Rédaction Médicale et Scientifique

Avec 400 rétractations d'articles, 2011 bat des records

 En cette fin d'année, plusieurs journaux et blogs ont fait le listing des malveillances scientifiques de l'année 2011. Ivan Oransky suit les rétractations sur son blog et il en a listé plus de 400 (dans PubMed, il y en a moins de 300 par an). Quelques fraudes ont été importantes : Joachim Boldt (89 rétractations) à Heidelberg (Allemangne), Diederick Stapel, un psyclologue Hollandais (30 rétractations pour l'instant), et la rétractation d'un article de Science de 2009 proposant un lien entre le syndrome de fatigue chronique et un retrovirus murin. Cet article, cité plus de 200 fois, a été très controversé, et Judy Mikovits, qui n'a pas accepté de transmettre les données originales, attend son procès. The Scientist publie la liste des 10 scandales 2011... Live Science publie sa liste aussi... Je ne suis pas convaincu qu'il y ait plus de fraudes, mais je pense qu'il y a plus de transparence et que l'on demande aux scientifiques d'ouvrir leurs données.... Pour Ivan Oransky, son record de commentaires a été battu à propos d'un éditorial de Surgery News . Le rédacteur en chef, Lazar Greenfield, a été démis de ses fonctions de rédacteur. L'éditorial expliquait que pour la St Valentin, il valait mieux offrir du sperme que des chocolats....  Vous pouvez lire l'histoire sur le blog Retraction Watch.....

L'année 2011 vue du Lancet, de Science, avec de belles photos

Le dernier numéro du Lancet contient un article avec 10 photos de médecins, et un article sur les points forts de 2011.

Les 10 photos illustrent l'attractivité du Lancet pour la santé 'globale', pour les problématiques des pays en voie de développement. J'ai choisi ci-contre des jumeaux dans un hôpital en Tanzanie.

Les points majeurs 2011 pour The Lancet ont été :

Le Christmas BMJ : les chirurgiens orthopédiques sont plus intelligents que les anesthésistes

Comme chaque année le numéro de Noël du BMJ compile des articles plutôt humoristiques et/ou inattendus. L'an dernier nous avions lu : quoi boire avec la fondue suisse ? et l'identification de la tête de Henri IV, avec bien d'autres articles.... Cette année, le numéro est passionnant, et je ne peux analyser tous les articles. J'ai aimé :

• les âges de le mort des rock stars : 27 ans n'est pas une malédiction,  ! Même si Amy Winehouse, Jim Morrison, Jimi Hendrix, Janis Joplin et Kurt Cobain sont morts à 27 ans... article repris par Le Monde Science & Techno du 24/26 décembre 2011 ;

Fabrication, falsification, pratiques douteuses : les 3 niveaux des fraudes dans les articles

Merci à Philippe Eveillard qui m'a signalé ce blog d'une documentaliste américaine, et qui contient une illustration du phénomène fraude. Le 23 décembre 2011, en quelques pages du billet Friday foolery # 46, toutes les images illustrent les bases de la fraude. 1/3 des scientifiques admettent avoir utilisé des méthodes de recherches douteuses, 1 sur 50 admet d'avoir modifié ou inventé des données, et il y a bien 3 catégories : fabrication, falsification (distorsion, massage de données...), et pratiques douteuses de recherche

Depuis les descriptions en 2003 dans les Annals of Internal Medicine sur le cas Poehlman, il ya aussi 3 niveaux de réaction pour les journaux : correction, expression de réserves et rétractation. Ce billet illustré a été préparé suite à la fraude massive de Stapel en Hollande, avec la description faite dans le New Yok Times début novembre 2011. Les références de ce billet sont bien choisies.

Auteurs fantômes, invités, cadeaux.... et honoraires... mais qui écrit les articles ?

J'évoque souvent des termes différents pour qualifier les auteurs des articles scientifiques, et il y a une confusion entre les termes...  Ce jargon de rédacteurs de journaux évolue... Certains acquis sont acceptés. Les termes anglais "ghosts, guests, gifts" sont les termes que l'on lit dans les diagrammes de COPE. Le terme "honorary" est dans les articles scientifiques. Je résume ce que je crois savoir, ayant supervisé la traduction française des recommandations dites de Vancouver, et des recommandations de COPE (en ligne dans quelques semaines).

