Rédaction Médicale et Scientifique

Belle initiative avec JCCO : une revue 'gold Open Access' en langue française dédiée aux cas cliniques

Nous avons consacré plusieurs billets à la problématique des cas cliniques : demandés par certaines revues, refusés par d'autres, etc.. Et nous avons annoncé en décembre 2011 l'arrivée du JCCO, en listant les bonnes expériences de revues anglo-saxonnes Open Access ne publiant que des cas cliniques.

Le JCC Open (Elsevier-masson) ou Journal de Cas Cliniques Open existe en langue française, et est d'accès gratuit sur Science Direct. Il n'est pas accessible sur Em-Consulte..  patience...   Fin mars 2013, il y a 4 cas cliniques en ligne, avec toutes les fonctionnalités attendues, dont celle de télécharger les illustrations sous power point. Nous sommes dans l'Open Access (gold) : sous réserves de bien citer (et remercier) les sources, ce matériel est réutilisable. Les pdf sont téléchargeables, mais trouver le comité de rédaction nécessite de sortir de Science Direct et d'aller sur Em-Consulte !

Cette expérience est à suivre, tout en félicitant le rédacteur en chef, O Chabot, Elsevier-Masson, et ses rédacteurs adjoints : E Andrès, P Bodossian, C Romain, JN Scrivener. Un APC (Article processing charge) de 280 € TTC est à payer par les auteurs...   

Il existe des revues faites en France et en Open Access, mais ce sont soit des journaux d'informations professionnelles, soit des revues en langue anglaise comme dans le groupe Springer.

Liens d'intérêts : je suis rédacteur adjoint d'une revue de Elsevier masson

Des crédits-heures de formation attribués aux relecteurs de La revue Prescrire : excellente initiative en France

Contre vents, marées et DPC à la dérive, La revue Prescrire attribue des crédits-heures de formation à ses relecteurs. Je suis relecteur régulier pour des revues, dont Prescrire, et je suis fier de mon attestation. Des revues étrangères m'envoient des crédits ayant valeur de formation. Prescrire est la seule revue française à le faire à ma connaissance, et c'est très bien. J'ai ajouté ce certificat à mon BMJ Portfolio !

Quand les responsables actuels du DPC seront remplacés par des professionnels pragmatiques, et coméptents en éducation, la France reviendra à la réalité. Ils regarderont au delà de nos frontières et verront les règles pour attribuer des crédits aux relecteurs appliquées dans d'autres pays. Former des centaines de milliers de professionnels nécessite de respecter les facteurs de succès connus pour les systèmes FMC/DPC :

• faire très simple pour que les professionnels comprennent (revenons aux fondamentaux des CNFMC),
• mesurer avec un indicateur simple,
• proposer des mesures incitatives ou cohercitives réalistes,
• payer correctement les professionnels pour qu'ils n'aient pas à faire l'aumône pour se former ; les frais de formation sont des frais professionnels...  allez voir si les autres professions libérales ou employeurs demandent au gouvernement de les payer pour se former !

Bravo au Pr Gilles Montalescot pour son interview par le JAMA : premier francais parmi 127 interviews !

Depuis le 30 août 2010, le JAMA publie chaque semaine une interview s'un auteur d'un article majeur. Sur les 127 interviews d'auteurs, disponibles sur un site dédié, il me semble que c'est la première interview d'un expert francais, le 19 décembre 2012...   BRAVO, BRAVO..

Vous pourrez écouter avec plaisir l'interview du Pr Gilles Montalescot, Pitié-Salpétriere, pour une revue systématique et méta-analyse : "Association of Clopidogrel Pretreatment With Mortality, Cardiovascular Events, and Major Bleeding Among Patients Undergoing Percutaneous Coronary Intervention: A Systematic Review and Meta-analysis

Les prix 2012 du SPEPS : grand prix pour les risques évitables, bravo Dr Amalberti

Le 25 octobre, ont été remis les prix du Syndicat de le Presse et des Editions des Professions de Santé (SPEPS). Je connaissais les résultats ayant présidé le jury ! La remise des prix a été pcrécédée d'une table ronde sur le DPC : triste constat car les (ir)responsables ne reconnaissent pas la veleur des revues pour former les professionnels.

Le palmarès est sur le site du SPES (Syndicat de la presse et des éditions de santé). Je vous encourage à lire le grand prix du jury : un article du Concours Médical sur des risques évitables. Vous serez interpellés par les 8 situations décrites par le Dr René Amalberti "Comment gérer le suivi des examens complémentaires et des lettres de spécialistes ?", "Le médecin, seconde victime de l'erreur médicale", "Annoncer un dommage lié aux soins", "Les pièes de la consultation par téléphone... portable", etc... Cet article est très pratique et pédagogique, et le premier cas se termine par « L’histoire de Ludivine risque de se répéter encore longtemps »… allez découvrir : terrifiant.

