Rédaction Médicale et Scientifique

Méfiez-vous des méta-analyses

Le mot sonne bien ; quand on ne connait pas, on est admiratif du travail ; quand on lit un peu mieux les méta-analyses, très rares sont celles de qualité...  Il fût un temps où les méta-analyses étaient même considérées comme le meilleur niveau de preuve d'un article... PRUDENCE, et allez lire une revue systématique parue en décembre 2011 dans BMC Medical Research Methodology : 236 méta-analyses ont été évaluées. Les auteurs anglais ont utilisé la check-list des recommandations PRISMA (Preferred Reporting Items for Systematic reviews and Meta-Analyses) qui ont remplacé les recommandations QUORUM en 2009.

Le réseau des "Medical writers"

La profession de "Medical Writer" n'est pas assez reconnue en France. Il existe un réseau important en Amérique du Nord (1700 membres). Les scientifiques qui exercent cette profession sont le plus souvent d'excellents professionnels. Certains courants de pensée (en général des "Saint Just" qui ne connaissent pas grand chose de ce métier) les considèrent comme des fantômes ou nègres à tort. Ne nous trompons pas ! Regardons les faits, plutôt qu'écouter des opinions basées sur quelques cas déviants.

Iran : toujours sensible pour les publications

Quelques pays, dont l'Iran, alimentent toujours la chronique des publications. Nous avons vu les frictions Iran / Israël, les plagiats des ministres Iraniens. Encore un histoire étrange avec la rétractation d'un article de novembre 2011, et dont le titre était "Investigating the need of nuclear power plants for sustainable energy in Iran", dans un bon journal "Renewable and sustainable energy reviews" (facteur d'impact 4,567). L'article a été enlevé du site du journal, à la demande de co-auteurs !

Effets délétères des articles rétractés : ils sont cités sans imaginer la fraude...

Un article du JAMA vient d'être retiré de la littérature... Cela commence à faire un peu trop. nous avons évoqué le cas d'Anil Potti, dont des articles ont été retirés de la littérature...   Neuf articles d'Anil Potti ont été rétirés de la littérature, tous dans des très grands journaux (dont NEJM, JAMA...).  Cette fois-ci, la raison de retirer l'article de Acharaya et al : "l'hypothèse de départ de ce travail était un article dans Nature Medicine, écrit par Anil Potti qui était 'fraudé'. Anil Potti est aussi co-auteur de l'article du JAMA...

'Post-publication peer review' : à voir ?

Les pourfendeurs du peer review, en général dans la mouvance de l'open access et du tout gratuit, ont proposé le 'post-publication peer-review'. Un projet vient d'être annoncé : F1000 Research.

Le principe : vous envoyez un manuscrit à un journal, le manuscrit est immédiatemment mis en ligne, des reviewers (nombre ??) sont informés (comment sont-ils choisis ?), et discutent avec l'auteur pour réviser le manuscrit ; à un moment, les reviewers désignés mettent un tampon 'approved' ou 'not approved', mais l'article reste en ligne... Tout est transparent en permanence. Le groupe de Faculty of 1000 qui a fait du post-publication peer review son business vient d'annoncer un nouveau projet pour cette année 2012...

Revues biomédicales : améliorez vos communiqués de presse

Quatre auteurs nord-américains (Veterans/Darmouth/Toronto) ont analysé 343 news de journaux grand public, qui rapportaient les données de 100 articles provenant de NEJM, JAMA, BMJ, Annals et J of National Cancer Institute. Publication en janvier 2012 dans le BMJ. Cette équipe a beaucoup travaillé sur la dissémination des informations scientifiques. On savait que les "press releases" des journaux biomédicaux variaient en qualité, omettaient des données majeures, et n'évoquaient pas les limites des études. L'influence de la qualité de ces communiqués de presse sur la qualité des news dans les journaux grand public n'était pas connue. Ils ont utilisé des outils pour évaluer la qualité de ces documents. Ils ont identifié les communiqués de presse à partir de la base www.eurekalert.org et quelles sont leurs conclusions :

Thèses de médecine : Dallas ton univers impitoyable !

