Rédaction Médicale et Scientifique

L'auto-citation : se faire plaisir

James Hartley est un psychologue qui s'intéresse à la rédaction médicale. Rappelons que le "Manual of Style" de l"American Psychological Association" est un best seller et que cette discipline est active en rédaction. Il a écrit un court article dans le numéro de ESE de mai 2010 sur 'Citing oneself', et il commence ainsi : "One of the many pleasures an author can have is to see his or her name in print, especially if it is cited (in a positive way) by someone else. However, perhaps an easier way of ensuring your name appears in print is to cite yourself in an article you are writing....".

James Hartley donne quelques conseils simples pour se citer quand l'article est soumis à une revue qui pratique le 'double-blind' pour le reviewing, c'est à dire qui masque le nom des auteurs pour le reviewer, en restant très impersonnel. Il donne quelques conseils pour s'autociter de manière objective.

Il n'aborde pas le coté polémique de l'auto-citation qui est 'forcée' pour évoquer ses travaux antérieurs, même s'ils ont peu ou aucun lien avec le travail en cours de rédaction..... Il s'agit de flatter son ego ou de croire que les auto-citations seront comptées parmi les citations et renforceront la notoriété....ce qui est faux car en général, les facteurs d'impact ne tiennent pas compte des auto-citations.

Mais, soyons clairs : l'auto-citation fait plaisir, alors soyons fous et auto-citons nous ????

PS : en tant que reviewer, je fais la chasse aux auto-citations inutiles, et la semaine dernière, j'ai analysé un article en aveugle mais deviné les auteurs grâce aux auto-citations.......

Hartley J. Citing onself. European Science Editing 2010;36(2):35-27.

Plus de 40 % des articles rapportant des essais randomisés contiennent des spin

Quand les données sont nombreuses, comment vous proposer un titre exact à mon billet du jour ? Difficile car il s'agit de féliciter des auteurs français et anglais qui se sont intéressés à quantifier une notion connue mais encore peu étudiée. Leur travail a été sélectionné par le JAMA de mai 2010 : BRAVO. Ils ont analysé 72 articles d'essais randomisés avec résultat non significatif sur le critère principal à partir d'un échantillon de 616 articles publiés en décembre 2006 pour rechercher les 'spin'. La figure expliquant la sélection des articles est intéressante.

La définition du spin est : "specific reporting strategies, whatever their motive, to highlight that the experimental treatment is beneficial, despite a statistically nonsignificant difference for the primary outcome, or to distract the reader from statistically non-significant results".

Nous avons déjà évoqué le HARKIng, et aussi les spin car ces données ont été présentées lors du dernier peer review congress. Je ne peux donner tous les résultats, mais des spin ont été identifié dans le titre de 13 des 72 articles, et dans les conclusions de 36 de ces 72 articles ! Impressionnant

Ces travaux sont trop méconnus car ils identifient un trouble de plus du sytème des publications, quand on imagine que la plupart des articles ont suivi un process de peer review..... Il s'agit d'un travail de recherche majeur à continuer....

Boutron et al. Reporting and interpretation of randomized controlled trials with statistically nonsignificant results for primary outcomes. JAMA 2010;303:2058-2064.

European Science Editing de mai 2010

Le numéro de mai du journal de European Association of Science Editors contient beaucoup d'informations, et nous retiendrons :

• un article sur le peer-review en écologie, discipline assez restreinte, avec des biais du type : plus les rédacteurs sont des hommes, plus les reviewers sont des hommes, et un playdoyer pour augmenter la diversité de experts ;
• une revue générale sur les pratiques d'autocitations par James Hartley, un psychologue, et nous analyserons cet article lundi 31 mai ;
• les challenges des journaux médicaux brésiliens ;
• le rapport d'un meeting sur le futur des journaux biomédicaux avec une conférence de Richard Smith appréciée et dont les diapos sont ici ; ce sont les hypothèses de Richard et tout a été extensivement publié, mais vous trouverez intéressant.... allez voir ;
• l'analyse de la 6ème édition d'un bestseller : le "Publication manual of the American Psychological Association", très connu ;
• présentation de Scientific Red Cards, un projet français que nous avons présenté ;
• et plein de news car le numéro a 30 pages !