Merci au Dr A Trébucq pour l'autorisation de disposer de cet article.

Commentaire intéressant ci dessous (14/12/2012)

Publier des articles pour des revues plutôt que des thèses pour crématorium : le mouvement est parti en France

Encore des efforts pour voir le nombre de pages moyen des thèses continuer à dimunuer : il est passé de 95 pages  à 55 pages en 10 ans à la faculté de médecine d'Angers... BRAVO

Deux articles sur les thèses ont été publiés sans pouvoir comparer leurs données : l'un dans la Presse Médicale en juillet 2012, l'autre dans Pédagogie Médicale en octobre 2012. Tout ceci est rassurant car je dois maintenant actualiser ma définition des thèses de médecine "Un transfert d'os d'une tombe dans une autre"...   tout change et des jurys acceptent une thèse sur article à soumettre à une revue. Je vous ai copié des résultats des résumés de ces 2 articles qui méritent lecture : 

Vision sociologique des fraudes biomédicales : bon article d'un 'anthropologue de l'écriture', BRAVO

Heureux de lire un bon article en langue française sur les problèmes de la fraude scientifique, publié dans la RESP. Cet article commence par la description du cas Fujii, anesthésiologiste japonais qui devrait battre le record d’articles retirés de la littérature : 172 articles contiendraient des données truquées.

Comment est construit cet article ? Exploiter le filon des données douteuses : D pontille et al exposent des cas connus de fraude en expliquant fabrication et falsification. Contourner les épreuves de l’originalité : ils évoquent le plagiat, l’auto-plagiat et les critères de paternité des articles. Régulations institutionnelles : ils évoquent la 'responsabilité' qu’il faut réhabiliter, la publication des résultats négatifs en citant Journal of Errology et Journal of negative results in biomedicine, (modèles qui ne marchent pas bien), et des réflexions sur la déclaration des liens d’intérêts. Je serais intéressé par leur avis sur la perte de crédibilité des recherches lors de la déclaration de liens d’intérêts….

La revue biomédicale faite par des étudiants : eRespect, BRAVO

Nous avons évoqué ce projet ambitieux qui va prendre une place dans le milieu médical : une revue biomédicale faite par des étudiants. Félicitons surtout la rédactrice en chef, Ingrid Bastide pour le numéro 2 de eRespect. Elle a le soutien de toute une équipe du département de médecine générale de Toulouse, sous l'égide de Stéphane Oustric. Des progrès majeurs depuis le numéro 1, et la pérennité va être assurée..   car il faut former des étudiants pour gérer des revues et rejoindre le comité de rédaction, pour apprendre à relire et analyser des articles, pour apprendre tous les métiers pour produire une revue. Le contenu s'améliore, et ensuite les technologies vont permettre d'avoluer.

PS : j'ai aidé cette équipe et je l'encourage pour continuer

Analyse de 80 748 soumissions d'articles en science : 75 % ont été publiés par la revue à laquelle ils ont été soumis en premier

C'est un article de Science le 11 octobre 2012 difficile à lire (online), mais qui apporte des données très orginales Les annexes (méthodes, données) sont gratuites. Un podcast de l'auteur apporte des commentaires. Une équipe française (INRA, Sophia Antipolis) a eu une excellente idée : ils ont sélectionné 215 084 articles de 16 disciplines biologiques, publiés entre décembre 2008 et février 2009. Des programmes les ont aidé pour éviter les doublons et avoir les adresses emails de l'auteur correspondant qui a été contacté avec une question simple : "Pour votre article xxx, combien de ressoumissions, et quelle revue avait refusé auparavant ?"

Surprise : 100 000 réponses en août 2009 ! Ils en ont tiré un réseau avec les liens entre revues ayant refusé, etc... Un message : 75 % des 80 748 articles ont été publiés par la revue à laquelle ils ont été initialement soumis ! Il n'existe pas de revues, même les plus prestigieuses, qui ne publient que des articles soumis pour la première fois. Science publie des articles refusés par Nature et inversement. Les revues avec un facteur d'impact élevé publient proportionnellement plus d'articles ayant déjà été refusés...  Les articles re-soumis à une autre revue seraient plus cités (est-ce que des modifications les améliorent ?). Ne soyez pas déçus par un rejet : la revue qui va accepter ensuite aura un meilleur facteur d'impact..  information reprise par Nature ! The Scientist a titré "The benefits of rejection". D'autres données surprenantes, mais une analyse fine de l'article est difficile : est-ce que ce travail est reproductible ? Il faudrait le faire avec les revues biomédicales ; avec 80 000 réponses, je devine que les résultats seraient peu différents....

