Rédaction Médicale et Scientifique

Diagrammes de COPE en français

COPE ou Committee on Publication Ethics est un organisme associatif anglais qui s'intéresse à toutes les questions éthiques des revues biomédicales. Nous évoquons leurs travaux assez souvent. Des séminaires réguliers discutent des cas, comme par exemple le cas que  nous avons rapporté concernant un auteur qui avait inventé les emails de relecteurs...

COPE a développé 17 diagrammes pour aider les rédacteurs de revues quand ils sont confrontés à des problèmes de plagiat, de fraude, de doubles publications, etc...  Et ces diagrammes ont été traduits en plusieurs langues dont le français qui vient d'être mis en ligne. J'ai assuré la tradcution avec Liz Wager, Chairman de COPE. Très utile pour les rédacteurs car nous avons vu que les revues françaises ne savaient pas toujours gérer ces cas....  Quelques coquilles seront corrigées.

 

Un journal d'éthique peut-il manquer d'éthique ?

Histoire qui nous met mal à l'aise, et dont nous aurons la solution dans quelques semaines : le fondateur et (ancien) rédacteur en chef de American Journal of Bioethics, Glenn McGee, a accepté un job chez Celltex Therapeutics, comme président des initiatives stratégiques et éthiques. Le problème est que ce journal prestigieux déménage pour aller s'installer chez Celltex, une société qui s'est illustrée par quelques histoires troubles dans le domaine de "L'industrie du tourisme des cellules souches". Par exemple, le candidat à la présidence US, Rick Perry a été traité pour des douleurs lombaires avec des cellules souches non approuvées..  Dans le passé, d'autres histoires troubles avec des investigations ont concerné ce domaine : Celltex, et Glenn McGee ont eu quelques problèmes. L'histoire est bien détaillée sur le site US de Slate...  allez voir comment l'éthique est malmenée dans ce domaine.  Glenn McGee a déjà inventé des signatures de co-auteurs, a été licencié d'Universités, a protégé une société coréenne dans ce domaine des cellules souches, lors d'une investigation de cas suspects (décès)....

Les meilleures méta-analyses seraient mauvaises

Nous avons souvent discuté les biais des méta-analyses, et le 16 février 2012, nous avons vu que les recommandations dites PRISMA étaient peu suivies. En janvier 2012, belle étude d'accès gratuit et publiée dans le BMJ par des méthodologistes anglais. Ils ont une base de données contenant 383 méta-analyses réalisées à partir des données individuelles des patients. Ces méta-analyses sont considérées comme les meileures car les cherccheurs essayent d'obtenir les données des patients pour faire une nouvelle base à analyser. C'est un énorme travail, et environ 50 seraient réalisées chaque année dans le monde.... la qualité est supérieure aux méta-analyses qui compilent les données contenues dans les articles (les plus fréquentes).

Le tribunal pour les auteurs fantômes !

Nous avons analysé en août 2011 un article de Stern et Lemmens suggérant que les auteurs invités, les auteurs fantômes soient poursuivis devant les tribunaux pour atteinte à l'intégrité de la science. De même, la rubrique des auteurs fantômes est très fournie sur ce blog... PLoS Medicine récidive dans sa chasse aux auteurs indélicats par la publication en janvier 2012 d'un article proposant des stratégies pour poursuivre les auteurs fantômes dans le domaine médical (rappelons que les fantômes existent dans tous les domaines de l'écriture..). Cet article discute des stratégies pour poursuivre ces auteurs, dans un contexte nord-américain. Tout ceci ne paraît pas très pragmatique, mais c'est comme cela que l'on peut avancer. Poursuivre les auteurs : quand le médecin d'un patient qui a eu des effèts délétères s'est fondé sur un article médical contenant des données fausses ou manipulées ; quand des indications hors AMM mettent en péril le financement des soins, pourquoi ne pas demander aux auteurs de participer au remboursement ; utiliser les lois américaines contre les dessous de table quand des articles "promotionnels" influencent des décisions. Tout ceci mérite discussion, car il sera difficile d'établir des liens entre une publication et des pratiques...  Mais avocats et tribunaux sont capables d'inventer des liens...  Tout est question d'argent..