Augmentons la transparence sur les auteurs ! Compte rendu d'un meeting de TIPPA

Le rapport d'un meeting de février 2010 à Chicago sur 'Tackling the authorship debate in publication planning' vient d'être diffusé en mai 2010. Ce meeting était organisé par l'association TIPPA dont nous avons parlé. Ce sont les planificateurs de publications employés par les industries (essentiellement des produits de santé).

Ce rapport contient une comparaison des recommandations en matière d'auteurs : ICMJE (groupe de Vancouver que vous connaissez), GPP2 que nous avons présenté, EMWA, Helsinki et PhRMA (représentants des industries pharmaceutiques américaines°. Les messages : nous avons assez de recommandations et en faire d'autres ne sert à rien ; la base du système à imposer entre auteurs, industries et rédacteurs de journaux est : transparence, intégrité, responsabilité et déclaration d'intérêts potentiels. Avec la présence de rédacteurs de journaux dont T Delamothe du BMJ, il semble acquis que malheureusement les rédacteurs de journaux ne sont pas assez concernés par l'éthique (voir les exemples réguliers de ce blog...). La session juridique se résume à : "Don't overstate, understate or misrepresent: tell the entire story". Rétablir la confiance dans l'industrie est nécessaire dans le domaine des attibutions d'auteurs car il y a trop de fantômes et de complaisance d'Universitaires.... La différence entre échanges scientifiques, formation et promotion doit être claire.

Les principaux thèmes de ce meeting étaient : "Publication planner's toolbox ; Managing global publication ; Confidence in industry ; Audits ; Value and bias of review articles ; Relationship with MECCs". Les MECCs sont les medical education and communication companies qui écrivent les articles.

The international publication planning association's 2010 Midwest meeting: tackling the authorship debate in publication planning. In-depth report from a meeting held in Chicago, Illinois, USA, 25-26 February 2010.   Pour info, ce rapport n'est pas sur le site de TIPPA mais vendu 75£,...si besoin demandez le moi.

Et maintenant, le e-publication bias des journaux hybrides

Il fallait l'inventer et c'était facile. Voici donc un nouveau biais proposé par des Danois et Suédois dans  une courte lettre du BMJ le 28 avril 2010 ! Ils ont étudié 216 articles d'un journal du BMJ group : Annals of the Rheumatic Diseases, dont 71 avaient reçu un support industriel. Dans ce journal, des articles sont d'accès gratuit et d'autres nécessitent un abonnement. C'est le Unlocked service des journaux hybrides. Dans les instructions aux auteurs de ce journal, il est écrit : "Authors are able to make their articles freely available online, immediately on publication, for a fee, using the Unlocked service. This service is available to any author publishing original research in a BMJ Journal for a fee of £1,700(+VAT)/€2,515(+VAT)/$3,145. "

Ces auteurs ont observé que 17 % (12/71) des articles avec un support industriel étaient en accès libre, contre 8 % (11/145) des articles sans support industriel. Ils appelent cela un e-publication bias car les articles avec un support industriel seraient plus accessibles.... Cela mérite d'autres recherches car les 'e-publication bias' ne se limitent probablement pas à cette seule situation...

Jakobsen AK et al. And now, e-publication bias. BMJ 2010;340:c2243

L'accès aux résultats des recherches supportées par des fonds publics devrait être gratuit !

Les voeux de Harold Varmus, alors directeur du NIH, pour un accès électronique gratuit de tous les travaux publiés du NIH sont simples : les contribuables ne doivent pas payer pour voir les résultats de recherches qu'ils ont déjà payées par l'impôt. Après 10 ans de pressions diverses, depuis mi-2008, toutes les articles du NIH sont, un an après leur publication, accessibles gratuitement sur PubMed Central. Certaines agences du NIH hors du domaine de la santé n'ont pas encore suivi. Le président Obama a poussé les agences “to take extraordinary steps to open their data... to public scrutiny”.

