Rédaction Médicale et Scientifique

La mort du facteur d'impact : COUNTER ou d'autres indicateurs ?

Le paradoxe :

• les auteurs, les rédacteurs utilisent beaucoup le facteur d'impact pour choisir des revues et évaluer des carrières, alors que les institutions recommandent de ne pas l'utilser, et que même son inventeur (E Garfield) est etonné de la naïveté des chercheurs vis à vis du facteur d'impact ; en France, le rapport Gaillard en 2011 et l'Académie des sciences ont demandé de ne pas utiliser le facteur d'impact pur les carrières ;
• nombreux sont les projets pour disposer d'un autre indicateur plus fiable, mais rien n'est encore convaincant. Les groupes comme PLOS, BioMedCentral ont énormément de données (pages views, pdf download, HTML metrics, etc..). Nous avons vu le manifeste Altmetrics !

Parmi tous ces projets, l'un est important COUNTER, pour Counting Online Usage of NeTworked Electronic Resosurces. Ce projet a démarré en 2002 en angleterre (société non commerciale) avec de nombreux sponsors, bibliothécaires et maisons d'éditions. C'est un énorme travail. Il s'agira de compiler des données statistiques sur les revues, et ces données seront fournies par les maisons d'édition participantes, en respectant des codes de pratiques pour compiler les données.

Sur l'advisory board, il y a 2 représentants français, pour Couperin et Inist. En avril 2013, le consortium Couperin s'est prononcé en faveur de l'accès ouvert de tous les résultats des recherches en France.

Attention aux conflits d'intérêts : excellentes conférences plénières lors de la 3ème conférence sur l'intégrité scientifique

Lors de la conférence mondiale sur l'intégrité de la rechercche à Montréal, nous avons eu plusieurs conférences plénières de qualité. Dan Ariely, israélo-Américian de Duke University, a parlé 30 minutes, sans notes et sans diapos devant 350 personnes très attentives..Sa conférence : (Dis)Honesty. Il a raconté plein d'expériences en sociologie où notre intégrité est en jeu. Quelles sont les limites entre mensonge et bonne foi ? Cette conférence n'a pas été enregistrée, mais j'ai retrouvé les conférences TED qu'il a faites, et certaines sont doublées en français.

La conférence de 6 minutes sur les conflits d'intérêts (sous titrée en français) commence par son histoire. Il a été brulé et a été longtemps hospitalisé...  dans les suites, un médecin veut essayer un nouveau traitement que Dan n'accepte pas... Le médecin désappointé lui dit finalement que c'est pour une publication...  la suite nous montre que d'autres conflits d'intérêts existent.

Dan Ariely est un "économiste comportementaliste". Il a un blog et d'autres vidéos en anglais sont sur TED. Il nous demande si nous sommes vraiement responsables de nos décisions. Ses livres sont des bestsellers aux USA. J'ai acheté "The (Honest) Truth About Dishonesty: How We Lie to Everyone---Especially Ourselves", mais je le lirais plus tard.

Les revues électroniques peuvent-elles lier les publicités au contenu éditorial ?

J'ai participé à une session du congrès de CSE (Council of Science Editors) animée par C Laine (Annals of Internal Medicine), et M Winkler (PLOS) le 6 mai 2013 à Montréal. Cinq cas ont été longuement discutés. J'ai traduit, un peu raccourci et adapté le cas suivant. Discutez-en lors de la prochaine réunion de votre comité de rédaction :

L'éditeur de votre revue, Jounal X, propose de vendre des publicités électroniques sur le contenu de certaines pages de la revue. Cette opportunité est maintenant possible grâce au nouveau système électronique dont les performances sont exceptionnelles. Les publicités apparaîtront sur les pages HTML des articles et seront adaptées au contenu éditorial selon le médicament de la publicité. L'éditeur est enthousiaste avec ce nouveau système. Il explique au rédateur en chef du Journal X que cet outil va augmenter substantiellement les ressources de la revue. C'est facile pour la lectuere, et l'internaute pourra cliquer sur les publicités qu'il choisit de consulter et qui seront liées à sa pratique. Le rédacteur est concerné, et il se demande si le lien aux publicités n'est pas cohercitif.

• Que pensez-vous du lien entre les publicités et le contenu éditorial ? Pensez-vous que les lecteurs vont se plaindre ?