Les auteurs fantômes (ghosts) sont de 2 types :

Gérer les critiques des relecteurs

C’est un éditorial anonyme très en faveur du peer-review qu’a publié Nature neuroscience en août 2011. Le message pour les auteurs est clair : « keep cool » car les relecteurs demandent toujours beaucoup de travail supplémentaire. Dans Nature neuroscience, ce sont 2,5 % des articles (2005) à 3,2 % des articles (2010) qui sont acceptés après un seul round de relecture... donc les auteurs doivent se préparer à travailler beaucoup avec les relecteurs et rédacteurs. L’éditorial donne de nombreux conseils aux auteurs pour bien répondre aux relecteurs, mais le conseil sub-liminaire semble être : arrêtez d’insulter les relecteurs, arrêtez de croire qu’ils font mal leur travail car ce sont des chercheurs très occupés qui sont vos collègues,… et nous sommes conscients que certains relecteurs demandent des modifications inappropriées.

Pour moi, la base des réponses aux relecteurs et rédacteurs est certainement : répondez très vite de façon très constructive, et argumentez bien si vous avez un désaccord. Un rédacteur ou un relecteur qui reçoivent une réponse des auteurs après plusieurs semaines doivent relire votre article, se réapproprier leurs commentaires, et cela les ennuie….

Crafting a revision. Responding to referee comments construtively improves the quality of published papers. Nature neuroscience 2011;14:941.

 

Il faut améliorer les recommandations éthiques de tous les journaux

Les recommandations éthiques de 30 journaux à facteur d’impact (FI) > 10 étaient meilleures que celles de 30 journaux à FI < 10. Félicitons des auteurs français pour ce travail publié dans le Journal of Medical Ethics  (online first en décembre 2011) ! Nous avons déjà mentionné des travaux de Ph Charlier, notamment dans le numéro de Noël 2010 du BMJ.

Un score de 5 items a été créé pour ce travail et les scores moyens étaient de 3,6 (FI > 10) et 2,8 (FI < 10). Au moins tous sont au dessus de la moyenne. Un item n’a pas été discriminant : les 60 journaux demandaient les conflits d’intérêts. Les autres items : 13 sur 60 journaux demandaient de suivre STROBE pour les études épidémiologiques ; 28 demandaient de suivre CONSORT pour les essais cliniques ; 43 demandaient de mentionner les comités d’éthiques locaux ; 44 demandaient des consentements signés des patients. Les auteurs n’expliquent pas comment ont été choisis les journaux… ce qui manque pour la validité de cet article… Certains journaux n’étaient peut-être pas concernés par certains items. Le résultat principal n’est pas étonnant mais attire l’attention sur les recommandations éthiques qui sont souvent insuffisantes ou négligées ? Ce travail n’a pas évalué la pratique des journaux dans les articles car il existe des variations : certains journaux ne respectent pas leurs recommandations aux auteurs, d’autres vont au-delà des exigences de leurs recommandations.

Merci à Ph Charlier pour m'avoir transmis l'article.

Charlier Ph et al. Ethics requirements and impact factor. J Med Ethics 2011 doi : 10.1136/medethics-2011-100174

 

Qui sont les auteurs d’articles dans les "petits" journaux ?

Nous avons vu que dans les ‘grands journaux’, 20 % des articles avaient des auteurs honoraires ou fantômes… Que peut-être 50 % des auteurs avaient été auteurs avec des honoraires....C’est peut-être inférieur à ce qui est observé dans d’autres journaux….mais peu de données existent. Ana Marusic, rédactrice en chef du Croatian Medical Journal, vient de publier un éditorial dans The International Journal of Occupational and Environmental Medicine, accompagnant un article Néo-Zélandais dans le même numéro. L'article de New Zealand dit que parmi 43 académiques, 50 % reconnaissaient l'existence de problèmes sévères quant à la paternité des articles. Que dit Ana Marusic : dans le CMJ, environ 60 % des auteurs ne méritent la paternité de l’article !!! Son édito commence :

L'art de l'auto-citation dans les articles

Que nous apprend cet article sur les auto-citations, paru  dans Psychologica Belgica (accès gratuit), et

écrit par des auteurs de sciences sociales ? Prudence car cet article original n'est pas très bien fait :

• certains reviewers et rédacteurs aident les auteurs en proposant des références supplémentaires ; c'est souvent dans leur intérêt car ils suggèrent des articles de leur journal pour faire augmenter le facteur d'impact ;
• la plupart des auteurs citent plus facilement des auteurs de leur pays ;
• en étudiant les articles originaux de 4 journaux de psychologie, ils ont observé que 10 % des références étaient des autocitations ; le taux serait un peu plus élevé en biologie et physique (12 %), et moins en sociologie, philosophie (4 %) ;
• un article a en général 3 à 9 autocitations, quand les autres auteurs sont cités de 1 à 3 fois.