Les conclusions d'un comité de documentalistes, administrateurs d'université, de chercheurs et de maisons d'aditions viennent d'être publiées ; il s'agit du Committee on Science and Technology of the United States House of Representatives, en coordination avec le White House Office of Science and Technology Policy. L'executive summary du rapport est intéressant, et je retiens les 5 principes :

1. Le peer review doit maintenir son rôle pour maintenir la qualité et l'intégrité éditoriale ;
2. Des modèles d'affaires adaptables seront nécessaires pour maintenir l'entreprise dans un environnement évolutif ;
3. Les publications scientifiques peuvent et devraient être plus largement accessibles avec des fonctionalités améliorés pour un large public et la communauté scientifique ;
4. Un archivage stable et la préservation des données sont nécessaires pour des publications dignes de confiance ;
5. Les résultats des recherches doivent être publiés et maintenus dans des formats qui maximisent les possibilités pour une ré-utilisation créative et des connections entre les sites qui les hébergent.

Report and Recommendations from the Scholarly Publishing Roundtable at: http://democrats.science.house.gov/Media/file/Reports/Additional%20Reports/Scholarly_Publishing_Roundtable_Report_and_Recommendations_1.13.10.pdf

Comment préparer vos données originales pour une publication ?

Avec l'open access, des rédacteurs favorisent la publication des données originales. Il sera demandé de plus en plus souvent aux auteurs de fournir ces données, en général sous forme de tableur type excel. Les prototypes de journaux du futur devraient ensuite permettre des comparaisons plus faciles entre articles par cet accès aux données originales, voire facilter des revues systématiques. Nous avons évoqué l'article du futur sur ce blog, notamment avec google maps...

Donc place aux recommandations pour préparer ces données : c'est une première proposition publiée dans Trials en 2010 qui insiste essentiellement sur les questions de confidentialité des données quand il s'agit des patients. Cet article contient un tableau avec une liste de 18 items pouvant potentiellement identifier des patients ; il faut donc supprimer ces items. Cette proposition de recommandations devra évoluer pour s'adapter aux progrès des technologies. Ces recommandations destinées aux études quantitatives devront être adaptées aux études qualitatives.

Hrynaszkiewicz et al. Preparing raw clinical data for publication: guidance for journal editors, authors, and peer reviewers. Trials 2010;11:9.

Y-a-t-il de plus mauvais journaux que ceux de chirurgie maxillo-faciale ?

Certaines disciplines ont de très mauvais journaux et que publient-ils ? Des mauvais articles d'auteurs qui découvrent ce que tout le monde connait et qui en sont fiers ! C'est le cas de cet article sur les biais de publication dans les journaux de chirurgie maxillo-faciale. L'article, collaboration de plusieurs équipes (Allemagne, France, Grèce, Thailande), est le résumé d'une thèse qui doit être assez mauvaise.

Pour faire court : analyse en 2008 des meilleurs journaux de la discipline (International Journal of Oral and Maxillofacial Surgery ; Journal of Cranio-Maxillofacial Surgery ; Journal of Oral and Maxillofacial Surgery ; British Journal of Oral and Maxillofacial Surgery) ; sur 952 articles, 53 étaient des essais controllés ; résultats positif dans 41 cas (77 % ) ; échantillon inférieur à 100 dans 37 cas (70 %) ; j'arrête....... car bien sûr on ne sait pas combien étaient randomisés, quel était le nombre moyen de cas des 16 essais ayant plus de 100 cas, etc.......

L'article est en fait une longue discussion avec des découvertes de l'auteur sur les recommandations des journaux, sur les pratiques des auteurs, etc......avec un ramassis d'opinions sous couvert de preuves....  TRISTE..... Lisez pour rire ou faire rire quand vous faites un cours mais surtout OUBLIEZ cet article.....

Pitak-Arnnop P et al. Publication bias in oral and maxillofacial surgery journals: an observation on published controlled trials. Journal of cranio-maxillofacial surgery. 2010;38:4-10.

Facteur d'impact ou Eigenfactor ou d'autres pour comparer les journaux ?

Dans cet article original d'avril 2010 dans PLoS ONE, les auteurs ont comparé les indicateurs pour évaluer la qualité des journaux médicaux. C'est un article pour spécialistes de la scientométrie qui comparent la notoriété des journaux. Ils ont comparé de 2001 à 2008 l'évolution du facteur d'impact de Thomson ISI, et du score de Eigenfactor, ainsi que du score d'influence des articles, dérivé de Eigenfactor. Cette étude a porté sur 35 journaux internationaux et les nombreux tableaux montrent l'évolution de ces facteurs au cour du temps. Tous ces indicateurs sont sensibles au nombre d'articles publiés par ces journaux, et Eigenfactor est plus sensible que le facteur d'impact.....mais des journaux ayant augmenté les revues générales publiées ont augmenté leur impact.

