Rédaction Médicale et Scientifique

HAS, et experts : on vous écoute....

Nous avons mentionné en mai 2011 les recommandations du Committee On Publication Ethics dans le domaine des rétractations : les documents abrogés doivent rester disponibles sur les sites internet...   Rappelons nous le temps des livres : il n'était pas possible de déchirer les pages sur les étagères des bibliothèques... L'électronique nous a apporté une accessibilité excellente, etc... et des règles sont à construire. Le code HON ne nous aide pas car il ne se prononce pas sur la censure des recos.

Bien sûr, le COPE propose des recommandations pour les publications, mais le volume de publication des agences ne peut pas les dédouaner de respecter une règle éthique de bon sens, au prétexte que rien n'existe en France.. 

 
Cette fois ci le 24 juin 2011, le BMJ nous livre une page de news sur l'abrogation des recos pas la HAS... et leur seule source d'information est un médecin peu connu de Roubaix : quel est l'avis de la HAS ? Quels sont les avis des experts qui ont travaillé plusieurs années ? Ces avis n'apparaissent pas dans le BMJ. L'article a été écrit de New York avec plein d'approximations... en faisant croire que le Conseil d'Etat avait abrogé les recos Alzheimer aussi !

Il manquait 4 déclarations publiques d'intérêts en 2003... et vous jettez tout au bain !!  OK, je suis d'accord, il faut abroger... pas de problèmes, mais d'ici à censurer...  Il parait que la HAS peut nous procurer les recommandations manquantes.. Je les ai demandées et je les attends, car aller les chercher sur le site de Formindep n'est pas acceptable. Les journaux qui ont publié ces recos doivent alerter leurs lecteurs.. attendons.... et aussi mentionner la rétractation dans PubMed....  attendons....

Aidons la HAS qui ne mérite pas cette opprobe, car la plupart des personnels et experts sont des gens de qualité qui ne demandent qu'à bien faire. La censure, la prohibition ne sont pas ce qu'attendent les professionnels.

Lenzer J. French guidelines are withdrawn after courts finds potential bias among authors. BMJ 2011;342:d4007

Les recommandations contribuent-elles au problème qu'elles veulent résoudre ?

Il s'agit de l'une des questions posées par les rédacteurs des Annals dans un éditorial du 7 juin 2011. Ils connaissent très bien la question. Par le titre "Trustworthy clinical guidelines", ils reprennent les démarches de l'Institute of Medicine. Outre ces interrogations cet éditorial insiste sur la politique des Annals, et de l'American College of Physician : deviennent-ils le Journal des guidelines ? Est-ce que les guidelines aident les praticiens, ou est-ce que leur nombre et propositions parfois divergentes aident les praticiens ?

Les Annals ont publié et continueront à publier des recommandations provenant d'origine diverses. Par exemple, ils publient des recos "non-US-centered" en faisant la part belle au National Institute for Health and Clinical Excellence (NICE). Dans le même numéro des Annals, 2 articles en plus de l'édito : 6 pages sur les méthodes de NICE, et 11 pages sur les évaluations coût-efficacité de NICE... Impressionnant... d'autant plus qu'ils ont publié 2 autres articles le 3 mai 2011 : "Individualized guidelines: the potential for increasing quality and reducing costs" et " Improving practice guidelines with patient-specific recommendations".

Ils réaffirment qu'ils veulent publier des recos de qualité, et précisent leurs instructions : les soumissions sont faites au moins 3 mois avant la communication des recos ; parmi les auteurs, l'un au moins était dans le groupe qui a développé les recos ; les critères de IOM sont respectés ; ils préparent des résumés dans un langage pour le public, et ces résumés sont sur leur site web. Rappelons nous qu'en terme de qualité rédactionnelle, les Annals sont probablement le meilleur journal.... les auteurs ayant publié dans les Annals vous le diront, et aller vous plonger dans l'excellent livre de T Lang à ce propos.

Erreurs/fraudes dans les articles : quels risques pour les malades ?

