Rédaction Médicale et Scientifique

Protégeons nos revues biomédicales françaises : bravo, bravo le SPEPS

Belle initiative du SPEPS avec le Mémento de la presse professionnelle de santé publié en mai 2012. Le SPEPS est le Syndicat de la Presse et de l'Edtion des Professions de Santé, et il regroupe la plupart des revues biomédicales françaises. Le mémento, et les diapos des intervenants sont sur le site du SPEPS. Notre presse des professions des santé est menacée de tous bords et nous en avons besoin. Dans l'intro de la journée de présentation, je suis d'accord avec les défis cités :

Sauvetage réussi de Mayo Clinic Proceedings, mais ce n'est plus gratuit

Il y a quelques mois, la revue Mayo Clinic Proceedings avait des difficultés financières et la stratégie a varié plusieurs fois. Finalement Mayo Clin Proceedings, après une tentative de contribution volontaire dite VPS en janvier 2010, est devenu gratuit. Tout était d'accès libre depuis plus de 2 ans.

Cette revue a été reprise, relookée par le groupe Elsevier depuis janvier 2012 et c'est un succès : nouvelle maquette, le facteur d'impact est toujours supérieur à 5, le taux d'acceptation des articles est de 25 % et 72 % des soumissions proviennent d'auteurs hors de la Mayo Clinic,  et les numéros de 2012 étaient d'accès gratuits ..    Mais tout devient payant le 7 juin 2012 avec le numéro de juin. La note sur le site est : 
Toute l'histoire de cette revue de 85 ans est dans l'éditorial de janvier 2012.

Pétition pour l'accès gratuit sur internet pour les articles scientifiques sur les recherches financées par des agences américaines

Si vous voulez signer une pétition pour le président Obama, c'est facile, et faites le avant le 19 juin ! Après avoir cliqué sur internet dans les bonnes cases, vous regardez que dit la pétition : "Comme l'a fait le NIH (notamment avec les journaux du groupe PLoS), toutes les agences américaines finançant des recherches publiques devraient exiger que les résultats soient acessibles gratuitement." C'est un argument fort des tenants de l'Open Access, et ils luttent contre les maisons d'éditions, et les revues qui demandent un abonnement, ou un paiement pour avoir accès aux résultats publiés.

Je n'ai pas signé, car je crois que les maisons d'édition (qu'elles soient à but lucratif ou non lucratif) ont un rôle positif dans la diffusion des résultats des recherches.

 

Promouvoir l'intégrité des publications scientifiques

Nous observons des manquements à l'intégrité des publications... ils semblent plus souvent dus à l'ignorance qu'à des démarches intentionnelles. L'ignorance peut disparaître si les rédacteurs de revues biomédicales connaissent les principes d'intégrité dans le domaine des publications, et les communiquent aux auteurs quand ils observent des 'sorties de route'. Le Council of Science Editors vient de mettre à jour la "bible" dans ce domaine avec la publication d'une 3ème édition bien révisée. Je ne peux résumer cet excellent document de 90 pages que vous pouvez télécharger librement, ou consulter en ligne car les liens sont nombreux. Si seulement les rédacteurs de revues connaissaient ces propositions, la qualité des revues progresserait... mais trop de rédacteurs n'ont jamais lu ce 'White paper on promoting integrity in scientific journal publications', édition 2012. Tout y est, même l'exemple d'une description du poste de rédacteur en chef.

Scott-Lichter D and the Editorial Policy Committee, Council ofScience Editors. CSE’s White Paper on Promoting Integrity inScientific Journal Publications, 2012 Update. 3rd RevisedEdition. Wheat Ridge, CO: 2012.

Rétractation pour plagiat d'un article qui avait été rétracté pour plagiat

Histoire inhabituelle décrite en détail sur le blog de Ivan Oransky. Il s'agit d'auteurs vietnamiens dans  le domaine de l'astrophysique. Vous avez bien lu le titre : un article a été rétracté pour plagiat, OK cela existe. Mais l'article plagié avait été rétracté pour plagiat...  Un comble, mais tout est possible !!