Editing in the digital world : juin 2012 à Tallin

Dans le numéro de novembre 2011 de European Science Editing (ESE), il y a le programme du congrès de
European Association of Science Editors (EASE) du 8 au 10 juin 2012. Le programme a des sessions sur les journaux électroniques, sur les malveillances avec Liz Wager, présidente de Committee on Publications Ethic, sur l'éthique modérée par Iain Chalmers, un des fondateurs des groupes Cochrane. Il y a un français très actif, Eric Lichtfouse, sur "Local assistance of scientists and institutes by journal editors. Il y a des cours post congrès, pour apprendre à être rédacteur avec surtout Pippa Smart que nous recommandons, et pour apprendre à écrire avec Elisabeth Heseltine, qui vit en France. Je participe à ce congrès en tant que "past-president".

Outre l'annonce du congrès, ce numéro de ESE est dense, avec des news de journaux et rédacteurs d'Estonie, de Bosnie, de Turquie.. et de nombreuses news..

Développer l'esprit critique... à encourager

Sur un blog, Cortex, un mathématicien a mis en ligne deux courtes vidéos assez simples sur les maths & stats. La première vidéo "graphiques, attention aux axes" nous montre des exmples de bonne utilisation des axes.. et quelques distorsions communes... L'autre vidéo "Variables de confusion" est très didactique, et j'ai eu plaisir à la regarder. Ce sont des vidéos pour grand public, mais la plupart des scientifiques se comportent comme le grand public.

Ce groupe grenoblois est actif et poursuit des objectifs à encourager : "Collectif d'enseignement et de recherche en esprit critique et sciences, CorteX a pour objectif de mettre à disposition des travaux sur le critical thinking, quelle que soit l'origine disciplinaire". Il y a beaucoup à faire en médecine : donnez-leur des idées... CorteX pour COllectif de Recherche Transdisciplinaire Esprit Critique & Sciences

Je remercie E Blin qui m'a transmis ces liens.

Mayo Clinic Proceedings sauvés par Elsevier ?

C'est une bonne nouvelle, car je pense qu'il faut des maisons d'éditions expérimentées pour gérer les journaux : elles apportent une expertise que n'ont pas certains journaux. Nous avons évoqué les difficultés d'un excellent journal : "Mayo Clinic Proceedings". Depuis 2 ans, compte tenu d'un accès gratuit du format électronique, ce journal avait lancé le VPS ou Voluntary Paid Subscription... et je ne sais pas si les volontaires étaient nombreux. Elsevier vient d'annoncer qu'il serait l'éditeur de Mayo Clinic Proceedings à partir du 1 janvier 2012. Auparavant, Quadrant HealthCare, une société de communication, publiait ce journal. Pas de détails sur le modèle économique dans ce communiqué de presse. L'éditorial de décembre 2011 est intéressant : il nous explique l'histoire de ce bon journal créé en 1926, et nous informe que le site internet et le journal changent en janvier 2012 sans détails...  Nous attendons le modèle économique.

Lanier WL. The end of an era in Mayo Clinic Proceedings' publishing practices. Mayo Clinic Proceedings December 2011; 86 no.12 : 1138-1140

Où sont les données sources des recherches ?

Il faut mettre à disposition du public les données sources des recherches...  C'est une urgence ! P Gotzsche, du centre Cochrane nordique (Copenhague) à écrit une revue générale excellente, avec 141 références. Sa revue, parue fin novembre 2011 dans Trials, est centrée sur les essais des firmes pharmaceutiques. Le problème est général : toutes les données des recherches devraient être publiques. L'annexe I liste tous les organismes qui depuis 2002 ont souhaité la mise à disposition des données. Les rédacteurs de journaux, en particulier des journaux électronqiues en ouvert, sont très actifs, comme ils l'avaient été pour la création de www.clinicaltrials.gov.

The Scientist est de retour

 

Nous avions annoncé la disparition début octobre 2011 de cet excellent magazine qui venait de fêter ses 25 ans. Cet arrêt a ému la communauté scientifique et son fondateur : E Garfield qui a créé ISI à Philadelphie (le facteur d'impact !). Une société canadienne a racheté TheScientist qui parait à nouveau en décembre 2011 avec toutes les archives.. et un éditorial de la rédactrice en chef. L'acheteur, LabX Media Group, publie déjà un magazine pour les laboratoires, LabManager, et a un site internet pour la vente de matériel de labo usagé.