Un patron furieux d'avoir été oublié parmi les auteurs : la jeune étudiante a été virée

Apprendre par ses erreurs est parfois dangereux : une étudiante américaine (Jessica Tang) a été mise dehors d'un service d'orthopédie en Californie car elle avait 'oublié' de mettre son patron parmi les auteurs....   Elle avait raison car les recommandations du groupe de Vancouver sont très explicites : tous les auteurs doivent avoir contribué au travail ; un chef de service qui a mis à disposition des moyens, sans participer au travail, doit être remercié. Elle avait bien remercié le chef de service, mais il voulait être auteur (cette pratique semble très répandue).

L'article a été publié dans Journal of Neurosurgery (octobre 2012), et la jeune étudiante a dû demander de rétracter (décembre 2012) cet article de la littérature sur demande du chef de service. Vous verrez la cause de la rétractation... l'article est valide, a été expertisé...  Elle aurait dû comprendre les règles implicites de ce service, et apprécier la politique des orthopédistes américains.... Cette histoire a été détaillée sur le blog de A Marcus et I Oransky, et ils ont publié un éditorial à propos de ce cas en février 2013 dans LabTimes.

PRISMA adapté pour les résumés des revues systématiques : bonne idée

Il a été montré que les résumés et titres des revues systématiques n’étaient pas toujours explicites, ni très précis. C’est pour cela que le groupe rédacteur de PRISMA (Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses) a publié, dans PLOS Medicine le 9 avril 2013, des recommandations spécifiques pour les résumés des revues systématiques. PRISMA a un site dédié.

La checklist pour les abstracts comprend 12 points qui sont très bien détaillés avec des exemples dans cet article. Ces 12 points sont : 1) Title, 2) Objectives, 3) Eligibility criteria, 4) Information sources, 5) Risk of bias, 6) Included studies, 7) Synthesis of results, 8) Description of the effect, 9) Strengths and limitations of evidence, 10) Interpretation, 11) Funding, 12) Registration.

Lors des cours de rédaction, je dois souvent montrer des checklists pour écrire des articles, et tout devient plus facile pour les auteurs qui galèrent s'ils lisent les recos adaptées aux méthodologies de recherche. Dans cette checklist de PRISMA/abstracts, le point 9 est intéressant. Trop d’auteurs pensent à expliquer les limites de leur travail, mais ils oublient les forces à bien mettre en évidence. Lorsque vous écrivez un manuscrit, faites un peu de marketing et ‘vendez’ votre travail en mettant en évidence ses forces.

Il est important de noter que les protocoles de revues systématiques doivent être enregistrés, et nous avons présenté le registre des revues systématiques : PROSPERO.

Beller EM, et al. PRISMA for abstracts : reporting systematic reviews in journal and conference abstracts. PLOS Medecine 2013 ;10(4) :e1001419

Le système GRADE pour évaluer les preuves et préparer de bonnes recommandations de pratique clinique est applicable aux interventions de santé publique

GRADE (The Grading of Recommendations Assessment, Development and Evaluation) est insuffisamment connu en France. Cet outil permet d'évaluer le niveau de preuve des études, et de proposer la force des recommandations. Il a été adopté par de nombreux groupes ou organisations qui produisent des recommandations de pratique clinique. Plus de 65 organisations nationales et internationales ont adopté GRADE (mais personne en France). 

18 entretiens semi-directifs ont évalué l’application de GRADE en santé publique, dans une étude faite par 2 auteurs (avec 4 adresses Munich, Hamilton Canada, Buffalo NY et Beirut Libanon) et publiée début 2013 dans BMC Public Health. Il avait été dit que cette discipline ne pouvait pas bien utiliser GRADE. Ce n’est pas vrai. Au contraire, GRADE a bien aidé les rédacteurs de recommandations, et bien sûr des améliorations ont été suggérées.

Les auteurs de cet article ont bizarrement mis un sous-titre ‘empirical study’ alors que s’ils avaient mis ‘18 entretiens semi-directifs’, cela aurait été clair… mais nos revues ‘quantitatives’ n’aiment pas suffisamment le ‘qualitatif’.

Trop de recommandations, avec le temps, sont devenues subjectives, et se sont éloignées des preuves existantes. Réaliser des revues systématiques est difficile, et les groupes rédacteurs de recommandations sont pressés..   et la qualité diminue..    NO COMMENT !

Rehfuess E, Akl EA. Current experience with applying the GRADE approach to public health interventions : an empirical study. BMC Public Health 2013 ;13 :9.