Travail très original publié online first (17 mai 2011) dans le Journal of Medical  Ethics : bravo à Monsieur Steen qui a déjà publié 3 fois en 2011 dans JME sur les rétractations d'articles. Il a utilisé le même corpus d'articles : les 788 articles retirés dans PubMed entre 2000 et 2010, en éliminant ensuite les articles des sciences fondamentales n'incluant pas de sujets humains. En novembre 2010, dans la base ISI Web of Knowledge Thomson Reuters, ils ont recherché les articles ayant cités les 180 articles rétractés. Finalement, ils ont analysé l'impact de 180 articles rétractés, et qui ont été cités 5503 fois (secondary papers)... Article passionnant dont j'ai copié le tableau 1 :

Discussion parfois verbeuse, mais intéressante sur les risques induits par l'étude COOPERATE publiée en 2003, rétractée par le Lancet en 2009, et citée 581 fois. Gardons bien à l'esprit que les 180 rétractations étaient la résultante d'erreurs (110) ou de fraude (70).

Steen RG. Retractions in the medical literature: how many patients are put at risk by flawed research? JME 2011; published online May 17; doi: 10.1136/jme.2011.043133

Les journaux ont rarement des critères explicites de qualification des auteurs

C'est une donnée connue, mais pour la première fois analysée dans le domaine des journaux de bioéthique, et publiée dans le Journal of Medical Ethics en juin 2011. Intéressant car on pourrait imaginer que ces journaux devraient montrer l'exemple.

L'étude a été faite à partir des 30 journaux internationaux, et en analysant les données des sites internet. Vous vous doutez : 21 des 30 journaux de bioéthique n'avaient pas de recommandations sur les critères pour être auteur ! Onze journaux répondaient très partiellement à certains des 6 critères analysés : 1) Préciser les contributions justifiant d'être auteur ; 2) préciser les contributions ne justifiant pas d'être auteur ; 3) contributions qui ne justifient pas d'être auteur, mais d'être remercié ; 4) description de la contribution de chaque auteur ; 5) précision sur le(s) responsable(s) du contenu du manuscrit (en totalité ou partiellement) ; 6) la différence entre les critères d'auteurs entre les recherches empiriques et conceptuelles.

PNAS peut se tromper : 2 rétractations en juin 2011

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (PNAS) a publié en juin 2011, deux rétractations avec des explications claires.. Un article d'octobre 2010, dont voici l'explication de l'erreur,  et un article de janvier 2009 cité 34 fois. C'est un bon exemple. Ce sont des réplications d'expériences qui n'ont pas pu observer les mêmes données et qui ont amené les auteurs à la conclusion que des erreurs avaient été faites... 

La pression de publier, la compétition mènent à des erreurs, et c'est normal.. L'avouer explicitement est très bien... Il est supposé que beaucoup d'auteurs ne peuvent pas répliquer leurs travaux, mais la communauté scientifique n'est pas souvent informée...

Pas d'accord avec Journal of Neurosciences sur le contenu des rétractations

Ivan Oransky, auteur du blog sur les rétractations, n'est pas d'accord avec les journaux qui ne veulent pas expliquer les raisons des rétractations d'articles. Il a publié plusieurs billets à propos de rétractations dans le Journal of Neurociences. Une rétractation peut être publiée pour erreur ou fraude et les lecteurs doivent connaître les raisons précises. Il faut avec Ivan Oransky demander la clarté et éviter cette suggestion de contacter les auteurs pour avoir des explications... Le rédacteur de The Journal of Neurosciences a ses arguments :

It is the policy of The Journal of Neuroscience to retract an article at the authors’ request at any time without requiring explanation.  Our primary motivation is to minimize the barriers to retraction.  We believe that authors are generally reluctant to retract articles, and we do not want to impose any requirements that could discourage authors from removing flawed articles from the literature.

We do not publish descriptions of problems in a retracted article.  Because retraction removes an article from the literature, eliminating it as a citable authority, describing which parts are or are not valid would be academic.  There is no part of the retracted article that can be considered a valid, peer-reviewed observation.  Scientists who have done research based on retracted observations would be better served by contacting the authors directly for complete details than relying on a brief published description of the most salient issues.  By not identifying specific problems we also avoid the contentious and difficult practice of assigning blame for errors to particular laboratories or authors, which can also discourage retractions.