Des journaux ont augmenté leur facteur d'imapct en réduisant le nombre d'articles publiés dans l'année, ce qui a dû réduire leur influence dans leur discipline.... Cet article est un appel à la prudence pour interpréter ces indicateurs qui sont de plus en plus nombreux : est-ce que le SJR devient plus intéressant ? Scimago Journal Rank. Est-ce que les metrics de PLoS sont plus intéressants ? Est-ce que les impacts de BioMedCentral sont utiles comme Facultyof1000 par exemple ? Et il en existe encore beaucoup d'autres.....comme celui que m'a montré Pierre Durieux et dont j'ai déjà oublié le nom......

Et dire que des hommes ou des carrières sont évalués avec ces indicateurs........

Rizkallah J, Sin DD (2010) Integrative Approach to Quality Assessment of Medical Journals Using Impact Factor, Eigenfactor, and Article Influence Scores. PLoS ONE 5(4): e10204.

Intérêts potentiels insuffisamment déclarés, et 23 % des articles ne mentionnaient pas des conflits existants !

Cette étude du BMJ de mai 2010 a porté sur 202 articles explorant les liens des auteurs d'articles sur la question du risque d'infarctus du myocarde des diabétiques recevant de la rosiglitazone. Sur ces 202 articles, seuls 108 (53 %) avaient une rubrique pour déclarer des conflits potentiels des auteurs : c'est très insuffisant. Il semble que la plupart des journaux demandent de déclarer ces situations dans leurs recommandations aux auteurs, car c'étaient 89 % des journaux en 2008. Après une recherche assez exhaustive (à partir de 847 articles des 180 auteurs de l'échantillon des 202 articles, 90 de ces 202 articles (45 %) avaient des auteurs en situtation de conflits d'intérêts : 69 (77 %) avaient une rubrique pour déclarer des conflits potentiels et surtout 21 (23 %) n'avaient aucune mention de conflits d'intérêts qui existaient !

Cette étude confirme aussi ce que les lecteurs avertis savent : "Authors who had favourable views on the safety of rosiglitazone were more likely to have a financial conflict of interest with a pharmaceutical company than were authors who had unfavourable effects".

Wang AT et al. Association between industry affiliation and position on cardivascular risk with rosiglitazone: cross sectional systematic review. BMJ 2010;340:c1344.

Faire mieux que la chance : est-ce que le peer review y arrive ?

Les rédacteurs du JGIM, Journal of General Internal Medicine, ont analysé les pratiques de peer review à partir des décisions de 2004 à 2008, et les 2264 manuscrits envoyés à des relecteurs externes. Les 2916 reveiwers contactés ont produits 5881 analyses. Ils ont publié leurs résultats dans un autre journal que le leur en avril 2010: PLoS ONE.

Quand les reviewers sont d'accord sur un rejet (rare car 7 % des articles), les rédacteurs refusent dans 89 % des cas. Quand les reviewers sont d'accord sur une révision (pour 48 % des articles), les rédacteurs refusent 20 % de ces articles. Quand les reviewers sont en désaccord (45 % des articles !), les rédacteurs refusent 70 % de ces articles. Ce travail contient plein d'information et d'analyses statistiques qui permettent de commencer la discussion ainsi : "The results suggest that reviewers for JGIM agreed on the disposition of manuscripts at a rate barely exceeding what would be expected by chance. Nevertheless, JGIM editor's decisions appeared to be significantly influenced by reviewers recommendations........"

En bref, le peer review est contesté, mais on n'a pas trouvé mieux.....et de plus le peer review influencerait les rédacteurs !!!!

Kravitz R, et al. Editorial peer reviewers' recommendations at a gneneral medical journal: are they relaible and do editors care. PLoS ONE 2010;5(4):e10072.

Une pression américaine pour publier des résultats positifs : Pratiquez le HARKing !