Bosch X, et al. Challenging medical ghostwriting in US courts. PLoS Medicine 2012;9(1):e1001 163

Citez mon journal dans vos articles, pour augmenter le facteur d'impact

Mon attention a été attirée par un article du Monde Sciences et Techniques du samedi 18 février 2012, intitulé "De l'art d'inciter à la citation". Cet article pour le grand public analyse un phénomène peu connu, mais qui est inacceptable. Il s'agit d'une publication de Science du 3 février 2012, intitulée "Coercive citation in academic publishing". Des rédacteurs de revues demandent aux auteurs de citer des articles de leur revue dans le but d'augmenter le facteur d'impact de leur revue. Les auteurs de l'article de Science ont effectué une enquête électronique : 20 % des 6672 répondeurs (sur 54 000 chercheurs en sciences sociales et économie) connaissaient cette pratique. Bien sûr qu'elle est condamnable, mais la vraie question est "Est-ce que cela nuit à la qualité du travail exposé ?". Personne ne sait.... Les auteurs tirent de nombreuses conclusions dont certaines surprenantes : OK cela semble concerner peu de revues, mais dire que les revues visent les articles avec peu d'auteurs ou des auteurs jeunes semble prêter aux rédacteurs des stratégies vraiment élaborées... Cet article ne concerne pas la recherche biomédicale, mais le phénomène existe en médecine. L'hypothèse serait de dire que ces pratiques sont plus répandues pour les journaux de "business".

Naissance d'un journal : "Systematic reviews"

Les nouveaux journaux sont nombreux, le plus souvent favorisés par les nouvelles technologies. Un journal spécifiquement dédié aux revues systématiques a été lancé le 9 février 2012, et les 3 rédacteurs sont des méthodologistes connus et appréciés : "Systematic Reviews". Le comité éditorial a 33 membres : surtout des Anglais, Candadiens et Américains, mais il y a 2 hollandais, un australien et un argentin parmi eux...  pas de français... Souhaitons que cela évolue... C'est un journal Open Access de BioMedCentral (Springer) et les auteurs (ou leur institution) payent 1630 € pour publier.

Méfiez-vous des méta-analyses

Le mot sonne bien ; quand on ne connait pas, on est admiratif du travail ; quand on lit un peu mieux les méta-analyses, très rares sont celles de qualité...  Il fût un temps où les méta-analyses étaient même considérées comme le meilleur niveau de preuve d'un article... PRUDENCE, et allez lire une revue systématique parue en décembre 2011 dans BMC Medical Research Methodology : 236 méta-analyses ont été évaluées. Les auteurs anglais ont utilisé la check-list des recommandations PRISMA (Preferred Reporting Items for Systematic reviews and Meta-Analyses) qui ont remplacé les recommandations QUORUM en 2009.

Le réseau des "Medical writers"

La profession de "Medical Writer" n'est pas assez reconnue en France. Il existe un réseau important en Amérique du Nord (1700 membres). Les scientifiques qui exercent cette profession sont le plus souvent d'excellents professionnels. Certains courants de pensée (en général des "Saint Just" qui ne connaissent pas grand chose de ce métier) les considèrent comme des fantômes ou nègres à tort. Ne nous trompons pas ! Regardons les faits, plutôt qu'écouter des opinions basées sur quelques cas déviants.

Iran : toujours sensible pour les publications

Quelques pays, dont l'Iran, alimentent toujours la chronique des publications. Nous avons vu les frictions Iran / Israël, les plagiats des ministres Iraniens. Encore un histoire étrange avec la rétractation d'un article de novembre 2011, et dont le titre était "Investigating the need of nuclear power plants for sustainable energy in Iran", dans un bon journal "Renewable and sustainable energy reviews" (facteur d'impact 4,567). L'article a été enlevé du site du journal, à la demande de co-auteurs !

Effets délétères des articles rétractés : ils sont cités sans imaginer la fraude...