Pour cette équipe, ce sont 7 articles qui ont été rétractés...

Auto-plagiat : inacceptable mais des auteurs pensent encore que c'est une pratique normale !

Sur Nature blog, vous trouverez tous les détails sur un auto-plagiat que l'auteur, R Breslow, un éminent chimiste de New York, ne veut pas accepter. Il s'agit d'un article du JACS (Journal of the American Chemical Society) qui a repris des parties d'autres articles. Le guide d'éthique des publications de l'ACS (American Chemical Society) sont simples et précis, et ils condamment expressément l'auto-plagiat (voir page 4 en haut du guide). Bien sûr, il s'agit des cas où la source n'est pas citée, et aussi des cas où les parties plagiées sont trop longues. Il faut demander l'autorisation de la revue dans laquelle les parties copiées ont été publiées.

"it is unacceptable for an author to include significant verbatim or near-verbatim portions of his/her own work, or to depict his/her previously published results or methodology as new, without acknowledging the source."

La décision de JACS a été de retirer cet article de la littérature : félicitons ces rédacteurs car Breslow est un ancien président de la société !!!!     En France, tout est plus feutré, puisque les auto-plagiats ne conduisent pas à retirer les articles de la littérature : ce sont des redondances ! Etonnant, NON ?

La position de rédacteur en chef devrait être limitée dans le temps

Des discussions sur les réseaux sociaux reviennent régulièrement sur la question de la durée des mandats des rédacteurs en chef. Que ce soient les discussions de Society for Scholarly Publishing, de International Society of Managing and Technical Editors, il semble que des mandats de 3 à 5 ans, renouvelables une fois, soient les plus répandus. Il s'agit des contrats de rédacteurs mi-temps, en général d'origine académique et de revues de sociétés savantes.Tous les cas de figure existent... et malheureusement le mandat à vie est encore pratiqué...  

Est-ce raisonnable d'être rédacteur en chef plus de 10 ans ? Nous avons des opinions diverses et tout est cas particulier. Je reste convaincu que le mandat limité avec un terme connu dès la prise de fonction est une garantie pour l'avenir. Le rédacteur peut 'choisir' et former son successeur. Combien de sociétés savantes laissent en place des rédacteurs en chef dont ils ne savent plus se spéarer sans conflits (en général, le contrat de départ n'était pas clair...  et souvent un contrat écrit n'existe pas...). Il existe même des cas où être rédacteur en chef est une activité de retraité depuis plus de 5 ans.....

J'ai été rédacteur en chef 6 ans de European Science Editing 2000-2006 (2 mandats de 3 ans, et j'avais fixé les règles), et depuis le journal fonctionne avec des rédacteurs ayant un mandat de 3 ans renouvelable.. cela semble convenir. Je connais des "rédacteurs à vie" qui donnent satisfaction, mais la revue se renouvelle peu.

Cilia : nouvelle revue avec un des 2 rédacteurs en chef travaillant dans l'industrie

Des revues sont créées sans cesse dans le modèle Open Access. Un groupe, Versita, en annonce 100 pour 2012 ! Mauvaise qualité assurée ???  Le groupe BioMedCentral ou BMC est plutôt un gage de qualité, d’autant plus que Springer en est le propriétaire. BMC a lancé 'Flavour' et nous avons salué cette initiative. Depuis le lancement du 21 mars 2012, Flavour a publié 9 articles en 7 semaines (chiffre du 16 mai) : certaines revues ne publient rien pendant des mois après le lancement... Que fera Cilia ?