Publication double (avec auto-plagiat traduit) en urologie entre Mondor, La Pitié-Salpétrière et Aulnay-sous-Bois. Des auteurs qui connaissent les règles d’éthiques des publications, mais ne les respectent pas…

Note ajoutée le 15 mai : un des co-auteurs, Dr M Rouprêt, m'a informé qu'il s'agissait d'un quipropquo et d'une mauvaise communication entre les auteurs. C'est possible, et en ce cas, je m'excuse et je confirme bien la probité des auteurs. Je n'ai pas la version du premier auteur, ni la confirmation de rétractation d'une des publications. Comme dit dans le titre de mon billet, je ne doute pas de la connaissance des règles d'éthique par les auteurs. Voir commentaires à venir en bas de ce billet.

Dupliquer les données dans la littérature complique le travail de ceux qui font des revues de littérature, trompe les lecteurs et nuit à l’intégrité de la science… ! Soumettre à 2 revues simultanément est une mauvaise pratique qui fait travailler inutilement des reviewers, et gaspille des ressources.

Le cas d’un homme de 53 ans avec un PSA à 5,62 ng/mL et un TR non suspect, a été publié 2 fois. Il s’agit d’une double publication (avec auto-plagiat en traduisant). Quelle est la revue qui possède l’antériorité ? Quelle est la revue qui doit rétracter l'article de la littérature ? Les revues sont-elles des victimes (innocentes ?). Les faits :

•  L’article de la revue Case reports in Urology (Hindawi) a été accepté le 30 janvier 2013, et pro bablement mis en ligne aussitôt (après payement de 300 $, à vérifier), mais il n'y a pas de date de publication :

Case Report. Hepatitis C Transmission after Prostate Biopsy. Karim Ferhi, Morgan Rouprêt, Pierre Mozer, Guillaume Ploussard, Alain Haertig, and Alexandre de La Taille. Received 28 November 2012; Accepted 30 January 2013

• L’article de Progrès en Urologie (Elsevier), est dans le numéro de mars 2013, il a été accepté le 3 janvier 2013 et probablement mis en ligne aussitôt (à vérifier) :

Cas clinique. Un cas de possible transmission du virus de l’hépatite C au décours d’une biopsie transrectale échoguidée de prostate. A case of hepatitis C virus possible transmission following a transrectal ultrasound guided prostate biopsy. K. Ferhi, A. Haertig, P. Mozer, A. de la Taille, M. Roupret, E. Van Glabeke, M.-O. Bitker. Reçu le 21 décembre 2011 ; accepté le 3 janvier 2013. (On pourrait penser qu’il s’agit du 21 décembre 2012 et non pas 2011… Je ne sais pas… Soit Progrès en Urologie travaille trop lentement et répond en 12 mois, soit travaille trop vite et répond pendant les vacances de Noël).

Les titres ne sont pas les mêmes et je vous laisse apprécier les subtilités des titres…. ; regardez les 2 résumés en anglais !!!!   mais il y a bien pire...

Des 'prédateurs' pour ceux qui veulent publier vite (et publier ce qui est déjà publié) : Chirurgiens ! Faites attention

Ce n'est pas la première fois que j'avertis sur ces pratiques, mais je reçois vraiement trop de sollicitations bizarres. Certains d'entre vous publient chez des prédateurs. Voici deux exemples de début mai 2013.

Ces 2 demandes viennent de Lifescience Global (Pakistan et Canada), et de OMICS group qui font partie des prédateurs. Parmi les prédateurs, il y a probablement Hindawi, surnommée The house of spam. Hindawi a une adresse au Caire (Egypte) et une adresse à New YorK. Hindawi est plus profitable que Elsevier. Demain (14 mai), je vous expose un cas intéressant de chirurgiens parisiens prestigieux qui n'ont pas hésité à publier chez Hindawi pour 300 $, et en plus pour dupliquer un bon travail. La motivation ? Augmenter les lignes sur un CV en trompant les lecteurs et en polluant la science......

Premier exemple reçu le 8 mai :

La vie des fraudeurs n'est pas drôle : Stapel a failli se suicider

Lors du congrès sur l'intégrité de la recherche à Montréal début mai, il a été beaucoup question de Diederick Stapel, ce sociologue hollandais accusé d'avoir fabriqué des données, et licencié de l'université. Nous avons évoqué ce cas et il a envron 55 articles rétractés de la littérature. J'ai parlé longuement avec P Drenth qui a été le chairman d'un des 3 comités universitaires ayant évalué les travaux de Stapel. P Drenth a évalué les publications de 1993 à 1999 dont les archives étaient introuvables. Stapel a porté le discrédit sur la science en Hollande, et les institutions n'étaient pas préparées. Quelques commentaires :

• On ne sait pas bien ce que fait D Stapel en avril 2013 ; il aurait tenté de se suicider ; selon sa personnalité, le suicide pourrait être interprété comme un chantage ; pas de traces car son email ne marche plus ; sa femme travaille pour payer les emprunts !