Une lettre du BMJ du 18 septembre va dans le même sens en citant 4 articles refusés par une revue et ensuite publiés ailleurs puis cités respectivement 52, 74, 66 et 55 fois, ce qui est bien. Des lobbies industriels semblent avoir justifié les premiers refus...

Qu'en retenir ? ... qu'un refus est une bonne nouvelle ?

Merci à Hervé Nabarette pour l'info

Calcagno V et al. Flows of Research Manuscripts Among Scientific Journals Reveal Hidden Submission Patterns. Science 2012 DOI: 10.1126/science.1227833

Noakes TD. Poor science does not explain why papers are rejected. BMJ 2012;345:e5853

Essais randomisés : les conclusions des résumés et les communiqués de presse positivent les données dans plus de 40 % des cas

Cette étude va dans le même sens que les travaux de l'équipe de F Gonon, discutés hier. C'est encore une équipe française qui a fait le une de médias anglo-saxons : l'équipe de Ph Ravaud dans PLoS Medicine de septembre 2012... chapeau pour ce travail. Cette équipe a déjà publié sur les spin dans le JAMA. Spin : specific reporting strategies, intentional or unintentional, emphasizing the beneficial effect of the experimental treatment ; en bref les conclusions dans les résumés, et les communiqués de presse sont plus convaincantes que les résultats, que ce soit intentionnel ou non. Méfiez-vous des résumés que vous citez sans lire l'article !

Pas possible de résumer : analyse de 70 communiqués de presse sur 70 essais randomisés controllés, et 28 (40 %) des conclusions des abstracts contenaient des spin, et 33 (47 %) des communiqués de presse contenaient des spin ! Beau travail qui m'a permis de découvrir la base EurekAlert que je ne connaissais pas : elle vaut une courte visite.

Cet article contient un bel exemple de spin en figure 3, et un "Editors' summary" de la rédaction de PLoS dont j'ai traduit un paragraphe :

La presse grand public privilégie les études initiales publiés par les revues prestigieuses, et oublie les études ultérieures qui atténuent ou réfutent les conclusions : bravo à l'équipe bordelaise !

Encore des arguments pour soutenir la théorie qui dit que les études validées sont publiées dans des revues de spécialité. Les études publiées dans les grandes revues privilégient le scoop et ne sont pas toujours bien validées. Ce sont les excellents travaux (PLoS ONE, sept 2012) d'une équipe bordelaise (François Gonon) qui alimentent mes opinions, à partir d'un exemple appliqué à ADHD (Attention Deficit Hyperactif Disorder), ou TDAH en français. Données reprises dans des médias dont The Economist avec un titre humoristique : Journalistic deficit disorder. What newspapers don’t say matters as much as what they do.

Leur article mérite lecture, en particulier le tableau 2 qui liste 10 articles des revues prestigieuses et le devenir des résultats (confirmés, réfutés, atténués) :

• 3 articles du NEJM, dont 2 réfutés ultérieurement, un confirmé ;
• 2 articles de Science, tous 2 atténués ;
• 2 articles de Pediatrics, l'un atténué, l'autre confirmé semble-t-il ;
• 1 article du Lancet réfuté ;
• 1 article de PNAS qui sera probablement jamais confirmé ;
• 1 article de Mol Psychiatry atténué.

Il y a quelques jours, j'ia évoqué un article de PNAS qui ne m'a pas convaincu dans le domaine des rétractations...    et oui ces revues prestigieuses cherchent plutôt le scoop, sans se soucier des validations ultérieures des résultats..   comme vu en fondamental avec "Repeat after me".

Nous avons évoqué en septembre 2011 une publication de la même équipe sur la distorsion entre faits scientfiiques et présentation par les médias (omissions, extrapolations, erreurs..). Nous avions rappelé à cet occasion la découverte de Ph Even qui avait guéri le SIDA en 1985... ces scientifiques sans connaissances méthodologiques nuisent à la science, et dire que ces muppets Even/Debré survivent encore en 2012... et que les journallistes suivent comme des moutons...