Une nouvelle revue vient d’être annoncée : « Cilia ». Et oui, cela concerne les cils cellulaires décrits en 1675 par Anthony van Leeuwenhoek..   cela nous rappelle ces cours vite oubliés. En 2011, plus de 200 articles ont été publié dans ce domaine : il existe un volume d'articles pouvant permettre la création d'une revue dédiée. L’éditorial explique pourquoi nous avons besoin d’une nouvelle revue avec des arguments convaincants..  mais attendons l’épreuve du temps.

Déclarer les liens d'intérêts : est-ce aggraver le problème ?

Un éditorial à contre courant dans l'excellente revue PLoS Medicine d'avril 2012, et cet éditorial a été commenté largement, notamment par The Scientist du 25 avril. Le constat : 70 % des auteurs de la "bible DSM V" ont des liens d'intérêts avec des industries pharmaceutiques. L'article qui a analysé les liens financiers de ces experts se termine par des suggestions, dont celle de n'accepter que des auteurs n'ayant aucun lien financier avec des firmes pour le DSM V attendu dans 14 mois.....    mais ce qu'ils ne disent pas, c'est que d'autres biais seraient alors observés.

Le JAMA relooke son site internet

C'est un progrès avec un nouveau site en mai 2012 : les technologies évoluent et les revues doivent s'adapter. Le site est convivial et la navigationfacile. L'analyse du site montre l'importance des news car en bas à gauche, il y a des liens vers les supports grand publics qui ont évoqué les articles du JAMA : "In the media". Se faire connaître dans les journaux pour le grand public est important. Les interviews d'auteurs sont nombreuses ; la partie CME (continuing medical education) montre l'importance des revues dans la formation continue. Il est possible d'obtenir des crédits de FMC en répondant à des quizz, en relisant des articles (peer-review) et en étant auteur...  quel écart avec notre système français qui ne reconnait pas l'aspect formation des revues.

Un éditorial du 14 mai 2012 commente ce nouveau site et l'évolution du JAMA. La nouvelle plateforme a permis de développer "The JAMA network" : une liste de spécialités donne accès à tous les articles des revues du groupe JAMA (les Archives of...). C'est intéressant. Une application smartphone va arriver pour The JAMA network. Il y a beaucoup de podcasts, de vidéos, mais ce n'est pas encore très impressionnant.

Winker M et al. The JAMA network website. Today's content of the future of medical publishing. JAMA 2012. doi: 10.1001/jama.2012.5568

Le biais d'omission : l'ignorance (volontaire ?) de publications

Dans une lettre du BMJ, Simon Chapman, en mai 2012, signale qu'un éditorial sur les risques sanitaires des éoliennes (perturbation du sommeil, et risques sur la santé) n'a cité aucune des 17 revues sur ce thème, revues allant contre les opinions des auteurs de l'éditorial. Le BMJ donne l'opportunité aux auteurs de l'éditorial de répondre, et ces auteurs signalent que les revues sont de mauvaise qualité, etc..

Bataille d'experts..   mais le biais d'omission est très fréquent...    dans ce cas des éoliennes, des lobbies se sont déjà exprimés en citant que le BMJ reconnaissait les troubles causés par les éoliennes...    bataile de conflits d'intérêts aussi...     Les méthodologistes contesteront à juste titre la qualité des données et demanderont de vraies études pour répondre à ces questions... mais le public n'attend pas.

Nous avons déjà listé les biais de publication : le biais d'omission consiste en l'oubli (volontaire ?) de citer des références n'allant pas dans le sens des opinions de l'auteur. C'est fréquent dans les revues narratives, les articles originaux, voire les dossiers de demande de bourses...

Chapman S. Editorial ignored 17 reviews on wind turbines and health. BMJ 2012;344:e3366.

Cunning HD, Evans A. Authors' reply. BMJ 2012;344:e3367.

 

Voici des phrases en anglais pour écrire vos articles

Un site, the Academic Phrasebank, a pour objectif de proposer des phrases en anglais pour écrire vos articles. C'est simple et cela peut être utile..  mais rien en remplace un rédacteur médical pour mettre vos articles en bon anglais. Ce site est de qualité moyenne, car beaucoup de liens ne sont plus actifs.. donc se limliter aux phrases types....