La thèse de médecine est parfois définie ainsi : "Un transfert d'os d'une tombe dans une autre". Ce n'est pas très élogieux, mais le blog de Georges Zafran nous raconte une histoire de thèse en quelques épisodes. Il nous raconte le parcours d'un "Thésard" (est-ce son cas personnel ?). C'est très vivant et de nombreux passages nous interpellent car c'est le quotidien de certaines équipes... Vous ne regretterez pas la lecture du billet 1 "au lieu de choisir le stage d'esclave avec un prof tyrannique, il a choisi l'inconnu où 2 professeurs se détestaient... et il fallait en choisir un pour le mémoire et la thèse..", ni le billet 2 : "le choix du mémoire avec professeur B, et la thèse avec professeur A... Bravo...", ni le billet 3 : "la recherche des dossiers vieux de parfois 40 ans, dans un entrepôt qui avait été inondé, etc...   et l'arrivée de professeur C...", ni le billet 4 : "la rédaction d'un abstract et la présentation en congrès...  mais pas d'informations sur la liste des auteurs de l'abstract..".

La Thèse ! Le Mémoire ! De grands moments car en pratique, personne n'a de méthodes, ni de règles du jeu..   Dallas, ton univers impitoyable.... Ils devraient lire le Guide pratique du thésard..

Conférence sur l'Open Access en France : merveilleux, mais pas encore en médecine...

A mon grand regret, je n'ai pas pu assister à la journée sur "Open Access Gold" organisée le 19 janvier 2012 sur les publications en physique. Le partage d'expérience avec d'autres disciplines est instructif..  ce que j'avais apprécié quand j'étais président de EASE, car dans le board, il y avait des physiciens, géographes, glaciologues et autres science de la terre avec les représentants des sciences de la vie. Les pratiques de publications varient beaucoup entre les disciplines scientifiques. Félicitons les organisateurs qui ont consacré une journée en France sur ce thème (Société Française de Physique, EDP Sciences, CNRS et CEA).

Un délateur anonyme sur youtube.. encore de "l'imagipulate"

Selon Science de janvier 2012, un délateur japonais a mis une vidéo de 6 minutes sur youtube pour dénoncer des bricolages divers et manipulations d'images dans des articles scientifiques. Vous pourrez voir cette vidéo qui liste 60 exemples d'images manipulées provenant de 24 articles de PNAS, Nature, etc....

Science a réussi à identifier l'auteur de cette vidéo, et l'a interviewé. Les 24 articles proviennent d'un même groupe de chercheurs (Kato), Université de Tokyo, et certains de ces articles ont été rétractés de la littérature. La liste des publications de cette vidéo est accessible.. avec les détails des illustrations. L'article numéro 18 aurait 19 manipulations : est-ce le record du monde ?

L'Université a admis que des investigations étaient en cours.. Les journaux devraient obtenir des illustrations originales, et mieux les vérifier...  Le 20 janvier, j'ai publié un billet sur ce même thème.

Normile D. Whistleblower uses youtube to assert claims of scientific misconduct. ScienceInsider, 25 janvier 2012.

13 % des chercheurs anglais altèrent les résultats....

Le BMJ du 21 janvier donne quelques informations sur une enquête dont nous n'avons pas encore toutes les données. Le BMJ a envoyé une enquête à 9036 chercheurs ayant soumis un article ou des reviewers, et plus de 2700 ont répondu.

13 % ont admis connaître des collègues ayant ajusté de manière non appropriée, exclu, altéré ou fabriqué des données. 6 % connaissaient des cas insuffisamment investigués dans leur institution.  Ces résultats ont été discuté lors d'un meeting du 16 janvier 2012, organisé par le BMJ et COPE : les institutions devraient être tenues comme responsables, et les délateurs mieux protégés. Des discussions évoquant de jeunes scientifiques menacés pour leur carrière s'ils publiaient certaines données, etc...   Classique...  

Inventez les emails des reviewers pour votre manuscrit

Dans les cas de malveillance décrits régulièrement par COPE, l'un m'a montré l'ingéniosité des auteurs. En bref, un auteur a suggéré des relecteurs existants, mais donné une adresse email inventée...  L'auteur a reçu les demandes de relecture destinées aux reviewers, et il a répondu en quelques heures....  C'est ce qui a attiré l'attention du rédacteur.

