pas assisté au 6ème qui s'est tenu à Vancouver du 10 au 12 septembre 2009.

J'ai depuis rencontré plusieurs participants, et l'impression est que la recherche dans ce domaine n'avance pas assez vite. Elle était inexistante il y a 20 ans, et le programme était très dense, avec nombreuses présentations. Mais pour les spécialistes, l'impression est que l'on chasse les fantômes, que CONSORT prend trop de place et que les vrais problèmes ne sont pas abordés. La question de fond a été reprise dans l'éditorial du Lancet : Est-ce que les journaux s'améliorent ou sont pires qu'avant ? On n'a pas beaucoup d'arguments pour répondre ! Allez voir le site de ces congrès pour consulter toutes les archives sur le peer review, et tous les abstracts : c'est passionnant !

Notons la présence de français dans les orateurs, avec un titre dont nous attendons la publication du travail : 'Spin' in reports of RCTs with non statistically significant primary outcomes.

Prochain congrès dans 4 ans !

The Lancet. Are medical journals getting better - or worse? Lancet 2009;374:950.

Sachez vous battre face à un refus de votre article

Le 10 septembre 2009, j’ai eu la chance de rencontrer 15 PH de l’AP-HP pour discuter de leurs publications, et optimiser leurs pratiques rédactionnelles, avec des Téléchargement Sept_09.

J’ai appris que nombreux sont les auteurs qui n’osent pas argumenter une lettre de refus d’un journal. Les avis de lecture des journaux proviennent parfois d’experts connaissant mal votre domaine : sachez contester des avis et ne vous soumettez pas aux demandes autoritaires d’experts anonymes. Nous avons discuté de l’anonymat des experts : cette absence de transparence n’est pas admissible ! Des journaux vous adressent des avis signés par les experts. Allez-voir par exemple les journaux du groupe BMC, et vous aurez en ligne les lettres des experts, ainsi que toutes les versions modifiées par les auteurs. J’ai beaucoup appris et je remercie ceux qui sont venus me rencontrer.

Programme du congrès AMWA d'octobre 2009

L'association américaine des rédacteurs médicaux vient de mettre en ligne le programme du congrès annuel  Téléchargement 2009RegBrochure , à Dallas du 22 au 24 octobre. Le programme est très riche avec de nombreuses présentations. Le thème est 'Blazing the trail' et ce congrès est celui des sociétés de rédaction, et des rédacteurs de l'industrie. Il est agréable de voir une citation d'un francais à la fin du programme "The future is the past in preparation. Pierre Dac"

Publier des recherches en médecine générale : dans quels journaux ?

J’ai eu le plaisir d’être invité le 23 juillet 2009 par le département de médecine générale de la faculté de médecine Necker, Paris V. En langue française, peu de journaux publient des recherches en médecine générale. Les évaluations d’activité dans les facultés de médecine sont fondées sur le fameux facteur d’impact qui évalue la notoriété des journaux. Faut-il que les départements de médecine générale publient dans des journaux de langue anglaise ayant un facteur d’impact (ISI Thomson) ou répertoriés dans la banque de données Medline ?

Nous avons évoqué ce thème pendant 2h30 avec certaines des Téléchargement RechercheMG, mais il s’agissait d’un exposé autoritaire sans exercices pratiques ! Saluons un article Téléchargement Publier MG de juin 2007 sur ce thème, au nom du réseau d’épidémiologie clinique international francophone (RECIF).

 

Les facteurs de succès d’une meilleure visibilité de la recherche en médecine générale doivent être discutés à partir de quelques réflexions : une stratégie de publication se développe sur plusieurs années, un ciblage de quelques journaux doit être fait, une participation à des comités de lecture, voire aux comités de rédaction de ces journaux permettront de mieux représenter la médecine générale française dont les travaux de recherche sont de qualité.

 

Letrilliart L, Schott AM. Rédiger et publier un article de recherche en médecine générale. La revue du praticien. 2007;21:629-632.

