Rédaction Médicale et Scientifique

Le savoir plagier et/ou le paraphrasage : copier sans se faire prendre ?

Personnellement, je n'aime pas le "paraphrasage", même si cette technique est enseignée par certains.....

Vendredi 27 janvier, j'ai publié un billet sur le plagiat...  et un commentaire du blog du Monde a attiré mon attention sur le paraphrasage.. C'est une technique parfois enseignée pour éviter le plagiat. Le blog de B Gastel, AuthorAid, donne des conseils aux étudiants des pays en voie de développement notamment sur le paraphrasage. Ce blog propose d'aller consulter un excellent document de ORI (Office of Research Integrity). Ce guide pour la rédaction éthique a 62 pages sur le plagiat, l'auto-plagiat...etc..  Il y a 27 recommandations reprises en pages 41 et suivantes : elles sont bien faites..

Les rapports cliniques des essais médicamenteux devraient être disponibles

Belle étude dans le BMJ avec une comparaison originale, dont la conclusion n’étonne pas. Les auteurs sont des allemands de IQWiG (the German Institute for Quality and Efficiency in Health Care), organisation comparable à notre HAS. Ils ont fait un travail énorme à partir de 268 études citées dans 16 rapports de technologies, dont la moitié sur les antidépresseurs. Ils ont comparé 3 documents, quand ils étaient accessibles : le rapport complet de l’étude (le raport communiqué aux autorités de santé), la publication sous forme d’article de journal, et le résumé accessible dans un registre (par exemple comme clinicaltrials.gov).

Où sont les données sources des recherches ?

Il faut mettre à disposition du public les données sources des recherches...  C'est une urgence ! P Gotzsche, du centre Cochrane nordique (Copenhague) à écrit une revue générale excellente, avec 141 références. Sa revue, parue fin novembre 2011 dans Trials, est centrée sur les essais des firmes pharmaceutiques. Le problème est général : toutes les données des recherches devraient être publiques. L'annexe I liste tous les organismes qui depuis 2002 ont souhaité la mise à disposition des données. Les rédacteurs de journaux, en particulier des journaux électronqiues en ouvert, sont très actifs, comme ils l'avaient été pour la création de www.clinicaltrials.gov.

QUADAS-2 : un instrument pour évaluer les articles sur les tests diagnostics

Les recommandations autour des publications sont très nombreuses et des confusions sont normales pour les auteurs novices. Nous connaissons STARD, qui sont des recommandations pour écrire des articles dans le domaine des tests diagnostics. STARD pour STAndards for the Reporting of Diagnostic accuracy studies. C'est une checklist de 25 items avec un diagramme de flux. STARD n'a pas beaucoup évolué depuis quelques années, mais reste un guide très satisfaisant.

Reporter des stats sans dire le sens et la taille de l'effet trompe des lecteurs

C'est une courte mais intéressante 'Research letter' du JAMA du 9 novembre 2011 qui attire l'attention sur un point important. Des méthodologistes/statisticiens connus ont analysé les résumés de revues systématiques. Ils ont cherché à savoir si dans ces résumés, la direction et la taille d'un effet, la signification statistique, l'intervalle de confiance, le P, et quelques autres données étaient clairement exposés avec des mots. 

La différence entre "significatif" et "non significatif" n'est pas nécessairement significative

Un bel article dans Nature Neuroscience en septembre 2011 se termine par la phrase choisie en titre de ce billet. Des hollandais ont évalué 513 articles de neurosciences dans 5 journaux prestigieux : Nature, Science, Nature neuroscience, Neuron, et Journal of neuroscience. 78 articles avaient des statistiqués évaluées correctes, et 79 articles avaient des erreurs statistiques... La question est de savoir si les résultats sont mis en péril par ces statistiques bricolées...  Dans 2/3 des ces articles, les erreurs étaient sérieuses.. La torture des statistiques est fréquente, et plus loin, vous trouverez les 20 erreurs classiques.