Ce rédacteur a eu des soupçons. Il a contacté les reviewers qui ont dit qu'ils n'avaient pas reçu ce manuscrit pour relecture. Ils ont confirmé que ces adresses email n'étaient pas les bonnes.... Le cas est encore en investigation...  Le site de COPE a un podcast : une discussion entre Liz Wager, présidente de COPE, et le rédacteur du journal.

L'auteur n'a pas répondu au rédacteur..  L'institution va être informée..   Cet auteur ne publiera plus dans ce journal, mais son nom n'est pas communiqué... Un autre conseil pour les rédactions : se méfier des adresses email non institutionnelles (gmail, yahoo, hotmail...).

Le savoir plagier et/ou le paraphrasage : copier sans se faire prendre ?

Personnellement, je n'aime pas le "paraphrasage", même si cette technique est enseignée par certains.....

Vendredi 27 janvier, j'ai publié un billet sur le plagiat...  et un commentaire du blog du Monde a attiré mon attention sur le paraphrasage.. C'est une technique parfois enseignée pour éviter le plagiat. Le blog de B Gastel, AuthorAid, donne des conseils aux étudiants des pays en voie de développement notamment sur le paraphrasage. Ce blog propose d'aller consulter un excellent document de ORI (Office of Research Integrity). Ce guide pour la rédaction éthique a 62 pages sur le plagiat, l'auto-plagiat...etc..  Il y a 27 recommandations reprises en pages 41 et suivantes : elles sont bien faites..

Le JAMA innove : 2 illustrations d'une vue opposée....

Nous avons annoncé l'arrivée de Harold Bauchner comme nouveau rédacteur en chef du JAMA Dans le premier numéro de janvier 2012, il annonce des changements : bravo. Dans l'éditorial, il annonce une nouvelle rubrique "point de vue". Le JAMA va donner la parole à des leaders / experts sur toute question de la profession, du système de soins, etc...  

Autre innovation : depuis 50 ans, la couverture du JAMA reproduit un tableau avec des commentaires dans le journal.. parfois des illustrations ont été publiées sur la couverture. Ce ne sera plus automatique, et par exemple des illustrations pourront être sur la couverture, en commencant par le numéro 1 de janvier 2012. Deux illustrations de peuvent être agrandies, téléchargées et elles illustrent la nouvelle rubrique "Viewpoint". Chicago étant le siège du JAMA et une ville d'architecture, les 2 illustrateurs ont choisi 2 vues opposées de leur quartier ! D'autres changements : un nouveau site internet en préparation, un blog à améliorer.....

Dans ce numéro, déjà 4 points de vue : le rythme pour abandonner les pratiques inefficaces est trop lent ; des suggestions pour limiter les coûts de santé aux USA ; la mise en oeuvre de "Affordable care act aux USA" ; d'autres stratégies pour réduire les coûts de santé...  Les auteurs sont prestigieux, et une liste de contributeurs est publiée. Quand une rubrique est créée, il existe en général des opportunités pour être accepté... Tentez de soumettre un article avec des idées à contre courant des opinions de vos maîtres.... Vous publierez dans le JAMA au risque de perdre votre boulot.

CMAJ a un nouveau rédacteur en chef

Ce journal méconnu, Canadian Medical Association Journal, est excellent. Nous savions depuis mars 2011 que Paul Hébert avait annoncé son départ. En Janvier 2012, un anglais, John Fletcher, est devenu le 17ème rédacteur en chef du CMAJ. Il a un passé de rédacteur, ayant collaboré 7 ans au BMJ. Ses ambitions sont exprimées : “I’m going to focus on maximizing the revenue of the journal and reducing our expenses. It is very important for the journal to be financially sound.” Nous avons vu les difficultés financières de ce journal qui vient de fêter ses 100 ans. Parmi ses objectifs, il veut aussi améliorer la présence électronique du CMAJ.

Le plagiat augmente-il en science, ou est-il mieux identifié ? Peut-on sévir ?