Conflit d’intérêts non financier : je soutiens le RECIF

Les diapos du congrès de mai 2009 du CSE

Le Council of Science Editors a tenu son congrès annuel et les diapositives des présentations sont consultables en ligne (accès gratuit). C'est une bonne source d'information, et j'ai sélectionné quelques uns des thèmes qui peuvent nous intéresser :

Keynote Address | What's the Matter with Memory?
Elizabeth Loftus PhD, Distinguished Professor, University of California, Irvine

A1. Why Should Editors Do Research?
A3. Conflict of Interest: Issues, Policy, and Practice
B1. Bridging the Geographic Science Gap: Modes of Quantitative Analysis for Scientific Papers
B2. Science Editing Goes Global: CSE International Scholars, Editor Link, and AuthorAID
C1. Bridging the Geographic Science Gap: Editors' View of Evaluating and Rating Scientific Papers
C2. Industry Update: What You Need to Know about the Initiatives of Professional Societies
C3. How to Ensure the Integrity of Research Data in Published Papers: Images, Statistics, and the Editors' Role
D1. What Do We Know about Editorial Decision Making?
D2. The Evidence on Open Access
F1. How Do We Minimize Bias in Peer Review?
F3. How to Communicate with the Media...and Stay Out of Trouble
H1. Control C, Control V: Plagiarism Detection in a Web 2.0 World
H2. What Editors Need to Know about the Required Registration of Clinical Trials and its Impact on Publishing Clinical Trial Results

AuthorAid : excellente initiative de Barbara Gastel

J'ai rajouté un lien permanent sur mon blog car j'ai découvert AuthorAid à l'occasion du congrès du Council of Science Editors. Il s'agit d'une initiative pour aider les auteurs des pays en voie de développement. Je viens de m'inscrire et je suis probablement le premier français à proposer mes services. La caution de Barbara Gastel (Texas university) qui a écrit plusieurs livres de rédaction, y compris en devenant co-auteur du best-seller de Robert Day, qui a passé beaucoup de temps en Chine, et le support d'organisations internationales sont une sécurité pour suivre cette initiative. Allez voir AuthorAid et donnez vos impressions !

E-learning pour apprendre la rédaction scientifique !

BMC Medical Education a publié le 27 mai 2009 une étude randomisée comparant la formation par internet et la formation habituelle dans des ateliers pour apprendre la rédaction scientifique. Cet essai a montré que la formation en ligne était meilleure que la formation dite ‘standard’. La lecture de cet article est décevante avec de nombreux biais méthodologiques. Former à la rédaction médicale a rarement été évalué avec des critères robustes du type : est-ce que le taux d’acceptation des articles soumis par des auteurs ayant été formés est amélioré ? Les données sur l’équivalence entre le e-learning et les formations présentielles sont nombreuses (méta-analyse du JAMA). Est-ce que le e-learning est meilleur pour enseigner la rédaction scientifique ? Nus attendrons d’autres études avant de conclure….. D’ailleurs cet article a eu 8 versions et la première était mauvaise, comme si les auteurs devaient apprendre à écrire ! Sur BMC, vous avez accès à tous les commentaires des relecteurs et toutes les versions successives des articles : allez-voir !

 

Phadtare A, et al. Scientific writing: a randomized controlled trial comparing standard and on-line instruction. BMC Medical Education 2009;9:27

Cook DA et al. Internet-based learning in the health professions. JAMA 2008;300:1181-1196.

 

Des rédacteurs du BMJ à Lyon les 7 et 9 juin 2009

Dans le cadre du congrès de GAME, Société savante internationale de formation médicale, Richard Smith, MD ancien rédacteur du BMJ (1991-2004) donnera une conférence inaugurale sur les rôle de journaux en FMC le 7 juin à 17 heures, et Fiona Godlee, actuelle rédactrice du BMJ donnera le 9 juin une conférence sur le futur de la Formation médicale continue (Le BMJ a publié des articles polémiques sur ce thème). Le programme est sur le site de GAME Téléchargement Best practices in CME.