Polémique en Australie sur le sponsoring d'articles pour le grand public

Melissa Sweet, de Sidney, nous explique dans le BMJ que le journal Australian, dans sa rubrique "Health of the Nation" du 15 octobre 2011 a publié des positions d'experts lors d'un meeting de santé publique. Le programme attaqué "Si j'étais ministre de la santé"... C'est un projet entre des journalistes et Australian Medicines Industry, l'organisation représentant l'industrie pharmaceutique. Nombreuses ont été les réactions des journalistes, des experts, de la rédaction du journal pour expliquer qu'il n'y avait aucun biais et que les prises de positions étaient indépendantes des supports financiers. Tout était transparent : la critique est acerbe, sans apporter de preuves...

Le biais miroir de la non-publication des études négatives : la duplication des articles

La non-publication des études négatives a été bien expliquée au grand public par le journal Le Monde Science et Technique, dans son édition datée du 15 octobre 2011 : bravo, et remercions Mme S Cabut pour cet article.  Un autre biais complémentaire est la publication multiple des mêmes travaux....  Richard Smith dans son livre "The trouble with medical journals" l'évoque ainsi : "Many studies are published more than once whereas too many are not published at all - leading to a systematic distortion of the scientific record".

N'oublions pas de valider nos données auprès des pairs avant de les communiquer au public

C'est scandaleux, et je rejoins JD Flaysakier, D Dupagne et d'autres qui ont dénoncé une pratique peu éthique. En science en général, un principe généralement suivi est de communiquer les données aux pairs, à la commnauté scientifique en priorité..  De préférence par le canal des journaux à comité de lecture. Ce n'est que dans un second temps que les médias grands publics peuvent utiliser ces informations pour les communiquer au public. Nous avons vu qu'environ 25 % des news grand public seraient basées sur des données non publiées...

La qualité des articles sur les essais de bioéquivalence est mauvaise

Chaque fois qu'une analyse correcte est faite sur un corpus d'articles, c'est la déception : les articles pourraient être améliorés. Félicitons une équipe française de qualité pour ce travail publié dans PLoS ONE en août 2011. Ils ont bien mis leurs méthodes après l'introduction, ce que je préfère, car PLoS ONE a tendance à cacher les méthodes en fin d'article.

Ils ont identifié dans PubMed (janvier 2005 à décembre 2008) 134 articles sur des essais de bioéquivalence comparant un générique à un médicament princeps. Première surprise : 55 articles ont été éliminés car ils ne mentionnaient pas le nom de marque du comparateur, ou le statut éventuellement générique du comparateur. Ceci prouve à l'évidence que les reviewers font très très mal leur travail..... Ensuite ils ont analysés 79 articles et vous devinez les résultats : "The funding source and location of the trial were reported in 41% and 56% of articles, respectively. The type of statistical analysis was reported in 94% of articles, but the methods to generate the randomization sequence and to conceal allocation were reported in only 15% and 5%, respectively. In total, 65 articles of single-dose trials (89%) concluded bioequivalence. Of these, 20 (31%) did not report the 3 criteria within the limits required by the FDA and 11 (17%) did not report the 2 criteria within the limits required by the EMA."

Déprimant NON ? Pourquoi publier ces essais si les publications sont nulles ?

van der Meersch A, Dechartres A, Ravaud P (2011) Quality of Reporting of Bioequivalence Trials Comparing Generic to Brand Name Drugs: A Methodological Systematic Review. PLoS ONE 6(8): e23611. doi:10.1371/journal.pone.0023611

Ecrire pour Cornflakes ou le Cancer, est-ce différent ?

La grande presse anglaise relance le débat des auteurs payés par l'industrie pour écrire des articles scientifiques. Cela est connu, et le journaliste, Eliot Ross, dans The Guardian du 20 mai 2011, cite des faits de 2004, sans clairement dire qu'en 7 ans les pratiques ont vraiment changé. Ce qui me gêne, c'est que ce sont des articles 'à charge' dans le grand public, sans donner de part de voix aux professionnels de la rédaction qui connaissent leur métier et qui font bien leur travail.