Gonon F et al. Why Most Biomedical Findings Echoed by Newspapers Turn Out to be False: The Case of Attention Deficit Hyperactivity Disorder. PLoS ONE 2012;7:e44275

Résumé traduit en français et transmis par F Gonon que je remercie :

Réparation après excision génitale : la France à l’honneur dans The Lancet

J’ai apprécié la publication dans The Lancet le 12 juin 2012 d’un bel article d’une équipe française. J’ai suivi la rédaction et le cheminement de cet article : les auteurs ont d’emblée choisi The Lancet, et les relecteurs ont apprécié…   très nombreuses ont été les corrections ensuite.. mais la récompense : la visite de BBC world, le supplément Sciences et Techniques du journal Le Monde du 16 juin, etc… 

Pourquoi The Lancet publie cet article ? Tout d’abord car il est original, et que la série de 2938 femmes opérées sur 11 ans est impressionnante ; ensuite parce que The Lancet a une orientation « Global Health » et aime publier de la chirurgie; et aussi parce que The Lancet a été le moteur dans la publication d’articles sur la méthodologie en chirurgie (IDEAL) : articles passionnants. Un éditorial élogieux accompagne cet article, et permet de prolonger la réflexion.

Sur "Retraction watch" il y a les "best of" des meilleurs fraudeurs, et une liste "France"

L'Université américaine du Connecticut (Farmington) a établi qu'un chercheur avait inventé au moins 145 données, et cela affecte de nombreuses revues. Il s'appelle Dipak K. Das, PhD, professeur du "Department of Surgery" et directeur du "Cardiovascular Research Center". L'université a écrit à 11 revues (voir liste ci-dessous) pour demander d'évaluer les articles publiés par cet auteur. Onze ont été rétractés, et d'autres vont l'être. Ivan Oransky, rédacteur du blog "Retraction Watch" a un accès pour lire tous les billets concernant Dipak Das. La recherche peut se faire sur des noms de chercheurs mais aussi par pays et la France a 7 cas....   Cocorico !!!!

Protégeons nos revues biomédicales françaises : bravo, bravo le SPEPS

Belle initiative du SPEPS avec le Mémento de la presse professionnelle de santé publié en mai 2012. Le SPEPS est le Syndicat de la Presse et de l'Edtion des Professions de Santé, et il regroupe la plupart des revues biomédicales françaises. Le mémento, et les diapos des intervenants sont sur le site du SPEPS. Notre presse des professions des santé est menacée de tous bords et nous en avons besoin. Dans l'intro de la journée de présentation, je suis d'accord avec les défis cités :

Lancet Neurology a 10 ans : un succès

Le numéro de mai 2012 du Lancet Neurology est celui de l'anniversaire : cette revue a été créée en mai 2002 dans le cadre de la stratégie du nouveau propriétaire, Elsevier, et c'est un succès majeur. L'éditorial, anonyme car signé "The Lancet Neurology", d'accès gratuit, est focalisé sur les progrès de la neurology en 10 ans. Il y a quelques perspectives pour les 10 ans à venir avec 2 focus : le vieillissement, et la bonne santé des personnes âgées dans le monde. Les revues de la famille Lancet ont des orientations "Global Health". Ce n'est pas un éditorial qui vante le succès, car le facteur d'impact est de 21,66, soit le premier des 185 revues de neurlogie indéxées !

Parmi les 10 articles de Lancet Neurology les plus cités, selon Scopus, sept étaient des revues générales :

Une nouvelle entité 'Les redondances', à différencier de l'auto-plagiat ?

Dans le numéro d'avril 2012, le rédacteur de la Revue neurologique, Pr JP Azulay, a ajouté une 'Information aux lecteurs'. Félicitons la Revue neurologique, et son rédacteur pour cette initiative, marque de transparence. Cette information est en réponse aux billets sur des auto-plagiats.  Le rédacteur en chef reconnait qu'il existe des "redondances" entre l'article de la Revue neurologique, et les 2 articles précédents (Revue de médecine interne et Revue du rhumatisme). La Revue de neurologie n'avait pas vu l'auto-plagiat, ni les reviewers, et c'est habituel. La Revue neurologique n'a fait aucune faute, et a réparé cette erreur en informant les lecteurs. BRAVO.

Curieusement, la note s'appelle 'Information aux auteurs' et ne reprend pas l'un des intitulés des grandes revues (correction, expression de réserves ou rétractation). Pourtant la Revue neurologique est une grande revue ! De ce fait, le lecteur n'en saura rien quand il ira chercher l'article de 2007 dans PubMed....    Les bonnes pratiques ne sont pas connues de la Revue neurologique...  Espérons que la Revue de médecine interne fera mieux.

Les formules sont d'une grande diplomatie, et ne reconnaissent aucune faute de l'auteur du texte qui avait oublié de mentionner l'auto-plagiat : cette information aux auteurs est bien écrite, bravo. Aurais-je appelé à tort "Auto-plagiat" un texte repris sans mentionner l'origine ? Faut-il définir une entité appelée "Redondances" ? 