L'intégrité scientifique est mal aimée dans les Universités, et organismes de recherche.... 2 congrès internationaux à Montréal

J’ai participé à 2 congrès à Montréal début mai 2013 : Council of Science Editors (CSE) et World Conference on Research Integrity (WRCI). J’ai pu discuter avec de nombreux rédacteurs nord-américains et européens. Le CSE avait 350 personnes de moins de 10 pays, et essentiellement des USA, avec 9 sponsors et 16 exposants. La WCRI avait 380 personnes de 46 pays avec 34 partenainres et pas d'exposants, et j’ai surtout suivi les discussions sur les rapports entre revues scientifiques et institutions. Quels messages principaux :

1. CSE : l’électronique change les comportements des revues biomédicales, surtout le modèle économique et en apportant de nombreux indicateurs (la mort du facteur d’impact ?) ; une session CSE/COPE a montré une communauté de pensée Europe/USA sur les questions éthiques ; une session sur les aides rédactionnelles dans le reste du monde ; une conférence plénière décevante de Jeff Drazen (NEJM) sur l’histoire des publications ; les diapositives seront en ligne sur le site dans quelques jours, et je commenterai bientôt des sessions ;

Top 20 des revues ayant rétracté le plus d'articles : PNAS en tête

Un site vous apportera des infos en temps réel sur les rétractations d'articles dans PubMed. Une des pages présente les revues ayant eu le plus d'articles rétractés..   Et le grand prix revient à PNAS ! Science en 2, Nature en 5ème position..   Une revue de spécialité a un record : Anesthesia & Analgesia grâce à J Boldt. Dans le top 20, il y a NEJM, mai Lancet, JAMA, BMJ et Annals ne sont pas sur cette liste. The Lancet a eu 7 articles retirés de la littérature... D'autres données vous intéresseront....  Ce site a été fait par un bioinformaticien anglais qui vit en Australie.

Pourquoi les revues les plus prestigieuses ont plus de rétractations que les revues moins prestigieuses ?

Trop d'études publiées n'ont aucun intérêt car la puissance statistique est faible, notamment en neurosciences !

Cette belle étude apporte des arguments aux experts qui, comme Iain Chalmers, ou The Lancet, expliquent que de nombreuses recherches sont inutiles et un gaspillage de ressources. Dans Nature Reviews Neuroscience, (10 avril 2013) des auteurs anglais et américain, dont JP Ioannidis, ont évalué la puisance statistique des études publiées. Ils ont choisi le domaine des neurosciences (mais leurs données sont peut-être identiques dans d’autres domaines), et après une recherche documentaire analysé 48 méta-analyses en 2011. Ils ont facilement montré que le pouvoir statistique moyen des études était bas. Beaucoup d'études avaient des puissances statistiques de 20 à 30 %, alors qu'il faudrait plus de 80 %. Cela diminue la chance qu’un résultat statistiquement significatif soit un vrai effet… Trop d’études dans la littérature ont des effectifs insuffisants, n’ont pas calculé à priori le nombre d’animaux, ou de patients à inclure.

C’est un article très méthodologique et didactique, bien que très détaillé et compliqué. Les auteurs ne sont pas défaitistes car ils proposent des recommandations pour améliorer les connaissances en neuroscience : Calculer le nombre de sujets/animaux à inclure avant de faire le travail ! Décrire les méthodes en détail avec leurs limites ! Enregistrer les protocoles et plans d’analyses avant de faire une étude ! Permettre un accès aux données sources de nos recherches ! Travailler en collaboration avec d’autres équipes pour augmenter la puissance des études, et la reproductibilité !

Y’a plus qu’à faire ! Cela semble simple, mais trop souvent c'est ignoré !

Cet article a été analysé par P Barthélémy sous le titre 'Doutes sur la fiabilité des neurosciences' sur son blog et m’a été signalé par Ph Touraine que je remercient.