Que penser de cette citation de l'article : "Matheson expects an article he wrote about a new cancer treatment to appear in print later this year, with an oncologist considered a "key opinion leader" by planners listed as the author in his stead. "You'd do the same thing if you were selling cornflakes," Matheson told me. "It's no different."

Oui, des pratiques déviantes existent ! Oui, la plupart des rédacteurs professionnels font bien leur travail et en toute intégrité. J'ai écrit pour des auteurs, j'ai aidé des auteurs, mais je n'ai jamais fait du Cornflakes..... ne généralisons pas pour le grand public...

Numéro spécial "Unpublished studies" en décembre 2011

Le BMJ a raison en affirmant que la situation n'est pas acceptable : trop de données, de preuves ne sont jamais publiées...  On le sait mais rien ne bouge... Trop d'analyse de la littérature, trop de méta-analyses sont biaisées car des données manquent.... La contribution du BMJ sera de publier un numéro spécial sur les données non publiées début décembre 2011.

Soumettez vos articles avant le 15 août 2011.... donc les données non publiées vont être publiées !!!!

L'éditorial décrivant cette initiative est bien fait...

Transparence des données

Proposer que les données brutes soient disponibles, et que l'on puisse avoir une traçabilité totale de toutes les étapes de la recherche, est un mouvement initié il y a plus de 10 ans par deux anglais célèbres : Sir Iain Chalmers et Doug Altman. Le blog de BMC fait le point sur "Threaded publicatons", et répète "We want science to be more efficient, to improve patient care, and to produce better outcomes for people and communities".

Le fond de ce mouvement est d'avoir accès aux données des essais cliniques et autres recherches....Cette pyramide part du moins transparent au plus transparent, du haut en bas... Tout ceci pour diminuer les biais de publication, pour avoir accès aux données négatives peu publiées, pour être plus éthique...... C'est un enjeu majeur... car avec les bricolages permanents dans les articles, on ne sait plus où sont les progrès de la science....

Un ton promotionnel dans des articles sur l'hormonothérapie de la ménopause ?

Ne comparons plus PLoS Medicine, un journal peer-reveiwed qui maintenant fait partie des grands journaux biomédicaux avec PLoS ONE, après la lecture d'un bel article dans le numéro de mars 2011.

Il 'agissait d'analyser des articles publiés en juillet 2002 et juin 2006, après l'arrêt de l'étude WHI qui avait montré des effets délétères de l'hormonothérapie de la ménopause : publication du JAMA en 2004 sur 26 000 femmes après plus de 5 ans de suivi... Méthodo bien décrite dans cet article de mars 2011 de PLoS Medicine... bon travail... donc la conclusion est "There may be a connection between receiving industry funding for speaking, consulting, or research and the publication of promotional opinion pieces on menopausal hormone therapy." L'idée n'est pas nouvelle, mais ce qui est nouveau c'est que les arguments de cet article sont basés sur des faits plutôt que sur des opinions trop souvent avancées...

Cet article est précis, plein de données, agréable à lire mais je ne peux le résumer en 20 lignes.... Ils ont noté les auto-plagiats d'auteurs prolifiques, analysés les revues narratives... et listé 8 griefs (promotionnels ?) contre la WHI en donnant des exemples. Il est à noter que le rapport des données de la WHI était en général de bonne qualité dans les articles analysés, mais que les commentaires pouvaient être tendancieux.

Fugh-Berman A, et al (2011) Promotional Tone in Reviews of Menopausal Hormone Therapy After the Women's Health Initiative: An Analysis of Published Articles. PLoS Med 8(3): e1000425.

Les journaux "à jeter" ont plus de biais pharmaceutiques

Je ne sais pas comment traduire en français l'expression commune des "throw-away journals". Ce sont les journaux qui sont supportés totalement par des ressources d'origine industrielle. Peut-on dire journaux "à jeter" ?