Aberlin MB. A truly happy return. The Scientist 2011, December 1.

Les rétractations seraient plus nombreuses quand le facteur d'impact est élevé

Les articles sur les "rétractations" augmentent ! Des rédacteurs  de journaux de l'American Society for Microbiology (ASM) ont publié une mini-revue générale (appelée éditorial !) avec 100 références sur "Retracted science and the retraction index". Ils commencent par cette citation attribuée à Confucius "A man who has committed a mistake, and doesn't correct it, is committing another mistake". Cala m'a fait penser à la publication DPC & Pratiques dont un article a cité une référence inventée, et la rédaction ne veut pas s'en excuser auprès des lecteurs ! Que retenir :

Après Springer, Wolters Kluwers se met à l'OPEN ACCESS... et les autres ?

 En décembre 2011 Wolters Kluwer a acheté un éditeur indien (Bombay) fondé en 1977 : Medknow. C'est l'achat de 155 revues biomédicales en open access, et d'une archive ouverte de 70 000 articles. Wolters Kluwer est présent en France dans le juridique, et en santé (revues infirmières, groupe Doin,..). Wolters Kluwer a un portefeuille de 300 revues destinées aux praticiens, publiées sous les marques Lippincott & Williams & Wilkins. Wolters Kluwer a aussi un des sites leaders aux USA, et dans d'autres pays : Up To Date... fantastique. Les grandes maisons d'éditions doivent être présentes sur le créneau des nouveaux journaux électroniques...   Nous avons vu l'achat de BioMedCentral par Springer en 2008, puis la création de journaux "Springer Open". Springer a aussi acheté des journaux à Hindawi. 

Les bienfaits du tabac sous exploités par les sportifs

Le Canadian Medical Association Journal, grand journal canadien, publie des articles pour se détendre... à ne pas prendre à la lettre. C'est un article de décembre 2010 dans la rubrique "Satire" qui montre les effets de la cigarette sur l'endurance. Le tabac a 3 avantages pour les sportifs : il augmente l'hémoglobine sérique, il augmente la capacité thoracique (avec un peu de BPCO...), il fait perdre du poids en coupant l'appétit. Les athlètes utilisent des méthodes interdites et qui ont des effets à court terme. Cette revue générale, avec de bonnes références, apporte des arguments pour que les sportifs fument un peu plus.

Bravo : le premier journal électronique français, le JCCO

Le Journal de Cas Cliniques vient d'être lancé en langue française, et il attend vos cas. C'est le premier journal biomédical français totalement électronique. Il s'appelle JCC Open, ou JCCO et est lancé par Elsevier. Il aurait pu s'appeler JCC Ouvert mais la dictature de la langue anglaise est partout. Le rédacteur en chef connait le métier, rassurant ! Le comité de rédaction est compétent, rassurant ! Les recommandations aux auteurs sont ici. Les cas peuvent avoir 15 références et plusieurs illustrations... Cela fait long ! Ces instructions devront évoluer : voir les recos d'autres journaux et le livre de Jenicek sur la causistique.....Le taux d'acceptation des premiers articles sera probablement élevé.

De mauvais conseils aux auteurs par des rédacteurs novices !

Trop de revues ont des rédacteurs qui ne savent pas écrire des recommandations aux auteurs... Surprenant ? NON. Deux exemples :

• dans le journal "Environmental Health Perspective" en juillet 2011, un Sud Coréen publie un article sur les critères pour publier un article dans les grands journaux de toxicologie...  Interessant ? Oui, mais article très mauvais : il n'a pas daigné écrire un chapitre "Méthodes". Il n'y a aucune info sur la qualité/validité du travail. Donner des conseils aux autres sans expliquer ses méthodes de travail est un exercice ambitieux..... Le texte est sans saveur. Qu'apprend-t-on dans le résumé de cet article ?

Open Access : green ou gold ?

Nous avons souvent évoqué ces 2 modèles pour les publications en accès libre. Vous voulez avoir accès gratuitement aux données de la science et l'électronique peut faciliter cela... Mais qui paye ? Pour l'open access, soit vous êtes dans des archives ouvertes, voie dite "green", avec dépôt des articles, soit les auteurs payent un droit, et c'est le modèle "gold" de certains journaux. Vous en saurez plus sur le site du labo de physique de l'Université de Grenoble.