Button KS, et al. Power failure : why small sample size undermines the reliability of neuroscience. Nature Reviews Neuroscience 14, 365-376 (May 2013) | doi:10.1038/nrn3475

Les données non publiées nuisent à l’intégrité de la recherche, mais elles sont accessibles pour ceux qui les cherchent !

C’est un sujet mal connu et rares sont les publications évaluant l’ampleur du problème. Une belle étude (BMJ, 23 avril 2013) a consisté à interroger 5915 auteurs de revues Cochrane sur leurs pratiques pour rechercher les données non publiées. 2184 (36,9 %) ont répondu à une enquête par voie électronique très détaillée. Même si ce taux de réponse n’est pas satisfaisant (encore qu’il soir élevé), cette étude nous apporte des données objectives dans le contexte Cochrane. 75,8 % des répondeurs ont eu à rechercher des données non publiées Dans 55,1 % des cas (913 cas sur 1956), des données ont été obtenues. Les données individuelles de patients ont été obtenues dans 20 % des cas. Ces données ont surtout (75 % des cas) été transmises par des investigateurs d’essais cliniques. C’est une étude importante car elle montre qu’avec des efforts l’accès à des données non publiées est possible. On sait que les données non publiées sont plus souvent négatives que les données publiées. Article bien écrit avec de nombreux tableaux explicites. Ces données non publiées sont une cause de distorsion de la perception de la science : les études positives sont publiées plusieurs fois, les études dites négatives sont rarement publiées. Ce travail a été fait dans le contexte des auteurs de revues Cochrane, et on pourrait supposer que les résultats seraient moins bons dans d’autres domaines. Nous connaissons l’importance des données non publiées pour faire de bonnes revues systématiques et méta-analyses.

Schroll JB, et al. Searching for unpublished data for Cochrane reviews : cross-sectional study. BMJ 2013 ;346 :f2231

La vie de J Boldt, après la rétractation de 90 articles fraudés en anesthésie

C'est le BMJ de mars 2013 qui retrace l'histoire de J Boldt, un anesthésiste allemand avec une réputation internationale, spécialiste des colloïdes. Nous avons évoqué J Boldt plusieurs fois sur ce blog. L'affaire a commencé le 18 décembre 2009 par un email envoyé au rédacteur en chef de Anesthesia & Analgesia, S Shafer, à propos d'un article de décembre 2009. D'après l'email : "The results are all very consistent, all very much statistically significant with very small standard deviation....... extraordinary given the small number of included patients". L'email traitait l'effet de 'magique'. Un 2ème email quelques jours plus tard, un 3ème email en janvier...   Boldt soumettait un article par mois à des revues d'anesthésie avec de petits effectiffs, mais des résultats excellents. Shafer contacte Boldt qui ne répond pas puis l'Université allemande en mai 2010, et Boldt est licencié en novembre 2010. Mars 2011, 18 revues rétractent 88 articles dans une même déclaration. Tout a été très très rapide par rapport à d'autres situations où les employeurs protègent leurs employés. Pourquoi Boldt a fait cela ? Par vanité, par auto--satisfaction, mais probablement pas pour l'argent. En 2013, Boldt est anesthésiste en République Tchèque semble-t-il.. mais cette info a été démentie dans une lettre au BMJ...    La procédure criminelle suit son cours... L'article se termine par une phrase surprenante : les collïdes tueraient encore 200 à 300 malades par an au Royaume Uni...    Je ne suis pas spécialiste pour interpréter...

Les conséquences cliniques ont été nombreuses, et sont bien discutées dans l'article du BMJ. Quatre lettres du BMJ en avril attirent l'attention sur le silence des co-auteurs, et sur l'urgence qu'il y a à changer de culture....

Wise J. Boldt: the great pretender. BMJ 2013;346:f1738

La Revue du Médicament : un projet intéressant

Une revue a été lancée en octobre 2012 avec quelques innovations. C'est un projet ambitieux. La Revue du Médicament (ou des médicaments ?) est une revue électronique mensuelle avec un numéro pour les professionnels de santé et un numéro pour le grand public.

Pour le lancement, tout est d'accès gratuit (sous réserve d'enregistrement), mais le modèle économique sera sur abonnements : 35 € par an pour les professionnels, 5 € par an pour le grand public. L'abonnement de lancement comprend une tablette tactile. Il n'y a pas de publicité, bien que la thématique soit médicamenteuse. C'est un projet intéressant car des experts s'expriment, et les fiches de transparence sont accessibles pour les médicaments cités. Le numéro grand public est un numéro adapté, mais peut-être encore trop détaillé.. à voir. Aucune maison d'édition n'est derrière ce projet, et c'est peut-être une faiblesse.