Après nous avoir montré que beaucoup d'auteurs fabriquaient ou falsifiaient des données dans un article de mai 2009, D Fanelli revient avec l'hypothèse que la pression sur les équipes académiques les pousse à publier des résultats positifs, et en particulier aux USA. Son article du 21 avril 2010 dans PLoS ONE voudrait montrer qu'un environnement compétitif a 2 conséquences : augmenter la productivité des chercheurs et augmenter les bias contre des résultats dits négatifs. Il s'agit d'une étude avec beaucoup de statistiques sur un échantillon de 1316 articles américains, tous les états étant représentés sauf le Delaware !

Que deviennent les résultats négatifs ? Ils restent non publiés, mais parfois ils deviennent positifs selon diverses méthodes : sélection de données, re-interprétation à postériori, altération des méthodes, des analyses ou des résultats...voire par falsification. La reformulation d'une hypothèse s'appelle HARKing pour Hypothesizing After the Results are Known.....

Les meilleures Universités américaines sont les plus compétitives, mais aussi celles où la pression pour publier est la plus importante....

Fanelli D (2010) Do Pressures to Publish Increase Scientists' Bias? An Empirical Support from US States Data. PLoS ONE 5(4): e10271.

Un mariage heureux entre Journal of Biology et BMC Biology, en évitant les pit bulls reviewers

Les journaux naissent, vivent ou survivent et certains meurent ! Le mariage (ou l'absorption ?) de 2 journaux électroniques montre que cela devient aisé quand il s'agit de la même maison d'édition, en l'occurence BioMedCentral. L'éditorial du 12 avril 2010 de la rédactrice en chef, Miranda Robertson, sous le titre français "Plus ça change", nous présente cette évolution comme très positive. Le nom de BMC Biology est conservé et Journal of Biology disparait, et un logo original représentant toute la biologie.

L'objectif est de garder le meilleur des 2 journaux, et de renforcer le processus d'évaluation par des pairs. La pratique dite du "re-review opt-out" sera conservée : l'auteur choisit s'il veut que les reviewers voient la version révisée. Il s'agit d'une stratégie d'évitement des 'pit bulls', ces jeunes reviewers qui ont été formés tôt dans le cursus pour analyser la littérature...et n'ont aucune possibilité d'accepter des articles...

A l'occasion de ce lancement, une série d'articles "The hope of progress" commence, ainsi que des Video Q&A.

Robertson M. Plus ça change. BMC Biology 2010;8:44.

Walbot V. Are we training pit bulls to review our manuscripts? Journal of Biology 2009;8:24.

Soyons clair : la recherche Française serait en retard ?

J'aime les opinions claires et exprimées : dans une courte correspondance de Nature en avril 2010, un chercheur compare la recherche Française à celle de pays en voie de développement. Ce commentaire fait suite à un article sur des obstructions à l'Académie des Sciences en Russie, et la France serait dans une situation similaire. Le ton est direct : 'Unfortunately for Europe, French politicians do not seem to have properly understood that research is crucial for an efficient economy'.......'The old French devils of centralism, dirigisme and corporatism in politics and science still prevail'.

Heureusement, il s'agit de recherche fondamentale, du CNRS, et la recherche clinique ne doit pas être assimilée à ce genre de situation.....je vous laisse juge et attend vos commentaires....

Scherrer K. French research also being stifled by autocracy. Nature 2010;464:1266.

Bravo 'The Write Stuff' pour un numéro spécial sur les auteurs

The Write Stuff est le journal de EMWA, European Medical Writers Association, une association très active depuis sa séparation de l'association américaine il y a environ 20 ans. Le numéro 1 de 2010 a un thème principal sur les auteurs et les critères pour être auteur, ce qui représente 30 pages et 11 contributions. Des originalités :

• Peut-on faire confiance dans les définitions et déclarations en matière d'auteurs ? Cet article d'Ana Marusic un historique des définitions et attire l'attention sur les confusions et peu de compréhensions de ces définitions de la part des auteurs....
• La présentation des critères d'auteurs selon le Journal of Neurology, avec des différences en comparaison avec l'URM de l'ICMJE, et notamment ce paragraphe : "Professional writers employed by pharmaceutical companies or other academic, governmental, or commercial entities who have drafted or revised the intellectual content of the paper must be included as authors" ;
• L'appel pour définir des critères pour les auteurs d'articles non-originaux, comme les revues générales....
• Une excellente contribution pour guider les statisticiens publiant des essais cliniques sponsorisés par l'industrie pharmaceutique ;
• L'éthique des auteurs en Asie, ou plutôt les mauvaises pratiques dans ce domaine.