Elsevier contre attaque sur l'article du futur : bravo

Depuis quelques années, le modèle des journaux électroniques dominant semblait être celui de BioMedCentral (racheté par Springer), voir du NIH avec PLoS...  enfin Elsevier réagit et c'est pas mal.. Ils ont lancé un site dédié à l'article du futur et vous aurez d'abord un ppt commenté pour vous présenter les nouveaux articles et leurs fonctionnalités.. Plutôt séduisant. Nous avons vu hier que Elsevier était un des sponsors du groupe académique "Beyond the pdf".

Ce site vous renvoit à des prototypes et vous pouvez tester toutes les nouvelles fonctionnalités en préparation.... Les auteurs devront formater les articles pour faciliter la communication....Je me suis promené sur un prototype et j'ai été séduit. C'est une réaction forte d'un leader du marché que l'on croyait en retard pour les nouvelles technologies... pas sûr car ils sont pro..  La guerre n'est pas finie entre les partisans de l'open access total avec parfois la publication de tout ce qui est soumis, et les professionnels fidèles aux modèles de qualité...

PS : dans mes liens d'intérêts, j'ai signalé ma participation au comité de rédaction d'un journal Elsevier (et j'attends que le prototype arrive vite en France....)

Beyond the PDF.... qui connait le futur ?

Accrcochez-vous : que seront les publications scientifiques quand le pdf sera dépassé ? Depuis quelques mois, je regarde un site "Beyond the pdf" et je comprends pas tous ces mouvements. En Janvier 2011, en Californie, près de 100 personnes se sont réunies 3 jours pour un workshop et lancer des réflexions sur ce thème. Sponsors nombreux : de Microsoft à Elsevier....  1,5 jours de présentations, et 1,5 jours pour des groupes de travail..  Plein d'infos sur leur site.

Il y a eu 28 workshops et des notes sont disponibles sur leur site, mais il faut s'accrocher pour comprendre les nanopublications, pour visiter tous ces logiciels du futur pour écrire par exemple. Vous pouvez consulter toutes les diapos...  En résumé, vous mettrez vos données originales dans un logiciel qui écrira l'article selon vos recommandations, et vous validez....
Le partage des données ne sera qu'une étape avant d'aller plus loin grâce aux technologies... Les présentations ont été organisées en 6 thèmes : "annotation, data, provenance, new models, writing, reviewing and impact". Beaucoup de nouvelles technologies ont été présentées...  et la conférence était suivie par 200 personnes hors sites, et tweeter était là....  Je ne tweete pas encore beaucoup.. .. il faut allouer du temps...

Des rétractations hors des sciences de la vie

Certains pensent que les rétractations sont un phénomène surtout répandu dans des disciplines et en particulier la "biomedicine". Effectivement, d'autres journaux de sciences sociales et de science de la terre semblent avoir moins de pratique et de recommandations pour les rétractations.

Par exemple, Geology vient de retirer de la littérature un article et l'accès à la note expliquant les raisons de la rétractation est payant ! Payer pour connaître les raisons d'une rétractation : est-ce pour erreur ou pour fraude ? Dans le cas cité, un article sur l'Himalaya de mai 2010 dont l'image principale avait été publiée en 1998 dans Terra Nova, et provient de Norvège.....et cette image avait été mise ne couverture de Terra Nova en 1998.

Le responsable du travail est mort peu après la publication de l'article, et de nombreuses explications ont été proposées par les co-auteurs... Allez lire toute l'histoire rapportée par Ivan Oransky.

 

Que font les rédacteurs de journaux pour rechercher les malveillances ?

Je vous ai listé quelques thèmes de l'excellent congrès 2011 du Council of Science Editors auquel je n'ai pas pu assister... mais j'ai consulté la plupart des diapos.. Passionnant probablement, et la séance qui a permis d'entendre 3 speakers sur le thème "Comment les rédacteurs de journaux peuvent détecter et gérer les malveillances" a dû être passionnante. Je retiens des idées de ces diapos :

• Utiliser des logiciels pour détecter les manipulations d'images, et les plagiats
• Demander aux auteurs de signaler d'éventuelles rétractations ou investigations passées
• Mieux prendre en compte les délateurs anonymes
• Demander plus d'engagement des institutions
• Etre plus rapide pour corriger et retirer des articles
• Rendre les raisons des rétractations plus claire
• Mieux définir les comportements que le journal considère comme des malveillances
• Informer les auteurs des actions des journaux en cas de suspicion : demander les données, alerter les institutions et les sponsors
• Avoir de meilleurs reviewers informés des malveillances
• Toujours communiquer avec tous les auteurs
• Faciliter les commentaires 'post-publication'
• Eduquer les auteurs et promouvoir les bonnes pratiques

Vous trouverez des informations très nombreuses dans les diapos que j'ai téléchargées car elles sont disponibles, ainsi que des images à reprendre...  Les 3 orateurs sont célèbres : Christine Laine, rédactrice des Annals of Internal Medicine, Liz Wager, présidente de COPE et Ivan Oransky, un journaliste médecin américain connu.