J'ai déjà évoqué le blog "Passeur de Sciences" qui informe le grand public sur des problématiques diverses. Le billet du 26 janvier 2012 est sur le plagiat en science. Plein de liens et informations intéressantes, à découvrir. L'auto-plagiat est prépondérant ! Pas de solution convaincante pour arrêter le phénomène, et surtout un témoignage d'un expert qui a eu quelques ennuis en dénonçant le plagiat. J'ai publié des billets sur le plagiat mais beaucoup de scientifiques ne voient pas les dangers du plagiat.... ni de l'auto-plagiat.... Dans les commentaires de ce billet, vous aurez des conseils pour le "paraphrasage", méthode que j'ai vu employée...   mais je ne savais pas qu'après avoir fait de la paraphrase, il fallait soumettre au logiciel anti-plagiat pour être sûr de ne pas se faire prendre !!!

Bravo à Pierre Barthélémy qui anime ce blog et merci à O. Chabot pour l'information.

Les rapports cliniques des essais médicamenteux devraient être disponibles

Belle étude dans le BMJ avec une comparaison originale, dont la conclusion n’étonne pas. Les auteurs sont des allemands de IQWiG (the German Institute for Quality and Efficiency in Health Care), organisation comparable à notre HAS. Ils ont fait un travail énorme à partir de 268 études citées dans 16 rapports de technologies, dont la moitié sur les antidépresseurs. Ils ont comparé 3 documents, quand ils étaient accessibles : le rapport complet de l’étude (le raport communiqué aux autorités de santé), la publication sous forme d’article de journal, et le résumé accessible dans un registre (par exemple comme clinicaltrials.gov).

Amélioration du peer review en utilisant des guidelines : effet minime

L’idée de proposer aux reviewers des recommandations pour analyser les articles est bonne, mais cette stratégie ne semble pas très efficace. Un essai randomisé a été effectué au sein du journal catalan « Medicina Journal ». Les auteurs ont comparé une relecture d’article dite ‘conventionnelle’ à une relecture dite complémentaire avec utilisation de recommandations CONSORT (recos pour publier les essais randomisés) ou STROBE (recos pour les études observationnelles en épidémiologie). Ces recommandations ont été faites pour les auteurs lorsqu’ils préparent des manuscrits, et n'ont pas été concues pour des reviewers.

Critères de paternité d'un article : toujours peu appliqués

Des données nouvelles viennent conforter le fait que les critères de qualification des auteurs d'articles scientifiques sont ignorés. C'est un article de janvier 2012 dans Archives of Internal Medicine, par une équipe espagnole qui a montré l'ignorance des critères de ICMJE (International Committee of Medical Journal Editors ou groupe de Vancouver). Ils ont analysé les recommandations auteurs de 135 journaux biomédicaux (facteur d'impact moyen de 6,1), et montré :

• 7 des 32 journaux (21,8 %) publiant uniquement des revues générales demandaient le respect des 3 critères ; 53 des 104 journaux (51,4 %) publiant des recherches origianles demandaient les 3 critères ;
• 50 des 135 journaux endorsaient clairement les recommandations de Vancouver, et 9 (18 %) ne demandaient aucun des 3 critères ! 85 des 135 journaux n'endorsaient pas ces recos, et 44 (51,7 %) ne demandaient aucun des 3 critères.

Le NEJM a 200 ans ! Bon anniversaire

Le numéro du 5 janvier 2012 du New England Journal of Medicine contient des articles pour célébrer le 200^ème anniversaire...  et toutes les archives sont en ligne...Tout d'abord un site dédié à cet anniversaire liste toutes les découvertes majeures publiées dans le NEJM...  impressionnant et amusant. Des interviews des rédacteurs. Vous pouvez voter pour l'article le plus important plublié par le NEJM...

Imagipulate or perish : manipuler les images dans les articles !

Les nouvelles technologies ont permis d'améliorer la qualité des images dans les journaux. Nous savons que dans les magazines, les mannequins n'ont plus de cellulite. Dans les journaux biomédicaux, c'est pareil. Il est intéressant de lire l'histoire de la rétractation d'un article du Journal of Immunology car des images ont été bricolées... Cet article de 2010 a été rétracté en 2011 à la demande du rédacteur (par qui a-t-il été informé ?).

 Les auteurs ont expliqué qu'il y avait eu des erreurs de figures, et que ce n'était pas intentionnel, mais que l'article devait être retiré de la littérature.... Ce sport est très pratiqué en biologie, en chirurgie plastique (disparition des cicatrices post-op par exemple), et autres disciplines.... attention la manipulation d'images (en radiologie par exemple) peut aussi aider au diagnostic dans certains cas... mais ne pas confondre avec les publications....