Cette étude publiée dans le CMAJ  début 2011 a été faite en Allemagne, à partir de 11 journaux biomédicaux pour médecins généralistes : 5 de type "throw-away", 1 de financement mixte, et 5 sur abonnements sans publicité. Ils ont analysés 313 numéros de journaux de 2007. Les auteurs confirment ce qui est connu : en comparaison avec les autres journaux, les "throw-away" décrivent positivement les médicaments, ils contiennent plus d'articles sur les médicaments, et la présence d'une publicité pour un médicament s'accompagne de plus de chances de voir ce médicament cité dans le journal.....  Ceci doit exister dans de nombreux pays, et ces jounaux annoncent souvent qu'ils sont 'peer-reviewed', et ils ont un comité de rédaction de complaisance, .... 

Faut-il toujours citer tous les RCTs pour écrire un article ? Je ne suis pas convaincu

Cet article de janvier 2011 dans les Annals est de bonne qualité, et représente un travail important. L'objectif était d'évaluer si les articles d'essais randomisés contrôlés (RCTs pour Randomized Controlled Trials) citaient les RCTs antérieurs sur la même intervention.   227 méta-analyses et 1523 RCTs publiés entre 1963 et 2004 ont été identifiés à partir de revues systématiques publiées en 2004, puis analysés.... je passe sur les méthodes car vous avez deviné la réponse : "Dans les articles de RCTs publiés sur 4 décennies, moins de 25 % des RCTs antérieurs étaient cités, représentant moins de 25 % des patients inclus dans les RCTs antérieurs."

D'après les auteurs, une recherche serait utile pour expliquer ce phénomène : essais injustifiables sur le plan éthique, ressources gaspillées, conclusions non correctes, risques inutiles pour les patients inclus... L'article est bien fait, discute les limites, hypothèses, etc...

Depuis quelques années la recherche sur la recherche a été développée, c'est bien mais où va-t-on dans certains cas ? Il faut des crédits pour ces recherches, mais pour montrer quoi ? Que tous les RCTs ne sont pas cités... c'est pas nouveau, et pourquoi faudrait-il tous les citer ? Dans mes cours, je propose d'identifier tous les RCTs dans le domaine étudié quand on écrit l'introduction d'un article, mais surtout de ne citer que ceux qui sont pertinents pour le travail, et rejeter ceux qui sont de mauvaise qualité....

Robinson KA, Goodman SN. A systematic examination of the citation prior research in reports of randomized, controlled trials. Ann Intern Med 2011;154:50-55.

Plus de pub pharma dans Emergency Medicine Australasia

Dans un éditorial de début février 2011 du journal Emergency Medicine Australasia, le rédacteur en chef et son prédecesseur expliquent pourquoi leur journal va arrêter la publicité d'origine pharmaceutique. Essentiellement pour des raisons d'indépendance. Ils rejoignent PLoS et La Revue Prescrire (cette dernière n'est pas citée).

Ils expliquent que les rédacteurs du Lancet, du NEJM et du BMJ ont toujours été contre la publicité pharmaceutique mais que ces journaux acceptent la publicité. La théorie de R Smith est que les journaux seraient le bras armé de l'industrie, mais beaucoup de journaux ont un contenu scientifique indépendant de toutes influences. Ils citent aussi un article classique et bien documenté de PLoS Medicine en 2006.

Ils demanderont aux lecteurs de compenser les pertes de ressources !!!

Brown & Jelinek GA, Brown AFT. A stand against drug company advertising. EMA 2011;23(1):4-6. et Fugh-Berman A, Alladin K, Chow J (2006) Advertising in Medical Journals: Should Current Practices Change? PLoS Med 3(6): e130.

 

Le BMJ a raison : "Goodbye PubMed, hello raw data"

Trop, c'est trop d'après la rédactrice du BMJ, F Godlee dans un éditorial de début janvier 2011, à propos des données sur le Tamiflu que le groupe Cochrane n'arrive pas à avoir... et hier, nous avons évoqué la fraude de Wakefield avec MMR. Le mouvement général pour examiner les données brutes est parti... Le groupe de Vancouver a mis cela à l'ordre du jour de sa prochaine réunions..... Ils ont déjà fait un lobby il y a 15 ans pour enregistrer les essais, mais cet enregistrement est insuffisant.