BMJ Open utilise le peer review ouvert

Nous avons annoncé l'arrivée de BMJ Open sur le modèle d'autres journaux en Open Access (OA), avec un modèle d'affaires qui consiste à faire payer les auteurs. BMJ Open a démarré. Nous verrons à l'usage si les articles rejetés par le BMJ sont orientés vers BMJ Open... cela me semble une stratégie prévisible.

Comme d'autres, ils utilisent le peer review ouvert, c'est à dire que les avis des reviewers, et les commentaires des auteurs sont disponibles avec l'article. Les auteurs ont connaissance des noms des reviewers. Par exemple, l'article intitulé "Tai chi for the treatment of osteoarthritis: a systematic review and meta-analysis " a été soumis les 15 décembre 2010, deux reviewers (Chris Maher et Kevin Chen) ont donné leur avis, les auteurs ont soumis une 2ème version les 31 janvier 2011, puis les mêmes reviewers ont demandé d'autres modifications. Donc version 3 le 14 février 2011, puis encore quelques modifications pour une version 4 le 24 mars 2011, et publication onlinz le 28 mars. Pour exemple, je vous ai téléchargé tous les échanges entre reviewers et auteurs pour cet article (20 pages). Le lecteur peut juger de la qualité des expertises et du travail de modifications des auteurs.

Kang JW et al. T'ai chi for the treatment of osteoarthritis: a systematic review and meta-analysis. BMJ Open 2011

L'avis de 54 000 chercheurs sur l'Open access

Nous évoquons souvent l'open access qui est un nouveau business model pour les journaux biomédicaux. SOAP pour Survey of Open Access Publishing... les premiers résultats d'une grande enquête ont été publiés en janvier 2011. ICes résultats sont bien sûr déposé dans des archives ourvertes.

A partir de fichiers de 1.5 millions de chercheurs, et avec un questionnaire électronique de 23 questions, ils ont eu 53 890 réponses en août 2010. 38 558 chercheurs avaient publié au moins un article dans un journal peer-reviewed dans les 5 dernières années. L'enquête a été poursuivie et les résutlats complets viendront plus tard. Le résumé diffusé a plein d'infos.

Environ 90 % des répondeurs sont convaincus que l'OA est bénéfique pour leur domaine de recherche. Mais 8 à 10 % des articles sont publiés en OA. Ce gap est dû aux financements insuffisants, et au manque de qualité perçue de ces jornaux OA. Mais la plupart des auteurs qui publient en OA ne supportent pas personnellement ces coûts, et 50 % ont publié sans charges. Les raisons pour ne pas publier en OA étaient :

Difficile de publier quand on travaille dans un pays en voie de développement

Cette étude de mai 2011 dans BMC Medical Research Methodology apporte des faits pour argumenter nos opinions sur les publications d'auteurs originaires des PVD. Il s'agit d'une enquête électronique dans le domaine de la pharmacologie, faite par un auteur d'Arabie Saoudite. En juin 2010, 131 journaux de pharmacologie ont été sélectionnés dans PubMed. Le dernier numéro de chaque journal a été inclus, et sur les 1919 articles, 594 provenaient d'auteurs de PVD (pays hors des 27 pays de l'OCDE). Les pays de l'OCDE représentent 13 % de la population mondiale et près de 70 % des publications...

332 de ces 594 auteurs (64,5 %) ont répondu au questionnaire qui est disponible en fin d'article. 50 % des articles provenant de PVD étaient dans des journaux dont le facteur d'impact était inférieur à 2. Les opinions des auteurs pour expliquer les difficultés de publication étaient : attitude biaisée des reveiwers et rédacteurs envers les auteurs provenant des PVD, mauvaises compétences en rédaction, les reviewers et rédacteurs ne croient pas les résultats provenant des PVD...