Nous avons tous besoin de réconciler les professionnels et le public avec le médicament après la désinformation du Muppet Show de l'Institut Necker (cet Institut est une coquille vide).

 

Des recommandations éthiques pour les reviewers par COPE (Committee On Publication Ethics)

Nous avions évoqué la préparation de ces recommandations, et elles viennent d'être publiées. Elles sont nécessaires, et que contiennent-elles :

• Les principes de base : accepter de relire des articles pour lesquelles le relecteur a les compétences ; respecter la confidentialité ; ne pas utiliser les données pour soi-même ou des collègues ; déclarer ses liens d'intérêts ; évaluer le fond sans tenir compte de l'origine de l'article, des auteurs, etc...; être objectif et constructif ; être professionnel ; reconnaître qu'imiter quelque'un d'autre dans le peer review est une mauvaise pratique.
• Les relecteurs doivent répondre vite (même pour dire non) ; dire s'ils ont déjà vu l'article ; suivre les instructions de la revue ; ne pas relire s'ils écrivent un mauscrit similaire ; suggérer d'autres relecteurs si besoin ; ne pas relire s'ils ont été engagés dans le travail.
• Les relecteurs doivent tout lire avant de donner leur avis ! Ils ne doivent pas faire relire pas des collègues, informer la revue de toutes questions qu'ils se posent sur leur travail de relecture, en particulier s'ils suspectent de mauvaises pratiques ; ne pas retarder la relecture sans raisons.
• Ensuite, il y a des conseils pour écrire son avis de relecture.

CTRL-V : le soucis principal des rédacteurs des revues prestigieuses

Le logiciel iThenticate est le plus utilisé par les revues scientifiques de langue anglaise pour détecter les plagiats. Un blog dédié contient des news régulières, et le rabbin Gilles Bernheim a été cité dans les news de ce blog. iThenticate a fait une enquête auprès de 120 rédacteurs de revues prestigieuses, et leur a demandé quelles étaient les menaces pour l'intégrité de la science. Les 5 principales étaient :

• plagiarism,
• pressure to publish,
• poorly designed studies,
• technological advances that simplify image or data falsification,
• conflicts of interest between researchers and industry.

Tout ceci a été présenté et discuté lors d'un webinar, et nous attendons la publication détaillée.

 

Journée internationale de la femme : Wiley nous offre de nombreux articles !

En cette journée internationale de la femme, Wiley a la bonne idée de nous offrir en accès libre de nombreux articles publiés dans diverses revues depuis les années 2000. Il y a aussi des chapitres de livres. C'est une excellente initiative et j'en ai consulté quelques uns. Ils sont réunis sous 14 thèmes :

• The glass ceiling
• From history to herstory
• Sexism in the media
• The gender pay gap
• Women's writing
• Gender & social policy
• Wommen in government
• Feminist phylosophy
• Gender equality in education
• Gender as a social construct
• The role of women in religion
• Women's healthcare policy
• Gender stereotypes in childhood
• Feminist geography & migration

DPC : accident prévisible avant la visite de la cour des comptes... 2 articles d'opinions

Les armées se préparent au combat du DPC (Développement Professionnel Continu). Ensuite le crash sera décrit dans un rapport IGAS ou de la cour des comptes dans quelques années. J'ai eu le privilège d'être sollicité pour donner mon opinion par 2 revues.

Je remercie la revue "Médecine" qui a mis en ligne un éditorial consacré à la problématique des crédits de formation à attribuer aux auteurs, relecteurs, et lecteurs des articles biomédicaux. Cet éditorial est en accès libre. Merci à John Libbey qui m'autorise à communiquer ce texte. Nous avons écrit plusieurs billets sur ce thème controversé.

Je remercie la Fédération Nationale des Médecins Radiologues qui, dans sa Revue du Médecin Radiologue d'avril 2013 a publié un artcile intitulé : "L’Europe du DPC se fera sans la France ! Un système simple et pragmatique de FMC serait une base solide pour réussir." Notre système français a manifestement des marges d'amélioration ! Cet article devrait plaire car nombreux sont les collègues qui m'ont témoigné des opinions rarement exprimées en public. Voici le pdf de ce texte (merci à la FNMR). Des experts sont d'accord avec mon constat, par exemple Bernard Maruani (éditorial de TLM avril-juin 2013), je cite "...  beaucoup estiment que le beau schéma théorique - la formation articulée à une évaluation des pratiques - risque de se fracasser contre les nécessités de la production de masse et que l'on pourrait bien revenir en catimini à la formule d'antan - FMC assortie de pré et post-tests"

Pour le DPC français, il va falloir échanger les données car la révision de la directive européenne sur la qualification des médecins pourraient demander une harmonisation du DPC en Europe...