En pratique, ce numéro est très riche et chaque chapitre pourrait faire l'objet d'un billet mais j'ai trop de news et je ne pratique pas le salami....... Deux info majeures : EMWA est une société savante qui vit bien car l'industrie pharmaceutique les aide beaucoup, et ce numéro spécial sera en accès libre dans un an (mais je peux le montrer si vous n'y avez pas accès......) ! BRAVO EMWA ! et bravo Elizabeth Langdon-Neuner, une autrichienne et juriste de formation, qui est la rédactrice en chef, et qui est très active pour EMWA et EASE.

Authors and authorship. The write stuff 2010, vol 19, n° 1, 14-46. 

Nature demande à ses lecteurs de l'aide pour détecter les images falsifiées !

Dans un éditorial du 29 avril 2010, Nature détaille ses procédures pour détecter les images falsifiées. Lorsqu'ils recoivent une alerte, tout est très long car les auteurs ne permettent pas d'avoir une réponse claire et ensuite, il faut avertir l'Institution employant les auteurs... soit l'Institution a des procédures pour investiguer, ce qui existe en Amérique du Nord, soit elle ne fait rien... mais les journaux restent impuissants... Ils concluent cet éditorial :

"We urge all readers or reviewers who think that images or other information have been inappropriately handled to bring your concerns to the attention of the editors. By doing so you help increase the reliability of the literature, and so prevent the waste of both time and money following up fraudulent leads and fabricated insights. We strongly believe that it is in our best interest to correct errors that we have published, once we have as much information as we are likely to get — a practice that all journals should embrace."

Under suspicion. Nature 2010;464:1295.

Des recommandations pour les CER

Harold Sox, ancien rédacteur en chef des Annals on Internal Medicine, a pris le leadership d'un groupe d'experts pour préparer les journaux biomédicaux à s'intéresser aux Comparative Effectiveness Research ou CER. Depuis le rapport de l'Institute of Medicine en 2008, des états et organismes publics incitent au développement d'études pour répondre à des questions non résolues sur l'efficacité d'intervention en santé.

L'étape suivante est de disposer de recommandations minimales pour les journaux afin qu'ils diffusent de manière appropriée les résultats de cer recherches. Cet éditorial du 27 avril 2010 est publié simultanément dans plusieurs journaux : PLoS Medicine, Medical Decision Making, Croatian Medical Journal, The Cochrane Library, Trials, The American Journal of Managed Care, and Journal of Clinical Epidemiology. Il permet de simplement comprendre les enjeux des CER avec les 7 prinicpes résumés, et de lire les 'Standards for the conduct and reporting of CER' qui avec les ans devraient devenir des recommandations détaillées. Le challenge pour les journaux médicaux est important : "Medical journals are the primary evaluators and disseminators of peer-reviewed health research. As such, they must ready themselves to play a crucial role in advocating for CER, advancing CER methods and facilitating the translation of CER results into practice. Most importantly, journals and peer reviewers must do their part to ensure that CER, like all research with relevance to health, meets the highest scientific and ethical standards. They must therefore develop the methodological and statistical expertise to properly evaluate new or unfamiliar methods of health care research."

Sox HC et al. (2010) Comparative Effectiveness Research: Challenges for Medical Journals. PLoS Med 7(4): e1000269.

Impressionnant : le 10 000 ème article en 3,5 ans pour PLoS ONE !

C'est un succès de l'électronique qui pourrait faire penser que le modèle open access est viable, quand on imagine que 10 000 auteurs ou leurs institutions on payé pour être publiés. Les droits de PLoS ONE sont de dollars 1350 US en 2010. PLoS ONE a été lancé en décembre 2006 et le 10 000 ème article publié le 2 avril 2010, soit environ 3000 articles par an.....plus de 200 par mois.....

Comment peuvent rester dans la course des journaux prestigieux comme NEJM, JAMA qui publient environ 200 articles originaux par an. D'autant plus que le National Institute of Health américain est à l'origine des 7 journaux de PLoS, et que les autres publient aussi des articles.....