Les facteurs améliorant les publications seraient : manuscrit bien écrit, amélioration de la qualité de la recherche, et recherche multidisciplinaire. Souhaitons longue vie à AuthorAid..

Rohra DK. Representation of less-developed countries in pharmacology journals: an online survey of corresponding authors. BMC Medical Research Methodology 2011;11:60.

Articles écrits avec l'industrie : des règles explicites

Liz Wager, présidente de COPE, a publié une mise à jour sur les recommandations pour les articles écrits avec l'industrie, et sur les problématiques de l'industrie et des rédacteurs de journaux biomédicaux. Il est dans la ligne de GPP2 que nous avons présenté. Ce rapport, supporté par Adis (Wolters Kluwer) et The Publication Plan, contient une magnifique figure qui reprend toutes les recommandations dans ce domaine depuis 1999. Rappelons que les premières recos de ICMJE datent de 1978.

Les rétractations concernent peu les industries et les rédacteurs professionnels médicaux

En juin 2011, dans Current Medical Research and Opinions, une nouvelle analyse des rétractations publiées dans Medline a été conduite à partir de 463 rétractations entre 1966 et février 2008. Les auteurs sont australiens, et gèrent une société de rédacteurs professionnels de 13 employés.

213 des 463 rétractations mentionnaient des malveillances, et 3 citaient un rédacteur professionnel et 8 une industrie. Les facteurs associés avec ces malveillances étaient: "auteur unique, premier auteur ayant déjà une rétractation, et premier auteur affilié à un pays en voie de développement.

Nous avons besoin d'études pour mieux comprendre les rétractations.

Wolley KL et al. Lack of involvement of medical writers and the pharmaceutical industry in publications retracted for misconduct: a systematic, controlled, retrospective study Current Medical Research and Opinions June 2011, Vol. 27, No. 6 , Pages 1175-1182

Un nouveau rédacteur pour ESE : Armen Gasparyan

Le numéro de mai 2011 de European Science Editing est réussi par le nouveau rédacteur en chef et son équipe. Armen Yuri Gasparyan, travaille dans le département de rhumato d'un hôpital de Birmingham, UK. Dans l'éditorial, il signale ses objectifs, dont celui d'avoir une meilleure idexation, et il a activement commencé et de continuer de publier des articles de recherche originale dans ce domaine. Il sait que même si la plupart des problématiques des rédacteurs viennent des journaux biomédicaux, il faut respecter un équilibre entre les disciplines. L'originalité de EASE (Eurpoean Association of Science Editors) est de réunir des rédacteurs des sciences de la vie et des sciences de la terre. C'est une grande richesse d'échanger entre les disciplines, et c'est l'un des meilleurs souvenirs que j'ai gardé de la présidence de EASE, et de la création de ce journal. Moira Johnson m'avait succédé et a été la seconde rédactrice en chef... Welcome au 3ème rédacteur de ESE !

Les livres en open access ? le choix de NAP

Est-ce que le mouvement d'accès gratuit, développé pour des journaux, va atteindre plus largement les livres ? La maison d'édition américaine National Academies Press a décidé le 2 juin de mettre en accès gratuit 4000 livres...  NAP est la maison d'édition des académies nationales, et l'Institute of Medicine en fait partie.

J'ai acheté des livres chez NAP, en particulier certains de la série très "quality chasm series", dont le premier des 11 livres est célèbre "To err is human", ensuite "Crossing the quality chasm", puis "Health professions education: abridge to quality"...... Ces livres restent en format papier à la vente, mais maintenant les pdf sont téléchargeables.. Autrefois les pdf pouvaient être achetés, et la plupart des livres étaient consultables en ligne. Il était possible d'imprimer des pages gratuitement... mais une par une... et c'était long. Certains titres anciens n'ont pas de format pdf.

Rappelons que les "Presses académiques" sont très nombreuses aux USA... Leur modèle 'non-profit' avec des organisations supportant leurs activités permet ces décisions..... Nous avons analysé un rapport sur les challenges du futur des ces maisons d'éditions..