Liens d'intérêts : je suis l'auteur de ces 2 articles promotionnels d'un système DPC simple

Parfois des reviewers (anonymes) ont plus contribué au manuscrit que certains auteurs !

Habile pamphlet publié dans le BMJ de janvier 2013 avec un cas factice montrant que les reviewers remplissent parfois tous les critères pour être reconnus comme auteurs (voire mieux que certains auteurs). Il existe des articles pour lesquels les remarques des reviewers sont pertinentes, à l’origine de nouvelles analyses, etc..  et des revues demandent l’approbation finale des reviewers sur la version modifiée du manuscrit. Les critères de paternité des articles de ICMJE sont souvent remplis par les reviewers : un exemple factice dans cet article.

Tout ceci pour dire qu’il faudrait mieux reconnaître le travail de certains reviewers, qu’il faudrait aussi connaître les éventuels liens d’intérêts des reviewers, et les déclarer. Est-ce bientôt la fin de ce système archaïque où l’anonymat est roi quand la transparence est exigée de la plupart des acteurs de nos systèmes de soins ? Des revues pratiques déjà le peer review ouvert, mais elles sont minoritaires…

Erren TC, et al. Peer reviewers can meet journals’ criteria for authorship. BMJ 2013;346:f166.

 

Les rédacteurs des revues s'intéressent peu aux auteurs fantômes : cette tolérance nuit à la science

Article court de nos amis espagnols dans le JAMA Internal Medicine, 8 avril 2013, à propos des auteurs fantômes. Ce sont les oubliés sur les publications, et ils sont probablement nombreux. Les 2 pratiques prévalentes sont les rédacteurs de l'industrie, et tous ces jeunes internes, assistants, thésards auxquels des séniors piquent le travail pour le publier.

En pratique, X Bosch et al ont analysé les instructions aux auteurs de 399 revues biomédicales de langue anglaise et de facteur d'impact moyen 6,5.. donc des revues prestigieuses. Les revues ne chassent pas les fantômes : 10 % ont une définition des auteus fantômes, 6 % ont une politique pour les rechercher et condamner ; 17 % des instructions aux auteurs mentionnent au moins une fois les auteurs fantômes, disant que c'est une mauvaise pratique. Ceci témoigne bien que les auteurs fantômes ne sont pas considérés comme problématiques pour les rédacteurs de revues biomédicales prestigieuses : c'est un laxisme de la communauté scientifique qui est connu. Il existe pourtant des guides d'éthiques, des arbres de décision pour lutter contre les fantômes. Cet article du JAMA Internal Medicine semble être bien commenté, notamment sur le site de Reuters.

Je suggère de ne pas faire cette étude sur les recommandations aux auteurs des revues françaises, car la réponse est claire : aucune attention à ces problèmes, voire des revues signent sous des noms fantômes !  

Je vous rappelle que les revues du groupe JAMA sont actuellement d'accès gratuit sur tablettes et smartphones.

Bosch et al. Ghostwriting policies in high-impact biomedical journals: a croos-sectional study. JAMA Internal Medicine, 2013, Online first April 8

 

Je remercie Catherine Mary pour l'information.

Récompenser les études reproductibles ! Eh oui, la plupart des études publiées sont difficiles à reproduire !

Problème négligé, mais combien important : la reproductibilité des études publiées ! Nous avons vu que les chercheurs d'Amgen, et de Bayer avaient publié leurs données : ils reproduisaient dans leurs labos de 11 à 25 % des études publiées ! En médecine clinique, la reproductibilité est plus difficile que dans les laboratoires de recherche...   et là pas de données... Des américains proposent un certificat de reproductibilité à adjoindre à votre manuscrit lors de sa soumission à une revue !

Une société a lancé "The reproducibility initiative" ! Vous êtes conviés pour nominer les articles reproductibles ! Des médias, notamment le New York Times et le Wall Street Journal, ont publié un rapport sur la reproductibilité de la recherche scientifique. Les  chercheurs ne peuvent pas facilement valider et publier les résultats reproduits.... C'est tout près de changer.....