Un article du JAMA vient d'être retiré de la littérature... Cela commence à faire un peu trop. nous avons évoqué le cas d'Anil Potti, dont des articles ont été retirés de la littérature...   Neuf articles d'Anil Potti ont été rétirés de la littérature, tous dans des très grands journaux (dont NEJM, JAMA...).  Cette fois-ci, la raison de retirer l'article de Acharaya et al : "l'hypothèse de départ de ce travail était un article dans Nature Medicine, écrit par Anil Potti qui était 'fraudé'. Anil Potti est aussi co-auteur de l'article du JAMA...

'Post-publication peer review' : à voir ?

Les pourfendeurs du peer review, en général dans la mouvance de l'open access et du tout gratuit, ont proposé le 'post-publication peer-review'. Un projet vient d'être annoncé : F1000 Research.

Le principe : vous envoyez un manuscrit à un journal, le manuscrit est immédiatemment mis en ligne, des reviewers (nombre ??) sont informés (comment sont-ils choisis ?), et discutent avec l'auteur pour réviser le manuscrit ; à un moment, les reviewers désignés mettent un tampon 'approved' ou 'not approved', mais l'article reste en ligne... Tout est transparent en permanence. Le groupe de Faculty of 1000 qui a fait du post-publication peer review son business vient d'annoncer un nouveau projet pour cette année 2012...

Revues biomédicales : améliorez vos communiqués de presse

Quatre auteurs nord-américains (Veterans/Darmouth/Toronto) ont analysé 343 news de journaux grand public, qui rapportaient les données de 100 articles provenant de NEJM, JAMA, BMJ, Annals et J of National Cancer Institute. Publication en janvier 2012 dans le BMJ. Cette équipe a beaucoup travaillé sur la dissémination des informations scientifiques. On savait que les "press releases" des journaux biomédicaux variaient en qualité, omettaient des données majeures, et n'évoquaient pas les limites des études. L'influence de la qualité de ces communiqués de presse sur la qualité des news dans les journaux grand public n'était pas connue. Ils ont utilisé des outils pour évaluer la qualité de ces documents. Ils ont identifié les communiqués de presse à partir de la base www.eurekalert.org et quelles sont leurs conclusions :

Thèses de médecine : Dallas ton univers impitoyable !

La thèse de médecine est parfois définie ainsi : "Un transfert d'os d'une tombe dans une autre". Ce n'est pas très élogieux, mais le blog de Georges Zafran nous raconte une histoire de thèse en quelques épisodes. Il nous raconte le parcours d'un "Thésard" (est-ce son cas personnel ?). C'est très vivant et de nombreux passages nous interpellent car c'est le quotidien de certaines équipes... Vous ne regretterez pas la lecture du billet 1 "au lieu de choisir le stage d'esclave avec un prof tyrannique, il a choisi l'inconnu où 2 professeurs se détestaient... et il fallait en choisir un pour le mémoire et la thèse..", ni le billet 2 : "le choix du mémoire avec professeur B, et la thèse avec professeur A... Bravo...", ni le billet 3 : "la recherche des dossiers vieux de parfois 40 ans, dans un entrepôt qui avait été inondé, etc...   et l'arrivée de professeur C...", ni le billet 4 : "la rédaction d'un abstract et la présentation en congrès...  mais pas d'informations sur la liste des auteurs de l'abstract..".

La Thèse ! Le Mémoire ! De grands moments car en pratique, personne n'a de méthodes, ni de règles du jeu..   Dallas, ton univers impitoyable.... Ils devraient lire le Guide pratique du thésard..

Conférence sur l'Open Access en France : merveilleux, mais pas encore en médecine...

A mon grand regret, je n'ai pas pu assister à la journée sur "Open Access Gold" organisée le 19 janvier 2012 sur les publications en physique. Le partage d'expérience avec d'autres disciplines est instructif..  ce que j'avais apprécié quand j'étais président de EASE, car dans le board, il y avait des physiciens, géographes, glaciologues et autres science de la terre avec les représentants des sciences de la vie. Les pratiques de publications varient beaucoup entre les disciplines scientifiques. Félicitons les organisateurs qui ont consacré une journée en France sur ce thème (Société Française de Physique, EDP Sciences, CNRS et CEA).