De toutes façons, écrivez vos articles en anglais avec 3 ou 4 articles devant vous pour vous aider : des articles sur le même sujet et provenant de la revue ciblée.. cela aide, surtout pour les méthodes.

Publier vos articles refusés...

Nous sommes toujours émerveillés par ces revues qui se créent tous les jours..  dans les domaines où des affaires existent. Si vous avez des articles qui ont été refusés plusieurs fois, ne les abandonnez-pas. Il y a toujours des revues qui demandent des articles.. par exemple si vous faites "Free journals Act", vous avez accès à plein de revues peu regardantes...   mais attention dans cette liste, par accident probablement, il y a quelques bonnes revues...  Il y a quelques jours, nous avions signalé la naissance de 100 revues en 2012 dans le groupe Versita...

Accès aux données sources ? Nous ne sommes pas prêts…

Intéressant débat dans PLoS Medicine d’avril 2012, qui m’amène à réfléchir sur mon engagement pour exiger l’accès aux données sources des études cliniques, en particulier médicamenteuses. L’article de Peter Doshi et al, à propos de l’expérience du Tamiflu est convaincant : les conclusions des revues systématiques sont parfois prises en défaut car des données ne sont pas accessibles ; des revues systématiques faites à partir des rapports d’études cliniques plutôt qu’à partir des publications seraient de meilleure qualité ; les industries et agences de régulation ont toujours considéré ces rapports comme confidentiels. P Doshi et al demandent aux industries et régulateurs de rendre publics les rapports cliniques ou de justifier leurs positions.

Publication des articles H5N1 dans Nature et bientôt dans Science

Nous avons évoqué en janvier 2012 la demande de l'agence de biosécurité américiane de ne pas publier des recherches sensibles sur le virus H5N1..  les revues Nature et Science étaient concernées...  et il est inhabituel de demander cela à des revues. Finalement, après quelques polémiques et controverses, ces données, de type DURC (Dual Use Research of Concern), ont été publiées, car le comité a changé d'avis. Ces données montrent qu'en quelques mutations le virus de la grippe aviare pourrait s'adapter à l'homme. Le risque pandémique pourrait donner des idées à des groupes terroristes. Des craintes existent mais tous les experts ne sont pas d'accord sur le niveau du risque. Nature a publié le premier article le 3 mai 2012 en accès ouvert (soumis en août 2011). Science devrait publier l'autre article bientôt, et son site récapitule toute l'histoire de ces articles. Un éditorial de Nature revient sur cette histoire, et signale que ces recherches ne seraient pas restées confidentielles. Nature a considéré de rejetter l'article. Science voulait garder des données et réserver leur diffusion à des équipes "agréées". L'OMS qui a été engagé dans ces réflexions va publier des standards internationaux sur la sécurité biologique.

Imai M et al. Experimental adaptation of an influenza H5 HA confers respiratory droplet transmission to a reassortant H5 HA/H1N1 virus in ferrets. Nature 2012 doi:10.1038/nature10831

Publishing risky research. Nature 485, 5 (03 May 2012) doi:10.1038/485005a

Création de 100 "throwaway journals" par Versita en 2012 ?

C'est impressionnant et je ne sais pas quoi penser quand je lis des communiqués de presse comme celui de Versita du 7 mai 2012 : "création de 100 revues en Open Access en 2012 ". Avons nous besoin de nouvelles revues tous les jours ?

100 Emerging Science Journals are being launched in 2012. The program's focus is on young and rapidly developing fields of science, which have not yet been covered by a designated journal. The emerging topics have been identified in Life Sciences, Chemistry, Medicine, Physics and Mathematics.

Le communiqué vante tous ces scientifiques prestigieux, dont certains prix Nobel, qui ont rejoint des comités de rédaction de revues de Versita.