Un autre éditorial de ce même numéro du BMJ demande l'accès aux données originales... compte tenu de l'état des publications limitées à une partie de l'histoire des essais.... Dans un autre article de ce même BMJ, nombreux sont les cas décrits de médicaments pour lesquels toutes les données n'ont pas été rendues publiques....

Libérons les données et militons pour que ce soit pour toutes les expérimentations, et pas uniquement pour les essais médicamenteux... avec une couverture du BMJ à faire peur mais sans relation avec la question des données...

 

Biais pour accepter les résultats positifs plutôt que les négatifs : enfin des preuves

Question ancienne peu évaluée...mais beau travail avec un article fabriqué qui a été soumis à des reviewers.. En fait, 2 versions d'un même essai randomisé inventé ont été soumises à 238 reviewers de 2 journaux : The journal of bone and joint surgery, Clinical orthopaedics and related research. 210 reviewers ont évalué ces 2 deux articles presque identiques sauf que le critère de jugement principal avait un résultat positif dans un article, et un résultat négatif dans l'autre... 107 des 110 reviewers ayant lu l'article dit 'positif' ont recommandé la publication, 80 des 100 reviewers ayant lu l'article dit 'négatif' ont recommandé la publication... Odds ration de 8,92 (95 % IC 2,56-31,05). C'est une publication des Archives of Internal Medicine fin novembre 2010. Belle étude, avec de bonnes références sur le thème... Les 2 articles inventés sont consultables mais je n'arrive pas à les télécharger... Donc un bias pour accepter les résultats positifs existe..

Ceci me rappelle un article de 1982, quand Peters & Ceci avaient resoumis à 12 journaux différents des articles déjà publiés par ces mêmes journaux........3 journaux avaient découvert que ces articles avaient été publiés, et sur les 9 articles ensuite évalués, 8 avaient été rejettés.... Regardez le résumé de ce travail pour lesquels les auteurs avaient été accusés de ne pas respecter l'éthique....

PS : correction d'une erreur à postériori grâce à la perspicacité d'un lecteur que je remercie (voir commentaires)

Emerson GB, et al. Testing for the presence of positive-outcome bias in peer review. Archives of internal medicine 2010;170(21):1934-1939.

La communication sur les risques est mauvaise dans les abstracts

Editorial surprenant du BMJ en octobre 2010 par ses propositions. Cela part d'un constat regrettable : les risques absolus sont rarement clairement exprimés dans les articles, et en particulier les abstracts. Nombreux commentaires sur le site BMJ. Le début de cet édito : "In 1996 a review of mammography screening reported in its abstract a 24% reduction of breast cancer mortality; a review in 2002 claimed a 21% reduction. Accordingly, health pamphlets, websites, and invitations broadcast a 20% (or 25%) benefit. Did the public know that this impressive number corresponds to a reduction from about five to four in every 1000 women, that is, 0.1%? The answer is, no." La suite est édifiante car des gynécos se trompent aussi.... Beaucoup de bons exemples dans cet article.

Les auteurs plaident pour mieux exprimer les risques dans les abstracts surtout, et dans les articles. Ils ont raison, mais je reste perplexe sur les mesures à prendre pour contraindre les rédacteurs de faire préciser les risques absolus : "Steps can be taken to improve the transparency of risk communication. Firstly, editors should enforce transparent reporting in journal abstracts: ......Secondly, institutions that subscribe to medical journals could give journal publishers two years to implement the first measure and, if publishers do not comply, cancel their subscriptions. Thirdly, writers of guidelines, such as the CONSORT statement, should stipulate transparent reporting of benefit and harms in abstracts." D'accord avec les propositions 1 et 3 ; comment appliquer la menace numéro 2 ?

Gigerenzer G et al. Misleading communication of risk. Editors should enforce transparent reporting in abstracts. BMJ 2010; 341:c4830