 

L'OA augmente les téléchargements mais pas les citations

Question controversée avec quelques données, mais pour la première fois un essai randomisé acceptable pour répondre à la question : est-ce que les articles des journaux en open access (OA) sont plus cités ? Publié dans The FASEB Journal en mars 2011, Ph Davis a comparé les téléchargements et citations d'articles de recherche et de revues générales dans 36 journaux appartenant à 7 maisons d'éditions hébergées par HighWirePress. Il a eu les autoristations pour jouer sur l'accessibilité immédiate des articles, et ainsi son étude a probablement été randominsée..  mais tout n'est pas correctement décrit. Cet article inclut des données déjà publiées en 2008 dans le BMJ : il est clair sur ce point, mais je n'aime pas le recyclage de données....

Son échantillon d'articles de physiologie et sciences sociales a permis de comparer 712 articles en accès libre et 2533 articles en accès payant. Son travail porte sur 3245 articles (publiés entre janvier 2007 et février 2008) dont 1619 étaient dans la publication de 2008 du BMJ.... Il a collecté les téléchargements, et recherché les citations sur 3 ans après publication dans Web of Science.

En bref : l'open access double les téléchargements, augmente les nombre de visiteurs de 30 %, mais les consultations des abstracts diminuent...  Par contre les taux de citations à 3 ans étaient identiques entre les groupes. Résultats cohérents avec l'étude du BMJ des mêmes auteurs, mais le suivi des citations étaient de un an dans la premère étude. La discussion est intéressante : l'art de la citation n'est probablement que peu influencé par l'open access, et on ne sait pas bien comment sont sélectionnées les références par les auteurs d'articles.....

The FASEB journal a un facteur d'impact dans les 7/8 : c'est un excellent journal de la Fédération des Sociétés Américaines de Biologie Expérimentale.

Davis PM. Open access, readership, citations: a randomized controlled trial of scientific journal publishing. The FASEB Journal 2011

Les dangers de google translate

Remercions et félicitons Frances Sheppard pour son éditorial dans le numéro de juin 2011 de La Presse Médicale. Son message : n'utilisez pas Google translate pour vos articles et je suis bien d'accord. Google translate est une solution de facilité, gratuite, qui donne une traduction mot à mot avec des erreurs. Malehureusement des résumés anglais d'articles soumis à des journaux français sortent de Google translate....  

Nous connaissons tous ces arguments, mais F Sheppard détaille d'autres arguments dont celui de la confidentialité...   Google peut utiliser vos données, et c'est très dangereux quand des brevets doivent être déposés... DANGER...  vous pouvez vous amuser car il y a 57 langues possibles pour vos traductions.... mais gardez à l'esprit que rien ne vaut un traducteur professionnel.

Sheppard F. Medical writing in English: the problem with google translate. La Presse Médicale 2011;40:565-566.

Les députés anglais auditionnent toujours sur le peer review

Nous avons déjà rapporté, début 2011, l'enquête en cours d'une commission du parlement anglais, et cité ces dépositions écrites nombreuses (rapport de 407 pages). Des auditions ont eu lieu le 4, 11 et le 23 mai 2011... la prochaine le 8 juin, avec les transcriptions écrites de ces auditions. Des comptes rendus brefs d'une page ont été publiés dans le BMJ chaque semaine par Adrian O'Dowd...  avec des titres en forme de messages  "Experts deny claims that peer review system is in crisis" pour le 4 mai ; "Peer review system needs thorough evaluation, MPs hear" pour le 11 mai ; "Open access approach to medical research publishing will continue to grow, experts predict" pour le 23 mai ; à suivre le 8 juin...

Les 407 pages du rapport ont donné lieu à certaines publications, et j'ai lu avec méfiance la charge gratuite et méchante de Kamal K Mahawar, le chirurgien actionnaire de WebMedCentral. Dans son journal, sous la rubrique My Opinion, il détruit le peer review car son modèle de publication est basé sur la publication immédiate avec peer review fait à posteriori par les lecteurs, etc...  Je cite :

"There is widespread belief that pre publication peer review, ineffective and harmful as it may be, is a necessary evil. I believe time has now come for scientific community to discard pre publication peer review and concentrate on reinforcing post publication peer review. New article level metrics need to be developed to identify merit of each arti cle and hence those of the authors. Scientific career progression should move away from number of articles published in journals with high impact factor to the true impact of one’s research. Such measures will not be easy to develop and this poses unique challenges for the scientific community in 21st century."