Stapel : ses articles fraudés sont détaillés sur un site

Les technologies permettent de mieux communiquer sur les cas de fraude. Nous avons évoqué ce sociologue hollandais, Diederik Stapel, qui a inventé les données de quelques articles.  Plus des 30 articles ont été rétractés par des revues, et peut-être que l'on pourrait atteindre 100. Un site actualise les résultats des commissions d'enquêtes. Il y a les méthodes de travail des commissions. Pour chaque article analysé par ces commissions, nous avons accès aux conclusions avec les raisons qui ont permis de conclure à la fraude. Le rapport final sera fait plus tard.

Pour chaque article, l'avis de D Stapel est pris en compte et il collabore avec les enquêteurs. Par exemple, pour un article :

 "Noordewier, M.K., & Stapel, D.A. (2010). Affects of the unexpected: When inconsistency feels good (or bad). Personality and Social Psychology Bulletin, 36, 642-654.

• According to Mr. Stapel: fraudulent
• Fake data collection (school data), data supplied by Mr. Stapel
• Results extremely unlikely, e.g.,  too high effects, too clean data (no missings)"

 

Des ressources pour enseigner la rédaction scientifique

Barbara Gastel, de l'Université du Texas, anime le blog AuthorAid. Barbara a une grande expertise de l'enseignement des méthodes de rédaction en Asie, et met ses diapositives en accès libre sur son blog. Elle vient de réactualiser des présentations faites à Lahore, Pakistan, 27-29 April 2012. Voici les titres de ces 7 power points :

• Preparing oral presentations and poster presentations
• Approaching a writing project
• Choosing a journal and publishing an article
• Writing review articles and case reports
• Workshop: preparing and giving presentations
• Workshop: all about writing theses and dissertations
• Workshop: writing a journal article, section by section

Ne répondez pas aux sollicitations pour écrire des articles

Nous sommes régulièrement sollcités pour soumettre des articles à des revues électroniques inconnues...  Nous sommes sollicités pour écrire des chapitres pour des livres électroniques, etc...  ou sollicités pour être membre de comités de rédaction divers...  C'est honorifique, nous sommes sensibles avant de découvrir qu'il faudra payer la revue pour être publié, etc..   Est-ce de l'arnaque ou de la science ? J'ai résumé mes opinions dans un court article que la revue Info Respiration a mis en accès libre pour vous (merci à la rédaction). Vous y trouverez le lien vers le site qui liste les maisons d'éditions douteuses....

Je serais heureux d'avoir vos réactions, car ces pratiques se développent : faut-il payer pour être publié n'importe où ?

Maisonneuve H. Courriels vous sollicitant pour la rédaction d'articles médicaux : le plus souvent des spams indésirables. Info Respiration 2012; n° 108 : 22.

NEJM : les rôles des revues dans l'histoire

La série des articles anniversaires (200 ans) du NEJM continue avec un article sur l'histoire du NEJM et des revues en général (19 avril 2012). Un constat d'abord : le médecin passe quelques années à la faculté, mais toute sa vie professionnelle il est avec les revues biomédicales. Lancé en 1812, après d'autres revues, publié 4 fois par an, le premier numéro du NEJM avait un article sur François Xavier Bichat, et sur un remède français secret pour la goutte. Il y a eu beaucoup de revues créées à la fin du 19ème siècle, et le 'Surgeon general' aux USA disait "c'est inutile de conseiller à un homme de ne pas lancer une revue, comme c'est inutile de lui conseiller de ne pas se suicider"...  encore vrai de nos jours ??? A cette époque, le NEJM était largement devancé par le JAMA. Le NEJM a été racheté pour 1 $ en 1921 par la Massachussets Medical Society. Il a été appelé New England Journal of Medicine en 1952. Un tableau liste un quarantaine d'articles qui ont fait l'histoire du NEJM, la plupart depuis les années 60s. Et il y a les liens pour consulter directement tous ces articles ! BRAVO