La revue de la littérature : bien écrite, c'est intéressant

Je dois avouer que je ne sais pas toujours donner de bons conseils pour écrire des revues de la littérature (sauf de l'interdire après un cas clinique, car ce mélange des genres n'est jamais séduisant). C'est un énorme travail sur un sujet limité. Deux types existent : les revues systématiques ou méthodiques (en fait ce sont des articles originaux) et les revues narratives (dites autoritaires d'après les rédacteurs de revues). Certains journaux préfèrent les revues systématiques (BMJ, JAMA, Annals par exemple), d'autres préfèrent les revues narratives (Lancet, NEJM). Les revues de spécialités publient les 2 types, mais c'est très variable.

Full et pseudo "open access" des revues : copyright ou copyleft ?

Cet éditorial de PLoS Biology en novembre 2011 attaque le pseudo "Open Access" (OA). Les journaux du groupe PLoS, et d'autre maisons d'éditions pratiquent le "Full OA". Le début de l'article est une ode aux auteurs qui acceptent de payer pour être publiés : il faut les féliciter. Une revue en "full OA" veut dire pour les articles : 1) le contenu est facilement acessible sur internet, 2) c'est gratuit, 3) le contenu peut être réutilisé sans condition sauf de citer la source. Les points 1 et 2 et 3 doivent être remplis pour être en plein accès ouvert. Mais que veut dire "pseudo OA" ?

Après le PSG, les journaux biomédicaux électroniques

Nous avons vu hier que de nouveaux journaux électroniques basés sur le modèle PLoS ONE se développaient rapidement. La politique de ces journaux : "Nous publions tout du moment que les méthodes sont bonnes et que les conclusions sont basées sur les données (et si les auteurs payent plus de 1000 $)". Hier, j'ai cité les concurrents de PLoS ONE : allez voir Springer Plus qui ouvre ce mois ci. La fondation Qatar développe des journaux biomédicaux.., et surtout QScience ! L'éditorial de lancement annonce de grands noms, dont un prix Nobel... C'est bien fait, de qualité, peer reveiwed, avec de grands noms semble-t-il parmi les comités de rédaction. Ils demandent de 995 à 1995 $ pour les articles acceptés selon les journaux..    Est-ce que le rédacteur en chef a un contrat comme les vedettes du PSG ?

PLoS ONE publie 70 articles par jour : l'écosystème OA !

C'est un éditorial d'autocongratulation qui a été publié dans PLoS Biology de décembre 2011 pour fêter les 5 ans de PLoS ONE et surtout l'écosystème Open Access (OA). PLoS ONE est qualifié de "megajournal" avec 14 500 articles publiés en 2011.. soit 1 article sur 60 indexés dans PubMed... Mais je reste dubitatif devant cette inondation :  Comment distinguer les bons des mauvais articles ? Comment croire qu'un taux d'acceptation de 70 % est un critère de qualité ?

Top 10 de la "Cuisine érudite" 2011 : les meilleurs plats des chefs !

Le blog Scholarly Kitchen commente régulièrement des faits marquants dans le domaine des maisons d'éditions et des journaux. Comme ce blog s'appelle "la cuisine érudite", Ils ont sélectionné les 10 meilleurs plats des chefs 2011, et nous en avons déjà commenté certains. Voici cette liste :

• Gouvernance et maisons d'édition associatives
• Est-ce que les rédacteurs de journaux sont un anachronisme ?
• Que nous apprend l'abolition des frontières ?
• Le coût de l'impression
• L'open access des contribuables existe (les organismes publics ont encore trop de rapports peu accessibles)
• La crise de l'accès aux données sources
• Est-ce que les maisons d'édition Open Access et traditionnelles sont dans le même business ?
• La persistance bornée du modèle des abonnements
• Est-ce que le "Patron-driven acquisition model" est le futur modèle des bibliothèques (l'achat des articles recherchés plutôt que des abonnements à des revues) ?
• Mesurer les mauvais indicateurs : est-ce que la méthode scientifique a été compromise par le carrièrisme ?
• Est-ce que le peer-review est un pile ou face ?