Science Exchange, PLOS ONE, figshare et Mendeley ont lancé l'Initiative de reproductibilité pour résoudre ce problème. Il faut récompenser les personnes qui prennent du temps pour faire des recherches reproductibles. Les incitations académiques mettent l'accent sur la nouveauté, ce qui se fait au détriment de la rigueur. La politique annoncée est détaillée sur le site de Science Exchange. Il faudra avoir des ressources (apportées par le demandeur ?) pour que les expérimentations soient refaites et validées. Les résultats de ces expérimentations seront publiées dans une collection dédiée de PLOS ONE, et des données de reproductibilité seront échangées avec la collection dédiée de figshare. Mendeley (acheté par Elsevier) pourra mesurer l'impact du travail reproductible avec des indicateurs de confiance.

Tout ceci me semble être une excellente initiative, mais c'est aussi un nouveau business qu'il faudra suivre...

Fréquent ou pas ? L'auteur qui imite les signatures, celui qui veut changer son nom, les bagarres entre auteurs...

COPE (Committee on publication ethics) a une ressource exceptionnelle : les 400 cas discutés anonymement sur des problèmes des auteurs, des rédactions, des mauvaises pratiques., etc... Depuis 1997 COPE discute régulièrement des cas. Ils sont classées et peuvent être choisis à partir de mots clés. Les nouveaux cas sont mis en ligne après discussion générale d'un groupe de rédacteurs (réunions ouvertes). COPE vient de mettre en ligne 4 nouveaux cas que j'ai lus :

Les nouveaux cas que vous pouvez consulter, et vous pouvez ajouter vos commentaires           
13-01 Paper submitted for publication without consent or knowledge of co-authors : cas comppliqué mais très intéressant ; les conclusions sont qu'il faut toujours copier tous les co-auteurs dans les correspondances, et que des disputes entre auteurs ne sont pas obligatoirement une raison de rétracter un article, surtout quand l'article n'est pas mis en cause.

EndNote, Zotero ou Mendeley : Elsevier vient d'acheter l'un des 3 systèmes pour gérer vos références

Pour gérer nos références, il existe un grand nombre de logiciels. En 2010, nous avions présenté une comparaison des ces logiciels. En 2013, trois semblent dominer le marché, mais je n'en suis pas sûr. L'historique est EndNote (ThomsonReuteurs) d'accès payant, et qui a su s'adapter à l'apparition des nouvelles technologies, et du web. Deux autres, plus récents, sont Zotero et Mendeley.

Zotero est gratuit (Américian) et nécessitait le naviagateur Mozilla. Maintenant, il est utilisable sous Mac, Windows et Linux (je n'ai as testé). Il semble très populaire en France.

Mendeley (Londres), est un système gratuit de management des références, mais moins connu en France. Il semble avoir un grand développement dans des pays anglo-saxons : Mendeley vient d'être acheté par Elsevier (Amsterdam). Que signifie cet achat ? Il est commenté sur le blog de Mendeley, et chez Elsevier. Commentaires divers sur le blog....    Des synergies seront à trouver avec ScienceDirect et Scopus. Comment un petit poucet gratuit va survivre dans une multinationale ? Je voudrais avoir quelques commentaires de la filiale Elsevier Masson : vont-ils faire de la promotion Mendeley en France ?

Mendeley et Elsevier sont européens, alors que les autres sont américains. Zotero et Mendeley sont gratuits, mais pour des fonctions de stockage de données sur le 'cloud', il faut payer.

PS du 23 avril : Merci Mme De Lachapelle pour votre proposition de tutorial Zotéro qui est excellent (voir commentaire)

Une littérature de recherche totalement corrigée et connectée : un rêve pas si lointain

 Ce titre peut paraître bizarre, mais c’est un mouvement important initié par des rédacteurs de revues prestigieuses. L’éditorial de PLOS Medicine, en avril 2013, explique cela : il introduit 2 articles dans le même numéro :

• Un article sur les mauvaises pratiques scientifiques dans les pays industrialisés avec des exemples (USA, Canada, UK, Denmark) : ils insistent sur le développement de recommandations, et le Singapore Statement est un minimum que n'ont pas la plupart des pays....
• Un article sur les mauvaises pratiques dans les pays en voie de développement avec des exemples (Afrique du Sud, Inde, Chine, Guatemala, Nigéria, et autres..).

Le constat est dans l’introduction de l’édito que j’ai traduite en français :