Ce thème 'Redondances' sera à discuter en juillet 2012, lors de la 5ème conférence internationale sur le plagiat en Angleterre.

Azulay JP. Information aux auteurs. Revue neurologique 2012;168:387.

NEJM sur iPad

La course pour la mise en ligne des revues sur les tablettes continue. Le NEJM annonce qu'il vient de mettre sur iPad tous les numéros depuis janvier 2012. Le numéro du 23 février est gratuit sur iPad pour permettre de visionner un numéro. L'édito décrit les fonctionnalités, vidéos, etc...  Vous aurez accès aux documents de l'anniversaire des 200 ans. Je ne suis pas équipé de ces tablettes, donc vos avis m'intéressent.

Campion EW et al. The Journal's App for the iPad. NEJM 2012;366:14.

"Un avis aux lecteurs sur un auto-plagiat" va paraître dans la Revue neurologique

C'est avec joie que j'ai appris la nouvelle par le rédacteur en chef de la Revue neurologique : un avis aux lecteurs sera publié prochainement pour informer sur l'auto-plagiat que nous avions signalé. BRAVO. La Revue neurologique suit la position de la Revue de médecine interne que nous avons félicitée. A priori, ni la Revue de médecine interne, ni la Revue neurologique ne s'orientent vers une rétractation. Respectons les décisions de ces comités, car c'est déjà, en France, une avancée. Reconnaître quelques principes d'éthique est bien. Retirer un article de la littérature ne semble jamais avoir été fait en France. Nous verrons comment seront formulés ces avis. Je remercie les internautes qui ont donné leurs avis sur ces pratiques.

25 % des conclusions des résumés sont fausses !

Je ne sais pas si l'on peut généraliser... mais je sais que les articles sélectionnés pour ce travail étaient de bon niveau : 144 essais randomisés (ERC).
Bon travail, publié en mars 2012, par une équipe française renommée, dans une revue française  de qualité, avec des articles publiés entre janvier 2006 et avril 2008, sur les ERC dans la polyarthrite rhumatoïde, l’arthrose et les spondylarthropathies. Plein d'infos dans cet article, notamment sur les enregistrements insuffisants des ERC, sur les conclusions fausses des résumés, et une info majeure, avec un OR élevé :  "en analyse multivariée, seuls les résultats négatifs constituaient un facteur prédictif de conclusion erronée (OR = 9,58 [3,20–28,70])." C'est un plaisir de voir que de bons articles originaux sont dans des revues françaises, avec un titre informatif, et un résumé qui correspond au contenu de l'article....

Pour d'autres types d'articles, de revues, etc...probablement que plus de 25 % des résumés ont des erreurs par rapport à l'article... C'est inquiétant car beaucoup de scientifiques se limitent au résumé, voire citent des articles en n'ayant lu que le résumé... Quand j'étais au JAMA, nous avions analysé les résumés, constaté que les résumés des articles publiés étaient plein d'erreurs et ajouté au process de préparation des articles, une étape spécifique pour les résumés....

Je remercie Silvia Pei qui m'a transmis cette information.

Mathieu S et al. Conclusions erronées des résumés dans les essais cliniques contrôlés en rhumatologie : comparaisons entre les conclusions et la partie résultats des résumés. Revue du Rhumatisme 2012;78:118-124.

 

Revue de Médecine Interne : bravo, bravo

Le billet du 4 mars 2012 sur l'auto-plagiat a montré vos réactions, et votre demande sur un meilleur professionalisme des rédactions... Nous avons observé des visions diverses de l'auto-plagiat. Eh bien félicitons la Revue de Médecine Interne dont le comité de rédaction a décidé d'informer ses lecteurs. Le rédacteur en chef que je remercie m'a informé et je le cite : "Il s’agit bien effectivement d’une publication redondante et nous avons en conséquence prévu de publier une information aux lecteurs dans l’un des tous prochains numéros de la Revue."

Bravo, le respect de l'éthique est toujours rassurant. Je retire mes critiques vis à vis de ce journal...   

Le NEJM a 200 ans ! Bon anniversaire

Le numéro du 5 janvier 2012 du New England Journal of Medicine contient des articles pour célébrer le 200^ème anniversaire...  et toutes les archives sont en ligne...Tout d'abord un site dédié à cet anniversaire liste toutes les découvertes majeures publiées dans le NEJM...  impressionnant et amusant. Des interviews des rédacteurs. Vous pouvez voter pour l'article le plus important plublié par le NEJM...