Un délateur anonyme sur youtube.. encore de "l'imagipulate"

Selon Science de janvier 2012, un délateur japonais a mis une vidéo de 6 minutes sur youtube pour dénoncer des bricolages divers et manipulations d'images dans des articles scientifiques. Vous pourrez voir cette vidéo qui liste 60 exemples d'images manipulées provenant de 24 articles de PNAS, Nature, etc....

Science a réussi à identifier l'auteur de cette vidéo, et l'a interviewé. Les 24 articles proviennent d'un même groupe de chercheurs (Kato), Université de Tokyo, et certains de ces articles ont été rétractés de la littérature. La liste des publications de cette vidéo est accessible.. avec les détails des illustrations. L'article numéro 18 aurait 19 manipulations : est-ce le record du monde ?

L'Université a admis que des investigations étaient en cours.. Les journaux devraient obtenir des illustrations originales, et mieux les vérifier...  Le 20 janvier, j'ai publié un billet sur ce même thème.

Normile D. Whistleblower uses youtube to assert claims of scientific misconduct. ScienceInsider, 25 janvier 2012.

13 % des chercheurs anglais altèrent les résultats....

Le BMJ du 21 janvier donne quelques informations sur une enquête dont nous n'avons pas encore toutes les données. Le BMJ a envoyé une enquête à 9036 chercheurs ayant soumis un article ou des reviewers, et plus de 2700 ont répondu.

13 % ont admis connaître des collègues ayant ajusté de manière non appropriée, exclu, altéré ou fabriqué des données. 6 % connaissaient des cas insuffisamment investigués dans leur institution.  Ces résultats ont été discuté lors d'un meeting du 16 janvier 2012, organisé par le BMJ et COPE : les institutions devraient être tenues comme responsables, et les délateurs mieux protégés. Des discussions évoquant de jeunes scientifiques menacés pour leur carrière s'ils publiaient certaines données, etc...   Classique...  

Inventez les emails des reviewers pour votre manuscrit

Dans les cas de malveillance décrits régulièrement par COPE, l'un m'a montré l'ingéniosité des auteurs. En bref, un auteur a suggéré des relecteurs existants, mais donné une adresse email inventée...  L'auteur a reçu les demandes de relecture destinées aux reviewers, et il a répondu en quelques heures....  C'est ce qui a attiré l'attention du rédacteur.

Ce rédacteur a eu des soupçons. Il a contacté les reviewers qui ont dit qu'ils n'avaient pas reçu ce manuscrit pour relecture. Ils ont confirmé que ces adresses email n'étaient pas les bonnes.... Le cas est encore en investigation...  Le site de COPE a un podcast : une discussion entre Liz Wager, présidente de COPE, et le rédacteur du journal.

L'auteur n'a pas répondu au rédacteur..  L'institution va être informée..   Cet auteur ne publiera plus dans ce journal, mais son nom n'est pas communiqué... Un autre conseil pour les rédactions : se méfier des adresses email non institutionnelles (gmail, yahoo, hotmail...).

Le savoir plagier et/ou le paraphrasage : copier sans se faire prendre ?

Personnellement, je n'aime pas le "paraphrasage", même si cette technique est enseignée par certains.....

Vendredi 27 janvier, j'ai publié un billet sur le plagiat...  et un commentaire du blog du Monde a attiré mon attention sur le paraphrasage.. C'est une technique parfois enseignée pour éviter le plagiat. Le blog de B Gastel, AuthorAid, donne des conseils aux étudiants des pays en voie de développement notamment sur le paraphrasage. Ce blog propose d'aller consulter un excellent document de ORI (Office of Research Integrity). Ce guide pour la rédaction éthique a 62 pages sur le plagiat, l'auto-plagiat...etc..  Il y a 27 recommandations reprises en pages 41 et suivantes : elles sont bien faites..